順治十一年甲午（附稱永曆八年）正月，成功因李德述其父芝龍所囑『如未投誠，先獻監國魯王』之故，乃令楊致護送魯王，從海道詣廣西陛見以避之。王躊躇不欲行，功強之再四，王始揚帆。至海表遇風，回居南澳。
二月，芝龍復遣李德同鄭、賈二使齎「海澄公」印敕來閩招撫。總督劉清泰亦致書成功，其略云：『幸一時曠蕩之恩，出自宸聰懷柔之略，真千載一時矣。今大勢所在，不待智者而決。川、湖之捷屢奏，兩粵之叛盡歸。近而舟山遁跡，遠而全姜覆車，徒有荊棘在。足下以孑然一旅，孤懸海外，縱使樓櫓是憑，亦無分茅割地之實際；將謂踞島而守，終屬依山傍海之遊魂。今固山開鎮於漳濱，江南勁旅、北地滿兵，絡繹奔赴。餘波一日不靖，全師一日不班。無論揚帆擊楫，可以滅跡犁庭；即安坐以折窺岸之謀，密布以塞通津之徑。想足下此中之生聚教養，萬不得以暫持久、以勞待逸、以不足待有餘；不幾望洋而成竭澤，遶樹而致焚林？此非不佞震喝之言，而確乎理勢之談也。若肯乘此毅然來歸，翻然號泣，召族黨部曲而諭之，各鼓化其心，以了立命安身之局。既不辜令親萬里啣書之苦；亦以慰尊公數年欲斷之腸。上而朝廷之德意，下而不佞之苦心，可謂不相負矣。然更有為足下思者：將懼投誠而孤注，何妨擁衛其子弟以歸；倘懷赴闕為畏途，何妨請命於桑土而守。以不佞半生忠樸，久見諒於聖明，皆能一一代足下剖心呼籲者。從此樹奇勳以酬遇，拜爵祿而分藩矣。殊為足下望之』。成功至安平，款待二使。以未有地方安插兵將為辭，復二使，並不受敕印。鄭、賈回京。功乘招撫按兵，就福、興、泉、潭四府徵追糧餉，備辦船料等項。
三月，定西侯張名振、忠靖伯陳煇帥舟師突入長江，奪船百餘只。犯天津，焚糧艘；次金山寺，設祭崇禎而回。
四月，有謗黃大振欲獻海壇投誠者，功信之。領甘煇、黃廷、陳堯策、周全斌等鎮，聲言巡視，假道海壇。大振前接，功執之歸。賜鴆，飲不死；絞殺之。以泉人戴捷為援剿前鎮，統其眾。
五月，督餉官黃愷，才能滑稽，任意科克。沿海受其凌剝，百姓情急，相率匍控成功。功撫慰之，立收愷，殺以示眾。眾乃安。
六月，大清封鄭芝龍同安侯、鄭鴻逵奉化伯、鄭芝豹左都督。遣內院學士葉成格、理事官阿山同芝龍第四子（名渡）齎四府安插兵將敕命入閩。
八月，總督劉清泰再修書齎到，云：『賫到敕印，不佞既慶其事之確遵令尊於君之間、父子之際，實費大力苦心。但敕印久為虛懸，其事勢既已垂成，何必稍存芥蒂？且敕中「歸順人數，具奏安插地方，會同督、撫詳細報聞」。何不斟酌，次第商及乎？今一拜詔，不但足下可以特疏，不佞亦當補牘。倘必緩成命以俟議、待家書而入告，在足下多一番形跡，在尊翁多一番躊躇。此不佞半夜代籌，至愚至篤之論，想英雄豁達之見，亦不以為其意之迂且淺也？不佞濡筆以俟裁決，萬勿游移耳！所言取餉事，不佞亦效一得焉。今日聯異姓於同舟、化國家於骨肉，則地方者各有關係之地方也、人民者各有聯屬之人民也。留得一人，他日多一豢養；留一土地，他日多一生聚。況足下於桑梓姻友之間，更須調護者，又無煩不佞之諄懇矣。不佞以侍從之舊人，偶蒞封疆，去就裕如；但得始終此事，自不貪以為己功，但可告無罪於尊翁握手時，則厚幸矣！餘何計哉』？差官楊茂同李德、周繼武來廈見成功。功詢其父平安畢，隨問此來情由。繼武曰：『葉、阿齎四府安插部文。太師差武等求藩主：早歸順一日，則太師早受一日安福』。成功點首而已。即差呂太同周繼武、李德入泉州，請葉、阿二大人面議。
九月初七日，渡舍到廈門。功出接見，抱痛分離之苦，自極誠切。次早遣渡舍先往安平候二大人。隨調甘煇、王秀奇、陳堯策、萬禮、藍衍、蘇茂、黃梧、周全斌、楊文燦、吳豪、蕭泗、林明、楊祥、黃山、黃廷、蕭拱宸、黃昭、藍登、黃六御、鄭文、蔡祿、郭義等鎮並水師諸將，咸往安平。列營數十里，旗幟飛揚，盔甲鮮明。密佈鍬黎鹿角，設伏據隘，好似鐵桶。成功同諸參軍然後進發。
十七日，葉成格、阿山到安平，住報恩寺。其隨從精騎數千、步旅萬餘，漫山遍野劄營，瞭哨四出，各相提防。成功請先開讀詔書酌議，方肯薙髮。成格與山欲成功先薙髮，然後接詔。互爭數日未定。二十二日，功以葉、阿無定見，再約二十五日面會確商。二十四日清晨，兵馬悉撒，二大人不辭成功而回泉。功接報，笑曰：『忽焉而來，忽焉而去，舉動乖張。但因一人在北，不得不暫作癡呆耳』。即差林候同渡舍尾後抵泉，請二大人示下，並送厚禮。成格堅欲先薙髮方許接詔；未薙髮，非臣也，焉肯輕出詔書？功又差史讜入泉，再請二大人，問其『詔書未開，未知是何意見？且未知詔書中是何說話。薙髮之事，髮落豈能易長乎』？成格立逐史讜出城；令撥什庫看守鄭渡，隨即取討夫馬上京。讜回詳陳。成功與諸參軍議曰：『觀葉、阿二使，便知清朝無真心待我。蓋欲傚前日勒太師故態，賺吾接旨，乘其不意而擒。後見本藩布置周密，甲兵雄壯，無計可施，拙然歸去。豈真有敕書哉』？
其奉差黃六表，聞葉、阿二大人已回京，即辭成功，功亦不留。表乞回書，功不允。六表跪懇再三曰：『太師朝夕南望！豈有表等回都，竟無只字，可乎』？功意稍解，信筆報其父曰：『兒戊子年差王裕入京問候父親福履，以致父親被圍、王裕被擒。從此而後，只字不敢相通，恐有貽累也。至壬辰年杪，忽周繼武等齎父親之信，兒且駭且疑。既而李業師等齎書繼至，兒疑信參半；乃差李德入京，實前傳聞父親不諱，試往覘之果在與否？修稟聊述素志，和議非本心也。不然，豈有甘受招撫，而詞意如彼？豈有欲盡忠而又能盡孝，此不待明言而可知矣。不意海澄公之命突至，兒不得已按兵以示信；繼而四府之命又至，兒又不得已接詔以示信。至於請益地方，原為安插數十萬兵將，固圖善後至計；何以曰「詞語多乖，徵求無厭」？又不意地方無加增，而四府竟為畫餅！欲傚前賺吾父故智，不出兒平日所料。遽然薙髮，三軍為之衝冠。嗟嗟！自古英雄豪傑，以德服其心；利不得而動之，害不得而怵之。清朝之予地方，將以利餌乎？兒之請地方，將以利動乎？在清朝羅人才以鞏封疆，當不吝土地；在兒安兵將、綏民生，將必藉土地；在清朝總以削髮為是，在兒總以不薙髮為是。天下間豈有非其臣，而輕從其利者乎？天下間豈有彼不以實許，而此以實應者乎？天下間豈有未相信以心，而先信以髮者乎？天下間豈有事體未明，而可糊塗易貌者乎？大丈夫作事，磊磊落落，毫無曖昧。清朝若能信兒言，則為清人，屈於吾父為孝；若不信兒言，則為明臣，盡於吾君為忠。人生在世，不過此忠孝二字而已！此八月十九日，李德，周繼武等自京回至中左，詔使抵省，渡弟同李德、周繼武等與葉、阿相議：「欲照前鄭、賈例，俟兒差人去請，然後下來」。正欲差官往省敦請，報詔使已於念四日到泉矣。偵其到泉，的確九月初四日辰時。即差李德同呂太往泉送禮。渡弟初七日來見，十一日即回。兒囑其致意葉、阿，約期相面。而葉、阿於十七日隨到安平，盛設供帳於報恩寺。乃葉阿不敢信宿，哨馬四出，布帳山坡，舉動十分疑忌。敕書委之草莽，成何事體？且奉敕堂堂正正而來，安用生疑？彼既生疑，兒安能無疑乎？兒再差林候送禮，回稱「葉、阿二大人，念五日的的相見」。繼而周繼武來報：「葉、阿二位決欲先薙髮，然後接詔」；其詔亦安在安平署中。且薙髮萬分大事，非容易苟且，須與葉、阿二位面議十分妥當，奉旨命下，然後可。兒猶恐周繼武傳述失實，各書一藁為據，再差史讜同渡弟進城，再請葉、阿來安平面議。念九日葉、阿逐史讜等回。又接周繼武、李德來稟云：『武等念九早見二位大人，被他兜留。仍差撥什庫管押渡弟，催迫起身，不容刻緩。於午刻，二大人先出東門，立喚德等齊行。德等稱說夫役未便，限三十早起身。三十日酉時，李春、吳文榜等來報：「葉、阿二位大人於九月念九午回省去矣」。蓋葉、阿身為大臣，奉敕入閩，不惟傳宣德意，亦將以奠安兆民。今百姓如此困苦、將士如此蕃多，在泉月餘，目睹脫巾情形，未曾與兒商榷，徒以「薙髮」二字相逼挾。兒一薙髮，即令諸將薙髮乎？即令數十萬兵皆薙髮乎？即令千百萬百姓俱薙髮乎？一旦突然盡落其形，能保其不激變乎？葉、阿二位不為始終之圖，代國家虛心相商；而徒躁氣相加！即李德亦兒差也，不令之來，而挾之去。使臣尚如此行動，朝廷可知也；能令人無危乎？能令人無懼乎？況兒名聞四海，若使苟且從事，不特不見重於清朝，亦貽笑於天下後世矣。大抵清朝外以禮貌待吾父，內實以奇貨居吾父。此番之敕書，與葉、阿之舉動，明明欲借父以挾子；一挾則無所不挾，兒豈可挾之人乎？且吾父往見貝勒之時，已入彀中。其得全至今者，大幸也。萬一父一不幸，天也！命也！兒只有縞素復仇，以結忠孝之局耳！又據都督府行文各府，備辦馬料，策應大兵。李德、周繼武來稟：「孟兵部領兵已到仙霞」。此即是前日之部院、金固山一攻一和；葉、阿此番布置，一剃一挾，前後同一轍也。兒此時惟有秣厲以待，他何言哉？兒本不敢具稟，緣黃六表痛哭流涕，必欲得兒一字回覆。姑詳悉顛末，統惟尊慈垂照』！書畢，又與其弟渡書曰：『兄弟隔別數載，聚首幾日，忽然被挾而去，天耶！命耶！弟之多方規諫，繼以痛哭，可謂無所不至矣！而兄之忠貞自持，不特利害不足以動吾心；即斧鉞相加，亦不能少移吾志也。何則？決之已早而籌之已熟矣。今兄之心緒盡在父親稟中，弟閱之，可以了然矣。夫鳳凰翱翔千仞之上，悠悠於宇宙之間，任其縱橫所之者，超超然脫乎世俗之外也。兄名聞四海，用兵老矣，豈有舍鳳凰而就虎豹者哉？惟吾弟善事父親，厥盡孝道，從此之後勿以兄為念』！書畢，交黃六表啟行。功遂添設砲臺，大整舟師，以備征戰。遣林察督王秀、蘇茂等五鎮，配戰艦五十只，護送監督林雲璿齎勤王本，從海道詣廣西行在；並書會李定國合師。
十月，漳州總兵張世耀營中有樓總劉國軒，說其左營遊擊林世用歸海。用許之，軒至廈門，先見參軍馮澄世。世喜軒材貌雄偉，遂留與談時事，大有經濟。世甚器重之。軒感世之知己，拜世為義父。世引軒見成功，功大悅。令軒秘之速歸，看東門浦頭若有連珠火箭起，便是兵到，即當應之。軒回報世用，復說合魏其志、楊標合謀（國軒，汀州府長汀縣賴坑人，面帶棗色，雄偉魁梧。胸藏韜略，不得志於世。見知於漳鎮左營遊擊林世用。用委為漳州城北門樓總。樓總者，耑司城門也。後軒投誠，授為天津衛總兵）。
十一月初一日，成功令洪旭、甘煇、林勝、陳堯策、陳斌、戴捷等坐快哨，入海澄。連夜至浦頭，放號箭，國軒應之。世耀倉卒乃降。功得捷報，於初四日親到漳州。以劉國軒為護衛後鎮、魏其志為火武鎮、林世用為木武鎮，張世耀為監督。禮待知府房星燁、龍溪縣知縣周瓊、縣丞李馥等，各原職辦事。時同知、通判缺空，後諸縣悉附成功，功以南靖知縣李奇為同知、漳浦知縣范進為通判。
成功既得漳州，遣甘煇、周全斌、陳堯策、郝文興諸鎮分道統眾，旁攻屬邑。諸邑驚惶，咸歸附焉。而泉屬諸邑亦望風投降，獨泉州城守韓尚亮與施郎結為刎頸交，即教其開壕築臺，擁兵堅守。成功令人說之，不下。郝文興請為先鋒領兵攻擊。成功戒之曰：『善戰不如善守，彼恃其城堅固。若使四方悉歸，諒彼亦在囊中物耳。姑置之，毋損士卒』。令甘煇統諸鎮取仙遊。煇至，仙遊縣知縣陳有虞與城守率兵民拒之。煇令架雲梯四面交攻，城上用砲石火罐打下，一時不能克，反傷士卒甚多。煇大悒怏。有神器鎮洪善獻計曰：『此城乃葫蘆穴也，可用滾地龍破之；不可以精壯之兵驅之攻城，徒損士卒』。煇大喜，即揖問洪善求計。善曰：『乘此年杪，元旦在即，且緩其攻，而懈彼心。可令各鎮挑壕築塹，堤防周密，作久困計。此城東門外有三官堂一座，甚大，可以堆積餘土。就其內暗開地道，作葫蘆口，直通城下，安放火藥、火桶諸物在內。再用大竹通其節目，藏藥線作心，而達於外。然後堆土填石，以塞其口。將兵馬撤開，燒著火心，火然藥發，城立破矣』。煇大喜曰：『此計大妙，煩爾監督』。善領命，就於三官堂內調度開鑿地道。
順治十二年乙未（附稱永曆九年）正月初四日，洪善回覆『地道已經完備，請元帥發令』。煇遣中協陳謙領兵馬為先鋒，看今夜火發城崩，其勢稍止，乘便而入；其餘將士悉撤開埋伏。是夜煇令周圍掌號吶喊，城內疑為攻城，各飽食登城，以備守禦。至二更，善燒著火心。少頃，霹靂一聲，如天崩地裂，煙灰蔽天，飛石遍野，城裂百有餘丈，兵民死者不計。少頃稍止，陳謙督兵進城。煇亦領各鎮砍四門而入。知縣陳有虞聞城破，自縊而死。天明，甘煇安民畢。先是，甲午年十一月朔日，有個不衫不履丐者，左手持雙筷、右手執一碗，將筷打碗，從東北走過西門，又從北門走過南門。如此者三日，忽然不見。人咸不解，多以為狂。獨有林姓一人，忙挈家逃匿山中。及城破之後，方憶前日之丐者乃異人也。持筷打碗，猶旋東西南北而走者，明是指人「快快走」也。但時人愚不知，惜哉（附記：右都督黃廷統十八鎮攻粵東潮之饒平縣烏石樓。其石樓小而且堅，內請平和人朱亮為師，指畫守禦之策。廷百計攻之，不下，反失鎮將江龍。是時洪善亦在其間，廷令善開滾地龍。亮觀其攻打少緩，舉動可疑，訝曰：『必用滾地龍法也』！樓中人民驚惶。亮曰：『毋憂！可周圍放缸盛水，他若果用滾地龍，其水必動』。既而，果見東南角缸水不時搖動。亮就動處令人鑿去，就地將所填火桶、地雷盡行搬出；然後填塞其道。迨及發火，寂然無聲。不但不破其樓，而且助其許多火藥。廷知內有能人，遂撤師而回。故為將者不在兵多，實在算勝。觀朱亮之調度料敵，可見為將之一斑。惜其不用於世而泯沒也）！
甘煇既得仙遊，遣人報捷，屯劄城中。聞油潭里活閻羅王志章有先知識，齋戒往謁，行弟子禮。叩問其平生、功名、壽算如何。志章書一帖示之，乃『位至崇明，壽至崇明』八個字。煇拜受而寶藏之（煇後果位至中提督，永曆封為崇明伯。從成功犯江南，由崇明縣而入，被梁化鳳所執，不屈而死，功痛惜之）。煇措徵糧餉船料，攜尚書唐顯悅全家出廈門。
二月，太監劉玉自安隆所奉永曆詔，從粵東龍門航海到廈，成功率文武恭迎跪接。宣讀畢，遂請帝安，並詢：『邇來恢復事體如何』？玉對曰：『定南王孔有德征粵西，分師從衡州、寶慶、永州而進，旋為李定國所敗，帝於是稍安。但孫可望與李定國二人恃功，驕悍不睦，終非國家之福』。成功曰：『當此之際，內無賢相匡其君，而運籌帷幄乏其人；外有驕將，兵無紀律；又不積儲糧餉以足兵食，謀扼險阻以圖恢復；而乃恃功立黨，致使英雄失望，人心瓦解，將何以望中興哉』？玉頓首曰：『藩主所言，可謂明見萬里』！功又問：『龍門一路，行走阻滯若何』？玉曰：『乘間道，鄉人相引，尚可往來』。功時以事繁，而無專責，隨設六官董理：用潘庚鍾為吏官、鄭擎柱為禮官、洪旭為戶官、陳寶鑰為協理禮官（鑰字蓼屏，隆武舉人，系泉之晉江人），以張光啟為兵官、程應璠為刑官（璠，浙江人，武進士，官都督，甚有機略經濟之才），以馮澄世為工官、常壽寧為察言司。又設「儲賢」、「育材」二館。令思明州知州鄧會勸學取士，得黃帶臣、洪初闢等四十人，次第轉六官之內辦事；或外為監紀，或為推官、通判不等。
四月，擢郝文興為左提督、萬禮為後提督。改王秀奇為右提督、林勝為戎旗鎮、黃昌為援剿左鎮、黃梧為前衝鎮。築浯州新城。
五月，南征勤王，總督林察、周瑞等舟師次虎頭門。偵知李定國戰敗、梧州失守，不敢進兵，還師。功責其遲滯失策，各戴罪立功。加都事吳慎為戶官。議北上恢復，拜定西侯張名振為元帥，忠靖伯陳煇副之，統二十四鎮入長江。加戶官洪旭為水師右軍、北鎮陳六御為五軍戎政同行，相機進兵。又遣中提督甘煇為總督，王秀奇副之，領二十鎮，為北上應援。前提督黃廷為帥，後提督萬禮副之，領二十鎮南下。甘煇舟師將至舟山，遇暴風，收入溫、臺地方。臺州總兵馬信遣心腹將王英馳書幣交好約降，未果。煇仍將舟師出，令拱旭於舟山由岑江口登岸。守兵無幾，不敢交戰，棄壘遁，報鎮將巴臣功（功，山西人，勇猛機謀），遂分兵守禦，遣人請援。既而張名振、阮駿、陳六御、周瑞等咸順風畢至，分道堵截，攻擊不息。六御遣監督李化龍招臣功，臣功忖不能守，遂降。迨至回師，甘煇引見成功。功授臣功為鐵騎鎮，改名「臣興」，授定北將軍。令陳六御等統師至舟山協守（六御，都督陳謙之子，頗有勇略，後卒於戰功。用其弟陳為言為總兵）。
六月，孟兵部至福州。總督李率泰遣官齎書至廈門說成功曰：『激切再書，無非早定海上之議、早報聖明之念，以早結尊公父子忠孝之局耳。何足下舉動依然毫釐千里耶？天下事，情理與勢耳。尊公位列大臣之上，令祖母年迫風燭之期！念漳、泉寸土，為足下胞胳所■〈疒〈癶上土下〉〉，即祖宗廬墓所依，足下咫尺弄兵，荊棘其上；在尊公之魂夢一刻未安，令祖母之寢食一刻不樂！足下將泰然波濤之間，自謂功名富貴之計得乎？此情理之絕無者也。更有慮者，固山枕戈久矣。今大師駐馬於漳畔、勁旅露刃於泉南，有不能頃刻待。蓋不佞意主於撫，固山力主於攻。在足下夸浮恍惚，不佞焉敢執為必撫而止於攻？倘一攻而緩，撫局之成猶可言也。一攻而遂，成撫局之變；則尊公前此之綢繆與不佞後此之挽回，俱無所用矣。此又勢之了然者也。足下家報所陳，皆足以啟群疑之誹而激聖明之怒。繕疏而入，幾費躊躇。然一片苦心，不得不為足下所言再為披瀝。所云「不知有父久矣」；此言一出，不但傷天性之恩，且貽後世之刺。尊公身為明季重臣，國亡而擇主，非背國而事仇也。足下前無顧命、今無共主，何得滅不可易之親，而從不必然之議也？古之求忠臣於孝子者，幾無據矣！至今猶屢執此「三省相畀」之說，胡為乎來哉？今天下中外，帖然十載。而足下身羈海甸，猶欲招徠之。以大一統之勢，誰敢取臣服之版圖？惟正之貲賦而輕議畀乎？且從來無此廟算、無此邊籌也。即如足下所云，亦可笑矣。無三省，則舍我而忠於彼；將有三省，即棄彼而忠於我。此皆拂情影借之言，知非足下之心也。但念朝廷加恩一番、尊公經營一番、不佞來此區畫一番，天下事寧可瓦全，勿為玉碎？足下或謀之族黨、或謀之老成，務為開心見誠，勿得藏頭掩面！勿再以必不可告之言、必不可為之事，徒費口舌、徒滋議論，而終於坐失機會也！不佞言至此，力已竭矣。他日見尊公於班聯之間，亦可告無罪矣。至進止之事，則有固山並諸大人。成敗之局，則關乎足下一門父子兄弟。不佞雖膺其職，其肯盡任其咎乎？惟足下裁之』！功覽畢，掀髯而笑曰：『彼欲以勁旅挾吾。吾豈懼一固山哉』？厚待其使，答以『葉、阿二大人至京復命如何，然後再作商量』。不報書。前提督黃廷師從揭陽港登岸，屯劄桃花山。潮州總兵劉伯祿進兵救援，列營於鷹嘴浦。左戎旗林勝密令軍士每人要沙土一袋，填塞壕溝，砍柵破壘。伯祿果無備，二更倉卒而遁。廷遂合南澳忠勇侯陳霸等眾，圍揭陽，守城、知縣棄城去。普寧亦繼陷。
葉、阿二大人至京復命。部議以成功驕兵無狀，反覆不定，置其父同安侯芝龍於高牆、戍其胞叔芝豹於寧古塔（豹封澄濟伯。因護庇施郎，成功怒之。後見成功以馬得功事殺芝莞，其令太嚴，不私其親，於是乘招撫，挈龍妻顏氏自安平入泉州投誠，移居京都）。又令貝勒世子羅托統滿、漢官兵平海至閩。
成功偵知，遂集參軍並諸提鎮議曰：『今日招撫不就，貝勒統兵已到，有何良策』？左提督郝文興挺身曰：『自古道「水到土壓，兵來將當」；此不易之理。今貝勒師來，焉可坐視？興雖不才，願為先鋒，前去破敵』。陳堯策曰：『策自來愧無寸長，既左提督肯去，策願同行立功，以圖報效』。馮澄世曰：『二公所言，領兵破敵，其氣可奪三軍，固是為將本分。但彼弓馬嫻熟，若欲陸戰，人馬馳驅，誠恐勝負未卜。況彼糧餉充足，四方雲集，萬一失其銳氣，不特人心搖動，而且軍威難振。以世管見，不如全師暫退廈門，堅守各島，養精蓄銳，修備戰艦，南北巡視，以待彼軍。若論彼兵，水戰非其所長。況波恬浪靜之時，彼猶有頭眩暈吐之苦，安望其能禦敵？此乃保全軍士，以逸待勞之法也。未知諸公以為何如』？成功曰：『戰者譬如逐鹿，未知得於誰手。退者可保無虞，澄世之言實乃料己料人之至論，深合吾意』。遂飛檄與兄泰：先將安平家資，盡移過金門安頓；毀其居第，墜其鎮城（芝龍置第安平，開通海道，直至其內，可通洋船。亭榭樓臺，工巧雕琢，以至石洞花木，甲於泉郡。城外市鎮繁華，貿易叢集，不亞於省城）。又令杜煇傳諭泉屬士民：『有願相從者，悉渡金、廈兩島居住，令黃昭撥船接應。如不願從者，速遠避山中，恐遭兵馬蹂躪』。空其庫藏，墜惠安、同安諸縣城為平地。又馳令與林俞卿、林世用等移家眷於海澄，摧漳州府城。成功領兵回廈門，仍遣郝文興統其所部守海澄。擢海澄知縣黃維璟為察言司（察言司者，稽察各文武得失，即如通政司也），以丙戌舉人林昌為海澄知縣。差張英督造高崎、竹坑一帶沿邊砲臺煙墩，修拾熕船戰艦。通行南澳陳霸，防備碣石蘇利、南洋許龍二處會師。又令銅山張進整船宮仔前，以作南澳救援。令陳六御、阮駿、張名振等把守舟山烏洋。調洪旭、甘煇、林勝諸提鎮回師。旭次臺州港，總兵馬勝獻城降；同旭回見成功，功授勝中權鎮、征鹵將軍印。
九月，左提督祥符伯郝文興病故。功哭祭甚哀，厚卹其子。令王秀奇代守海澄。
十月，張名振自長江直抵定海關，守關將張鴻德降，功授德前鋒鎮。
十二月，貝勒提師至泉，大獎韓尚亮堅守功，尋而擢尚亮海壇總兵。貝勒知成功退守金、廈，墜倒諸城，笑曰：『海賊無伎倆矣』。即令府縣兼工修築城池，督造戰船。遣使齎諭到廈招成功。功拒而不納，使者回。貝勒復易函致書，令再往。功厚待其使，以葉、阿前議復之，不報書。
順治十三年丙申（附稱永曆十年）正月，平南王尚可喜撥左翼鎮右營徐有功統步騎，合潮鎮劉伯祿，恢復揭、普諸邑，師札揭陽城西。屢遣騎哨挑戰，追之，即退。二十二日，援剿右鎮黃勝、殿兵鎮林文燦、前衝鎮黃梧適在埔上操演，伯祿率騎兵過西門，左先鋒鎮蘇茂欲出兵與戰。金武鎮郭遂第曰：『列陣過橋，勝則猶可；倘若少怯，其橋又狹，難以退，其將如之何』？黃梧曰：『戰則必勝，何用退兵』？茂以為然，發令前進。對敵逾時，忽徐有功從旁沖出合擊。茂陣大亂而潰，溺水死者不計其數，黃勝、林文燦二鎮咸亡焉。獨郭遂第全鎮近橋急抽回，無失。前提督黃廷時守東門，聞報，出兵欲奪伯祿營。祿方抽回兵馬。蘇茂、黃梧才收殘兵。廷即申揭陽失機事狀於成功，功遣兵官張光啟按揭察訪戰敗情由。
二月，又令五軍總制張英，再督杜煇、林勝諸鎮往助黃廷。伯祿聞知，乃截港為營，嚴禁各鄉接濟；如違，罪同叛逆。廷等兵眾食難。正躊躇間，忽成功諭到：調蘇茂、黃梧、杜煇回廈門，黃廷、林勝下粵東，往偵永曆信，以便勤王。廷至碣石，攻蘇利。
三月，陳六御報定西侯前軍總督張名振病故，成功以陳六御統其眾。水師前鎮阮駿偵定海關造船五百只，欲攻舟山；請援。功遣張鴻德、馬勝協守。
四月，貝勒得各澳船隻已備，令韓尚亮為先鋒會攻。成功令林順、陳等、蕭泗、楊祥、林明、陳澤七鎮，領大熕船十四只，前往圍頭，坐上風以待。又令陳魁、蘇茂、陳煇、陳斌四鎮，共配大熕船十二只，出泊遼羅。令兄泰率舟師應援。再令萬禮、黃梧、黃安、蔡文、林遜五鎮帶船十只、快哨十只，巡哨高崎、潯尾及圭嶼一帶，以防海澄諸港。仍檄南澳陳霸、銅山張進為備。又令翁天祐、王秀奇巡視廈門。韓尚亮等師出泉圍頭，相遇大戰。援剿左鎮王明同信武鎮陳等沖■〈舟宗〉入擊，沉船數只。林順又合攻，尚亮急退，泊圍頭。貝勒聞尚亮失利，亦率諸船而出，寄碇於圍頭。是夜忽狂風大作，凡滿、漢配在船者，咸受顛播之苦，眩暈顛倒，支持不住，每迫舵工攏船近岸。舵工告以海船不比河船；況明日就要打仗，所有杉板業都佩起。今如此波浪，雖放得杉板，亦攏不得上岸。看風若稍止，自然無眩吐之苦。既而風愈狂，大雨又淋漓，濤浪滔天。船不成■〈舟宗〉，或斷碇者，或拖碇者，聲遍海上，各為飄散。船■〈舟宗〉相觸，損壞過半。天曙，回南方定，貝勒乃率韓尚亮等而退。時有船被風飄出金、廈各島，被獲見成功，功令割其耳鼻、斷其手掌，差船渡過沿岸放回。蓋欲壓其「嘉禾斷人種」為「斷人掌」之讖也。
貝勒遭風打回，船隻損壞，而廈門一時不能急攻。正在煩躁，有為其說者曰：『金門白沙寨，系國姓胞叔鴻逵築隱之處，積蓄甚多。可統舟師，乘其無備，搶奪其寨；則金門難守，廈門自孤矣』。貝勒大喜，令王進功為帥，督舟師出攻。進功恐洩其謀，傳諸將曰：『此去攻打白沙寨，將士各宜用力爭先。如得此寨，其中子女玉帛，咸錫爾等；若不用命者，斬』！將士得令，個個歡悅，舊躍上船，揚帆出港。甫到洋中，適遇洪旭領船巡哨，遂相迎敵。又遣快哨飛報成功，功令林順、楊祥、陳斌、黃昌、陳等、藍衍、楊祖八鎮出援。進功甫與洪旭酣戰之間，忽見賊艘齊至，恐被所困，隨揮諸船退入泉港。
五月，黃廷等至碣石衛，攻蘇利。利據險堅壁，廷因糧匱回師。
六月，成功集文武會議揭陽敗績：以蘇茂擅自出兵，不聽郭遂第之諫，以致黃勝、林文燦諸軍覆沒，應以失機論罪當死。蘇茂斬首示眾，責杜煇戴罪立功，罰黃梧鎧甲五百領。擢周全斌為先鋒鎮，郭遂第（改名為華棟）為後衝鎮。撥黃梧入守海澄代王秀奇，出廈門議事。茂因縱施郎，成功偵知，久蓄於懷，欲殺之而無由。今偶有揭陽之失，借此斬之。諸將士不知其故，咸有微言曰：『論茂揭陽之敗，無非天意；豈戰之罪？雖不從郭遂第之言，其氣可以吞敵，何至於死？況茂戰功難以枚舉，非他人所可比。藩主如此旅行，豈不令人寒心』？成功知眾心不服，即令厚殮設靈，養其妻孥。自作祭文，遣禮官陳瑞龍（瑞龍字仁孝，湖廣武進士，原銅山參將，官至都督，依成功，卒於廈門）致祭。其文曰：『維永曆十年四月望越二十有七日，遣禮官陳瑞龍謹以柔毛牲儀，致祭於統領左先鋒鎮蘇提督之靈曰：王恢非不忠於漢，然誤國家之計，雖武帝不能為之赦；馬謖非無功於蜀，然違三軍之令，雖武侯不能為之改。國有常法，余無私恩，斷不敢以私恩而虧國法。今廢私恩而行國法，卷言酬之，神其格之。哀哉尚饗』！於是三軍始定。
貝勒雖恢復漳、泉諸邑；獨海澄一縣枕山依海，砲臺堅牢，煙墩密佈，帆船可援，因是屢攻未得下。多方誘降，而王秀奇等終不受招。忽成功以揭陽失利斬蘇茂，而黃梧雖受鎧甲之罰，於心終不安，乘其撥守海澄之便，於六月十一日遣心腹將賴玉（玉，平和人，投誠，官至泉州城守遊擊。甲寅從耿謀王進功，被提標五營所殺）密通總督李率泰，欲獻海澄投誠。率泰轉啟貝勒，貝勒大善，檄提督馬得功接應。玉回報梧，梧因說茂之族弟蘇明曰：『君知危乎』？明曰：『不知也』。梧曰：『本藩刻薄寡恩：百戰之功，毫無厚賞；偶爾失利，懸首竿頭。爾兄揭陽之敗，實乃天意，今已被殺。爾能保其無事乎』？明曰：『如公所言，將奈何』？梧曰：『我已差人納款於總督，公若不去，禍必旋至。為今之計，莫若相從投誠，方為上策也』。明曰：『公戲我耶？抑有實事耶』？梧曰：『爾不信，我免冠示爾』。明見梧鬢髮果剪，愕然曰：『公毋乃太急乎』？梧曰：『提督差官昨夜到此，我已將印劄繳去，並當面剪兩鬢示信。今乘王秀奇往廈之便，約今夜四鼓，馬提督到便獻城。遲則難於下手矣』。明曰：『果如是，吾當相從。但老母在廈，今若從公投誠，本藩豈肯干休？必然累及老母受刑，明誠千古罪人也』！梧曰：『智者達權，不可守經。公如不決，悔無及矣』。明見梧左右雄壯，似欲相挾狀，無奈許之。同梧回署，出其印劄，亦剪兩鬢示信。乃詐為巡視城垣，勒兵以待。至五更，城外果報騎兵雲集。左先鋒鎮後協康忠領眾督禦，被黃梧一刀砍落城下，遂同蘇明開門迎降。提督總領旗劉進忠帶領騎兵首先入城（進忠，後為潮州鎮。甲寅從耿藩，丁巳投誠，磔於京師）分守四門。天曙，梧、明出見提督馬得功，功厚禮相待。出令安民，而市肆不驚。飛報貝勒並總督李率泰，泰與貝勒各齎袍帽褂靴，令薙髮以待。貝勒以既得海澄，則廈門可圖，而收兩島無難事也。率泰亦云：『海澄系成功儲蓄糧餉之所，為金、廈門戶。今黃梧既棄邪歸正而獻海澄，足孤其勢。不日漳、泉會師，以合攻兩島，易易也』。即將前欲封成功「海澄公」留下之印，會題授黃梧。命下，準授黃梧為「海澄公」，皂旗白鉞。七月，設公標五營，駐漳州平海。梧薦「施郎水務精熟，韜略兼優。若欲平海，當用此人」。郎遂改名為「琅」。貝勒與率泰合疏保題施琅為同安副將，尋而擢為總兵。安插蘇明於漳平。後以明母在海，調明入京，授精奇尼哈番內大臣。成功亦以明為梧所脅，非明本心，不殺其母，且月給以養之。
當其時，王秀奇之領兵張協，於晚間見黃梧出伏路之兵悉系貼身親隨，而且舉動慌張，心甚疑之。遂乘潮落，差快哨往廈密稟王秀奇，說梧情狀，患有外變，當速為備。秀奇接稟，業已三鼓，遂袖稟叩轅門，請見成功。功即遣甘煇、林勝、陳斌、陳鵬、黃安、楊祥諸鎮，駕快哨飛入海澄，又令洪旭、馬信、王秀奇、陳魁、張鴻德、林世用、劉國軒等駕趕繒船接應。甘煇舟師甫至海門，天色微明，見沿海人民奔竄，頓足曰：『事不濟矣！海澄必失』。時張協等望圭嶼一帶航船而入，急招呼相救。煇令攏船，張協下船哭訴，請速救援五都土城。時土城內副將林明與領兵康熊聞海澄有變，堅壁守禦。忽見滿、漢齊至，進退維谷。忽聞甘煇來援，即開門接應。煇令林勝等分伏要道，令陳斌、陳鵬二鎮列陣候敵，令林明、康熊搬運蓄儲糧餉下船。既而洪旭大隊亦至，議欲乘彼人心未定，進攻奪城。得功見海船如葉，又合土城餘黨，搖旗吶喊，似欲攻城之狀；遂分遣精騎暨槍手據險堵禦。旭與煇曰：『土城器械、糧食既已搬盡，咫尺孤寨，守亦無益。不如乘其潮退，督兵出廈門，以圖後舉』。煇曰：『此論最當。黃梧之謀已久，非陡然獻降。徒傷兵卒，無益於事』。遂鳴金收軍，下船回廈。得功見海船已去，亦分兵據守隘口，佈伏防範。
煇等回廈見成功。功見土城糧餉搬盡，擢林明為右戎旗鎮、康熊為左戎旗鎮。又遣兵官張光啟、兵都事黃璋下獄，以其扶同黃梧瞞借楊琦衣甲器械應點之罪；後又不能善為撫馭，反驚挾他，以致心惶叛去。
七月，成功令黃元、郭華棟二鎮領本部將士下銅山，同張進協守。遂大會諸提鎮參軍商議曰：『本藩正欲刻期北上，爭衡吳越，只因海澄一失，遂爾中止。現今貝勒與總督咸提師駐漳，其省城必然空虛，不如乘南風直抵閩安，入取福州。若得福州，則漳、泉下游悉為我有。他若救應，疲於馳驅，是彼勞也。然後假一旅，從中截殺，必自亂矣。未知諸公以為何如』？諸將曰：『藩主神算，非諸將所能及』。即以中提督甘煇為元帥，後提督萬禮副之，統杜煇、陳斌、陳魁、林明、巴臣興、林勝、藍衍、魏其志、楊富、黃安、劉國軒、楊來嘉、郭義、蔡祿、蔡文等一十五鎮，坐配大船四十只、快哨二十只，北上取閩安。煇至湄州，戴捷來迎。煇命捷為引導，進攻閩安。閩安守將見海航雲集，不敢迎戰而遁。煇得閩安，勒兵報捷。功以前提督黃廷率陳鵬、周全斌等守廈門，釋張光啟、黃璋仍掌事，洪旭同兄泰守金門，陳煇領熕船二十只泊南山邊圭嶼，以防海澄舟師之出。親領王秀奇、林明、張英、蕭泗、林雄、黃昭、蕭拱宸等往閩安。值中權鎮馬信自舟山遁回，見成功，陳訴『定海關出水師船五百只合攻。信與阮駿、陳六禦、張鴻德等分熕與戰，終日未分勝負。是夜二更，南風大發，水師用火船縱焚。阮駿同陳六御、張鴻德咸陣亡焉』。功大痛哭三將勇烈，令優卹其子。即將大隊舟師入南臺，奪據其橋，進圍福州。分諸鎮：東守烏龍江，以禦泉、漳救援之師；西據洪塘水口，以截延、建上游糧米；北守連江北嶺，以遏溫、臺接應之兵；惟南面近水不為備。拆毀東南隅一帶房屋，豎柵，安置砲臺，與烏樓相對。日夜攻打，轟聲震天。時貝勒與總督之兵在漳州，城果空虛，兵民人等一時為之震動。僅有巡撫宜永貴在內，接閩安已破之報，正欲請兵防範，忽而樓船塞港，兵臨城下；與城守副將田勝（河南人，善用標槍）督兵守禦。又分一旅出守烏樓，以作犄角。但城大兵寡，乃會紳矜，按家甲，揀選民壯，日夜輪流守禦。差人飛遞貝勒、總督，回師救援。成功一時驟至，未知虛實，未敢臨城。只調各鎮安營，深溝樹柵，以為久困計。每率眾倚梯攻城，即被烏樓橫砲擊退。功集諸將議曰：『烏樓乃系城中之犄角。不奪烏樓，此城難破。明日必須並力攻奪，方許收軍。如退縮者，斬』！是日，砲火不絕，合攻烏樓，樓悉崩壞，兵士生無二三，遂為成功所奪。
城內見烏樓已破，人心愈惶。獨有巡撫旗鼓參將張國威請於宜永貴曰：『威觀在城諸將，只堪守城。至於田副將獨自一人，焉能分身破敵。現有原任布政司周亮工與副將王進（進即王老虎）緣事在獄，宜調此二人出來計議，必有方略，庶其圍可解也』。貴曰：『二人乃系欽犯，若縱之出，倘有他變，誰任其咎』？國威曰：『亮工、王進二人，忠心無二，威願以全家四十三口保其無變』。宜永貴見國威懇切，又當危急之際，即允其請，立召亮工、王進入轅門，許以立功贖罪。二人叩謝而出，致謝國威。威曰：『今日之事，非市私恩。可速登城觀敵，用計破之』。亮工與王進忙登南樓。遙望畢，即回覆宜永貴曰：『賊勢方銳，未可與敵。雖烏樓被其所奪，料賊一時未敢臨城。俟其稍懈，當出奇兵破之』。宜永貴曰：『何謂奇兵』？亮工曰：『遍觀城外，營壘相連，難以驟破。獨東南近水一角略爾疏防，可令王進帶騎兵三百人、步卒一千五百人，偷過鼓山後，轉出六通橋，沖殺南臺，焚其船隻。再令田勝領騎兵一百五十人、步兵五百人，伏南門；李武領騎兵一百五十人、步兵五百人，伏西門。遙觀王進出兵，二處起伏沖殺。其餘兵民守城者，悉令吶喊助威。破之必矣』。遂戒嚴防守。
八月，貝勒知成功犯福州，與李率泰相議：一面撥梅勒章京阿格商統領驍騎救援福州，一面遣提督馬得功帶兵由雲霄八尺門渡江襲取銅山，傚擊魏救韓之法。
十六夜三更，宜永貴依亮工之計，令兵銜枚、馬摘鈴，開水部門而出。王進領兵從鼓山後繞轉，天色微明，鳴螺喊殺。城上見王進兵出，遂發大砲，大聲吶喊。西南二處，伏兵齊起。成功諸營不知兵從何處來，一時不及列陣，各慌忙奔竄，相爭下船，乘潮而去。殺傷溺水，死者不計其數；旗幟器械，棄滿山海。是日圍解。成功出劄閩安，度勢踞險，築砲臺圍寨，並羅星塔亦築土城，令諸鎮輪流守禦。功將大隊舟師，移屯螺口江、定海鳳埔。
九月初六日，馬得功領兵至八尺門，排渡攻銅山。張進偵知，遣黃元、郭華棟統眾來敵。得功屢揮軍欲渡，悉被華棟等踞險攻擊，死傷甚眾。得功見其有備，遂抽師回。郭華棟報捷於成功。
十月，成功修表，遣太監劉九皋同內司鎮中營副將江王振，航海從粵東龍門間道見永曆，請會師恢復。擢右提督王秀奇為五軍總督、中權鎮馬信為右提督。禮官陳寶鑰（官至山東青登萊道）假託修茸船隻，密載眷口，入泉州港投誠；以黃開泰為禮官（泰，丙戌舉人。投誠，官至□□道）。原兵部侍郎王忠孝薦舉同安殉難陳鼎之子陳永華有經濟之才，成功用為參軍。
十二月，成功督諸舟師犯羅源、寧德等縣。諸將飛報貝勒，貝勒令阿格商、巴都、柯如良等率騎兵往援。
初十日，鄭芝龍差家人謝表到閩見貝勒、佟巡撫、李部院，欲勸其子成功投誠，時總督在漳。佟巡撫修書曰：『我皇上定鼎以來，不專用兵，德威所迄，無遠弗屆：東至高麗、漼兒哈、魚皮諸國，西至插漢、緬甸諸國，南至土苗、洞蠻諸國，北至河套、海西諸國，率皆慕義向化，稽顙恐後；至於孔、耿、尚、吳諸藩封，躬膺茅土，任專一面。君臣之情，親於父子。邇來惓惓於詐信之間，是自疑貳也。天時人事，侈口而談；驕蹇滿紙，殊堪憤恨。不佞略一析之：大凡開創之初，久而後定。如周武一戎衣，猶因小腆未靖，作多士、多方八篇以曉告之。楚越弄兵，不過地方殺運未終，敢煩王師戡定耳。近報執馘獻俘，風飄籜卷。至西人入河州一事，全無影響。而臺臺伏處海隅，見聞不遠，一二浮食之輩，生事造言，以相簧鼓；此乃山野村落傳說稱奇，而不知其無稽也。至如河北水溢、關中地震，事實有之。董子謂：天之仁，愛仁主，故時出災異不一，以見天之絕愛人君也。自古殷憂啟聖，毋論堯、湯之世，水旱尤甚；漢文帝日中有王字。然貞觀之治，千古最稱；宣帝時鳳五出、麟一至，究仁慈不振，卒以短祚。災異之驗，果何如乎？從來竊發海上者，不乏人矣。其不能離於海者，猶魚之不能脫於淵也。廟堂妙算，以為興師動眾於煙波浩渺之中，勞民而費財；不若收其英傑，使相統馭，居民得以永逸。此不過以海治海之策。今恩綸頻頒，詔使疊至；而臺臺錯認以為窮洋孤島，洵足為萬里長城，艟艨檣櫓可作邊隅，而意益驕、念益侈，不亦疏乎？聖天子車書一統，海宇率賓，猶溫詔慰勉，推心置腹。臺臺倔強於鷺島之中，期期不奉詔，偃蹇恣肆，真夜郎王問漢使者曰：『漢比我何大也』？若夫豪傑舉動，似不如是。不佞以為尚可與言者：臺臺不反覆於既撫之後，而徘徊於未撫之先，洵倔強男子哉？今若斂兵而退，以待天朝之命；不佞亦當代劉制臺擔其事，補牘上請，全天倫之恩、膺帶礪之錫：鐵券金章，如取如攜；爾公爾侯，爰及苗裔。不特珥筆文臣不敢望，即從龍諸勳策血戰數十年未易致者，臺臺一旦得之，此誠布衣之極致、匹夫之偉業矣！若夫擁烏合之眾，逞螳臂之勢；九重之上，赫然一怒，六師南至，豈有逆施順行者哉？抑或懸五等之賞，以待海濱之士，而肘腋之間，豈無懷我好音者乎？存亡利害，間不容髮，願高明熟思而審處之！語出由衷，並無欺飾。仰祈裁察，不勝企翹』！差員送謝表至寧德見成功。表曰：『太師受禁，無非為藩主不肯薙髮耳！今天下已定，徒勞無益。父子天性，焉可棄絕？若早投誠一日，則太師早得一日之安』。成功喝曰：『爾輩但知保身，豈知誤國為大？天下事安能逆料？滇南、川、貴、楚、越、荊、襄之地，豪傑輩出，皆懷恢復之心。爾輩小人，焉敢鼓唇舌而妄談天數？若不急退，當梟爾首』！表悚然不敢復言。功恐借撫為由，而總督在漳乘間出攻廈門，遂令甘煇殿後，自領舟師載謝表同差官回廈門。
二十一日，阿格商接偵卒報：成功大隊已去。隨揮軍追趕。至護國嶺，遙望後軍，隊伍整肅，不敢進迫，即屯營相對。二十二日，格商率輕騎突陣。甘煇與戰，終日未分勝負，各收軍而回。馬信曰：『藩主回廈議撫，命公殿後，非專於戰，公何過勞』？煇曰：『雖然議撫回師，但所積貯實關諸將命脈。彼來追迫，不得不禦』。信曰：『素聞公善戰，明日觀公退敵』。煇曰：『當先催各營搬運糧米在船，然後抽兵過橋。奇兵韓德、前衝劉巧二鎮，可帶本部將士，埋伏在西北山谷。後衝黃昭，汝可帶本轄軍將，往橋之東北埋伏。火武鎮魏進功，汝可同中協陳謙前去誘敵：輪流接戰，當徐徐詐敗，且戰且怯，賺過橋之東北，聽連珠炮響，齊衝合攻。又令金岸、康熊領本部偷過西南，作欲去攻城之狀。其餘咸下船』。諸將悉依令於四更造飯，五更各銜枚埋伏等候。格商回營，與眾相議。柯如良曰：『甘煇伎倆甚是高強，未可輕敵』。商曰：『赤腳毛賊，有何伎倆？除之甚易。明日當各用力，俟吾擒之』。次日飽餐，結束而出。見沿岸群然搬運糧米下船，商即揮騎趕殺。將近至橋，火武鎮魏進功接戰，未及數合而退。陳謙出敵，而進功已渡橋矣。既而謙亦退，格商迫之。謙分二隊伏於橋之左右，復出進禦。格商望見有伏，不敢追。謙乘疑亦抽過橋。商見賊盡渡過橋而去，遂尾其後而追之。將至東北角，忽聞連珠炮響，勒騎四望，而黃昭突出，格商奮勇沖殺，昭敗走。未半里，韓德、劉巧二伏齊起，商又分騎接戰，德與巧亦略戰數合而退。商揮諸騎急追，柯如良驟馬高叫：『賊兵賣陣，當速退！勿追』！商弗聽。甘煇踞高按刀，視格商至，從高馳下，斗商。煇用「金龜脫殼」之計，格商被殺，巴都救之無及。煇勒兵轉戰，死失甚多，棄馬匹、布幔、輜重不計其數。煇收軍，信迎曰：『今日始信公之真勇略也』！
巴都飛報貝勒。貝勒大怒，而撫局又擱矣。成功送謝表歸，表乞回書，功不允，表叩頭流血，方取筆援書曰：『嗟嗟！曾不思往見貝勒之時許多好言，竟爾不聽，自投虎口，毋怪乎其有今日也。吾父禍福存亡，兒料之熟矣。見其待投誠之人，有始無終，天下共曉。先以禮貌，後遂魚肉，總是「挾」之一字。兒豈可挾之人哉？固已言之於先，而決於早矣。今又以不入耳之談，再相勸勉。前言已盡，回之何益？但謝表日夜跪哭，謂無可以回覆為憂，不得不因前言而詳明之。蓋自古治天下，惟德可以服人。三代無論矣。漢光武恢弘大度，推誠竇融；唐太宗於尉遲敬德，朝為仇敵，一見而待以腹心；宋太祖時，越王俶全家來朝，二月遣還，群臣乞留，章疏封固賜之。皆有豁達規模，故英雄感德，樂為之用。若專用詐力，縱可服人，而人未必心服。況詐力之必不能行乎！自入閩以來，喪許多人馬、費許多錢糧，百姓塗炭，赤地千里，已驗於往時。茲世子傾國來已三載，殊無奇謀異能，只是補葺破城、建造煙墩而已。一弄兵於白沙，而船隻覆沒；再弄兵於銅山，而全軍殲滅；揚帆所到，而閩安便得；羅源殿後，而格商授首。此清朝之尚詐力，果有損耶？益耶？此不待析而明矣。今欲別順逆，而不知順逆在於心，不在於形。試觀姜壤、金聲桓、海時行豈非薙髮之人哉？大丈夫磊磊落落，光明正大，皎如日月，肯傚詐偽之所為，苟就機局，取笑當時？試思今日之域中，竟是誰家之天下？損無數之兵馬、費無稽之錢糧、死億兆之生靈，爭區區數根頭髮，不特大為失策，且亦量之不廣也！誠能略其小而計其大，益地足食，插我弁將，何難罷兵息民。彼無詐、我無疑，如此則奉清朝為正朔，無非為民生計也，為吾父屈也；文官聽部選，錢糧照前約，又無非為生民計，為吾父屈也。將兵安插得宜，則清朝無內顧之憂；海外別一天地，兒效巢、由、嚴光優游山林，高尚其志耳。兒志已堅，而言尤實，毋煩再報，乞赦不孝之罪』！書畢，付謝表同差官回福州而入京。
順治十四年丁酉（附永曆十一年）正月，成功督舟師北上，住三都。
二月，令總制張英、後提督萬禮統諸鎮攻溫州金鄉衛。守將翟永壽降，收其糧食而回。
三月，撥萬禮、韓英、洪善、楊朝棟等輪守閩安羅星塔寨柵。成功舟師至鎮下澳，遇雨，回廈門。定國公鄭鴻逵卒於金門。成功乘喪，恐其有變，戒嚴防備。
四月，成功因地方頻得頻失，終無了局，何時得望中興，詢諸參軍。吏官潘庚鍾曰：『邊地雖得，亦不足以號召天下豪傑。昔太祖起義濠州，若不得俞通海、廖永忠等水軍，安能奪釆石而得金陵，以成一統之基？以鍾管見：漳、泉沿邊，數載爭戰，民亦苦極。不如將數百號戰艦，直從瓜鎮而入，逼取江南。南京一得，彼閩、粵、浙、楚以及黔、蜀之豪傑志士，悉響應矣』。甘煇曰：『江、浙地廣，非數十萬之師不可。倘大隊前進，而貝勒偵知，會合水師出攻兩島（金門、廈門），豈不危乎？不如就退，窺其釁隙攻取，進可戰、退可守』。庚鍾曰：『公所言，眼前常見，非長久計也。今若不取，是自老其師。倘一旦會天下之兵以窺我，兩島豈能獨全乎？所以未暇全師及此者，尚有滇、黔、粵西孫可望、李定國等牽制。刻下藩主統貔貅之眾，入據長江，截其糧道，則江南半壁悉為我有。彼自顧不暇，奚暇攻我兩島哉』？工官馮澄世曰：『潘參軍之論，正是舍末而就本。若今日坐老其師，不取江南，清朝之志未必便忘兩島，亦理勢使然也』。甘煇堅執以為不可，恐邯鄲學步，反失其舊。參軍陳永華曰：『倘徒在閩爭野爭城而望中興，此亦甚難。今日潘、馮二參軍持論師從江南，號召天下，其見甚高。蓋取江南而兩島自安。若偷安歲月，一旦合攻，雖使諸葛復生，亦難措手矣』。成功曰：『吾亦有心久矣。正武侯所言「勢不兩立」，清朝其肯每飯忘我耶？當先遣人從間道抵粵西請旨，令孫可望、李定國集滇、黔、粵、楚之師出洞庭而會江南，以分其勢。俾天下英雄跂足相從』。庚鍾曰：『藩主所見最明。但恐粵西孫、李不睦，稽延而未得進。可差能員請旨，並說孫、李忠君愛國之心，忘私憤而伸大義，分道出師，立功者王。才可搖動，庶得萬全』。成功曰：『此論最是。但苦無人可為使耳』！永華曰：『楊廷世極有口才，差往決能成事』。功允華請，即修表並書，遣楊廷世同劉九皋泛海，從龍門間道往粵西。
四月，令水師後鎮施舉同李順往浙江，招撫松門一帶漁船為鄉導，以便進取長江。
五月，察言司常壽寧啟鄭泰私盜洋船銀一萬兩。成功著六官會議，查常壽寧失實，以其離間左右親信之人，罪當死覆。成功念其起義，一家四十餘口被殺，姑以老耄誤事，休致之。施舉至定海關遭風，收入港口，遇水師力戰而死。
時有臺灣通事何斌者，因侵用揆一王銀二十餘萬，恐王清算，謀之小通事郭平。平曰：『不過多開條目而已耳』。斌曰：『銀至二十萬，亦非多開可以了當』。平曰：『不然，將奈何』？斌曰：『語云：「三年水朝東，三年水流西」，所以有桑田變滄海之語。我想鹿耳門一帶沈壞夾板，屈曲之處，乃系深港。其赤嵌郡邊雖沙泥汙淺，寧無沖崩灘激，流水更變？汝可密駕小船，作釣魚狀，順鹿耳門至赤嵌城邊，打探水道。尚如前淺汙，或亦有變更移易，回來再作商量』。平即尋小船，蓑衣斗笠，魚餌釣竿，順流蕩漾。至潮漲，又順流而入，暗將竹篙打探，果於汙泥中沖流一條港路，自赤嵌城直入鹿耳門，水深有四尺餘。歸來，密報何斌。斌大喜曰：『果有是事，此乃天助我也。爾其秘之』（東旭評曰：非關滄海變，多是地將靈。若不假諸輩，何由入典型）！
七月，成功以洪旭、陳煇督水師諸鎮防守金、廈。自領大隊舟師北上。初十日，至興化黃石，令甘煇駐劄涵江，徵催糧米。十三日，出屯狼崎，坐快哨巡視，閩安令黃霆把守。霆曰：『閩安迫近內地，恐一旦有虞，援之不及，諸軍危矣』。成功曰：『爾且暫守，當著人代汝』。功回狼崎，撥護衛前鎮陳斌、神器鎮盧謙、右提督右鎮余程等守閩安羅星塔，代黃霆從征。
八月十二日，成功至海門登岸逼攻黃巖縣。守將王戎率兵與戰，戰敗議降。知縣劉登龍（遼東人，監生）勸戎堅守，戎執獻成功。功嘉其節，令人說之，不從。乘守者睡，投江而死。功憐之，葬其屍於江濱。十八日，進圍臺州。馬信單騎招降。總兵李泌同知府齊維蕃、臨海知縣黎嶽詹獻城降。
九月，天臺、太平諸邑降，海門衛堅拒不納。功遣萬禮攻之，不得下。功親到察閱地勢，見城堅險，遂按兵，令監督宗繼寧入城勸諭。守將張捷從繼寧出見成功，功優待之。乞禁騷擾。前所劉崇聞捷獻城，亦遣人投降。
永春縣林永偽稱起義勤王，聚眾數萬餘，陷永春縣。總督李率泰徵各標兵將平之，乘勝議攻閩安。密遣標下投誠總兵張蘊玉、隨征副將劉陞耀帶兵三千，駕船潛渡長樂港，過羅星塔，截其歸路，方進兵合攻。賊將余程戰死，閩安復失（蘊玉，字雲路，湖廣武岡州人。業儒，有澄清志。時流寇猖橫，率眾衛鄉，奮勇截殺，寇戒莫犯。後隸安國公劉承胤麾下，屢有戰功，授總兵官。投誠，隨征福建。性極聰明，凡經水程，便記憶礁線淺深。後平金門、銅山之功，官至粵東澳門副總兵）。
陳斌等死守羅星塔待援，總兵施琅遣人招斌。斌率盧謙等薙髮投誠全師至福州。泰令大廳按冊內花名領賞，五人一隊，從東轅門入，由西轅門出，即收其器械，梟首千有餘人。斬訖，方收斌與謙等，並殺之。但時呼傳甚急，有出玩賭博、患病者，倩人代之，尚活有數十餘顆。成功接陳斌請援文，恐閩安有失，兩島難保，遂棄臺州南下。至狼崎，報斌已投誠，隨撥陳堯策守狼崎，禦閩安水師。功回廈門。
楊廷世、劉九皋齎表至粵西。時值起冷孟■〈金在〉為兵部左侍郎（孟■〈金在〉後為貴州巡撫。永曆十二年四月，備禦安隆，馬進忠引兵入貴陽，馮收禮棄平越，大兵雲至，孟■〈金在〉為叛兵所執獻功，諭薙髮，罵不絕口而死），王應龍為司空。永曆忽接成功本稱：『欲躬督舟師從瓜州、鎮江而入，直取金陵。請命李定國、孫可望等領兵，由楚泛洞庭，會合恢復，以迎聖駕』。永曆隨宣楊廷世、劉九皋入見。問成功兵船錢糧。二人對以『舳艫千艘，戰將數百員，雄兵二十餘萬。糧餉雖就地設取，尚有呂宋、日本、暹羅、咬■〈口留〉吧、東京、咬趾等國洋船可以充繼』。永曆大喜，下廷臣會議。冷孟■〈金在〉奏曰：『成功執大義，不肯從父投誠；遠隔海濱，歲歲貢問不絕。今有大志，欲親統舟師入鎮江，直取金陵，與陛下恢復中興，實有桓文尊周之義。宜加封晉秩，以鼓豪傑響應之心』。永曆又問：『成功部下，所隸何爵』？皋奏曰：『悉系先朝侯伯』。永曆又問：『尚有宗親否』？皋曰：『有監國魯王、寧靖王、瀘溪王、巴東王、益王世子、周世孫……宗戚甚多』。永曆又問：『待諸宗親、侯、伯之禮如何』？皋曰：『凡諸王宗親，成功以先帝所封宗人府府正之禮相見，月送俸祿。諸難臣逃歸者，悉以先輩敬之。或授以參軍，預謀軍政。其侯伯來歸者，有兵者，聽其提調。執法無私，待人不貳，不讓唐之汾陽也』。永曆顧冷孟■〈金在〉曰：『所屬部伍，尚有侯伯，卿當酌議加封何銜』？■〈金在〉曰：『太祖祖訓，外臣無封王例，故徐達以死後追贈王爵。今在擾攘之際，理應從權，不可徒守以經。如李定國不過以戰勝定南王孔有德之功，遂封西寧王爵。成功系先帝賜姓，其與祖制無違，亦應封王，以便統眾而收人心』。永曆曰：『卿所奏甚合時宜，當議王號』。孟■〈金在〉曰：『當以廷平一府封之。俟江南有功日，再進封「一字親王」，方見次第』。永曆依議，著禮部鑄「延平王印」，並冊一道。另著楊廷世、劉九皋舉成功部下將官有功者奏聞，以便加爵。廷世即舉左提督王秀奇、右提督馬信、中提督甘煇、前提督黃廷、後提督萬禮、五軍都督陳煇、兵官洪旭、戶官鄭泰等；永曆遂封王秀奇為「祥符伯」、馬信為「建威伯」、甘煇為「崇明伯」、黃廷為「永安伯」、萬禮為「建安伯」、陳煇為「忠靖伯」、洪旭為「忠振伯」、鄭泰加少傅；其餘侯伯印數十顆，以錫有功。另以六部郎中各一員，隨師紀錄。賜上方劍，便宜行事。又自書手詔，令其速進師江南，伸大義於天下；號召英雄，勤王迎駕。遺漳平伯周金湯、太監劉國柱齎印冊，同楊廷世、劉九皋從廣西間道，由粵東龍門航海來廈。
十月二十八日，成功統舟師南下。十一月朔日，到南澳。忠勇侯陳霸曰：『欲攻惠、潮，須防蘇利、許龍。不如先取鷗汀，此寨糧足，當先取之』。左戎旗林勝願為先鋒，功允之。令黃廷為帥，又分撥諸鎮入揭陽、潮陽、澄海，以分其勢；功遂回廈門。時值冬旱，壕寨悉乾。廷令造木牌遮身，以鐵鍬掘寨腳，堆積火藥地雷。火發，寨崩十有餘丈。林勝督眾乘勢沖入；因恨其屢次率船截劫，屠戮殆盡，活者僅存百有餘人而已。
十二月，周金湯、劉國柱、楊廷世、劉九皋等到廈門。成功率甘煇等諸文武，恭迎海埏，拜受延平王冊封。請安畢，厚待周金湯、劉國柱，詳詢粵東進取情形。金湯曰：『恢復在於人心。苟人人如貴藩之心，則中興指日可俟。奈諸將各心其心耳』！功是之。遂拜謝表，並「會師江南疏」，差參軍徐孚遠、太監劉之清、劉九皋同周金湯、劉國柱航海龍門復命。功設長史、審理、典寶、典杖、典儀、典膳等官，悉照王府行事。
順治十五年戊戌（附永曆十二年）正月，成功調南北征各提鎮舟師回廈。
二月，挑選各提督壯勇者為「親軍」，廈門港築「演武亭」操演。各以五百觔石力能舉起遍遊教場者五千人，畫樣與工官馮澄世，監造堅厚鐵盔、鐵鎧及兩臂、裙圍、鐵鞋等項，箭穿不入者。又製鐵面，只露眼耳口鼻，妝畫五彩如鬼形，手執斬馬大力。每人以二兵各執器械副之，專砍馬腳，臨陣有進無退，名曰「鐵人」。每人月給餉銀三兩。有功者，擢為營將。令左虎衛陳魁統之。
三月，遣右虎衛陳鵬統兵船南下攻許龍。龍率舟師出禦，失利。鵬掠其邊民而回。
四月，擢楊來嘉為親丁鎮，屬前提督永安伯黃廷統轄，同忠振伯洪旭共商機務，守金、廈。擢思明州知州鄧會為監督糧餉。又以薛聯桂為思明州知州。修表遣楊廷世往粵西，報出師日期。獨甘煇心中猶豫：以其恰封崇明伯，今欲往江南，必由崇明縣地方經過，則前日活閻羅所示『官至崇明，壽至崇明』之句，不亦有驗乎？因復請於成功曰：『煇聞瓜鎮限以鐵鍊，此則船之艱於前進；兩埏砲臺密佈，此則陸之難於登岸。況江南地方遼闊，以煇愚意，未可深入。不如俟李定國、孫可望二人會師信到，然後進兵，庶首尾相應，戰守有方，可以一鼓見效』。功曰：『會師之舉，不過欲牽制其勢耳。豈不會師，而即不進兵者乎？況兵馬雲集，日費萬金，豈可稽延，自老其師哉』？遂大整兵船：以中提督崇明伯甘煇為前部先鋒，統左虎衛陳魁鐵人五千、護衛兵一萬，並宣毅前鎮陳澤、宣毅後鎮吳豪、前衝鎮劉巧、右虎鎮陳鵬、後勁鎮楊正、左衝鎮郭義、後衝鎮劉進忠、水武鎮林世用等兵一萬，配坐大熕船二十只、鳥船二十只、快哨十只，為首程；又遣右提督建威伯馬信，統右先鋒鎮楊祖、援剿左鎮林明、殿後鎮黃昌、親兵鎮黃應、智武鎮藍衍、木武鎮黃昭、正兵鎮楊世德、火武鎮魏標等兵二萬，配坐大戰船三十只、趕繒船二十只、快哨十只，為二程接應；又令後提督建安伯萬禮，統援剿右鎮賀世明、右衝鎮蔡祿、宣毅中鎮李化龍、神器鎮楊祥、援剿中鎮蔡文、宣毅左鎮黃安、宣毅右鎮巴臣興、奇兵鎮張魁等領兵二萬，配坐大熕船三十只、船艍二十只、快哨十只，為第三程接應。成功自領侍衛陳堯策、五軍都督張英、左武衛林勝、右武衛周全斌、吏官潘庚鍾、戶官林俞卿、禮官黃開泰、行營刑官程應璠、兵官張煌言、工官馮澄世、閩安侯周瑞、輔明侯林察、定西侯張名振、平北侯周鶴芝、忠定伯林習山、親兵鎮楊好、中權鎮李泌、祥符伯五軍戎政王秀奇、援剿前鎮戴捷、援剿後鎮劉猷、護衛右鎮楊衍、參軍林奇昌、紀許國、蔡鳴雷、監紀柯平等，配坐水師前鎮阮美、一鎮洪善、二鎮蔡福、三鎮林德、四鎮毛玉、五鎮陳瑞等船共一百二十只、兵四萬，為合後。號稱舟師一十萬眾，航船北上。
六月初七日，率眾登岸犯平陽，守將單任暹降。十三日，瑞安縣守將艾誠祥亦獻城降。宣毅右鎮兼管鐵騎巴臣興病故，功以黑祥雲統其眾。十六日，成功至溫州，鎮將堅守。功細度其城險固，惟徵木料、糧餉出往舟山。
七月初二日，成功問引港官李順：『此去羊山多少水路』？順曰：『西南風一日便到。其山皆羊，故名之。山上有「大王廟」，極靈顯。海中有獨眼龍，系孫真人醫治，囑其養性，勿得動氣。故凡過往船隻，暗獻紙錢，暗著更鼓，不敢放砲鳴鑼。若驚起發性，興波鼓浪，船隻難當』。成功曰：『此乃里巷之言。本藩尚欲馳驅天下，百神賓服，奚畏此一孽龍乎』？不聽，遂傳令開船。初九日午時，到羊山，而各提鎮咸至。隨放砲鳴金，金鼓響天。不移時，風聲徐起，浪疊千層，暫爾淜泙。忽而波湧翻江之勢，攪海欲狂，船難收■〈舟宗〉，互相觸壞，棄碇破桅，遭浪遇礁，呼救遍海，不可勝計。護衛都督陳德、太監張忠跪請成功拜祝。功笑曰：『此不過風時偶然耳，豈真有龍之發性耶』？不聽。奈風愈狂，電愈爍。忠等再求：『跪懇藩主禱求！再無不息』。成功方允冠帶禮祝曰：『成功統率三軍，恢復中原。果天命有在，登時將諸船沈滅。如中興有日，祈即浪恬風靜』。甫禱畢，隨即天色晴明，江山如舊。功失四子睿、七子裕、八子溫暨兵士數千人。其所存之船，亦各損壞，乃收回舟山修葺。諸提督咸勸功暫回廈門，功以業已出師，理無再還。
九月，修葺諸船報竣。成功督舟師至象山。初十日，知縣徐福率父老出降，功安民畢。時各鎮兵士逃者甚眾，悉系北上新附。且訛言『北將盡欲投誠，故援剿右鎮賀世明船桅妝以粉色紅色為號』。功亦疑世明船桅之異，遂令姚國泰替世明統其眾。又遣張英諭林世用、魏標、李泌、張魁，悉解兵權，為監督。世用大憤，不日死。擢總理監營翁天祐署左提督事。
十月初二日，後衝鎮劉進忠率其眾入黃巖海門所投誠。功聞報，馳令周全斌追之。全斌督快哨二十只，星夜飛趕。至海門，將城圍困攻打，進忠禦之。忠恐成功大隊齊至，於半夜乘斌無備，開西門突圍而去。斌亦不追，拔其城，報成功。功擢黃昭為後衝鎮。
十一月初七日，成功破磐石衛，分諸提鎮就汛養兵。
十二月，成功率眾劄沙關取糧。
順治十六年己亥（附永曆十三年）二月，成功仍回磐石衛，調各提鎮至磐石聽令。
四月，成功眾至定海關。二十九日，入寧波港焚船。
五月初一日，退出。初四日，抵舟山烈港。
十八日，到崇明縣。守崇明總兵梁化鳳（系陝西西安府長安縣人）斂兵堅守，功欲順風入瓜州。馮澄世曰：『欲進兵瓜州，必當先取崇明，庶可流通蓄積以為外援』。功曰『崇明城小而堅，取之必遲延日月，反使瓜州有備，不如先取瓜州鎮。若得瓜鎮，則江南門戶已破，先截其糧道，是腹心有疾；然後乘勢取江南，則崇明不攻而自破』。外則修書遣監紀劉澄，密通江南提督馬進寶。又差羅蘊章同張煌言為長江鄉道使，命顧忠前往探烏喇、寧古諸港路（顧忠，渾名瞎子，去八個月方回。時成功已入長江，敗績回廈。忠是以不果行）。隨問：『誰敢領先鋒印，以取瓜州』？建威伯右提督馬信向前曰：『信蒙藩主眷顧，爵居人上，並無寸功。今瓜州之地方險要、兵馬之多寡虛實，頗知其詳，願為先鋒破敵』。成功壯其勇，喜曰：『公肯效力，此城必破』。即撥黃安、蔡文、黃昭、藍衍四將與統轄。又分四隊：周全斌居中，甘煇居左，翁天祐居右，萬禮居後；陳瑞龍諸鎮為接應，或取木營、或斷攔江壩、或取談家州（在瓜州鎮之中，與瓜州柳堤砲臺相對）、或抄瓜州之後，而攻其城。
六月十四日，成功至焦山。時有鎮江操江軍門朱衣佐，雖然防範，不意功突至，又恃江中有「滾江龍」之攔，故馬信等一時舟師揚帆吶喊，旌旗蔽港，金鼓震天，惟有標下巡江營都司羅明昇督兵五百守談家州瓜鎮之中列砲與瓜州柳堤砲臺相對以待之。信督眾環攻，明昇分頭死拒力戰。至砲盡矢絕，全軍覆沒（明昇，山西人。丙戌歲，敕建祠於談家洲。今上南幸，念其忠勇，御書「奮勇致身」四字。令有司春秋祭祀）。信撥蔡文守之。乘勝，合周全斌師飄颺大進，悉為攔江壩所阻，不得前。全斌、張亮、陳大勝等令善泅水者十餘人，漾去斬斷，遂無阻礙。揚帆直進，登岸列隊。朱衣佐聞報海賊至，即率遊擊左雲龍出禦。全斌奮勇沖陣，連斬十餘人。而馬信從其後攻城，韓英、楊祖以藤牌護身，首先上梯，江防同知徐騰鯨棄城遁。衣佐知城已破，無心戀戰，同左雲龍欲走揚州。陳澤尾追至大表橋下，斬雲龍，活擒衣佐。
十七日，陳瑞龍督諸鎮焚奪木浮營三座，長江與共（木浮營者，用大杉木結排，另用木為柵，內架大砲十餘門，從上流壓下，船遇之，一擊立碎）。
十八日，成功移屯瓜州，紀馬信、周全斌第一功。押朱衣佐見成功，功曰：『此腐儒也，殺之徒汙吾劍，釋之足見我們宏度』。去縛，與衣服，放之歸。周全斌曰：『今瓜州已得，可乘勢速取鎮江，反掌之易。倘若遲緩，彼得深溝固守，徒費士卒』。成功然之，以援剿後鎮劉猷守瓜州，柯平督理江防事。
十九日，成功親督諸軍，進泊鎮江南岸七里港。二十二夜二更，直抵銀山下。寅時，傳令列陣，分為五隊而進。陳魁統鐵人逼柵，守銀山將見之，駭然不敢出戰；惟齊射之，箭不能入。鐵人冒死而進，柵遂破。全斌呼曰：『時不可失，乘此破竹之勢攻奪其城，必可得也』！即轉身首先向前，連砍數人，眾軍隨之。守鎮江總兵高謙聞賊攻銀山，領兵出援。遇全斌趕殺勢雄，不敢戰，斂兵入城。斌見謙怯，乘勢尾追，搶門而入，高謙與知府戴可進亦即投降。成功入城安民畢，加高謙為破虜將軍。以工官馮澄世為常鎮道，兵部主事李徵為鎮江知府，監紀林若霖為理刑。荊州衛糧船十四只來降，功大悅，擢其首李文正為衛指揮，其餘各授以千百戶之職。太平府守將劉世賢遣人獻城，功加為鎮南將軍，令羅蘊章帶所部去太平協守。揚州文武各遁，城空；百姓彩旗羊酒，前到鎮江請師。功受其款獻，厚待父老，給示嚴禁與之歸。
六月二十七日，成功議興師取江南。參軍潘庚鍾曰：『今既一鼓而克瓜鎮，是則江南門戶已破。雖軍聲大振，天下搖動，未可驟然進兵。當暫住瓜鎮，遣將分據淮陽諸郡，扼其咽喉，收拾人心，窺其釁隙，然後大隊齊進。況北都滿、漢兵民人等不下百萬，一旦糧道斷絕，待哺不足，兩月之間，其兵必潰、其民必亂。如此可不勞而定，此正曹公之所以取勝於官渡也』。馮澄世曰：『江南城池廣闊，進攻不易。不如且聽庚鍾之謀，駐劄瓜鎮，據其險要，斷其糧道。一面收拾人心，一面遣人從間道報捷請旨，命李定國等合師，乃為上策』。成功曰：『不然，時有不同耳。昔漢祚改移，群雄分據，袁、曹爭勝，故曹操常以算勝。我明朝歷年三百，德澤已久，不幸而有甲申之變，以致百姓遭殃，庸臣剝削、鄉紳欺凌，四海鼎沸。彼得假其時，排闥入關，鼠竊烏合，狐假虎威。今大兵一至，自然瓦解。若不進兵，恢復舊業，呼召天下豪傑，是自老其師。倘徵各省兵馬齊至，首尾合擊，我勢豈不自孤？況太祖昔日一得廖永忠、俞通海等水師，乘勢奪釆石而並金陵。破竹摧枯，正貴神速耳』！遂不聽二人之言。周全斌同鎮江降將高謙守鎮江，遣人招撫江南、江北。二十九日，義師陳文達等統船二百餘號歸成功，功授以指揮嚮導使，句容、儀真、六合、浦口、寧國、池州、滁州悉遣人納款。
七月初二日，功用太牢祀天地，並告太祖、列聖曰：『成功痛恨中原陸沉，不敢偷安，請命恢復，重興故土。伏祈在天之靈，默加祐相』。初三日，祭江。初四日，揚帆直犯江南。初七日，至觀音門，以黃安為水師總督，督洪善等船泊三叉河口，禦蕪湖、釆石諸隘。
十一日，功由鳳儀門登岸，領甘煇、馬信等數十騎、侍衛親隨數百人，繞觀鍾山，採踏地勢。潘庚鍾曰：『如此山川形勢，龍幡虎踞，真帝王之邦，太祖所以一得而興。今天資藩主瓜鎮，神速進兵，倘一鼓而下，迎駕西來，中興指日』。功點首曰：『然。我於昔日苟徇諸將臆見，日事爭戰於邊海，何日得望中興乎？爾等諸將，各協力齊心，千載一時！得此，居中調度，便可號召天下英傑，正所謂不入虎穴，焉得虎子』。
十二日，成功率諸文武祭太祖，哭奠列宗畢，令甘煇、余新劄獅子山；萬禮、楊祖劄第二大橋山上；以翁天祐為救應，禦鳳儀門要路；馬信、郭義、黃昭、蕭拱宸屯劄漢西門，連林明、林勝、黃昌、魏雄、楊世德諸營壘。又令陳鵬、藍衍、陳魁、蔡祿、楊好屯劄東南角，依水為營；劉巧、黃應、楊正、戴捷、劉國軒屯劄西北角，傍山為壘，連周瑞、林察、張名振等營。又令張英、陳堯策、林習山屯劄嶽廟山，連諸宿鎮護衛成功大營。各設鹿角瞭望，深溝木柵防禦。江南一時震動。
總督管效忠初聞瓜州失守，繼報鎮江又陷，正在調集各處兵馬，忽聞海寇臨境。登城觀望，見旌旗閃爍，金鼓鬧轟，未敢出敵，閉門避鋒。陡報操江軍門朱衣佐單騎至城下，隨開門延入，細詢始末。衣佐曰：『海賊雖是猖獗，其眾不過數萬、其船不過數百。瓜鎮之失皆由一時無備，故遭所破。今可速遣人卑辭寬限，以驕其志。然後設守禦之策，徵援兵破之』。管效忠然其言，即遣能言者前往成功營中，限期納款。成功督諸鎮據險開壕，參軍潘庚鍾曰：『細觀城內，必然空虛，可令四面攻擊，齊倚雲梯，此城必然可得』。成功深以為然。正發令各提鎮預備雲梯、木牌、布袋，以便攻城，忽報王秀奇送城內納款人到營請見。功令之入，其人叩稟曰：『大師到此，即當開門延入。奈我朝有例，守城者過三十日，城失則罪不及妻孥。今各官眷口悉在北京，乞藩主寬三十日之限，即當開門迎降』。功允其請，而厚賞之；復諭之曰：『本藩攻此孤城，不過一腳尖耳。既然來降，姑準其寬限者，蓋欲取信於天下也。若至期不降。攻入之時，寸草不留』！差者叩首而去。潘庚鍾曰：『此乃緩兵之計，不可憑信。可速攻之』！成功曰：『自舟山興師至此，戰必勝、攻必取，彼焉敢緩吾之兵耶？彼朝實有定例，爾勿多疑』。庚鍾曰：『孫子有云：「辭卑者，詐也；無約而請和者，謀也」。欲降則降，豈戀內顧？決是城中空虛。速為進兵攻之，乃為上策』。功曰：『古者攻城為下，攻心為上。今既來降，又準其約，若驟然攻之，彼心不服。俟其不如前約，然後急攻，莫謂城內人心悅服，且使天下皆知我行仁義之師。況太祖皇陵在此，亦不宜震動也』。功實以江上兩次之捷，遂不聽庚鍾之言。發令諸提鎮，嚴防謹守。日則瞭望，夜則伏路，金鼓之聲，日夜不息，守困以待其降。管效忠得差回報允限之言，喜曰：『此乃朝延之福』。隨密檄附近救援。
十八日，有漕標副將梁化鳳率援剿騎兵五百經過，探知海寇犯境，遂入城請見。憤曰：『諒此狐鼠之輩，妄自猖橫；且彼孤軍深入，焉能久住？俟其銳氣稍懈，一鼓破之』。效忠撫其背曰：『此賊之破，專賴將軍』。化鳳躍然曰：『食君之祿，當死王事，豈敢臨難苟免』？忠留其協守（鳳，陝西西安府長安縣人）。惟化鳳日夜上城觀望，見其營壘，步步相關，首尾相應，無計可施。偶巡到東北角，見一營人馬屯劄在白土山下，稍疲可破；奈不得即至。忽思此處原有城門，名曰「神策門」（今此門改為得勝門），因出入者少，故壘塞之。不如將此門乘夜挖開沖出，方為勝計。二十一夜三更時分，化鳳率兵挖開城門。天色微明，率騎兵五百突出。果然此營以非衝要之地，無甚關防，其伏路、瞭望俱各疏略。忽輕騎直至，疑為天降，披掛不及，遂大潰。化鳳率眾追殺，至余新營前。新督兵出戰，各營列陣以看。因前在鎮江，周全斌奪城，各鎮爭功，互相攻訐，功怒，有『不得吾令，擅自進兵者，罪之』之語，不敢向前對敵。俄而新敗，投蕭拱宸。鳳乘勢沖入，蕭拱宸接戰，當不得箭如雨下，亦敗而遁。時萬禮在橋頭山，欲來救援，而化鳳已收兵矣。總督管效忠接『梁化鳳乘夜挖開城門通賊』報，效忠曰：『梁將軍素心忠貞，決無是事，其中別有隘情』。乃差人偵看。隨即親率將士登城，飛報東北角廝殺，隨開門接應，出劄城外。
二十二日，甘煇、林勝、潘庚鍾等勸成功暫抽兵將出觀音門，相機以圖再舉。功曰：『小挫銳氣，便欲思退；明日正欲觀諸君建功耳』。令萬禮諸軍勿動，調馬信、吳豪、韓英由水路抄其後，姚國泰、楊祖、藍衍、楊正抽屯山上，甘煇、張英伏在谷內，林勝、陳魁列於山下，陳鵬、蔡祿往觀音門接應救援。
二十三日，化鳳率驍騎直逼左先鋒鎮楊祖，祖奮勇力戰。諸將見成功，張蓋在山觀敵，未有號令，不敢擅出。俄而祖敗，藍衍戰死，功方令蔡祿、陳鵬往援。奈山高行遲，而化鳳又從山上馳下，鵬與祿軍亦大潰。效忠另遣別將，繞山之背，合化鳳之師。時甘煇、張英伏谷內，未得號令，遂為所困，乃分頭禦敵。英傷箭而死，獨甘煇力戰不退，手刃數十人，左右咸亡，亂箭齊集，乃大叫曰：『我甘國公也，勿射，可擒去請功』！遂被擒。化鳳揮騎乘虛沖殺，諸鎮營壘咸皆搖動，萬禮力禦，被亂箭射死。未及戰者，見山上黃蓋尚在，不敢救援，亦不敢奔走。林勝見蔡祿敗下，遙觀黃蓋尚在山上，又不發號令，急喚中協金岸、領兵康龍曰：『敵人雖勝兩陣，實無多騎，藩主之不發號令而齊擊者，謬也！爾二人可統兵出敵，我自督後軍接應』。岸與龍二人飛奔出營，與化鳳大戰，未分勝負。忽東門騎兵突出合攻，林勝（粵之澄海人，最雄偉多武藝）轉頭禦之。而魏雄戰死，眾潰，勝不能止，全軍皆沒。成功在山上觀戰，見蔡祿等敗，囑庚鍾曰：『爾立蓋下，代吾指麾，不可去蓋。吾下山，催水軍從後抄殺』。隨帶健將十餘猛，下快哨，欲催水軍。時值潮退，無奈駕至江心，遙望諸軍披靡不堪，隨飛帆出鎮江矣。化鳳合城內諸軍，見山上黃蓋，指曰：『擒賊當擒王』！隨揮軍殺來。奈矢石如雨，不得上。陳魁因林勝受敵，抽兵繞道而退。見騎兵逼成功營壘，即趨援。魁中箭死，諸軍悉赴水死。化鳳又合師環攻，山中四面受敵，潘庚鍾揮劍督護衛死戰，亦皆覆沒。
化鳳收軍奏凱，效忠出迎，問曰：『前夜將軍挖城出兵，何不通知，以慰眾懷』？化鳳頓首曰：『成功積寇，一時猖獗，瓜鎮已破，人心搖動。桀黠狡獪之徒，多有異念。安保城內無有為之偵探者？故不敢請命者，恐洩其機也。今日之勝，正所謂「出其不意，而攻其無備也」。其擅出師之罪，望乞赦宥』！效忠曰：『古者大夫出使，苟有利於國家社稷者，專之可也。況此大捷，自當奏聞。但乘摧枯拉朽之勢，恢復瓜鎮，非公不可，公勿卸甲』！化鳳即領兵而行，並請順途欲歸崇明，以防餘熾；效忠然之。即奏：『江南之捷，破成功者，乃崇明總兵梁化鳳也』。世祖大悅，欲召化鳳陛見。因海疆未靖，命下令畫工圖形進覽，即擢為江南提督。
二十四日，功至鎮江。令全斌駕快哨載敗兵，撈救殘卒。再令柯平，亦著快哨沿江救載。忽報黃安全隊至，所有殘敗將士，悉賴載歸。繼而馬信、陳堯策、王秀奇、林習山、張德、周鶴芝、張名振、周瑞、姚國泰、劉巧、林明、黃昭、郭義、蔡祿、楊祖、陳鵬、吳豪、楊正、馮澄世、蕭拱宸、黃應、程應璠、張行、李纘元、蔡鳴雷、蔡政等，陸續俱回。死事者：甘煇、潘庚鍾、萬禮、張英、林勝、藍衍、陳魁、李泌、楊標、魏其志、林世忠、張廷巨，洪復、吳賜等十四大將；其餘標下將，不可勝計。功大慟，謂三軍曰：『是我欺敵，非爾等之罪也』！
二十六日，報『騎兵雲至，沙船亦出』。功令劉猷與周全斌殿後。二十八日，功先行，出泊排沙嶼。諸將棄瓜鎮，或居三磐山、或往舟山。
八月初一日，成功師回狼山上沙。初四日，泊吳松港。初八日，至崇明港，議攻崇明城，遂架大砲攻擊。城崩數十丈，鎮將梁化鳳於隨崩處隨築備禦；並造木馬釘，叉排置崩處。十一夜，齊倚雲梯，擊死正兵鎮韓英、監督王起俸等數十人，方退。
十三日，議欲再攻崇明。周全斌曰：『城小而堅，難以驟破。雖得亦無用，徒損士卒耳』。適蔡政同馬進寶差劉秉忠回師。成功見謀不遂，乃回師。
十八日，至浙江，擢楊富為正兵鎮。分派各提鎮就溫、臺、舟山各港地方屯劄徵餉。
九月初三日，成功開駕。初七日，到廈門。以江南出師，損兵折將，無尺寸功，修表遣李明世從龍門間道達行在，自貶王爵，仍用「招討大將軍印」。
甘煇力戰，見陳謙等盡亡，自稱「甘國公」被擒，見總督管效忠。忠令煇跪，煇不屈。效忠責之曰：『為將自當戰死。不能戰死而被擒，即當投順；何敢抗禮？豈以吾劍不利乎』？煇曰：『吾豈不知大丈夫當死沙場？但大廈已傾，非一木可支。若默默與士卒同偃臥於荒坵，是所不願耳！吾今聲言而來者，正欲知我之死處也』。效忠見其抗壯勇烈，欲其降，乃令降將餘新勸之。煇見新至，裂眥大罵曰：『余新匹夫，枉生天地之間。兵敗投降，有何面目見我？爾今雖降，亦不能久活！我甘國公，頭可斷而志不可易也』！伸腳便踢，罵不絕口，遂見殺。徐而余新亦被害。
十月，報『援剿鎮劉猷在溫州徵餉，水退，船擱淺，被溫州總鎮督騎兵突至，力戰全軍覆沒』。功大嘆惜，令卹其家。
十二月，報『逮提督馬進寶入京勘問，又將軍達素督三省水師會剿兩島』。
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