洪兴祖字庆善,镇江丹阳人。他年少时读《礼》到《中庸》篇,顿时领悟到性命学的原理,学习成绩和文思日益进步。宋徽宗政和年间,他考取太学上舍进士,委任为湖州士曹官,改任宣教郎。高宗这时在扬州,一切草创,选人改秩由军头司引见,自洪兴祖开始。洪兴祖被召面试,授秘书省正字官,后升太常博士。
洪兴祖上书高宗,建议朝廷收揽人心,采纳臣下的策略计谋,安定民情,宏扬国威。又议论说,国家重建,一切应该效法宋太祖。高宗绍兴四年(1134),苏州和湖州发生了地震。洪兴祖当时为驾部郎官,应皇帝的诏令上书,明确地指陈朝廷的纪纲失误,为宰相所忌恨,被贬斥主管太平观。
后起用为广德军知军,他考察水源修建陂塘六百多处,使老百姓无旱灾之忧。又把学舍修建一新,并编定配祀孔子的先贤牌位,自十哲曾子以下列七十一人,又列先儒左丘明以下二十六人。由于政绩可观,洪兴祖被提拔为提点江东刑狱。后又为真州知州。真州当军事要冲,遭到金军的严重破坏犹未恢复。洪兴祖上任一开始,便请求朝廷免除一年的租税,得到批准。明年请求免租,又得到批准。从此,流民得到安置,生产恢复发展,开辟荒田达七万多亩。
后洪兴祖调任饶州知州。调任前,他先做了个梦,梦到自己手里拿着六把刀,醒了后说:“三把刀为益州,今增加一倍,该是饶州吧!”不久果然如此。是时秦桧掌权,谏官大多数出自秦桧门下,他们争着弹劾忠良,以讨好秦桧。洪兴祖曾为已故的龙图阁学士程王禹的《论语解》做《序》,被指控为语言中涉及到怨望朝廷,被除名编管昭州。不久逝世,终年六十六岁。第二年,皇帝下令恢复他的官,直敷文阁。
洪兴祖好古博学,自少至老,未尝一日离书。他撰写的《老庄本旨》、《周易通义》、《系辞要旨》、《古文孝经序赞》、《离骚楚辞考异》都流行于世。