程灵洗字玄涤,新安海宁人。年轻时以勇力闻名,一日可步行二百多里,善长骑马、游泳。梁朝末年,海宁县、黟县、歙县等和鄱阳郡、宣城郡境内盗贼盛行,县附近深受其害。程灵洗一向被乡邻敬畏服从,前后守长都一直让他招募年轻人,捉拿盗贼。
侯景之乱时,程灵洗聚集众人占据黟县、歙县抵抗侯景。侯景的部队据有新安,新安太守湘西乡侯萧隐前去依附程灵洗,程灵洗被奉为盟主。梁元帝在荆州秉承皇帝旨意,程灵洗又派使者抄小路上表。刘神茂从东阳建议抵抗侯景,程灵洗攻下新安,与刘神茂相呼应。元帝任命程灵洗为持节、通直散骑常侍、都督新安郡军事、云麾将军、谯州刺史,兼任新安太守,封他为巴丘县侯,食邑五百户。刘神茂被侯景打败,侯景的偏帅吕子荣进攻新安,程灵洗退守黟县、歙县。侯景失败后,吕子荣退走,程灵洗又占据新安。后来进军建德,生擒敌帅赵桑乾。按功劳授职为持节、散骑常侍、都督青州、冀州二州诸军事、青州刺史,增加食邑至一千户,将军、太守等职不变。
又命令程灵洗率领所部到扬州协助王僧辩镇防。迁任吴兴太守,尚未起程,王僧辩命令程灵洗跟随侯王真西去援救荆州。荆州陷落后,回到都城。高祖翦除王僧辩,程灵洗率所部赶来援助王僧辩,当晚在石头西门全力拼杀,形势不利,派使者招降程灵洗,很久才投降,高祖认为他非常重情谊。绍泰元年(555),被授职为使持节、信武将军、兰陵太守,常侍不变,协助防守京口。平定徐嗣徽时,程灵洗立有战功,被授职为南丹阳太守,封为遂安县侯,增加食邑至一千五百户,镇守采石。
随周文育西讨王琳,于沌口战败,被王琳囚禁。翌年,和侯安都等人逃回。兼任丹阳尹,后来出任高唐、太原二郡太守,镇守南陵。陈书迁任太子左卫率。高祖驾崩,王琳的前军去到东部,程灵洗在南陵打败了他们,俘虏了他们的将士,并缴获青龙车十余乘。按照功劳被授职为持节、都督南豫州长江沿线诸军事、信武将军、南豫州刺史。侯王真等人在栅口打败王琳,程灵洗乘胜向北追击,据有鲁山。征召任左卫将军,其他职衔不变。
天嘉四年(563),周迪再次进犯临川,以程灵洗为都督,从鄱阳别道攻打周迪,周迪又逃到山谷间。五年,迁任中护军,常侍职务不变。出任使持节,都督郢州、巴州、武州三州诸军事,宣毅将军,郢州刺史。废帝即位,晋号云麾将军。
华皎反叛,派使者招诱程灵洗,程灵洗杀了华皎的来使,用状告知。朝廷很赞赏他的忠心,增加他的守备力量,送给他一部鼓吹,真诚待他,派他的儿子程文季带领水军协助他防守。此时北周派将领长胡公拓跋定率领步兵、骑兵二万人,协助华皎围攻程灵洗,程灵洗环城固守。华皎退走后,才出军跟踪拓跋定,拓跋定没能渡过长江,携军投降。于是进攻北周的沔州,攻克了它,生擒其刺史裴宽。按照功劳晋号为安西将军,改封为重安县公,增加食邑至二千户。
程灵洗性情严厉急躁,对手下很苛刻,士兵犯有小罪,必定用军法惩罚,仓卒之间,便用棍子、鞭子抽打,但号令分明,和士兵同甘苦,大家也因为这依附他。他本性爱好农事,亲自勤劳耕种,至于水田、旱田耕种都适宜,清晨和晚间收割庄稼,即便是长期从事农活的人也赶不上他。歌女和小老婆都不闲着,督促她们全部纺织。至于平时用的财物,也不节俭吝啬。光大二年(568),死于州中,时年五十五岁。追任为镇西将军、开府仪同三司,谥号忠壮。太建四年(572),诏令配享高祖庙庭。其子程文季嗣爵。