元明时期的土府、州、县和明代羁縻卫、所既是对唐宋羁縻州县的继承和发展,又是元明土司制度的产物。土司制度是元明乃至清代在西南少数民族地区分封各族首领,世袭官职,“以土官治土民”的制度。元代在西南边远地区授各族首领以宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使等官职,并在其管辖地区建置府、州、县,以土酋任知府、知州、知县,是为土官。因此,土府、州、县及土官是我国古代民族自治政策的产物,具有明显的进步意义。
明代土府、州、县等级建置和设官制度类似于中原府、州、县,只是知府、知州、知县及其佐贰官均由不同等级的民族首领充任,宣慰、宣抚、安抚、招讨、长官诸司为统辖各少数民族的专门机构。按《明史·地理志》记载,历明一代,有土府19个、土州47个、土县6个,宣慰司11个、宣抚司10个、安抚司22个、招讨司1个、长官司169个、蛮夷长官司5个。主要分布于湖南、广西、贵州、云南、四川等边远省区。
明朝政府除给予土府、州、县等各级土官以各种特权之外,为实行有效的控制,还采取了“流官辅佐”的办法,收到一定效果。但土官承袭纠纷、争地仇杀、不服朝命、虐其属民时有发生,明政府在完善土司制度的同时,开始实行改土归流,即革除土官世袭,以流官代替土官,使土府、州、县纳入地方行政系统。但由于土官势力甚大,改土归流在明代进展甚为缓慢。至清代中期,改土归流的速度才得以加快,至民国时期基本完成。
明朝在西南少数民族地区建置土府、州、县的同时,于东北、西北等地建置了羁縻都司、卫、所,以当地少数民族首领、酋长为都督、都指挥、指挥、千百户、镇抚等官,而由朝廷赐予敕书、印信,使各统部民,因俗而治。
在东北黑龙江流域女真居地,永乐时建置了奴尔干都司及130多个卫所。至正统后,在奴尔干都司属地置卫达384个,所四个,地面(明代东北女真居地的一种区划单位)七个、站七个、寨一个。明后期,奴尔干各卫先后被努尔哈赤建立的后金政权所统一。
在西北嘉峪关以西畏兀儿居地,明初先后设置了哈密、沙州(今敦煌)、赤斤蒙古(今甘肃玉门市西北赤金)、安定、阿端(今青海格尔木县西北)、曲先(今青海格尔木县西北)、罕东(今青海青海湖以东)七卫。明中叶后,日渐遭到破坏。
在川西和青藏地区的藏族居地,明初先后设置了乌思藏(今西藏大部)、朵生卫(西藏东部、青海大部及川西)二都司及俺不罗(今西藏浪卡子)、牛儿宗寨(拉萨西南)等行都司,陇答(今西藏贡觉、昌都地区)、必里(黄河河源地区)、陇卜(今青海玉树北)等卫,及宣慰司三个、招讨司六个、千户所17和若干万户府、军民元帅府等。