明清书院的发展可以说是几度兴衰。明初,因为汉族统治恢复,提倡科举,重视官学,士人也都热衷于正统学业,书院受到冷落。明中叶后,因为科举越发僵化,官学有名无实,一些理学家为救治时弊,多立书院,授徒讲学,于是,书院兴盛起来。当时书院讲学最为著名的是理学大师湛若水和王阳明。他们驻足之处,必建书院,聚徒讲学。他们提倡心学,在理学中别树一帜。他们的弟子后学继续建立书院,聚徒讲学,于是,书院讲学之风盛行一时。书院的自由讲学与统治者的文化专制不相容,明中叶后日趋腐败的政治必然遭到儒家士大夫的批评,双方的矛盾越来越加强。所以,从嘉庆、万历以后,朝廷先后四次下令禁毁书院。