康熙元年春正月，成功聞塚兆慘發、父被族誅，擗踊大哭，帥諸將以下皆縞素。
二月，命洪初闢等分理社事。成功切齒梧等，未及報，病肝急。或告南澳陳霸有貳心，即遣全斌往擊。霸聞之曰：『辨無及矣。中梧等奸計不自察，卒以兵逼，如是而往，眾畔親離無日矣！豈掘塚之應墮地若斯？雖然，霸不忍為梧用也』。乃率諸將遯粵東去。全斌獲其子士鰲，復命以杜輝代守南澳。
夏四月，兵部司務林英奔告緬事，諸將請更朔號，成功曰：『不可！傳聞異辭，審而後發喪，擇立宗室之賢者，乃改元朔』。諸將以為然。
初，世子經取尚書唐顯悅女孫為婦，不相得，私於其弟之乳媼陳氏，生男，詭謂侍妾出者告成功。諸王及邑之大夫皆賀，而顯悅責成功書謂：『禮有八母，乳母居一，世子與狎，當何罪』？成功暴怒，即令都司黃毓與少傅泰斬經及陳媼及所生男，並斬夫人董氏，以理內不職也。諸將大駭莫敢諫，少傅與毓議殺陳媼及所生男，而諸王以下合表為夫人、世子請，遂以兩級付毓報成功。成功愈怒，解所佩劍促毓詣少傅。少傅令遂見經，經拘毓與眾議未決，而參軍蔡鳴雷在臺行多不法，恐見誅，奔愬經所，已密諭全斌等將至矣，令必盡誅乃已。洪旭曰：『世子不可以拒父、諸將不可以拒君，唯少傅兄可以拒弟』。遂告少傅趨林順統舟師守大擔（嶼，在廈門前、同安縣東南八十里）。會全斌征陳霸還，黃廷勸世子出不意執之，使黃昌攝其軍。成功聞諸將拒命，憤甚，遣洪有鼎馳諭全斌。有鼎至銅山，聞全斌被執，不敢前。
五月癸酉朔，成功病，強掖黃安登將臺，望彭湖，有船東至否？安曰：『無之。梧、琅奸計，北既赤族，又將滅是。中冓事隱，安見顯悅非為梧賣者？願王勿疑，疑則左右皆義、祿、霸等。父子至親且若是，他更何以自處』？成功益忿怒，狂走。越八日庚辰（初八日），嚙指而卒，年三十有九。弟襲與黃安、馬信遣人奔赴金、廈，信慟哭不絕死。眾將請襲權政為鎮撫計，而蔡云、李應清、曹從龍、張驥謀遂奉襲，告黃安，安持不可。又說黃昭，握重兵擁戴，昭諾，遂與蕭拱宸合謀拒經。而襲弟成賜潛軍往廈門，道遇許龍兵被執。繼茂、率泰遣使招經；經請比朝鮮行事。
秋八月，使再來，令先繳所陷州縣印，即為奏請。經與泰等議曰：『先王甫荒東土，不幸即世，內靡有定，其何外侮之能膺？懼而受撫，則無以見吾先王，不受又左右無以應敵，不如姑受令焉以緩須臾』；乃使楊來嘉上州縣印十五。率泰遂送來嘉北上；且揚言鄭泰、洪旭、黃廷等將密獻兩島入奏，以閒經心。經竟以兩島屬少傅，加全斌為五軍都督，率以東征。
冬十月，抵彭湖，先遣鄭斌至安平告諭，諸將面視莫敢言。獨黃昭等拒命，遂進師西嶼（彭湖三十六嶼之正西嶼）。昭率兵守寮港、曹從龍守安平砲臺、蕭拱宸守洲仔尾，張驥自鹿耳門、蔡云、李應清自赤嵌城合兵拒戰。全斌說經乘大霧登岸，背水列陳。驥等聞水聲人語，呼譟縱擊。經軍卻，全斌呼曰：『卻則溺矣』！諸將奮死前戰，潰驥陳；而昭等合師來援，昭先中流矢死，眾亂反走，遂乘勝進。日中霧散，全斌持旆周呼曰：『世子至矣』！黃安率諸將倒戈來迎。經免冑籲眾出，矢言令鄭斌勞襲，至則待之如初；斬拱宸等五人，餘不問。偶於黃昭營中得少傅泰與昭書，令奉襲拒經，而自據金廈云；經秘之，初不意為繼茂等反閒也。
十一月，經與全斌巡南北路。
十二月，來嘉還思明，洪旭令仍守崇武，遣使告經。
二年春正月，經使顏望忠守安平、黃安督承天府南北路，而自率全斌等還思明，即王位，稱永曆十有七年。諸將皆賀，少傅泰稱疾不至，遣鄭斌視疾還，或言來嘉北使還，與少傅往來密甚。
三月，王鐵佛等攻延、建，率泰會梧等往剿，而梧將有以海澄來獻者，經密令諸將整師，泰疑為圖己也，載妻孥出泊港口。或勸泰出降，泰曰：『先太師誤矣，泰豈再誤』！已而知海澄有備，經不果行。經與全斌謀，鑄金廈總制印，遣鄭斌、吳慎齎赴泰所，言『經已決意東行，兩島唯伯父總制』。泰喜受命，然未敢躬往稱謝。其弟鳴駿謂曰：『骨肉至親，土地重寄，又何疑焉』。泰意稍解。
夏六月，經使劉國軒護輜重東渡，鳴駿力勸泰見經，經與之語及成功，相持慟哭，且諄屬經理兩島事。越日，置酒邀泰，酒半，經擲杯，左右縛泰出，與昭書示之；泰急切不能自明，遂縊殺之，遣全斌籍其家。鳴駿及泰子纘緒、陳輝、楊富、何義、楊來嘉、蔡鳴雷等文武四百餘員、海艦二百餘艘、士卒數萬奔泉州納降；封鳴駿遵義侯、纘緒慕恩伯，餘各授職有差。
秋七月，荷蘭揆一王遣通事李瑞乞師於繼茂、率泰攻兩島，復臺灣故地；乃集眾議，或曰：『紅毛古不通上國。萬曆閒嘗駕大艦、攜巨砲，薄香山澳，求互市不得。海澄奸民李錦引據漳南彭湖嶼，侵奪臺灣地，築室耕田其中。天啟初，掠漁舟六百餘艘役華人運土石築城。尋犯廈門，泊舟風櫃仔，出沒浯嶼、白坑、東椗、莆頭、古雷、洪嶼、沙洲、甲洲閒。海寇李旦等復為之助，海警戒嚴。崇禎中，為鄭芝龍所破，不敢窺內地者數年。十年，駕大舶由虎跳門薄廣州，主奸民李葉榮交通總兵陳謙為居停出入，為兵科凌義渠所劾坐逮訊，奸民知事不成，復引番入據臺灣，鄭氏奪復故土。而今引紅毛克鄭氏，若據臺灣要互市，以閒寇掠閩、粵閒，誰復承其咎也』？率泰曰：『誰復為百年計，功罪目前事耳。吾聞紅夷去中國絕遠，其巨舟長三十丈、廣六丈、厚二尺餘，樹五桅，後為三層摟，旁設小窗置銅砲，桅下置二丈巨鐵砲，發之可洞裂石城，震數十里，世傳紅夷砲即其製也。柁後置照海鏡，徑數尺，能照數百里。其人悉奉天主教，所役使名烏鬼，入水不沈，走海面若平地。然以舟大難轉，其人又不善戰，故再為鄭氏所敗。今若資其所長，先進以挫其銳，繼以新降將士，俾力戰以樹功，而我以大兵承其敝，蔑不濟矣』。乃允揆一王為前鋒，使提督馬得功督降將卒數萬繼進。經遣全斌督林維等分御諸隘，陳昇守高崎、黃廷道南山、林順道遼羅策應。經自率洪旭、王秀奇等屯大擔、笠嶼。
冬十月，全斌分諸將引戰紅毛巨艇於沙淺處，焚之過半焉。得功來援，溺水死。林維等追敵及海門，為琅將守備汪明等所徼，戰死。繼茂帥總兵王進功等截戰於云霄鎮，全斌敗卻；聞陳昇已降梧、高崎失守，眾益潰敗。琅統大兵擊廷等，不利；復會紅夷夾板，以大砲轟擊，廷軍大敗。琅遂乘勝奪廈門。順等聞昇已降，不敢出戰。琅、梧合兵進擊，斬千餘級，遂取浯嶼、金門，墮城郭、俘寶玉。繼茂遣人至銅山招經，又遣人告洪旭等：有執經獻者當封爵比海澄公守泉州。旭謂經曰：『勢急東渡，否則變生肘腋奈之何』！經乃遣心腹護孥屬先行，且諭眾文武：其不顧東遷者聽。
十二月，蜀中晉王朱宗蕩及郝搖旂等皆敗。繼茂遣將克長腰、東蚶二島，永曆兵部尚書阮春雷、左侍郎張煌言僅以身免。
三年春正月，琅遣招林順，舉眾降。二月，南澳守將杜輝率眾赴揭陽港納降。寧靖王、瀘谿王、魯世子、巴東王諸宗臣及故臣王忠孝、辜朝薦、沈佺期、郭貞一、盧若騰、李茂春等從經東渡。馮澄世舟至東椗，為其僕所殺。若騰卒於彭湖，經自往祭。以洪旭言，於彭湖姥祖宮左右分營立壘，中置砲臺，令薛進思、戴捷、林陞守之；四閱月而代。
三月甲子（初二日），周全斌質其子於李率泰而自率將士數萬從鎮海衛納降。丁卯（初五日），率泰會繼茂、王進功、黃梧統兵至廈門，都督將軍翁求多率將士六萬降。丙子（十四日），夜半渡海，進拔銅山，降永安侯黃廷、都督余寬以下及兵民三萬餘口。遂盡驅沿海居民入內地，築牆為界，縱軍士大淫掠，殺人山積，海水殷然。
夏四月，經改東都為東寧，升天興、萬年縣為州，設彭湖及南北路安撫使，諸將分守土地。庶事悉委陳永華，崇尚儒雅，與民休息，而兩島遠近棄兵民眾凡四五十萬。
秋七月，福建提督水師總兵官施琅為靖海將軍，進攻臺灣，遇颶風還。
八月，浙督趙廷臣遣將由懸山、花■〈山奧〉乘漁艇入小港，繞山後突入帳房擒煌言及其黨眾，得視師兵部銀方印一、關防九。
七年春，明珠、蔡毓榮與李率泰俱至漳州，使興化府知府慕天顏持書招撫；經仍以自比朝鮮為請。遣柯平、葉亨入奏，不報。
十年夏，耿繼茂子和碩額駙耿精忠襲爵為靖南王。
十二年春，平南王尚可喜疏請歸老遼東。秋七月，平西王吳三桂、靖南王耿精忠並疏請撤藩。八月，尚書梁清標等分往云南、廣東、福建經理撤藩事宜。十一月丙戌（二十一日），三桂拘經理侍郎折爾肯等，殺云南巡撫朱國治，自稱「天下都招討兵馬大元帥」，以明年甲寅為周王元年。總督甘文焜自殺，貴州巡撫曹申吉、提督李本深以下皆應。乃停撤平南、靖南二藩；梁清標、陳一炳召還。削三桂爵。十二月甲子（二十九日），偏沅巡撫盧震棄長沙逃，沅州總兵崔世錄被執。
十三年春正月，四川巡撫羅森、提督鄭蛟麟、總兵譚宏、吳之茂以四川降。二月，常德總兵楊寶應、知府翁應兆、長沙副將黃正卿及澧州守將並以城降。廣西將軍孫延齡殺都統王永年、副都統孟一茂等，執巡撫馬雄鎮以叛。
三月，耿精忠以福建反，總督范承謨死，巡撫劉秉政降。約經統舟師徑取南京，與三桂為鼎峙；經告藉漳、泉地以慕軍士，精忠不許。鄖陽副將洪福以所部叛，襄陽總兵楊來嘉據榖城叛，並遣使告經：仍用永曆正朔。
夏四月，湖北總兵蔡祿謀以兵應來嘉，不克，誅死。潮州總兵劉進忠以城降。精忠與續順公沈瑞兵巷戰，大敗之，遂引兵據守。三桂子應熊、孫世霖誅死。延齡削職、精忠削爵。
經遣馮錫範、劉國軒帥師徇漳、泉屬縣。
五月，經至廈門，同安知縣鄧世茂來迎。海澄總兵趙得勝、同安副將張學堯、遊擊花尚蘭皆叛精忠來降；授得勝左提督興明伯、學堯侍衛將軍。泉州兵逐精忠守將王進、殺總兵賴玉來降。是月，平陽兵執總兵蔡朝佐，與精忠將曾養性合圍瑞安。
六月，總兵祖宏勳以溫州叛，羅清、黃巖、太平諸營相繼叛。延齡寇柳州。精忠遣李連、李泰攻建昌、杉關。柯昇叛廣信以應精忠。
甲辰（十一日），經入泉州，以前提督王進功子藩錫為指揮使、何可化為提刑道、王者都仍守知府事。郎中周襄緒等招諭精忠，而尚可喜攻進忠潮州甚急。精忠將李云龍、張雄攻常山、開化，為金華副將牟大寅所敗，雄死。乙卯（二十二日），進忠稱臣求援，經授進忠右提督定鹵伯，遣陳天祐、金漢臣救潮，駐軍南門外鳳皇洲（一名老鴉洲）；可喜出不意來攻，天祐等俱戰沒。
秋七月，南瑞總兵楊富叛應精忠，事覺伏誅。精忠遣將克石城，遂攻寧都，為遊擊周球所敗。進忠遣將據程鄉縣，旋為官兵所破。精忠將閻標攻金華，為將軍喇哈達所斬。精忠合兵圍衢州。八月，又分攻處州、金華、龍遊、仙居、諸暨、新昌、寧海、象山、餘姚、遂安、嵊縣。進忠將劉斌克據普寧。海澄公黃梧率子芳度降精忠；已而復叛，殺其將劉豹等三人，固守漳城。黃巖總兵阿爾泰降精忠。三桂兵陷徽州、祁門、歙縣。可喜遣人招進忠，不受，斬進忠副將陳璉等。
九月，精忠將王進攻泉州，經遣國軒大敗進於陳潼關（仙遊縣南，接惠安界）、白水馹（惠安北五十里），乘勝偪興化；別以馮錫範、趙得勝為左右提督攻漳浦，降其總兵劉炎，授前鋒鎮定鹵將軍。精忠懼，使張文韜詣泉州請和，以楓亭為界（仙遊東南五十里，東北去府城六十里、東南去惠安五十里），許之。來嘉兵攻南漳，敗。三桂兵攻袁州。精忠兵據建昌。廣西提督馬雄、總兵郭義隆降三桂。
冬十月，進忠乞援，國軒分兵營新墟，與可喜相持，潮州圍解。
十一月，三桂兵守七盤、朝天諸關，官兵饟絕，退屯廣元。來嘉克陷竹谿中鋒寨。
十二月癸巳（初四日），陝西提督王輔臣兵叛寧羌，經略英洛遇害，大將軍貝勒董額退保漢中。延齡兵攻懷集、欽州。給事中蘇拜往招輔臣。
十四年春正月，精忠將黎化中與三桂兵合攻連州。乙酉（二十六日），興安兵變，殺總兵王懷忠。三桂兵據廣元、朝天諸關。鄂泰統盛京大兵防守太原。精忠將沙有祥據桃花嶺，克處州。輔臣兵陷蘭州，巡撫花善奔涼州。
二月，經遣何祐攻饒平，獲續順公沈瑞歸，授懷安侯。
三月，來嘉攻南漳，為總兵劉成龍所敗。畢力克圖統大兵拒輔臣於大同，輔臣兵連陷定邊、花馬池。察哈爾布爾尼以兵叛。佟國綱統大兵鎮宣府。
夏四月，國軒入潮州，使何祐奮擊可喜，而自帥驍騎繼進，大敗可喜於鱟頭山，追奔四十餘里，斬級二萬。因是潮南諸縣皆聞風納降，軍聲大振。
初，黃梧降精忠，封平湖公，而遣黃藍北使；梧忽見厲擊頭，生瘍死。芳度襲公，恐精忠誅，又降於經，封前提督德化公。至是聞又有貳志，經乃自將南征，將道漳州襲執之；芳度不納，遣弟芳泰走廣東乞援，亦以其多反側莫應。
來嘉與洪福合攻南漳，陷榖城。輔臣兵陷延安、綏德。
冬十月，輔臣與大兵戰固原，殺副將太必圖，提督陳福逃靈州。馬雄等攻陷高、雷、廉、瓊等處。
十一月，芳度將吳淑與其弟潛以城降；經入，芳度投開元寺（府治西北）東井中，不死，出而斬之。斲梧棺支解其尸，夷黃氏無少長皆死，授淑後提督平鹵將軍、潛戎旂一鎮、許贊提學、葉亨知府，守興泉道。以陳啟泰拒精忠死，故禮葬之。
十二月，寧夏兵變，陳福死。
十五年春正月，以畢力克圖鎮寧夏。康親王大兵將至，精忠將邱飛龍等一百五十餘員就撫。
經遣劉國軒、劉進忠由普寧南路、蔡文、許貴由大埔、程鄉北路會攻惠州。三桂兵會攻廣州、肇慶。
二月，碣石總兵苗之秀降，經授宣毅前鎮滅鹵將軍。
三月，尚之信守其父可喜降三桂。鎮南將軍舒恕等引還。副都統莽依圖自肇慶突圍走。總督金光祖、巡撫佟養鉅、陳洪明、提督嚴自明、副將王啟秀等降三桂。三桂使之信與經通和。經使國軒守惠州、進忠守潮州。薛進思、吳淑統五將軍會攻江西；道汀州，襲降精忠將劉應麟，以為前提督奉明伯，遂略下會昌、瑞金諸縣。精忠將馮公輔等陷宣平。夏五月，黨哈里擊走之。
六月，圖海招王輔臣，降；假靖寇將軍，立功贖罪。
精忠將耿繼善及建昌、新城諸守者皆燒營遯。康親王知精忠為經所偪，遂檄諸將乘機速進。
秋八月，都統賴塔等敗精忠將馬九玉等於衢州，復江山。九月，胡圖等會擊，又連敗之，復常山。賴塔、馬哈達等進攻仙霞關，降其將金應虎，遂復浦城。精忠殺范承謨。賴塔、紀爾他布等克建陽，連克建寧。精忠將王進功、郭炳興降經，授進功中提督匡明伯，令炳興守長泰。
冬十月，令許耀襲取興化，以烏龍江為界，馬成龍、朱云龍、朱天貴俱降；授成龍援剿左提督靖鹵伯、云龍樓船中鎮、天貴水師一鎮。
康親王師抵延平，精忠將耿繼善以城降。精忠遣子顯祚納印迎王師至福州，精忠率諸文武降；還精忠爵如故，率所部從征自效，遂復溫州、處州。
十一月，副都統雅泰、總兵許貞敗耿繼善於南豐。
經遣許耀襲福州，為都統喇哈達等所敗。王師抵烏龍江，或勸耀扼將軍山勿使得渡，不聽；又請乘半渡擊之，不聽。既渡，耿兵在前、滿兵在後，並力擊耀，耀眾大潰。經令何祐、趙得勝拒守興化。時吳淑方由汀州進取邵武。
十二月，耿繼善棄城走，守將楊德降，授後勁鎮。淑兵進攻延平，為副都統穆赫林所敗，守將彭世勳以城降北。天大雨雪，淑兵利跣足疾走，因是敗潰思歸，淑遂棄邵武不守。薛進思在汀州，將棄城走；劉應麟固留且決一戰，不聽。應麟乃自殺其妾，率妻子奔潮州。
是月，三桂殺孫延齡，以其眾隸線國安。尚之信遣人詣簡親王營乞降，立功自效。舒恕等擊敗嚴自明等於南康。
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