顺治元年，命以刑部参政兼任，率师驻防锦州。四月，从睿亲王多尔衮入关，破李自成；又率兵徇山东、河南，斩自成将赵应元，降其众万人。二年，从豫亲王多铎破自成兵潼关；移师南征，克扬州、下江宁，分兵定苏州、松江诸郡。江阴典史阎应元拒守，督兵攻破之。豫亲王令驻防苏州；会明将吴志葵、黄蜚等来犯，时城兵仅千余，率泰使遶城张帜为援兵状，志葵等斩关入，劲骑突起截击，尽歼之。三年，从端重亲王博洛平浙江、福建。叙功，授世职二等阿达哈哈番兼拖沙喇哈番。
五年，郑彩犯福建漳、泉诸郡，率泰与靖南将军陈泰协剿；斩获甚众，复长乐、连江二县。彩走，复擒斩所署总督顾世臣等，遂克兴化。寇攻福州十四月，围始解。民食尽，江西盗郭天才自杉关长驱至福州，载米、麦江上，诱民出就食；率泰师次建宁，檄守吏严备，乃夜焚洪山桥遁。巡按御史周世科虐刑婪贿，率泰疏劾，置诸法。
六年，从征大同叛将姜瓖，下保德州，擒瓖党牛化麟等。叙功，复加拖沙喇哈番。
初，定官制，改参政为侍郎；率泰仍以刑部侍郎兼梅勒额真。八年，调吏部，拜弘文院大学士。条奏请惩贪酷官吏、给满洲兵马草料、酌量营造工程次第，上从之。未几，与大学士陈泰坐误增恩诏赦款，并罢任；降世职为拜他喇布勒哈番。九年，特进三等阿思哈尼哈番。
十年，用大学士洪承畴荐，授两广总督。时桂王朱由榔居安隆，其将李定国拥兵广西，土寇廖笃增等应之；十一年，率泰遣兵进剿，斩笃增于玉版巢。十二年，定国犯广东，率泰御之，败其将高文贵。会靖南将军珠玛喇率禁旅至，合兵夹击，大破之；复高、雷二郡。
十三年，加太子太保，调闽浙总督。率泰有方略，善用兵，与士卒同甘苦。时郑成功据台湾，数入寇；率泰疏请增设水师三千、造哨船百余艘，招降海盗，散其羽翼。又言：『成功父芝龙不宜徙宁古塔；其地近海，恐乘间遁归，为患滋大』。世祖悉用其言。以破定国功，进世职一等；考满，加少保。十五年，招抚成功将唐邦杰、林翀、叶禄等，降者数万人。十五年，成功攻温州，陷平阳、瑞安；率泰调江宁满洲兵助剿，成功败走。是年，诏分闽浙总督为二，以都统赵国祚督浙江，驻温州；而以率泰专督福建，驻福州。未几，成功据南安岭，窥福州；其党陈斌既降复叛，率众据罗星塔。率泰檄兵燔其巨舰千余，成功遁；斌复降，奏诛之。十六年，坐事夺世职，任总督如故。康熙元年，率泰以漳州为福建门户，奏增设水师二千。寻与靖南王耿继茂击走定海、小埕诸寇；复与提督马得功平万安所，击走成功将杨宣。
是年，成功死，其子锦拒命如故，部下渐携贰。于是率泰复招降其将林俊奇、陈辉、何义、魏明等三百余人、兵二千有奇；统建宁
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