(1)藏象学说
“藏象”一词首见于《内经》，“藏”是居藏于体内的五脏六腑；“象”是表现于外的生命活动征象。它的研究内容是以五脏(心、肝、脾、肺、肾)为中心，阐述脏腑的生理功能，以及脏、腑(胃、小肠、大肠、三焦、膀胱、胆等)之间，及与外在组织，五官九窍之间的关系，并将人与自然、局部与整体进行有机的联系。如《内经》认为：心为君主之官，主神明，主明则下安。其华在面，其充在血脉，开窍于舌，与小肠互为表里，心包(亦称心包络)为其外围。意思是说心在脏腑中至为重要，相当于一国之君。神，广义指整个人体生命活动的外在表现；狭义的神指人的精神、思维活动。心主神明是说心为精神之所会，故“所以任物者谓之心”。脉为血之府，为血液通行的隧道。心有推动血液在脉管内运动的作用，故说“心主血脉”。面部血管丰富，最能反映心气的盛衰；面部表情丰富，最能反映情志、精神的变化，故说“其华在面”。心经别络(别络为本经别走邻经之络脉)上行于舌，所以心的生理变化，病理变化均能反映在舌体。心脏功能(神明、血脉)如此重要，所以说“主(主宰之义，指心)明则下安；主不明则十二官(指各脏、腑，各司其职，故以官职比喻。如肺为相傅之官，出治节；肝为将军之官，出谋虑等)危。”以上以心为例，说明藏象学说对本脏(腑)功能的解释。
藏象学说的形成是与古代医家长期的观察、反复的医疗实践，及当时具有的简单的解剖知识分不开的，由感性认识逐步上升为理性认识，再回过头来指导医疗实践。如人生气、着急、上火眼睛就会发红疼痛，而“怒”的情态变化与肝有关，通过泻肝火的药物治疗后会好转，因而推论出“肝开窍于目”。又如脾胃虚弱的患者常出现食欲减退，腹泻，四肢水肿，乏力消瘦，也就总结出“脾主运化”、“胃主受纳”、“脾主升清(升提清阳之气，有利于水谷精微为身体所利用)”等生理功能。限于古代的解剖学水平，中医主要着眼于对活着的、运动着的人体，进行整体的、动态的观察。经几千年来的临床实践证明，这种研究方法与解剖为基础的研究方法不同，它具有整体观念，同时也是中医和西医形成两个截然不同的理论体系的重要原因之一。
自《内经》以后，历代医家对藏象学说不断地充实与提高。一方面是加深了解剖学的新认识；另一方面随着金元、明清时代医学流派的崛起，各个医家从不同的角度深化了藏象学说的内容，并形成了一系列的理论及临床行之有效的方剂，至今仍广泛应用于临床。如金元时期李东垣对脾胃的阐述；明代张景岳对肾阴、肾阳的探讨；李时珍对大脑功能的认识；清代王泰林对肝的研究等，使藏象学说更臻完善。
藏象还以五行归类的认识方法来说明脏、腑与各组织器官及自然界之间的联系。以木、火、土、金、水为五个系统，它们之间存在着生、克、乘、侮等关系，而各系统分别以肝、心、脾、肺、肾为中心，各有所属。
能了解藏象学说是怎么回事，也就清楚了中医和西医所用的脏器名称有时相同，但二者所指，及其生理功能范围却是根本不相同的，决不能混淆。比如有人眼睛有了问题，中医说“其病在肝”，患者就背上了包袱，自己觉得需要抽血查肝功能情况。其实是不了解中医藏象学说的肝，不同于西医所说的肝。这种误会在今天是太普遍了。
(2)精气神学说
精气神学说源于道家学派。道家学派初创于春秋末年，盛于战国中后期。西汉初叶，主要宣传道家学说的《淮南子》的编撰完成使精气神学说趋于完善。《淮南子》阐述了形、气、神之间的关系，而且将精气神学说、阴阳学说、五行学说熔为一炉，探讨了自然界万物的本源和演化过程，以及精神与物质的关系。
中医学用精、气、神来解释人体生命活动中的形、神统一的转化规律。精为人身之本，是生命活动的物质基础，有先天、后天之分。先天之精禀受于父母，与生俱来；后天之精来源于饮食所化生的精微物质。气的含义有二：一指流动着的细微难见的精微物质，如元气、卫气、营气、经络之气等；一指脏腑的生理功能，如脾胃之气、心气、膀胱之气等。
神是精与气的外在表现，即表现于外的生命征象。《素问·移精变气论》说：“得神者昌，失神者亡。”所以诊病时望诊最重要的内容就是神。广而言之，不唯望诊，切诊所据的脉象、问诊所据的生理征象、闻诊所据的声音都能反应患者神的状况。人的精神活动如神(狭义的神)、魂、魄、意、志，也属神的范畴。神对气有调节作用，从而影响精的藏、泄、聚、散。神对气与精的调节作用，可以说是气功运动的主要理论依据。
精、气、神三者之间的关系概括地说：精为基础，气为功用，神为表现，存亡与共，相互影响，化生不息，维系生命。因此精气神学说体现了中医学的“人体恒动观”。它反映的正是精神与物质之间的辩证关系，这一理论应用于中医诊断、治疗、防病、保健等各个方面。
(3)经络学说
经络学说是研究人体经络系统的生理功能、病理变化，及其与脏腑相互关系的学说。经络是人体内运行气血的通路，它是沟通人体表里、上下，联系脏腑器官的独特系统。
经络学说内容包括经脉、络脉两部分。经脉有正经、奇经之分；络脉有别络、孙络之别。人体五脏六腑、四肢百骸、五官九窍、皮肉脉筋骨，虽具有各种不同的生理功能，却能共同进行着有机的整体活动，主要是依赖经络的联系。疾病的发生、传变，由表入里也是以经络为途径的。所以经络循行部位发生变化，也可以作为诊断疾病的依据。
经络中最重要的干线是十二正经，即手太阴肺经、手阳明大肠经、足阳明胃经、足太阴脾经、手少阴心经、手太阳小肠经、足太阳膀胱经、足少阴肾经、手厥阴心包经、手少阳三焦经、足少阳胆经、足厥阴肝经，经气顺序循行，如环无端。由此可见经络学说与藏象学说是密切相关，不可分割的。
两千多年以前，经络学说已经相当成熟了。至于是什么时候开始发现，又是如何发现这一腧〔shu术〕穴确切、线路明晰、庞大复杂的网络系统的，可以说至今仍无人做出满意的解释。现在国内外对经络的实质做了大量研究，多数报道的循经感传路线与古代医籍记载的经络循行路线基本是相符的，但又和解剖学上的神经、血管、淋巴的分布很不一致。值得注意的是经络学说虽然尚不能用西医理论及现代科学进行完满的解释，但针灸治疗疾病却遍及世界各国，受到了高度的重视，可见经络学说是经得起时间和临床实践考验的。也可以说经络学说是肯定有其物质基础的。
(4)病因病机
在春秋时代，我们的祖先对于致病因素的认识已经很系统了。在《内经》中，关于六淫、七情、饮食、劳伤致病的理论有完整的论述。虽然后世在病因学上有所发展，但就其范围看，两千多年来，没有离开这几方面的概括。
六淫指风、寒、暑、湿、燥、火六气淫胜，而成为人的致病因素。中医称为外因邪气。
七情指喜、怒、忧、思、悲、恐、惊七种情志变化，太过也会使人生病。
饮食、劳伤致病，是由于饮食失调，起居无常，疲劳过度，房事不节等原因。
病机就是病理机制，是指疾病发生的原理以及反映疾病的病位、病性及发展变化的规律。对病机的系统论述，仍首推《内经》。概括地说，中医认为正气不能抵抗邪气则发病；在发病过程中正胜邪退则病趋于好转；邪胜正衰则病趋于恶化；而疾病的传变方式是各种各样的。对于病因、病机分析的结果，自然证候也就辨别出来了。当然病因病机的分析是以藏象、经络学说为其理论基础的。
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