孔子出生在鲁国昌平乡的陬邑（今山东曲阜东南）。他的祖先是宋国人，名叫孔防叔。孔防叔生下伯夏，伯夏生下叔梁纥。叔梁纥和一位颜姓女子未经正式婚礼（古人认为非媒聘的结合为“野合”）生下孔子，两人曾在尼丘山祈祷，后来果然生下孔子。鲁襄公二十二年（公元前551年），孔子出生。孔子出生时头顶中间凹陷、四周隆起，所以父母给他取名为“丘”，字仲尼，姓孔氏。
孔子出生后不久，父亲叔梁纥就去世了，安葬在防山。防山在鲁国东部，因此孔子一直不确定父亲的墓址，母亲颜氏出于对再婚的顾虑，始终不愿告诉他。孔子小时候玩耍时，常常摆放祭祀用的礼器，模仿大人行礼的样子。母亲去世后，孔子把灵柩停放在五父之衢（鲁国都城的一条大道），这样做是为了谨慎寻找父亲的墓址，方便日后合葬。后来陬邑人輓父的母亲告诉了孔子他父亲的墓址，孔子这才把母亲的灵柩迁到防山，和父亲合葬。
孔子为母亲守丧，腰间系着孝麻带时，季氏家举办士人宴饮。孔子前往参加，却被阳虎拦住，阳虎轻蔑地说：“季氏宴请的是士人，可不敢请您这样的人。”孔子只好退了回来。
孔子十七岁时，鲁国大夫孟釐子病重，临终前告诫继承人孟懿子：“孔丘是圣人的后代，他的先祖在宋国遭遇变故（指孔氏在宋国的家族衰落）。他的先祖弗父何本有资格继承宋国国君之位，却让给了弟弟厉公；到了正考父时，他辅佐宋戴公、武公、宣公三代君主，每次接受任命都更加恭敬，他的鼎上刻着铭文：‘第一次受命时弯腰行礼，第二次受命时鞠躬行礼，第三次受命时俯身行礼，平时走路都贴着墙根走，却没人敢轻视我。我靠这鼎煮稠粥、熬稀粥，勉强维持生计。’他的恭敬就是这样。我听说圣人的后代，即使不能当政，也一定会有贤达之人出现。现在孔丘年纪轻轻就喜好礼仪，他难道不是那位贤达之人吗？我死后，你一定要拜他为师。”孟釐子去世后，孟懿子和鲁国人南宫敬叔就去跟孔子学习礼仪。这一年，季武子去世，他的儿子季平子继位。
孔子早年生活贫困，地位低微。长大后，他曾担任季氏的管理粮仓小吏，计算粮食收支准确无误；后来又担任管理牲畜的小官，饲养的牛羊都膘肥体壮、数量增多。凭借这些政绩，孔子升任司空（掌管工程建设的官员）。不久后，孔子离开鲁国，在齐国受到排挤，在宋国、卫国被驱逐，在陈国、蔡国之间陷入困境，最终又返回鲁国。孔子身高九尺六寸（按先秦尺寸约2.2米），当时人都称他“长人”，对他感到惊奇。鲁国又重新善待孔子，他这才稳定下来。
鲁国的南宫敬叔对鲁昭公说：“请允许我和孔子一起去周王室都城。”鲁昭公给了他们一辆马车、两匹马，还派了一名仆从随行。孔子到周都后请教礼仪，据说见到了老子（李耳）。离开周都时，老子送别孔子说：“我听说富贵之人送别时会赠送财物，仁德之人送别时会赠送箴言。我算不上富贵，就冒用‘仁人’的名号，送你几句话：‘过于聪明、洞察入微的人容易接近死亡，因为他们喜欢议论别人的是非；学识广博、能言善辩的人容易危及自身，因为他们总爱揭露别人的过错。做子女的要忘掉自己（凡事以父母为重），做臣子的要忘掉自己（凡事以君主为重）。’”孔子从周都返回鲁国后，跟随他学习的弟子逐渐增多。
当时，晋平公荒淫无道，六卿专权，不断向东攻打诸侯；楚灵王兵力强盛，欺压中原各国；齐国国力强大，又靠近鲁国。鲁国弱小，依附楚国就会激怒晋国，依附晋国又会招来楚国攻打，要是对齐国没有防备，齐国军队就会入侵鲁国。
鲁昭公二十年（公元前522年），孔子大约三十岁。齐景公和晏婴来到鲁国，景公问孔子：“过去秦穆公国土狭小、地处偏僻，却能称霸诸侯，为什么呢？”孔子回答：“秦国虽然国土小，但志向远大；位置虽然偏僻，但政令行事公正。秦穆公亲自提拔百里奚（曾沦为奴隶，人称“五羖大夫”），任命他为大夫，把他从囚禁中解救出来，和他交谈三天后，就把国政托付给他。凭借这样的做法，即使称王天下也能做到，称霸诸侯还算小的呢
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