明代建国以后,起初也曾沿用一些旧称,后来对元代的地方区划作了大的调整,省的名称改称为承宣布政使司。首都北京所直辖地区称为京师,又称北直隶。南京所辖地区又称南直隶,前者与今京、津及河北省范围大体相当,后者则相当于今苏、皖、沪的范围,两京以外,则划分为山东、山西、陕西、四川、云南、贵州、广西、广东、福建、浙江、江西、湖广、河南等13个承宣布政使司。不过这个名称太长,习惯上仍合称为两京十三省,其中陕西大体包括今陕、甘、宁三省区,湖广包括今湘、鄂两省,山东隔海领有今东北部分地区,山西包括今内蒙古一些地方。川、云、贵三省间的界线与今也有一些差异,其他一些省的范围可以说与今已大体相同。此外今东北北部属奴儿干都司,西南今青、藏两地属朵甘与乌斯藏两都司。今内蒙古大部分为鞑靼与瓦剌活动范围,对明王朝时而臣服,时而侵扰。今新疆仍为元时察合台后王领地,其后裔不断分裂与混战,势力日衰,公元1370年建别失八里国,后受到瓦剌的侵扰,将统治中心由别失八里(今吉木萨尔),即唐时金满城,西迁到亦力把里(今伊宁市)。伊宁旧称伊犁,亦力也就是伊犁的旧译名。当时亦力把里也指其统辖的全部地区。
明代长城及九镇图
上一段提到“都司”一名,它是都指挥使司的简称,原是明代的军事机构,上属于五军都督府,分设于两京外的十三省以及大宁、辽东、万全等处,指挥使司之在京者称留守卫指挥使司。都指挥司驻在地多与承宣布政使司(即省)驻地相同。另外有些省内还设有“行都指挥使司”,作为辅助。都司以下则辖有卫与所等。永乐中定全国都司21,留守司二,内外卫493,千户所359,都司、卫、所本为军事性质的机构,与政区无关。但有些边境地区或少数民族地区,原缺行政机构或机构遭受破坏而不存,则往往由军区管理民事,这样军事机构兼管了土地与人民,拥有实际控制的地域范围和人口,不属所在州县。因而也就转化为政区性质的一种机构,所以在《明史·地理志》中也记载了一些都司卫所等名称。例如在今辽宁境内(时属山东)的沈阳中卫(今沈阳)、铁岭卫(今铁岭)、宁远卫(今兴城)、广宁中后所(今绥中)、抚顺所(今抚顺),在今宁夏(时属陕西)的宁夏中卫(今中卫)、灵武所(今灵武),在今青海境内的西宁卫(今西宁市)、归德所(今贵德)等等。都司、卫、所一般都冠以所在地的政区名或地名,如上各例。
明代政区与元不同的除了废除路级外,还取消了州级的附郭县,但府的附郭县则仍保留。附郭县也叫倚郭县,志书中往往在这样的县名下面注上“倚”字或称“附郭”。明代取消了一些附郭县,不仅简化了政区,也节约了开支。例如南京附近的和州、滁州、广德州,以及稍远的徐州,都是与府同级的直隶州,皆无附郭县,至于属于扬州府的泰州、通州以及稍远属于淮安府的海州、邳州等,也都撤消了它们的附郭县如海陵、静海、朐山、下邳等。元代政区等级较多易混,明代政区与军区又往往纠缠不清,所以都比较复杂。