第一个渊源：源于子姓，出自商王朝王族之后裔，属于以先祖名字为氏。
　　商王朝的开国君王叫“汤”，所以后史中提到商王朝的时候也多称商汤。
　　汤的六代孙开始有祖乙、祖辛、祖丁、祖庚、祖甲、祖己……都曾是商王朝君王的庙号，其中的祖乙，名字叫子滕，是这些商王中最有作为的帝王，他任用巫贤为相，励精图治，使当时已经衰落下去的商王朝中兴起来。
　　关于祖已的世系，一般认为是：
　　少典→轩辕→玄嚣→蟜极→夋[夔]→契[卨]→昭明[王吴]→相土[土]→昌若[羔]→曹圉[根圉]→冥[季]→核[王亥]→微[上甲]→报丁[报乙]→报乙[报丙]→报丙[报丁]→主壬[示壬]→主癸[示癸]→履（天乙、成汤）[太乙、唐、成]→[太丁]→至[太甲]→辨[太庚]→密[太戊]→整（河亶甲）[戋甲]→滕[祖乙]→旦[祖辛]→新[祖丁]→敛[小乙]→昭[武丁]→曜[祖庚]→载[祖甲]→孝己[祖己（祖伊）]。
　　商王之名出自史籍《竹书纪年》中的记载，“[]”内的名号是甲古文字记载的君王庙号。
　　在商王朝开国君主商汤执政时期，有一个著名的左相仲虺，在仲虺的后代中，有人名叫祖己（祖伊），为仲虺之后的商王朝宰相。
　　据史籍《元和姓纂》和《姓谱》等书记载：“子姓，殷后，殷王祖甲、乙、丙、丁支庶因氏焉，殷有祖己、祖伊，汉有祖沂，始家涿郡，望出范阳。”
　　姓氏学界一般认为，祖氏得姓始祖应当从祖已起算。在殷商武丁的时间，从古籍上已经发现了最早姓祖者的史实记载，那便是当时以“道训谏王”的贤臣祖已，这在典籍《书经·高宗彤日》中有明确记载：“高宗祭成汤，有飞雉升鼎耳而雒；祖已训诸王，作高宗彤日之训。”
　　商高宗，就是武丁子昭（公元前1250～前1192年在位），祖己时为商王朝的国相，他借用商高宗在祭祀成汤的重大典礼上，献祭品野雉飞到了国鼎之上的现象，引道训谏商高宗及其王子们要“仁政治国”。
　　按此记载，祖氏家族的得姓历史至少在三千三百年以上。
　　在祖己（祖伊）的后裔子孙中，有取先祖名字为姓氏者，称祖氏，世代相传至今，祖氏最初是发祥于涿郡，是非常古早的姓氏之一。
　　第二个渊源：源于蒙古族，属于汉化改姓为氏。
　　蒙古族各根义召日氏，是一个十分特殊的姓氏群体，就是世代的“守陵者”。
　　蒙语“各各召”是“祖坟”之意，延伸的“各根义召日”表明为更崇高的“祖陵”，多用于对蒙古民族历史商功勋卓著的先祖、王爷、可汗、大汗等陵寝的尊称，后有专职世袭的守陵人取之为家族姓氏，即称各根义召日氏。
　　在明朝时期，有蒙古族各根义召日氏族人取姓氏的汉义改冠汉姓为祖氏者，世代相传至今。
　　第三个渊源：源于满族，属于汉化改姓为氏。
　　据史籍《清朝通志·氏族略·满洲八旗姓》记载：
　　⑴.满族萨克达氏，本称巴雅拉氏，后改以地名为氏，满语为Sakda Hala，满语“苍老、老祖宗”，是一个庞大的满族氏族部落，有诸多分支，世居宁古塔（今黑龙江宁安）、阿扈河（今黑龙江宁安南部六十公里处）、叶赫（今吉林叶赫河、伊通河、伊丹河、东辽河流域）、萨克达（今辽宁抚顺峡河流域）、赫图阿拉（今辽宁新宾永陵镇）、那木都鲁（今俄罗斯滨海地区）、德里倭赫（今辽宁抚顺浑河两岸）、黑龙江两岸等地，所冠汉姓为多为祖氏、苍氏、仓氏、麻氏、骆氏、李氏、高氏、海氏、萨氏、里氏、陈氏、罗氏、老氏、英氏、印氏、巴氏、色氏、臧氏、礼氏、佟氏、陀氏、翁氏等。
　　⑵.满族组佳氏，满语为Jugiya Hala，祖先原为汉族，东汉末期被辽东鲜卑乌桓部虏携，融入鲜卑，后逐渐演化为辽东女真，世居铁岭（今辽宁铁岭），后多冠汉姓为祖氏。
　　第四个渊源：源于其他少数民族，属于汉化改姓为氏。
　　今彝族、东乡族、傣族、苗族等少数民族中，均有祖氏族人分布，其来源大多是在唐、宋、元、明、清时期中央政府推行的羁糜政策及改土归流运动中，流改为汉姓□氏，世代相传至今。