鸦片战争后，中国从封建社会转变为半封建半殖民地社会。西方列强船坚炮利，一次又一次打败清政府，逼它签订各种割地赔款、丧权辱国的不平等条约。在帝国主义侵略面前，不但大清皇帝和他的列祖列宗不管用了，孔孟之道、程朱理学也失灵了。为了挽救民族危亡，建设独立富强的新国家，先进的中国人以不屈不挠的毅力，向西方学习救国救民的真理。他们宣传西方思想，批评以儒家思想为代表的中国传统观念，以便教育和唤起民众，改造旧中国。
太平天国革命领袖洪秀全(公元1814—1864年)，向西方学习基督教思想，宣传上帝是世界主宰，人人是上帝子女，清政府压迫人民根本违反上帝旨意。他认为孔子完全是为妖魔——帝王将相说话的，“推勘妖魔作怪之由，总追究孔丘教人之书多错”(《太平天日》)。并且编造神话，说上帝对孔丘十分恼火，在天廷审训、鞭挞孔丘。太平天国用行政手段对付儒家思想，如烧儒书，删儒书，拆孔庙。但行政手段解决不了思想问题，传统的宗法等级观念，在天国领袖的头脑中不但没有清除，反而滋长泛滥，这是小农意识的局限性，也是导致起义失败的原因。
资产阶级改良运动代表人物康有为(公元1858—1927年)，学习了西方的资产阶级民主主义和进化论思想，主张在政治上实行君主立宪，经济上鼓励国家和私人开办实业。他批评儒家传统观念，宣传改革思想，采取了一种特殊的方法，这一切都在尊孔的旗帜下进行。他写《新学伪经考》、《孔子改制考》，用公羊学方法考证出孔子的微言大义全为改革政治制度而发，不过孔子是托古改制，即假托尧舜禹汤等圣王的言行提出改制的主张。康有为自己托古改制，偏说孔子托古改制，自己有民主和进化论思想，
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