儒家学说发展的第三阶段，就是宋明理学。要把理学的产生讲清楚，必须回顾魏晋隋唐哲学思想的演进，尤其是儒、释、道三教合流的情况。
原来在西汉初年占优势的道家黄老思想，虽然由于“罢黜百家，独尊儒术”而让位于神学经学，但本身仍有强大的生命力。它在民间传播，势力逐渐壮大，对东汉以后思想的发展发生重要影响。儒道思想的融合，在扬雄、王充那里酝酿发展出反对神学经学的新哲学，尤其王充的元气自然论，代表唯物论哲学的新高度。另一方面，一些道家学者把元气自然论同儒家、阴阳家、神仙家乃至谶纬迷信结合起来，创造了以老子为教主的道教理论。这个理论既讲修身治国，又讲修炼成仙，且包含儒家伦理、灾异谴告等等内容，逐渐受到统治者的信任、支持，形成中国土生土长的群众性的宗教——道教。
魏晋时代，儒道两大思潮继续融合，产生了中国哲学史上的一朵奇葩——玄学。汉代哲学讲宇宙论，谈天地万物、人类社会如何产生。玄学则不同，它改变思路讲本体论，说明万物存在依赖于跟它们完全不同的本体。万物是现象，它们是相对的、暂时的，不能自存，它们是由于有绝对的永恒的本体才能存在。现象是由本体决定的，它们之间是本末关系。那么本体究竟是什么呢？玄学家王弼认为，本体具有现象的全部规定性，但又不能说它具有任何具体的规定性，它是无形无名的，因而可以称本体为无。他主张天地万物以无为本，他的理论被称为贵无论。在哲学领域，贵无论要解决的不仅是末依赖于本，而且是本决定末。王弼认为从地位上说，要“崇本息末”(把末看作被决定的、第二性的东西)；从功用上说，要“崇本举末”(抓住一本而统御、运用众末)。在社会政治领域，贵无论要解决的是自然与名教的关系问题。所谓自然是道家理想的原始状态，名教即儒家政治伦理、三纲五常。王弼认为，自然是本，名教是末，自然状态结束，必然产生长官治理民众的局面，而有尊卑之名。另一方面，名教虽然必要，但不能过分强调，还应尽量体现自然的精神，否则便失了“治之母”，形成严重的对立和争夺。王弼本体论哲学在中国哲学史上占有重要地位，它引导人们透过现象进入本质，通过杂多把握世界的统一性。这是汉代宇宙生成论哲学包括董仲舒和王充的哲学，无法与之比拟的。但是王弼本体论又有重要缺陷，由于他把本体规定为无，就使它和现象始终有两截之嫌，二者之间是松散的外部的关系。其实本体应该是有无的统一，首先是有——真实无妄，其次才是无——无名无形。北宋程颐懂得这个道理，所以在谈本体现象关系时说：“体用一源，显微无间”(《程氏易传·序》)，较好地解决了这个问题。其次，受这个看法的影响，王弼对自然与名教的关系，也处理成外部关系，按照他给名教寻找本体论根据这个目的来说，是不成功的。宋代儒者把王弼的自然换成天理(内容为抽象化了的仁义礼智)，以天理作为名教的本体，就实现了王弼想做而没有做到的事。王弼贵无学说的缺陷，其他玄学家曾设法予以弥补，如裴頠〔wei尾〕提出崇有论，郭象倡导玄冥独化理论等等，但这些理论又有自己的缺陷。总之，包括王弼及其他玄学家，都没有超出时代的局限，提高理论思维水平还有待于后人的努力。
佛教是产生于印度的宗教，西汉哀帝时传入中国。开始人们把它看作一种神仙方术，后来又用玄学贵无等理论来理解和解释它。东晋以后，由于佛教经典的翻译介绍越来越多，由于社会的动乱、黑暗，人们对今生绝望，普遍希望拿到进入天国的门票，还由于统治者的鼓吹、利用，佛教获得广泛的发展。它不仅有了自己的宗教组织，广大信徒，而且有了自己独立的理论。佛教理论成为中国人所理解的佛教理论，而不是纯粹印度的理论。到了隋唐时代，随着寺院经济的兴起、强大，理论思维的发展，终于创造出与印度佛教有重大区别的中国佛教宗派及其理论，如天台宗、华严宗、禅宗等等，把中国佛教推到鼎盛阶段。
东晋以后，玄学式微了。在意识形态领域存在着三种力量：儒、释、道三教。三教之间不断斗争，不断融合，展示了传统思想与外来思想在中国土地上交会更新、向前发展的丰富内容。
在斗争中，三教逐渐实现了融合。佛教本不敬王者，不尽孝道，但在中国封建宗法君主专制国度，这些是行不通的，于是它改变态度，向儒家三纲五常靠拢，申明自己忠君尊王，维护世俗政权；宣传佛徒须遵行孝道，唐代高僧宗密把孝说成贯通古今儒释的根本大道；并且尽量把儒佛两家道德观相比附，如以慈悲与仁道相比附，以佛家戒律与儒家德目相比附等等。道教一方面继续效忠王权，依傍儒家，同时吸收佛教的宗教理论、仪式、制度来充实自己的理论，改进自己的仪式、制度等等。从儒家方面说，也有越来越多的人对佛、道采取宽容态度，认为都是传统文化的一部分，佛道也都是劝善化俗之道，有辅助政教之功。另外也有人看到佛教哲学理论高深丰富而予以肯定。因此三教殊途同归论，三教同源论也应运而生了。
三教融合继续发展，融合的层面由外至内逐步深入，宋明道学就是这个大趋势的产物。早在唐代中叶，思想家、文学家韩愈提出儒家道统说，以为尧舜、禹、汤、文武、周公、孔子以来的儒家道统，因受二氏(老、佛)的影响，自孟子死后即不得其传，现在应该把道统接过来传下去。这种思想代表了相当一部分儒家知识分子不满意儒家思想仅能在政治、道德、民俗领域里依旧章实行，但缺乏理论深度与魅力，不能在意识形态领域中占上风的状况。他们要重振儒学雄风，战胜佛、道，取得思想领域的统治权。韩愈虽然提出了目标，但他的办法不可取，他主张对佛道要用行政手段取缔，“人其人，火其书，庐其居”(《原道》)，就是使僧道还俗，焚毁其经书，庙宇改作民居。他以后的儒者为解决他提出的也是时代提出的课题，进行了长期的探索。后来人们体会到，必须融合、吸收佛道哲学理论，把儒家伦理道德观念加以哲理化，只有如此，才能有所成就。这就是宋明道学的思想路数。创立理学的北宋儒者如周敦颐、张载、程颢、程颐以及邵雍，几乎人人“出入佛老”，经历从读儒书到读佛老，有所体会之后再跳出佛老，回归儒家的过程。经过这番洗礼，理学家们理解的儒家已经不同于先秦的原始儒学、汉代的神学、经学，他们大讲孔子没有讲或讲不清楚的性与天道，原来普普通通的儒家德目仁义、礼智变成天理、人性，万物的本体。因此人们依儒家伦理而过的道德生活，不仅体现人与人的关系，而且体现人与天的关系，不仅有社会意义，而且有超越意义即准宗教的意义。
宋明时代的儒学是新的儒学，由于它以天理为本体和至善，所以称为理学。它突出孔孟之道统，所以称为道学，它产生于宋代，所以又称宋学，而西方人则直接把它叫做新儒家(Neo—Confucianism)。上述北宋五位儒者，对理学的建立都做出了自己的贡献。周敦颐开辟了新儒学的方向，张载为理学建立基本的框架，而二程提出天理说，为理学戴上醒目的皇冠。邵雍学说虽然偏出主流，但也是理学的一个方面军。理学的创立者们在本体论上存在不同看法，张载以气为本，二程以理为本，两家互有批评。南宋朱熹以程颐的学说为主，吸收各家长处，建立起集大成的理本论的哲学体系。有集大成也就有学派的分化。与朱熹同时代的陆九渊，建立心本论的理论体系，与朱子抗衡，这派学说经明代王守仁的创造性发展而达到高峰。在理学中程朱的学说始终是主流派，陆王的心学，在明代一度行时，张载的气学虽有罗钦顺、王廷相、王夫之等对它加以弘扬，但总是作为主流派的附庸而存在。下面让我们分别介绍各家的观点。
周敦颐(公元1017—1073年)，世称濂溪先生，其学说称濂学。曾经在州县做过小官，但平生志趣在于理学研究。著作不多，却标志着理学的成立，在思想史上意义重大。在道德修养上也下了很大功夫，人们说他人品甚高，胸怀磊落，有如“光风霁月”。做过二程的老师，深刻影响了二程的思想。
周敦颐对于易学特别是道教的易学理论有深入的研究。在道教所传的易图中，有一《太极先天之图》，次序是自下而上，指示成丹的方法。周敦颐从道士手中接过此图，改称《太极图》，次序为自上而下，展示太极衍生阴阳五行以及万物人类的过程。作《太极图说》来说明其中道理，又作《易说》、《通书》加以发挥。反对他的人以为，周抄袭道教文献，道理也说不通，有损儒家声誉。朱熹等拥护他的人则认为，图与图说道理深刻，是前所未有的，地位可以排到孔孟之间。现在来看，周的学说虽然带有明显的道教痕迹，与后来的理学著作相比显得不够成熟，但是它创造性地将儒学思想与经过改造的道教思想结合起来，构筑了新的理论框架，改变了人们的思维方式。
朱熹等理学家在评价周敦颐的贡献时指出，他用理学的道理统一了天、人，批判了佛老与俗学两种错误的人生道路与价值取向，高扬了儒家精神。佛、道二教中人，很注意求天道和修身养性，但是对于齐家治国平天下，忠君孝亲，仁义礼乐完全没有兴趣，修养的目的是得到解脱或长生久视。所谓俗学是俗人的原则，他们追求事功以及物欲享乐，齐家治国平天下对于他们来说只是达到功利目的的手段，他们根本不求天道也不进行身心的修养。在周敦颐看来，这两种人有一个共同的特点，即是将天道与人事，修养与治国，内圣与外王分为两截。世俗的一套是自私自利的，污浊的；佛道看起来高雅，实质也还是自私自利。所以如此的原因，在于人们千百年来受佛道和功利思想的影响，抛弃了儒家圣人的教导，走上人生的歧途。要改变这种情况，使人人向善，使国家大治，就要恢复儒家的地位，重建儒学理论。新的儒学理论是与佛道、俗学都不同的，贯穿天人，既教人修养，又教人治国平天下的圣人之学，这就是理学。一方面，它要追求天道，追求人的身心修养，成为“内圣”；另一方面，它还要讲究治国平天下，实现“外王”。它的修养是与治国平天下相联系的修养，它的治平是在修养指导下的治平。因此，这个学说真正避免了佛道与俗学两方面的片面性，是内圣与外王的完美结合。这是整个理学的精神，周敦颐的功绩就在于首先揭示了这个精神。
北宋五子中出世较早的尚有邵雍(公元1011—1077年)，是一位象数派易学家。他也要为儒家伦理政治观点寻找一个形而上的根据。他宣称世上流传的易学是文王易，属于后天易，还有一种鲜为人知的先天易，这就是伏羲的易学。其中包含“皇极”——天地万物的根本大道，可以用来治理天下万事万物。他自己的主要工作就是阐发这个先天易学。
先天易是一种象数理论，与以往象数学家所搞的后天易不同，它以乾坤坎离为四正卦，以数的变化决定象的变化。邵雍用《八卦次序图》、《六十四卦次序图》来说明数由一(太极)开始，加一倍地向前发展，在卦象上就表现为二，即动——静—两仪；四，即阳阴刚柔—四象；八，即乾—兑—离—震—巽—坎—艮—坤—八卦，然后是十六，三十二，六十四——六十四卦；这样说明八卦与六十四卦的生成。同时，这种发展在宇宙论上表现为：太极生天地，天地生阴阳刚柔(在此是四种事物)，阴阳刚柔又生出日月星辰、石土火水、暑寒昼夜、雷露风雨、皇帝王霸、易诗书春秋。总之，现实世界是由太极按加一倍法的数学原则生成的，抓住这个原则就能统御世界。
他作《八卦方位图》与《六十四卦方位图》，以阴阳对立与阴阳消长的原则安排各卦的位置、四方与四时的位置，并由此展示事物盛衰生灭的循环运动。他还用《皇极经世图》表示整个宇宙的周期性发展。图中有元会运世四个时间概念，一元就是一个宇宙的周期，一元包括12会，一会包括30运，一运包括12世，一世包括30年，所以宇宙的一个周期就是129600年。我们所处的这个元之中，天开于第一会，地开于第二会，万物出于第三会，唐尧出在阳气最盛的第六会，三代到宋都在走下坡路的第七会，第11会时万物消灭，第12会时天地都坏。然后再开始一个新的元。元的周期性运动的实质就是阴阳的推移与消长，开始是一阳生，并逐步发展壮大，中期阳达到极盛，然后是一阴生，并逐步发展壮大，终期阴达到极盛。
邵雍也同周敦颐一样，企图将天人统一起来，用一个哲理化的儒家原则来说明一切，并指导人的伦理政治生活。但是他的体系过于庞大繁琐，包含许多生拼硬凑的内容，特别是他主张在名教之乐之上还有“观物”之乐，这种乐是认识了宇宙规律，将一切都看作过眼烟云，得到解脱之后而产生的具有道家色彩的乐。因此，二程和许多理学家并不十分赞赏他。邵雍要将自己的数学传授给二程，他们却表示，我们哪有工夫学那个！邵雍在王安石新政时期，态度谨慎，既不表示支持，也不表示反对，因而没有受到打击。程颐说，“邵尧夫(邵雍的字)在急流中被渠安然取十年快乐”(《河南程氏外书》卷十一)，程颐是位坚定的保守派，他说这话并不是赞扬。
对理学框架的建构做出重大贡献的是张载(公元1020—1077年)，字子厚，关中眉县横渠镇人，故人称横渠先生，把他的学说叫做关学。张载好学深思，用功甚勤，往往夜里睡在床上还在思索，有了好的想法，便立即起身掌灯将它记录下来。张载的本体论是批判继承佛老思想而形成的。佛老以虚无为本体，用来说明看起来实在的世间万物原来是虚妄不实的，引导人们出世，这是张载反对的。但是无形的本体能更好地与形体各异的万物联系在一起，这又是佛老思想的优点。所以张载心目中理学的本体应该是既有最实的内容，又有最虚的存在形式。受《易传》的启发，张载认为它就是以太和或太虚形式存在的气。
张载认为，气有聚散两种状态，气之散是它的本来状态，那就是太虚，气之聚是它的暂时形态，那就是天地万物。气聚而为万物，万物散而为太虚，这便是气的永恒运动。气为什么能运动变化呢？他用阴阳矛盾对立来解释。气分为阴阳两体，由于一分为二，所以它能变化，又由于合二而一，所以它神妙莫测。张载还用他的气本体论批评了佛、道的错误，特别指出佛家把天地万物归结为人心的作用，甚至归结为“见病”(视觉差错)，是完全悖理的。张载的唯物主义和辩证法思想，在哲学史上有突出地位，但他是一位理学家，目的是为儒家伦理确立本体论的依据。理学家、心学家直接把儒家伦理设定为天理，为本心，简易直捷；张载以气为本体，由气到仁义礼智须要有中介。这个中介就是气的超越性。他指出，气虽然是万物本体，但气的本然状态——太虚，与具体事物之间有着原则的不同。太虚就是人们所说的天。太虚之气是极清的，因而是神妙的；形成万物之后，其气重浊，窒碍不通。这种自然的差别使天与地及万物截然不同，“地，物也；天，神也；物无逾神之理”(《正蒙·参两》)。“万物形色，神之糟粕”(《正蒙·太和》)。在这个基础上，张载又赋予天以伦理性，如天生物有先后顺序(天序)，物生之后有大小高下的差异与和谐的秩序(天秩)，儒家君臣父子的常规，尊卑上下的礼数就是对天序天秩认识的结果。他还指出，天不言而信，是因为它有诚的本性；天生成万物，是因为它有仁的本性。这样，儒家伦理道德的重要原则，完全在太虚——天那里找到了根据，因此遵守儒家道德规范就有了不寻常的意义，使人像天，与天合一，得到超越。
张载的人性论对理学的发展起了重要作用。他认为，人既有来自太虚的天命之性，也有来自本身形体的气质之性。天命之性对于任何人都是一样的，即诚、仁、义、礼、智、信等，但气质有清浊厚薄的不同，使人有智愚及贫富贵贱之别。他要求君子不以气质之性为性，而要尽力恢复天命之性，也就是进行道德修养。他把性分为天命、气质两种，用前者说明人性善，用后者说明现实道德水平及遭遇的差别，是孟子以来性善论的重大发展。朱熹极力称赞这个理论“极有功于圣门，有补于后学”(《朱子语类》卷四)。
在认识论与修养论方面，张载提出人的知识有两种，其一是天德良知，其一是闻见之知。前者是对太虚、仁义等哲学与伦理学问题的神秘直观；后者是对具体事物的感性认识。他肯定天德良知不是从闻见中来，而是从修养中得来，但是也不否认闻见对于产生天德良知有一定启发作用。人的认识与修养有一个从渐修到顿悟的过程。这些观点对后来的理学家有所启迪。虽然张载对理学的建立有很大贡献，但由于他没有突出天理，关于气的自然哲学又讲得比较多，受到程朱的批评，在理学中的地位比不上程氏兄弟及周敦颐。
理学的正宗与主流是程颢(公元1032—1085年)、程颐(公元1033—1107年)兄弟开创的学说(人称洛学)。二程是河南(今洛阳)人，出身官宦人家，与司马光、富弼等人相友善，反对王安石的新政，为此他们在变法时期受到打击，在后来的反复当中又遭折腾，政治上相当坎坷。他们年轻时曾经师从理学开山周敦颐，从事理学的研究和讲学之后，又与张载、邵雍相互切磋。优越的学术环境，加上本人的聪颖与努力，使他们在理论上达到前所未有的高度。
二程理论体系中最重要的概念是理或天理，他们着力阐发的就是天理论。世界上有气有理，气就是阴阳，阴阳的推移消长，形成世界万物的运动变化，生生灭灭。但是气之所以能够如此，是因为在它之中有一个理起支配作用。理总是与气结合在一起，气是有形的，是形而下的东西，理是无形的，是形而上的东西。理是气的所以然，是气的根据。程颐说，“所以阴阳者是道也”(《河南程氏遗书》卷十五)。所以阴阳者即是使阴阳成为阴阳的那个东西，程颐认为那是道，道就是理。万事万物各有其理，这些理是不是毫无关系呢？不是，二程指出，“万理出于一理”，(同上书卷十八)也就是说有一个最根本的理，由它生出万理。所以，归根结底，“天下只有一个理”(同上)，这个理就是儒家伦理的根本精神，被当作天地万物本体的仁义礼智。天理是理学王冠上的宝石，天理论的提出标志着理学建构的基本完成。在天理论基础上，二程提出人性论和格物致知论。后来朱熹以二程特别是程颐的理论为骨干，结合其他理学前辈的学说，创造了集大成的朱子学。二程的学说将结合朱熹的理论继续阐发。
二程的哲学思想基本是一致的，但也略有不同。程颐严格区分形上形下，心属形下，与理分属两个不同层次。朱熹继承发挥了这个思想，提出性是理而心不是理，必须将心性区别开来的思想。程颢比较看重心的作用，也不大区分形上形下，这些观点受到陆九渊(号象山)和王守仁(号阳明)的赞扬，成为陆王心学的重要思想资源。
理学最重要的代表人物是朱熹(公元1130—1200年)。从北宋开始，中国封建社会进入后期发展阶段。朱熹生活的南宋，外有金人、蒙古人的压迫，内有深刻的社会危机。在他看来，只有重建儒家思想的权威，才能整饬人心，维系南宋王朝的存在。他依照程颐所开辟的理本论的道路前进，也就是把儒家道德规范上升为天理，确认天理作为万事万物本体的地位，规定天理是万物的规律，是人的价值目标。教导人们去人欲、存天理，修养道德，成为圣贤。朱熹关于理气的学说认为，世界上有理有气，理气结合，形成万物，理是生成事物的根本，气是生成事物的材料，理构成事物的本性，气构成事物的形体。理的总体就是太极，太极之理存在于每个人每件事物上，所以人人具一太极，物物具一太极，太极就是人物之性。那么太极之性究竟是什么呢？他说：“性是太极浑然之体，本不可以名字言，但其中含具万理，而纲领之大者有四，故命之曰仁义礼智。”(《朱文公文集·答陈器之》)对于三纲五常(仁、义、礼、智、信)的论证来说，王弼的本体论胜过董仲舒的神学目的论，而朱熹的以理为本又大大胜过王弼的以无为本。但是，既然宇宙只有一个太极之理，怎样解释世界的复杂性——事物之品类万殊、人间的尊卑贵贱呢？朱熹利用二程“理一分殊”说给以解释。所谓分殊指气由于偏全清浊厚薄等不同状况形成的分位的差别，如得气之偏者为物，得气之全者为人，在人之中得气之清者为圣智，得浊者为下愚，得厚者富贵，得薄者贫贱，等等。理虽然只有一个，但是它在不同分位的气中所能显露出的方面则有很大差异。这就巧妙地为万物之间的差异，主要是人间的差异找到了说明。
朱熹的心性论比较全面地解决主体(心)与作为人性的天理之间的关系问题，指示了成圣即培养理想人格之路。他赞成张载“心统性情”(《朱子语类》卷五)的观点，就是说心包括性和情两个方面，性是体，情是用，如果心使情从性(天理)上发出来，这心就是道心，这情就是善的。如果心使情从形气上发出来，这心就是人心，这情就不一定是善的。如果人心膨胀，情欲增多，乃至泯灭了道心，就成为恶。这就是说，人既有为善的根据(人性是理，是善)，也有为恶的可能(人有形体，有各种物质要求)，而人心是能动的，人究竟为善为恶全在人心的选择、决断。所以朱熹认为，要使人为善成圣，必须使道心为主宰而人心听命，“革尽人欲，复尽天理”(《朱子语类》卷十三)。
虽然天理就在人心，但人并不是生来就知道什么是天理，什么不是天理。朱熹认为要想认识天理，必须依照《大学》的教导格物、致知。他说，天地万物都有理，所谓格物就是即物而穷理，针对一事一物讲明、探索其中包含的天理。人心都有知(这里的知是指对儒家伦理的了解)，但这知开头总是片面的、肤浅的，要想把这一点知扩展开去(致知)，必须借助于格物。今日格一物，明日格一物，积累到一定程度，就会豁然贯通，“众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣”(《大学章句》)。他的知虽不从格物来，但格物可以对致知起启发和辅助作用，这种对格物的肯定，多少有利于自然科学的研究，清末人们把自然科学称为格致，与他是有关系的。另外，朱氏所谓豁然贯通并非感性认识向理性认识的飞跃，乃是一种对于本体——理或性的神秘顿悟。朱熹生前由于政治的原因，他的学说曾被朝廷称作伪学，一度受到压制打击。但他死后不久情况就根本改观了。北宋以来，《大学》、《中庸》、《论语》、《孟子》的地位逐渐提高，经朱熹表彰，影响更大，编为四书，重要性几乎超过五经。朱熹的《四书集注》从元代到清代，一直是士人的必修教科书，科举考试的标准答案，反对它会遭到严厉的惩罚。一种学说处在这样的特殊地位，不可避免地要走向僵化，明代以后朱子学正好走了这条路。
朱子以后新儒家的另一重要代表人物是明代倡导心本论的王守仁(公元1472—1529年)，人称阳明先生，他的学说被称为王学或阳明学。他认为当时的人们把儒学当作纯学问甚至做官的敲门砖，而不用来修养身心，产生了不小的流弊。他还认为流弊的根源在于朱熹提倡的理学在理论上有问题。朱熹认为理在万物，要即物穷理。王守仁认为理不在物而在人心，因为“心即理也”(《传习录》中)。王守仁原来也是学朱子学的，为实践“格物”的理论，曾面对竹园“格”了七天七夜，不但一无所获，而且病了一场，从此开始怀疑朱子学，特别是它把心与理分而为二的倾向。一度潜心于佛、道，颇有所得。后来他被贬到贵州龙场驿(今修文县)做官，仍旧苦苦思索心、理关系问题，一天夜里突然悟到：“圣人之道，吾性(心)自足”(《年谱》)，于是大呼大跳一番，从此“悟道”，走上心学之路。所以王学的起点是他在朱子学中发现，但在朱子体系中不能解决的问题，促使王学产生的酵母则是佛道，特别是禅宗的明心见性之学。
禅宗认为人心即是佛性，王守仁认为人心即是天理。当然这心是指人的本心。本心是天理与明觉的统一，所以天理自然能发现于心，本心发出来的也必然是天理。理对于朱熹的“心”是外在的，而对于王守仁的“心”则是内在的，这是一个重大的转变。从伦理观上说，朱熹是要用道德规范(义务)去管束人，王守仁则变为用道德自觉(良心)去管束人。从世界观上说，朱熹的理既是自然规律，又是道德规范，他主张通过格物从前者推出后者，其实行不通。王守仁“心即理”的理论，只涉及道德良心，道德观念，而不涉及自然规律问题，也就是说不再把两者拉扯、混淆在一起，显然比朱熹简易、直捷，特别是它大大高扬了人的主观能动性，教人自尊无畏，不盲从外在权威，即使是儒家圣贤。他曾说过：“学贵得之于心，求之于心而非也，虽其言之出于孔子，不敢以为是也，而况其未及孔子者乎！求之于心而是也，虽其言之出于庸常，不敢以为非也，而况其出于孔子者乎！”(《传习录》中)真理要由自心认可，自心不认可的，即使出自孔子也不能相信。自心认可的，即使出自普通人，也不该轻易否定。
王守仁确立了自己的基本思想之后，曾经多次改变自己的“教法”，从不同角度宣传自己的基本思想。他讲过知行合一，静坐，存天理去人欲，诚意，最后在1521年推出致良知说，最终完成了自己的体系。“知行合一”实际是说知行统一。知与行都是本体心的发用，不同之处在于知是开始，行是完成；知是思想内容，行是实际活动。这个理论有比较浓的实用色彩，所以，从善的一路说，只知不行的不算知，如有人嘴上说孝，实际不尽孝道，是不知孝；而从恶的一路说，有一恶念便算是行，如人有反对君父的念头，就算有反君父的行为。标准如此不同，不能说是公允的。致良知是王守仁“心即理”思想与《大学》框架相结合的产物。他认为，良知是心的本体，是天理又是最根本的知，不过，要把良知变成现实的知和行，就要下“致”的工夫，《大学》所说的“致知”正是这个意思。在《大学》，致知与格物联系在一起，要致知必须格物。王守仁说格就是正，使不正的改变为正；物不是物体，而是人所从事的事务、事情，它们自然离不开人的意念。所以他说：“意之所在便是物。”(《传习录》上)于是对于他来说，格物就是“正念头”，使不正的念头得正。同一个道德行为，从为善方面说是致良知，从去恶方面说是格物。从贯彻天理方面是致知，从使事情符合天理方面说是格物。用格物穷理说解释的《大学》是朱熹的阵地，用致良知说解释的《大学》是王守仁的阵地，有了《大学》的阵地，阳明学便能与朱子学抗衡了。
王守仁建立阳明学，本意是要提高封建士大夫的道德自觉，挽救当时的政治危机。但是由于他激活了久被压抑的人心，灌输了自作主宰的意识，为不满现实的各阶层人士所欢迎。各方面的人按自己的理解去解释阳明学，使它在王守仁去世后不久即分化为许多派别，其中王艮、王畿的现成派，代表市民利益，在明代后期十分活跃。清兵入关既打断了商品经济的发展进程，也结束了整个王学的发展，朱子学重新被定为一尊。
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