邓芝字伯苗,是义阳新野人,汉朝司徒邓禹的后代。东汉末年进入蜀地,没有得到赏识和礼遇。当时益州从事张裕擅长相面,邓芝前去投奔他,张裕对邓芝说:“你年过七十后,官位会升至大将军,被封侯。” 邓芝听说巴西太守庞羲喜爱士人,前往依附他。先主平定益州后,邓芝担任郫邸阁督。先主出行到郫县,与邓芝交谈后,对他十分惊奇,提拔他为郫县令,又升任广汉太守。邓芝在任上清廉严厉,有治理政绩,入朝担任尚书。
先主在永安去世。在此之前,吴王孙权请求讲和,先主多次派遣宋玮、费祎等人回访回应。丞相诸葛亮十分担心孙权听说先主去世后,会有别的图谋,不知道该怎么办。邓芝拜见诸葛亮说:“现在主上年幼弱小,刚即位,应当派遣大使再次申明与吴国的友好关系。” 诸葛亮回答说:“我已经考虑很久了,只是没有找到合适的人选,今天终于找到了。” 邓芝问这个人是谁,诸葛亮说:“就是你啊。” 于是派遣邓芝前往吴国巩固友好关系。孙权果然犹豫不决,没有及时召见邓芝,邓芝于是自己上表请求拜见孙权说:“臣今天前来,也是为了吴国,不只是为了蜀国。” 孙权才召见他,对邓芝说:“我确实愿意与蜀国和亲,但担心蜀主年幼弱小,国家狭小、形势紧迫,被魏国趁机进攻,无法保全自己,因此犹豫不决。” 邓芝回答说:“吴、蜀两国占据四州之地,大王是闻名当世的英雄,诸葛亮也是一时的俊杰。蜀国有险峻的地势作为屏障,吴国有三江的险阻可守,结合这两大优势,两国唇齿相依,进可以联合兼并天下,退可以三足鼎立,这是自然的道理。大王现在如果向魏国臣服,魏国必定会向上要求大王入朝朝拜,向下要求太子入宫侍奉,如果不听从命令,就会以讨伐叛逆为名出兵,蜀国也必定会顺流而下,见机进军,这样一来,江南之地就不再归大王所有了。” 孙权沉默了很久说:“你说得对。” 于是与魏国断绝关系,与蜀国联合结盟,派遣张温回访蜀国。蜀国又命令邓芝再次前往吴国,孙权对邓芝说:“如果天下太平,两国君主分治天下,不是很快乐吗!” 邓芝回答说:“天无二日,地无二王,如果消灭魏国之后,大王还没有深刻认识天命所归,那么君主各自弘扬德行,臣子各自尽忠效力,到时擂起战鼓,战争才刚刚开始罢了。” 孙权大笑说:“你的真诚竟然到了这种地步!” 孙权在给诸葛亮的信中说:“丁厷言辞浮夸,阴化言语不尽不实;能促成两国和睦的,只有邓芝。” 等到诸葛亮北上驻扎汉中,任命邓芝为中监军、扬武将军。诸葛亮去世后,邓芝升任前军师前将军,