己亥（順治十六年）
正月，成功駐沙關。
二月，成功到磐石衛。
三月，成功催各提鎮限本月二十五日到磐石（衛）聽令。
四月二十八日，成功率將士齊到定關。二十九日，入寧波港。
五月初一日，成功抽兵下船。初四日，至舟山烈港。十七日，成功至羊山，諸將請先取崇明，以為老營，成功不許。十八日，成功至崇明。十九日，成功差監紀劉澄密書通江南提督馬進寶。
六月十四日，成功合張煌言諸軍至焦山。十六日辰時，成功集諸將議曰：『瓜鎮為金陵門戶，宜先破之』。成功進兵攻瓜州。我操江都御史朱衣佐率遊擊左雲龍領滿漢兵數千扎營城外迎敵。成功迺令右提督馬信、前鋒鎮余新進奪譚家洲。督左右武衛居中、中提督居左、左提督居右、後提督抄瓜州之後，兩陣相對，隔一小港，銃矢交擊。成功令材官張亮督善泅者盪舟斬斷滾江龍，揮兵大進。滿兵列大銃守岸。左衝鎮周全斌揮兵下水，直渡小港；水深鐵重，兵從水底行，沒頂，多溺死。突上岸，守兵不意海兵至，驚駭，全斌直衝其陣。左雲龍及右協楊富率兵會戰，背而軍，戰未合，雲龍已陣亡十餘人。全斌率兵直抵城下，諸軍直逼而進，滿兵退走入城。正兵鎮韓英乘勝奪梯，奮力先登，左先鋒楊祖繼進，城遂破。已時，遂克瓜州，左雲龍陣沒，朱衣佐被擒，斬首數千。是日，右提督馬信攻奪譚家洲大砲，張兵官羅蘊章等攻滿洲木城三座。木城用大杉木板釘平豎柵，內容兵五百人，火砲四十門，火藥、火礶不計其數；從上流壓下，船遇之立碎。至是殲焉。成功以全斌輕渡港，失兵多，欲斬之；諸將跪請，乃許戴罪立功。朱衣佐至鎮江，乞歸養親，成功賜路費遣之。以援勦後鎮劉猷鎮守瓜州、監紀柯平督理江防，管州事。委張兵官、楊戎政督水師入蕪湖，牽其戰船，直逼金陵，以分其勢。
十九日，成功督師進泊鎮江南岸七里港。二十日，登岸扎營。時我提督管效忠以步兵駐守銀山，海師扎於銀山對面山上，相距只隔一港。滿洲騎兵驚，移大路扎營，留綠旗兵數百守銀山。成功於二十二日二更，移營到銀山下。寅時，傳令登山開隊，以銀山迫府治，先爭地，夜引兵奪之。遲明，大軍分五路，三疊壓壘而軍。海師日逼，鎮江告急。副將高謙守鎮江，江南總督郎廷佐檄吳淞提督馬逢知以兵赴援。滿帥哈哈木發滿兵一千援鎮江，逢知將騎兵三千至丹陽，聞成功兵盛，返斾松江，三檄不至。副將高謙將兵二千，懼不敢戰。援勦林副將將閩兵二百五十人跳蕩敢戰。海師益逼，林副將曰：『我輩赴援至此，閉城不戰，何以拒敵？請以所部為諸軍先』。開西門出戰。高謙以兵繼之。閩將揮兵，奮勇陷陣，入海師營，擊殺數百人。成功親督右武衛周全斌、左虎衛陳魁等四面圍之。周全斌直衝其鋒，以長繩介陣後曰：『兵退至繩者斬』！於是奮勇爭先，滿兵披靡。諸將繼之。林副將血戰，部曲殺傷過半，僅餘七十餘人，決圍出。高謙不戰而走。時西門道狹，止容一人一騎，且溝港甚多，自相蹂踐，死者不計其數。後軍阻於道狹不能進，故敗退入城。明日，合滿漢兵復戰，漢兵居前，鳥槍弓矢待敵。海師火器先發，銃鳴，我師皆伏地，聲畢皆起。海師發火筒，煙眯目不得開，煙過，海師已短兵接。鳥槍弓矢不得施，刀擊籐盔簰皆不入，大敗走，海人逐之，盡奔入城。提督管效忠將披甲八百援京口，欲與成功戰，將士皆退縮不戰。效忠曰：『戰而勝，一軍盡為忠義；若不勝，我乞援走江寧，不復入此城矣』。將士復不應。效忠單騎入海師陣，血染甲裳而還。我師見，氣壯，亦開營出戰。有旗將奮勇入陣，軍士見紅旗，氣百倍；須臾，旗仆，海師乘之，我師大敗，一軍盡覆，僅餘數十騎，走江寧。海師進逼城，總鎮高謙大集紳士問戰守，相顧皆默然。一武生起曰：『海師勢大，將軍當為一郡生靈計』。謙曰：『提督管公期堅守二日，提師必至，踰二日不至，當如諸生言』。武生群譁曰：『瓜州且立破，焉能二日待』？高謙推案仆，紳士失色，謙脫帽擲地，痛哭曰：『我子已登武科，駐雲閒，事急不復能相顧，請從諸君以紓禍乎」！高謙率知府戴可進遂通款。成功大喜，送文武各官紅袍冠帶各一襲，犒師白金三千兩，羅列於案，藉以紅罽，鼓吹舁入城，士民夾道觀。各官遂冠帶。父老耆宿，高巾、寬衣、大袖滿江市，日夜張樂歌舞。衣工緞肆頓增價，浙中昂邦陰遣人持數百金買緞匹於京口，潛通款成功。周全斌身帶重傷，成功令鎮守鎮江，以工官馮澄世為常鎮道、兵部事李胤為知府，以監紀林若霖為司理。時諸州縣多來降。太平府守將劉世賢獻地降。蕪湖一路俱送款。廬鳳以上，望風歸附。
成功議取金陵。中提督甘輝進曰：『斷瓜州則山東之師不下，據北固則兩浙之勢不通，但坐鎮此南都，可不勞而定也。或請從陸路進兵，以為乘破竹之勢，一鼓可下；或攻取外面州郡，以絕援兵，則城孤亦難守。若水路，恐風信稽遲，則援兵四集，江上又難衝鋒矣』。諸將多以天時炎熱久雨，溝河難通，成功因此不聽，遂由水路進發。
七月初四日，成功督諸軍下船。初七日，成功至觀音門。初八日，令右衝鎮黃安總督水師守三■〈氵义〉河口。十二日，成功令前鋒鎮余新、中衝鎮蕭拱辰扎獅子山，堵禦鳳儀門；左提督翁天祐為應援，中提督甘輝、後提督萬禮、左先鋒楊祖俱離前鋒鎮之第二大橋頭山上屯扎；右提督馬信、宣毅後鎮吳豪扎旱西門。成功督左武衛林勝、左虎衛陳魁、右虎衛陳鵬、五軍張英屯扎嶽廟山。甘輝以守禦既固，恐難猝拔為諫，成功不聽。時寧國府、池州府、和州、滁州等州縣俱降；杭州及江西九江等處俱有密謀通款者。成功遣監督高綿祖、禮都事蔡政往蘇松通好提督馬進寶，約其同時會師。馬信齎書於崇明總鎮梁化鳳，化鳳許納，約下金陵後即納版圖。
江南提督管效忠調集各府兵將齊備，謀欲衝營。成功舟師營江上，將士登陸，逼城為營，因山樹柵，環金川、神策、鳳儀三門，城中震恐，文武將吏，皆懷二、三。唯滿帥哈哈木、總督郎廷佐、提督管效忠堅持戰守，飛章告急。成功逼城，大造望樓衝車。羅將軍自廣班師至，明愛達里自浙至，援師漸集江上，見成功兵盛不敢戰。廷佐檄調崇明總鎮梁化鳳入援。化鳳將步騎各三千至江寧，哈哈木令屯江上。見梁兵戰馬雄壯，令兵奪之。梁兵洶洶思叛。管效忠言於哈哈木曰：『江廣援師既敗，外援已斷，惟化鳳一軍，遠赴危城，謂必有以慰勞之，奈何奪其戰騎乎？軍心苟變，為禍彌速矣！速犒之，歸其馬』。哈哈木即命效忠勞化鳳軍，歸其馬，開城納江上兵。成功屯嶽廟山上，軍容甚盛。廷佐集滿漢諸將議出戰，滿兵懼，諉候旨進兵。化鳳曰：『必待命而戰，賊已逼城，人心一變，大事去矣』！廷佐迺嚴整部伍，刻期待戰。
十七日，甘輝請成功速攻城，恐援兵日至，師老無功。成功定於二十二日安砲進攻。
二十一日，成功營將關尚賢犯令當斬。夜亡抵金川門，縋而入，盡以營中虛實告城中曰：『營中令雙日盡解甲，明日又成功生日，諸將上壽，必置酒，若欲破敵，不出此日。營中地雷、伏弩、大砲、長槍，隨鹿角以密布，無隙可入，必從中而起，出不意，始可破之』。郎廷佐集諸將謀曰：『成功營抱三門，中央神策門，自明初塞之，近三百年，鑿之出兵，直搗中堅，彼自潰矣』。昧爽，穴神策門，去其土石。梁化鳳以所部五千人為前鋒，關尚賢導之，升屋踰垣，直入先鋒余新營。新兵不及甲而戰，舉火焚營，火器迸發，傷一二百人。化鳳兵大呼奮擊，營中大亂，生擒余新，蕭拱辰泅水而逃，全軍覆沒。後提督萬禮扎於橋外，救應不及。滿兵見漢兵勝，其氣亦倍，遂蜂擁出城外扎營。
二十二日晚，甘輝、林勝以金陵守禦既固，恐難猝拔，勸成功收兵回至觀音山。成功欲再決一戰。令楊祖、姚國泰、楊正、藍衍等扎營於山上，甘輝、張英等伏於山中，林勝、陳魁等列於山下；成功督陳鵬、萬祿等扎觀音門為聲援，萬禮、萬義等堵禦大橋頭大路，馬信、吳豪、韓英由水路躡其後，黃安專督水師防江。
二十三日，滿漢兵大隊抄出山後，直衝左先鋒楊祖之營。楊祖兵盡籐簰，就地滾殺。化鳳用棗木大棍，概以棒之，執簰者亂倒於地，棄甲曳兵而走。時成功傳令，無令不許輕戰，而山上、山下又隔遠不相聯屬。我兵矢發如雨，楊祖眾寡不能當而走，藍衍戰沒。成功遣陳鵬、萬祿往援，山高不得上。滿兵從山後出其背，前後夾攻。甘輝、張英等在山上被圍，力戰不得出，張英陣亡，甘輝且戰且走，至江擒焉。林勝、陳魁在山下戰敗，全軍俱沒。萬禮等在大橋頭，滿漢兵首尾合圍，萬禮東西馳突不得出，亦被擒焉。萬義泅水而逃。成功見大勢已去，扶創收兵下船，順流返京口。滿漢水師艤集，共追成功。成功揮黃安火砲禦之，擊沈數艘，渡載諸眷姬及諸殘兵出港。
成功查失將領中提督甘輝、後提督萬禮、五軍張英、親軍林勝、陳魁、鎮將藍衍、魏標、朴世用、副將洪復並戶官潘庚鍾、儀衛吳賜等數十人。後甘輝等解至金陵，總督固山會審，萬禮、余新皆跪，甘輝以足蹴之曰：『痴漢尚欲求生乎』！大罵不屈，俱被殺。
海師之入長江也，大江南北，無不爭先獻冊上印，南及徽寧，西及九江，俱遙通款。禁中聞風思動，兩浙人心搖搖，將吏坐觀向背，滿兵望風退縮，不敢爭鋒。江南巡撫棄句容走，丹陽築堰自守。報至北京，舉朝震駭。諸王固山議出師，逡巡莫敢任。當局決計親征，召前海澄降將蘇明問之，對曰：『海兵不能持久，不數日常有捷音』。後三日而江寧捷報至，乃罷。
二十四日，成功至京口，察戰士痍傷者療治之，分派各鎮補缺管轄，令五軍都督忠明伯周全斌將甲士五千入鎮江，列營待戰，追者不敢逼。
二十八日，諸將領俱下船，駕入長江。成功徐發鎮江所寄家口載舟中。高謙及諸武生主款者盡攜家口從之。將發，大掠城中乃行，載糧數十萬石，出焦山口。
張煌言將舟師屯巢湖，身率親信數百人登陸招撫各邑。聞成功敗，舟師全軍東下，乘風順流過三山，無敢攖其鋒者，遂出鎮江口。煌言閒道走山中，宵行，倍道自廣德趨獨松關，渡餘杭至臺州下海。
八月初一日，成功率師回至狼山上沙。初四日，成功泊吳淞港，遣蔡政往見馬進寶，入京議撫。初八日，成功至崇明，以作老營。先是，梁化鳳以海人連敗，出海必攻崇明以抒憤，連夜提師返崇明。十一日，海師攻圍甚急，城崩數丈，適梁化鳳兵至，內外夾攻，海師大敗。正兵鎮韓英、監督王起鳳雲梯登城，俱被砲傷死。成功欲令諸將再攻，周全斌曰：『城小而堅，難以驟拔，得之亦無用』。適馬進寶差中軍同蔡政來勸退師，以待奏請，看撫局成否；成功從之，乃遣蔡政往京。十八日，成功回師至浙江，以楊富管正兵鎮，分派各提鎮就溫、臺、舟山各港口屯扎操練，仍撥數鎮屯扎蓁嶼、三都、興化、南日沿海地方。
九月初三日，成功令開船。初七日，至思明州。
十月，援勦後鎮劉猷屯溫州，深入內地取餉，被誘戰沒。
十二月，蔡政自京回，云撫事不成，繫同安侯鄭芝龍於獄，並逮馬進寶到京問罪，遣滿洲將軍達素帶披甲萬餘前來勦海，並令三省水師會勦。
庚子（順治十七年）
正月二十一日，報滿洲統兵將軍達素頭站兵至福州。
二月，成功調回北汛諸提鎮，候撥防守。
三月，將軍達素到泉州，催促船隻配兵。成功調回南下各兵，分派屯扎。
四月初三日，成功改右提督馬信為提督親軍驍騎鎮，傳令各提鎮將士眷口搬往金門所，委英兵鎮陳瑞保護，同戶官鄭泰一同管轄。初四日，遣中衛鎮蕭拱辰等泊崇武，堵禦泉港；委輔明候林察為水師總督，共商機宜。派援勦右鎮林順、禮武鎮林福防守海門，派右武衛周全斌、驍騎鎮馬信防泊裂嶼尾。派遊兵鎮胡靖、殿兵鎮陳璋為陸師，守高崎等處；援勦後鎮張志為水師，拋泊高崎應援；撥林福防守倒流寨。
二十六日，泉州官船二百餘號駕到洋芝澳；陸師山上扎營放砲，水師依山邊而行，遂進至圍頭。成功令林察、蕭拱辰等泊劉五店，遏止圍頭官船不得入同安港會合；命行戶官鄭泰，將前派守圍頭兵丁船隻一盡防守金門，拋泊城保角，以防廣海許龍等船。成功撥右虎衛陳鵬守五通、高崎東一帶，撥援勦前鎮戴捷守高崎寨，殿兵鎮陳璋、前衝鎮劉俊、智武鎮顏望忠防守■〈虫解〉保寨並赤山坪，遊兵鎮胡靖防守東渡寨。仍委戎政王秀奇總督高崎等處，協理戎政楊朝棟總督東渡等處，臨期商酌調遣。成功令神武營康邦彥扎崎尾，兼管神前一帶；撥宣毅後鎮吳豪、後衝鎮黃昭、援勦後鎮張志並陳廣、吳裕水師應援高崎、五通等處，堵截邀擊。
五月初一日，成功駐演武亭。撥忠靖伯陳輝、閩安侯周瑞、援勦右鎮下楊元標銃船、前提督下方左榮等船泊海澄港，以截漳州大隊水師。成功親督前提督黃廷、右武衛周全斌、援勦左鎮黃昌、右鎮林順、正兵鎮楊富等屯海門準備迎敵。
初八日，漳州港中先選大船一百號配漢兵，總督李率泰同海澄公黃梧督之，出海澄港、同安港收拾小船；將軍達素同同安總鎮施琅以小船配滿兵，橫渡高崎；俱下船，約初十日進兵。
初十日早，成功令五軍陳堯策傳令陳輝等碇海中流，不許起柁，欲得漳州船出而乘其後。倏忽閒，官船乘風蔽江而下，以數船攻一船，用鐵鍊牽住，砲矢齊發，梯而登。陳堯策、周瑞一船及方左榮一船皆被燒死。陳輝一船，官兵蜂擁而上；輝走入官艙，發火藥從下衝上，船撼飛裂，官兵在船上俱死。其船未沉，為海兵奪回，陳輝得活。時成功坐熕船，繼令何義督之，而下八槳船往來督戰。時官船乘風直進，海船漸漸退縮，直壓至廈門港口。將午，南風乍發，海潮漸長，黃廷、周全斌等奮力迎擊，同正副龍熕兩船破■〈舟宗〉而入。龍熕受大彈子一丸，重十餘斤，小彈子一斗；副龍熕照樣新鑄者，各以一船專載之。龍熕所及，船中人頃刻間不見形影；遂奪滿先鋒昂邦章京紅眼二船，生擒侍衛一二等蝦十餘員並烏沙一船。黃廷擒梅勒耿勝一船。戶官鄭泰自金門率鳥船五十號乘勢衝入，宣毅鎮黃元從鼓浪嶼後衝出夾攻，砲聲如雷，隱隱不絕，煙火迷江，咫尺不辨，共擒官船十三號，又追滿先鋒三船至圭嶼，滿先鋒棄船登岸，馬信招之降，夜溺殺之，惟留紅帶梅勒士心秀併隨身披甲三人。
是日辰時，達將軍總督滿漢兵船至牟尼嶼，從赤山坪登岸。殿兵鎮陳璋揮兵於水中逆戰，兵少，漸不支。守高崎右虎衛陳鵬密通我同安總鎮施琅，謀為內應。其副將陳蟒，璋之姪也，見勢急，欲出兵救援；陳鵬止之，不許，成功總督王秀奇速令陳蟒赴之。滿兵見金龍甲兵至，以為迎己也，及下水砍殺，始慌亂，而前協萬宏、領兵林雄、領旗協劉雄繼至合擊，前衝鎮劉俊亦從東衝出，協力拒敵。俄而水師吳豪趕至。滿船向前迎敵，諸水師分路衝下，擊沉數隻，滿兵先登岸者被殺及溺水不計其數，生擒巨馬喇及披甲三百餘人，皆斷手掌放回。達素率全師回省。數日，屍浮海岸萬餘，長髮者十二三，短髮者十七八。成功磔陳鵬，殺其家屬，以陳蟒為虎衛右鎮，何義為虎衛左鎮。
六月，成功駐金門後埔，令思明州將士兵丁眷口移住金門，百姓搬移過海，聽其自便。撥諸提鎮分扎汛地取糧。
七月，成功命兵官張光啟往倭國借兵，以船載黃蘗寺僧隱元及其徒五十眾；時倭人敦請隱元，故載與俱往。成功書與倭國王而不及上將軍主國政者，故倭人兵不發。
九月，諸兵民家眷俱回思明州。
十月，中朝調達素回京問罪，達素在福州聞之，吞金而死。滿兵回京，水師船隻俱調入港閣岸。
監國魯王殂於金門所。
辛丑（順治十八年正月，世祖晏駕，聖祖即位，改明年元為康熙）
正月，成功議取臺灣。臺灣者，在東南海中，東倚山，西薄海，北界雞籠城，與福州相峙，南則河沙磯、小琉球近焉。周袤三千里，與土番雜處。萬山環抱，中有膏腴平地數百里。故無君長，饒布粟桑麻，百物互相貿易。山多金銀，無所用，人民饒樂，不知甲兵戰鬪。山口百里皆危礁，兩山夾水如永巷，潮長舟輕，始可入。天啟年間，鄭芝龍與群盜出沒其地，後為歐羅巴紅夷所占，於港口築城，與中國、日本、廣南貿易。海邊貧民流寓者，種蔗煮糖為業，殆數千戶。時紅夷亦恐鄭氏動兵，及庚子春，先遣通事何斌及其酋長同來議貢。何斌密進地圖，盛言『臺灣富饒，為四省要害』，且言可取狀。成功陳兵自鎮南關至院東，依山佈陣，凡十餘里，甲兵數萬。周全斌統轄戎旗兵七千，皆衣金龍甲，軍威甚盛。夷人震懾。成功欲進兵，諸將雖不敢違，俱有難色。宣毅後鎮吳豪曾到其地，力言『港淺，大船難進，且水土不服，多瘴癘』；成功不從。惟協理戎政楊朝棟倡言可取，成功納之。
二月，成功駐兵金門，整理船隻。以兵官洪旭、前提督黃廷居守思明州，戶官鄭泰居守金門所。
三月初一日，祭江。成功督文武官親軍武衛周全斌、何義、陳蟒、提督馬信、鎮將楊祖、蕭拱宸、黃昭、陳澤、吳豪、林福、張志等作首程先行，令守澎湖。遊擊洪暄引港，各船俱駕到料羅灣，聽令開駕。
二十二日午時，成功自料羅放洋。
二十四日，各船齊到澎湖，分各嶼駐紮。成功扎營內嶼。
二十七日，開船到甘吉嶼，阻風而回。
三十日晚，風雨未息，成功以行糧已盡，傳令一更後開駕；三更後，晴霽風順。
四月初一日天明，成功至臺灣外沙線，各船絡繹俱至鹿耳門線外。此港甚淺，沙壇重疊，海道紆折，僅容數武，大船從無出入，故夷人不甚防備。是日，水漲丈餘，成功令小船由鹿耳門登岸。午後大小戰船齊進，泊水寮港，登岸扎營。令陳澤督虎衛將坐銃船扎鹿耳門，牽制紅夷甲板船，並防北線尾。守赤嵌城夷長貓雞實叮發砲死擊營壘並焚馬廄粟倉。成功恐焚及赤嵌衛，令楊朝棟督張志統兵防禦。
初三日，陳澤扎營北線尾。守臺灣城夷長揆一見海師未齊，遣頭目拔鬼仔率鳥銃兵數百直前邀擊。陳澤迎戰，一鼓殲之。拔鬼仔戰死，餘夷退走。
初四日，赤嵌城夷長貓雞實叮以孤城救之，成功遣楊朝棟招諭之，遂率夷人三百餘人出降。成功令赤嵌夷招夷長揆一等來降，不從。時夷人尚有甲板船在港，令陳澤、陳廣等攻之，沉其一隻，焚其一隻，走回一隻。成功督師移扎七鯤身以逼之，築土臺架砲攻臺灣城。揆一等於附城、銃城齊放大銃，頃刻土臺崩壞，海兵退回。夷人出城奪砲，馬信、劉國軒率弓箭手射之，乃退。成功遂令赤嵌降夷架銃擊其銃城，崩之。派馬信等扎臺灣衛固守不攻，俟其自降，成功又使人告之曰：『此地乃先人故物，今我所欲得者地耳，餘悉以歸爾』；紅夷乃降。
成功派各鎮分扎汛地屯墾。
五月初二日，二程黃安、劉俊、顏望忠、陳瑞、胡靖、陳璋等到臺灣。
成功集文武各官，審宣毅後鎮吳豪搶奪民財，兼匿米粟，斬之；右虎衛陳蟒同罪，革職綑責，以黃安管右虎衛。
成功既得臺灣，制律法，興學校，改臺灣為偽安平鎮，赤嵌城為偽承天府，委楊朝棟為府尹；一為天興縣，委莊文烈知縣事；一為萬年縣，委祝敬知縣事。
六月十六日，銅山守將蔡祿、郭義搶掠居民，脅忠匡伯張進投誠。進詐許，置酒請會，欲發火藥與之俱焚。蔡、郭知之，不赴。張進遂縱火自焚。初，後提督萬禮密約海澄公黃梧，欲據思明州投誠，後隨攻南京被獲而死，已祀忠臣祠矣，事洩，成功撤其木主；蔡、郭是其黨也，故懼而叛。大兵入銅山城，兵官洪旭會忠勇侯陳豹統水師追之，蔡、郭同大兵退走。報至，成功拔總監營翁天祐鎮守，而厚恤張進之家。
七月，紅夷會甲板船至。成功調右武衛前協裴德協守臺灣。
張志、黃昭等激變大肚社土番，楊祖與戰，中標槍死。土番圍張志營，黃安、陳瑞等擊走之。
八月，紅夷率甲板船來攻。成功令陳澤同戎旗左右協水師擊敗之，獲甲板二隻、小艇三隻。自是甲板退入臺灣港，不敢復出。
朝命戶部尚書蘇納海至閩，遷海邊居民之內地；離海三十里村社田宅，悉皆焚棄。先是，達素兵至，成功令思明州撤空，其北人來降者，家眷乘隙皆渡海逃去。成功右提督班秀奇亦逃回江南，埋名不出，而原任漳州知府房星曄者，為索國舅門客，遂逃入京，使其弟候補通判房星曜上言，以為海兵皆從海邊取餉，使空其地而徙其人，寸板不許下海，則彼無食而兵自散矣；遂從其策。陞房星曄為道員，病死無嗣。至是，上自遼東，下至廣東，皆遷徙，築短牆，立界碑，揆兵戍守，出界者死。百姓失業流離，死亡者以億萬計。
蘇納海歸，薦同安總鎮施琅為水師提督，移鎮海澄。
十月，同安侯鄭芝龍為其家人尹大器出首通海，時今上新即位，四輔蘇克薩哈與鄭芝龍有隙，以初三日磔芝龍於菜市，殺其子孫家屬凡十一人，囚鄭芝豹於京師，錮守之。報至臺灣，成功叱為妄傳，然中夜悲號，居常鬱悒。
十二月，守臺灣城夷長揆一等乞以城歸成功，而搬其輜重貨物下船，率餘夷五百餘眾駕甲板遠去。成功遂有臺灣，改名東寧。成功以各社田土分與水陸諸提鎮，而各令搬其家眷至東寧居住。兵丁俱令屯墾。初至，水土不服，瘴癘大作，病者十之七八，死者甚眾。加以用法嚴峻，果於誅殺；府尹楊朝棟以其用小斗散糧，殺其一家；又殺萬年縣令祝敬，家屬發配；於是人心惶懼，諸將解體。
壬寅（康熙元年、海上稱永曆十六年）
正月，成功嚴諭搬眷。鄭泰、洪旭、黃廷等皆不欲行，於是不發一船至臺灣；而差船來調監紀洪初闢等十人，分管番社，皆留住不遣。島上音信隔絕。
三月，成功令周全斌調銅山、思明州兵攻南澳，欲擒陳豹。豹短小精悍，號「三尺陳」，守南澳近二十年，許龍、蘇利皆畏之；但驕傲專恣，數違藩令。兵至，倉猝率眾搬眷下船，不敢十分迎敵，揚帆入廣東投誠，朝命封為慕義伯。未幾，病疫而死。
四月，成功有寵妾董夫人在思明州，長子經亂之，生子。子生，報臺灣，成功大喜，高宴累日，問所自出，皆雲不知。既而微知之，大怒，命工官楊都事齎令箭到思明州，欲殺董夫人及長子經，並左右五人。首洪旭，經妻父也。黃廷與洪旭密謀；『國姓以盛怒命殺其子，國姓無他子，倘後而中變，喜怒不可知，不若姑緩之，須後命』。遂殺楊都事，不奉令。又訛傳周全斌奉密諭欲殺諸將十餘人，於是人人自危。洪旭等候周全斌船回廈門港，即執而拘之。黃廷勸鄭泰殺全斌，全斌求救於董夫人，洪旭亦依違，乃得免。
五月初八日，成功病卒於臺灣，遺命『子經不肖，不堪負荷，文武各官俾輔幼弟為臺灣主」。提督馬信、鎮將黃昭等宣遺命，以其弟鄭世襲護理大將軍印。未幾，馬信、黃安皆物故，世襲以黃昭、蕭拱宸為腹心，拔劉國軒管鎮事，謀自立。報至思明州，鄭泰、洪旭、黃廷、工官馮澄世、參軍蔡鳴雷等皆不從，立鄭經為嗣，稱世子，發喪即位。
時靖南王耿繼茂移鎮福建，與總督李率泰遣中軍王明、賞功李有功至思明州議撫，鄭泰等議照朝鮮例冠帶不薙髮復耿、李，使疏請，而泰遣中軍官楊來嘉同入京待命；後不報，釋楊來嘉回。
八月，京中差戶部郎中賁岱、兵部郎中金世德入閩安城招撫。凡海中文武官投誠者，依例照品級升降補用。
十月，洪旭、鄭泰等以兵千餘人配船，送鄭世子入臺灣。鄭經以周全斌為五軍，馮錫範為侍衛（澄世之子），陳永華為諮議參軍。至澎湖，其將李思忠船飄至臺灣，知諸將有謀，逃回；鄭經隨即防禦，因乘風入鹿耳門登岸。全斌令連夜伐木為寨紮營。次早，黃昭、蕭拱宸謀奉世襲拒經，值大霧，晝瞑，咫尺不相見，諸將多迷誤失期。惟黃昭兵先至，攻其前。黃昭攀木而登，為流矢所中，墮下。全斌令斬其首，大呼示眾，軍士皆迎降。大霧忽晴，日已晌午。鍾宇等至，皆反戈而迎。鄭經入安平鎮，請世襲至，待之如初。世襲委罪於其僕蔡雲，雲自縊；鄭經收蕭拱宸、李應清、曹從龍等斬之，餘皆不問。諸將營兵，撥守汛地如故。
十一月，鄭經率周全斌等同其叔世襲回思明州。後世襲入京歸命，授精奇尼哈番；顏夫人、鄭芝豹自戍所發回，准在京同住。
癸卯（康熙二年）
正月，鄭經駐思明州。時洪旭守思明州，鄭泰守金門，黃廷守銅山。鄭經得鄭泰與黃昭往來書，欲襲取之，鄭泰不自安，稱病不出。
張煌言黨偽靖波將軍阮英率文武各官，詣溫州投誠；浙督趙廷臣以聞。
三月，鄭經命周全斌船入海澄港取糧，欲襲金門，見有備，乃止。
四月，參將陳永華謀以鄭經將回東寧而請鄭泰為居守戶官，統轄諸鎮，資其餉給兵，鑄「居守戶官」印，遭協理吳慎齎至金門。泰遣其弟鳴駿入謝，鄭經慰諭之。見陳永華，與鳴駿情好甚密。鳴駿回，永華力勸其行，泰遂於六月初六日帶兵船並餉銀十萬至思明州。是晚，入城赴席，鄭經以其前通書黃昭，面質之，遂交與洪旭監留。周全斌率兵並其船，獨蔡璋一船得脫。天未明，至金門，鳴駿倉猝與泰之子纘緒率諸將及兵丁眷口下船，入泉州港，向總督李率泰投誠；船凡二百餘號，兵八千餘。全斌等追之不及。後京中封鳴駿為導義侯，纘緒為慕恩伯，文武官吏班賞敘用有差。
初十日，鄭泰見其子弟家眷兵眾皆入泉州港，遂自縊而死。
七月，鄭經以黃而輝為思明州知州，黃廷之子也。
蘇利反叛。二十七日，朝命兵部侍郎碩圖、郎中沙海、正黃旗副都統木克必兔、刑部郎中希福往廣東征蘇利。廣東總督盧崇俊奏報：『八月十二日，兵至南塘，蘇利親領萬眾迎敵。平南王尚可喜合兵擊之，賊始潰散。將軍提督督陣，賊屍滿野，官兵馳圍碣石，賊夜開門潛遁，我兵搶門而入，提督兵丁李起鴻陣斬蘇利，驗明屍首，投誠員役認項有疙疸是實，臣捐銀三百兩、馬一匹、袍帽緞疋賞之，以示鼓勵。蘇利家口，先期出城下海遯去』。
黃廷自銅山入見，鄭經慰諭之。
海中自鄭鳴駿入泉州，人心解體，鎮將多叛。右武衛楊富、左武衛何義、精忠伯陳輝等，文官參軍蔡鳴雷、禮官都軍陳彭等，皆先後投誠。
九月，荷蘭國王糾集甲板船十六隻，番兵數千，會靖南王耿繼茂、總督李率泰，約共攻兩島，候事定之日，欲求浯嶼築城貿易，如廣東香山澳例（後準納貢互市）。李率泰遂議平島。
十月，調齊水陸官兵。陸路提督馬得功督鄭鳴駿以船數百號出泉州港，水師提督施琅同海澄公黃梧出海澄港，靖南王耿繼茂同荷蘭國王扎營於同安港之劉五店。至期下船渡海。守高崎正兵鎮陳昇先約降。
尚可喜奏：『十月二十二日，蛋賊李榮、周玉稱奉永曆勒印，號「恢粵將軍」，直犯廣東省城。臣隨同撫、提二臣，調令現在船隻，前往擊賊。周、李二賊，揚帆遁走，砲船追襲八十里，至魚珠纜尾海面，賊援已至，與兵船對敵。地多沙淺，賊乘上風順水，燒哨船三、砲船十及水師舟一。暮夜收兵。二十三、四日，賊船東西搶掠。二十五日。賊攻順德縣南門，捆知縣王允下船。賊懸張偽示，沿海鄉村，為其造船。二十八日，臣據鎮臣張國勛報，會同密遣擺牙喇參領劉國保統馬步兵一千，協鎮將軍標下甲兵五十，提督甲兵五十八，擒燒村寨船隻。臣密諭鎮臣張國勛、班際盛統領戰船，水陸並進。T十日，周、李二賊率船一百二十三迎敵，鎮臣張國勛、參領劉文煥兩鎮，各營遊擊薛成虎等，提標遊擊苗英等，統領頭敵船，直前衝殺。左翼鎮臣班際盛、協鎮將軍王運昌、水師游擊張友才、參將劉光宗、提督守備文自炳等，統二敵戰船抄出夾攻。自午至申，飛跳賊船，擒斬賊眾，拋擲火罐，焚燒賊船，各賊踉蹌落水。馬兵往燒村寨，從大石海旁邀擊，奔岸之賊盡殲焉。劉文煥生擒偽「恢粵將軍」周玉，奪回杻■〈金巢〉知縣王允。本標官兵生擒偽軍師林輔並周玉母粱氏。各標共擒賊二百七十人，獲賊大船二十四，快船二十八，鐵盔甲、綿甲七百四十一，大砲、班鳩、子母、三眼、百子鳥槍四百六十九，虎叉、大刀、槍、籐簰一千九百一十六，火藥五十罈；燒賊船六十四，斬首二千六百三十七，遁去三十餘舟。劉國保統步騎至市橋，陸路賊放砲對敵，砲傷甲兵馬匹。我兵奮力追勦，賊逃至河邊，潮田泥淖，步騎難前，斬首二百三十四級，焚燒已未成大小船隻一百三十一。隨收兵大石海旁，見水師方與對敵，夾攻逃岸之賊，盡行勦殺。粵東環圍皆水，兵船不過七千，陸兵盈萬，勢難飛渡。逆首李榮夜遁，必將糾合復來。逆船尚多，未可輕視。伏乞亟造戰船，以收緩急之用』。
靖南王耿繼茂統陸兵趨潯尾，總督李率泰統陸兵次嵩嶼，提督馬得功統泉州各標水師自圍頭進，提督施琅統漳澄各標水師自海門進。十月初二日，繼茂先發；旗下都統王大用、纛章京夏有功等將步騎自泉州發；別遣駐防漳州左翼總兵徐成功、右副都統江元勳等自漳州發。初五日，兩軍俱次潯尾，對廈門高崎。
鄭經率黃廷、周全斌等立營對海。荷蘭國船高而大，一船有大小砲銃千餘號，橫集中流，為耿王、李總督藩蔽。賊望見我師駕遊奕數十艘，砲擊我營，營中亦發大砲擊賊舟。初六日午時，鄭經、周全斌統大■〈舟宗〉往來轉戰，砲攻我營。我兵發兵相持。初六日晚，賊精銳千餘，乘夜潛渡登陸，直逼游擊史定國營，火器弓矢并發，向營盤垛口槍刀砍刺。定國帶甲兵殺出營門，都統王大用督兵策應，刀箭砍射，砲傷落水賊無數，奪盔甲十一副，火筒噴筒二十餘，賊敗奔舟走，經■〈舟宗〉引去，餘舟仍扎高崎島上立營。
靖南王耿繼茂督發泉州、閩安水師，及藩旗都司陳一明將甲兵六百，又投誠同安伯鄭鳴駿、忠靖伯陳輝標下總兵楊富水師數十艘出海，聽馬得功調度。十二日，俱次潯尾。李率泰屯漳州，遣漳澄水師兼陸路官兵，亦於十二日同海澄公黃梧、中路總兵王之鼎俱馳至嵩嶼海口。海舟俱撤回廈門，止以數十舟游徼海面。靖南王耿繼茂大集兵丁快船及同安水師大小戰船，總督李率泰別遣一軍奪鼓浪嶼，屯扎架砲，整兵渡海，刻期二十一日水陸四路官兵齊攻廈門。飛檄圍頭水師，二十一日子時開洋至廈門白石頭會師。
十八日，夾板船八隻，先泊金門外港。十九日，馬得功親統各路水師大小四百艘，夾板船七隻，徑至金門烏沙頭。偽提督黃廷等揮巨百■〈舟宗〉餘迎敵。我兵首尾相應，協力攻打，海兵大敗。鄭鳴駿、陳輝、陳一明等犁沉賊舟三，奪獲大舟二，斬百三百，生擒四十餘，砲傷溺死無算。楊富砲擊偽總兵謝福船，折其桅，過船殺賊二百人，生擒十八人。閩安水師游擊鄭洪、中軍守備孔應賢獲鳥船一，趕船矰二，水底熕二，殺賊八十餘，餘皆跳水死。
二十日晨，鄭經率周全斌、黃廷等親督巨艦，蜂湧挑戰。馬得功揮夾板船揚帆出禦，大砲疊發，打碎賊舟數艘。是日，砲聲如擂鼓，從辰至酉，相續不絕，不啻如雷聲霹靂。鄭經見夷船多砲，眾寡不敵，乘潮漸漸退出浯嶼，屯廈門港。周全斌等十三號船在後，迫於潮長不得出，遂直遶我船之後，衝大■〈舟宗〉而入。荷蘭國兵砲矢齊發，無一中者。馬得功坐鳴駿中軍船，全斌誤以為鳴駿也，直前攻入。黃廷中軍將吳朝宰，鄭經親軍將蕭乘龍前後夾攻，揮兵過船，得功親隨鐵甲精兵三百人皆被殺下水，得功頓足自投水而死。再攻楊富一船，焚之；楊富投水，遇小艇救之，得免。所遇之船，多被攻沒。我兵小戰船齊起碇揚帆，竭力應援死戰，打傷賊船數艘。全斌不知馬得功之死也，乃引去。
耿繼茂屯潯尾，慮賊尾我之後，突犯潯尾，令游擊范維杰以千人扼高崎海口，副將李之珍以千人扼潯尾海口，兩岸俱設大砲，大營仍扎潯尾嵩嶼。繼茂令王大用、徐成功、夏有功、江元勳等，同擺牙喇參領徐文耀、王蟒、漢參領馬九玉、阿達哈哈番張元德、田養民、拜塔喇布勒哈番王梅、噶卜什、章京朱懷德、吳效忠、副將馬化麒、游擊郭文可、史定國、牛虎等，統擺牙喇蒙右步騎官兵四千，及同安總兵黃翼與楊富副將辛球等，銜枚夜渡。李率泰亦發標下游擊謝四、海澄公標下副將吳淑、游擊戴亮、總兵蔡祿、郭義等，合營夜渡。兩路官兵同登，鄭經不能拒，二十一日寅時，直搗廈門中安山，長驅度嶺向城下。荷蘭出海王統夾板船抵大擔扼海面。率泰令提督施琅統督標參將徐登第、公標總兵魏茂，會合蔡祿、郭義、柯義、林祖等並進。繼茂發同安水師總兵杜永和俱出鼓浪嶼。率泰選輕捷砲船五十為前鋒，發砲擊賊。賊屯教場分布抵敵，忽見步騎大兵蔽嶺下，驚潰，奔舟不及者竄伏山峒。我師環布海岸，策應舟師擊賊。鄭經披靡，退屯浯嶼。我師以砲火擊之，經船退泊浯嶼之外，尚有大船七、八百，小者無算。耿繼茂發藩標、督標、並延、建、邵三府兵焚勦山峒餘寇。復令提督施琅領漳、泉兩路水師，同鄭鳴駿、陳輝、楊富等會合夾板船，二十四日直抵浯嶼，賊棄船宵遁。黃廷議欲再守數日，周全斌以為船多被夷砲打壞，不如退屯銅山南嶼，遂棄廈門、金門兩島而去。
先是，李總督出示，准島中百姓入界。思明州知州黃而輝啟鄭經，准島民渡海。下令三日，而陳永華復啟鄭經禁之。至是大兵入島，盡收廈門、金門城垣房屋焚燬，遺民尚數十萬，多遭兵刃，男婦係纍，童稚成群，若驅犬羊，連日不絕。而投誠兵所至搜掠財物，發掘家墓，至剖建國公鄭彩之棺而殘其屍。墮城焚屋，斬刈樹木，遂定其地；而「嘉禾斷人種」之讖應焉。
十二月，兵部差郎中紀振疆、筆帖式布蘭頌賞福建將士。
靖南王耿繼茂奏：『鄭成功在臺灣，因其子鄭經擁兵抗拒，驟發顛狂，於五月初八日齩指身死』。
鄭經在銅山，人心離散，營鎮多叛，而廈門、金門之舊將、殘兵、官員、紳士無船可泛者，或投誠，或逃遁，流離失所，死亡殆盡矣。
甲辰（康熙三年）
正月十三日，兵部奉上諭：『鄭芝豹母在福建投誠，爾部即傳諭芝豹，念豹母投誠，寬其罪，即行釋放安插，歸旗居住』。
鄭經駐銅山，諸軍乏糧。周全斌欲襲洪旭而並其船，洪旭亦防之。值海風大作，船各飄開，全斌遂率其眾入漳投誠，後封承恩伯。而洪旭以杜輝守南澳，輝亦掠其輜重投誠。
二月，授海島投誠將士阮美、鄭繩安左都督，鄭嘉玉、阮驊右都督，焦華岳都督同知，林鸞、陳大興、杜卿、王鼎勳、高捷、李隆、陳忠義、阮復曾、林朝褒、張太都督僉事。
福寧總兵吳萬福報：『偽逆阮春雷據長腰、東蚶外島，阻海為巢；浙寇張煌言近復與之合■〈舟宗〉。福寧向無水師，艱於航海。臣萬福招撫偽鎮林國樑等兵丁船艘，我兵借以利濟一時，水陸並進，分頭夾勦，擒斬賊將，焚其巢穴。積年負固之賊，殄滅無遺。煌言、春雷僅以身免。陣擒偽將阮定、江春、王尊等，解赴軍前正法』。
靖南王耿繼茂疏報大捷，奉旨：『阮春雷、張煌言竊據長腰、東蚶等島，合■〈舟宗〉狂逆，官兵奮勇擒斬賊將，奪獲船隻，焚燬賊巢。偽鎮林國樑斬煌言弟張嘉言，殺兵奪船，帶領家口投誠，身雖負傷，奮勇自救，以所帶兵船同官兵搗賊巢穴，克奏虜功，深可嘉尚，與尋常投誠不同，著從優議敘』。
三月，鄭經同馮錫範、陳永華等率餘眾回東寧。工官馮澄世一船為其家丁所迫，自投海中死。洪旭以二十舟候黃廷同行。時黃廷部下兵將多不欲行，議欲使其子而輝、婿吳朝宰率眾投誠，而自已帶家眷與洪旭往東寧。適黃梧遣陳克竣來招降，黃廷遂入漳投降，後封慕義伯。洪旭獨往東寧。
七月，寧波水師左路協鎮常□塘報：『本月投誠效用將孫惟法等，於普陀山先遣兵丁扮作僧人，擒獲偽兵部張煌言，銀印一顆，銅印九顆，並伴當人等』。二十六日，差官二十員獲送到省。二十七日，部院趙廷臣於公衙門見煌言，問：『屢屢相請歸順，因何不從』？煌言答：『我已立意出家為僧，不願再用。今被擒，惹萬民笑罵，惟求速死』。部院言：『既係謀臣，我朝必有重用。既立意為僧，何不先繳敕印』？煌言不答。九月，煌言不食，病不死，在杭日賦詩見志，並賦滿江紅等詞，人多傳誦之。初七日，奉旨腰斬煌言於市。煌言角巾、朱履、葛袍，從容就戮。投誠將士請收葬煌言，趙廷臣不許。子張奇觀，鎮海大將軍劉之源收為養子，年十餘歲，亦奉旨見殺。
七月十九日，內大臣會議，以福建水師提督施琅為靖海大將軍，以承恩伯周全斌為副，同慕仁伯陳輝等合營往勦臺灣。差內院他赤哈哈番奈松尼、兵部筆帖式敖愷齎敕諭一道、銀印一顆，往福建商議軍機。
靖南王耿繼茂奏：『荷蘭出海王於八月十六日帶番船十隻，番兵一千抵閩安鎮外，臣等會同延請至公衙門，優禮款待，約定九月二十邊開駕至圍頭取齊，於十月初旬往澎湖攻打賊巢，候風便進取臺灣。理合奏聞』。
己已（康熙四年）
四月，靖海將軍施琅等出洋，未至澎湖溝，颶風大作，各船飄散，不能相顧，皆引還。未幾，召施琅入京，加伯銜，為內大臣歸旗。其餘降將，亦多以協鎮副參遊守補用。
丙午（康熙五年）
丁未（康熙六年）
部議分撥海上投誠兵移駐外省。先撥慕義伯黃廷駐河南鄧州，隨召承恩伯周全斌入京。遵義侯鄭鳴駿病故，其子纘成襲侯。慕恩伯鄭纘緒病故，其子修典襲伯。皆召入京歸旗。其標下兵及別鎮兵各給行糧，分駐於浙江、江南、江西、湖廣、河南、山東、山西、四川諸省，屯墾荒田，給其牛種，免其六年租稅。將領或督墾，或撥在督撫提鎮等衙門效勞。文官赴部候補。
戊申（康熙七年）
已酉（康熙八年）
鄭經在東寧，以陳永華理國政，馮錫範管侍衛，劉國軒管鎮兵。忠振伯洪旭病故，其子洪磊及永華之姪陳繩武等皆任用。
鄭經改天興、萬年二縣為州，置鳳山、諸羅二縣。課耕種，通魚鹽，安撫土番，貿易外國；向之憚行者，今喜為樂土焉。
浙江投誠將都督僉事孔元璋請往臺灣招撫。朝議遣兵部尚書明珠、侍郎蔡毓榮至泉州議款。明珠遣加卿銜興化府知府慕天顏與孔元璋同渡海至臺灣往議。鄭經宴犒甚盛，請通市封貢如高麗。冠帶不薙髮，遣柯平、葉亨到泉州同議。明珠留其使不遣，再遣天顏入臺灣申前命，必薙髮如內郡。經怒，折辱使臣，困苦之，以留使為辭，將發兵擾閩地。明珠命歸其使，款議遂絕，而數年之間，海上亦相安無事。
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