杨镐，商丘人。万历八年(1580)考中进士。先后当过南昌、蠡县知县，然后进入朝中当御史，因事调为大理评事。后来又升为山东参议，负责防守辽海道。他曾经和大帅董一元一道在雪夜中翻越墨山去袭击蒙古炒花部的营帐，大获全胜，升任了副使。这期间，他开垦荒田一百三十多顷，每年储藏粮食一万八千多石，又被提升为参政。
二十五年(1597)春天，他和副将李如梅一道开出边塞作战，丢失了十员部将，一百六十多名士兵。正好这时朝鲜又一次用兵，神宗下令免除杨镐的罪过，提拔他为右佥都御史，让他去经略朝鲜军务。杨镐尚未到达朝鲜，就先上书讲了十件事，请允许让朝鲜官民捐赠粮食后得以升官、任官和赎罪，乡吏奴丁就免除他们的劳役，大都是一些苟且的事务。又因为朝鲜君臣把粮食储蓄隐藏起来，不给官军粮饷，他上书揭发朝鲜君臣的罪过。因此朝鲜人对他有很大的怨气。
当时，倭寇将领行长、清正等已经占领了南原、全州，又引兵进犯全罗、庆尚，势逼王京，威力很强大。幸好沈惟敬被抓获，倭寇的向导才没有了。朝鲜在兵乱之余千里萧条，敌人没什么可以掠夺的了，因此只在全罗积存军粮，做长期驻留的打算。这时中国部队也渐渐聚结过来。九月初一，杨镐才到达王京。正好当时副将解生等屡次挫败倭寇，朝鲜部队也几次立了战功，倭寇于是退守蔚山。十二月，杨镐召集总督邢..、提督麻贵讨论进兵方略，决定把四万兵力分为三协，副将高策率领中军，李如梅领左边，李芳春、解生领右边，合攻蔚山。开始时用少量部队去尝试作战，倭寇出来交战，大败，全都到岛山去驻扎，在岛山城外修起三道栅栏来自我保护。杨镐在辽东做官时与如梅结交得很深。到这个时候游击陈寅接连打下了敌人的两道栅栏，第三道眼看就要打下来了，杨镐因为如梅还没到，不想让陈寅的功劳比如梅大，所以就鸣金收兵。倭寇从此闭城不出，坚守着等待援兵。官兵从四面包围着，地面泥泞，并且时际严冬，风雪裂人肌肤，士兵缺乏坚强的斗志。倭寇日夜放大炮，用毒药煮了弹子，被打中的必死无疑。官兵又围攻了十天打不下来，倭寇了解到官兵泄气了，就假称求降拖延时间。第二年正月初二，行长的救兵突然来了，杨镐十分害怕，狼狈不堪地抢先逃了，各部队也跟着逃，贼兵追上前进行袭击，官兵死掉的人不计其数。副将吴惟忠、游击茅国器断后，倭寇才返回去，但是官军的辎重大多丢失了。
这次战役谋划了几年时间，倾用国内的全部力量，联合了整个朝鲜的兵力，被杨镐一下子给败弃了，满朝文武为此叹息不已。杨镐逃出以后，带着麻贵跑到庆州，害怕倭寇过来袭击，就把全部兵力撤回王京，与总督邢..一道虚假地向朝廷告捷。各营队报上人数，士兵死亡了差不多两万。杨镐大为恼火，把实际情况压下来不向朝廷汇报，只说死了一百多人。杨镐这时死了父亲，朝廷下诏命令他克制孝心继续办理国事。御史汪先岸曾经弹劾过杨镐别的罪过，阁臣却庇护他，起草了一道圣旨对他加以称赞，这道圣旨长期未加公布。赞画主事丁应泰听说杨镐打了败仗，去向杨镐询问今后的办法。杨镐把张位、沈一贯的亲笔信连同他们所起草的那道未经公布的圣旨给应泰看，并且扬扬得意地吹嘘自己的功绩。应泰感到气愤，就抗言上书讲了军队战败的情况，说杨镐应当问罪的有二十八条，可羞的有十点，并且弹劾张位、一贯同他共同作奸。神宗皇帝极其恼火，想依法惩处他们，首辅赵志皋做了营救，神宗才罢免杨镐，让他听候核实，让天津巡抚万世德去接替了他。后来，东征朝鲜的事情完结了，给事中杨应文讲到杨镐的功绩，神宗下诏准予再任用他。
三十八年(1610)，杨镐起复为辽东巡抚。期间，他在镇安袭击了炒花部落，御史田生金弹劾他挑起争端。当时辽东战事很忙，杨镐极力推荐李如梅，请求重新任用他做大将，被给事中麻僖、御史杨鹤弹劾。杨镐上书辩解并请求离职，神宗不加过问，杨镐最后回乡去了。
四十六年(1618)四月，北方大清部队出征，打下抚顺，守将王命印死掉了。辽东巡抚李维翰催促总兵官张承荫前往增援，承荫与副总兵颇廷相等人都战死了，周围一带大为震惊。朝廷讨论认为杨镐熟悉辽东的军事，就起用他为兵部右侍郎，前去担任经略。杨镐到任后，就申明纪律，征集四方部队，打算大举作战。到七月份，大清部队由鸦鹘关打下清河，副将邹储贤战死。神宗命令赐给杨镐尚方剑，允许他斩杀总兵以下的将官。杨镐就把清河逃将陈大道、高炫斩了，在军中巡回展示。这年冬天，各地援兵大批集结起来，杨镐就决定进兵。当时蚩尤旗这颗彗星有整个天空那么长，彗星又出现在东方，天上发生陨星，地上发生地震，有见识的人认为这些是失败的征兆。大学士方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科给事中赵兴邦等人都认为部队驻久了粮饷缺乏，就传发红旗，天天催杨镐进兵。
第二年正月，杨镐才召集总督汪可受、巡抚周永春、巡按陈王庭等决定，在二月十一日誓师，二十一日出塞开战。兵分四路：总兵官马林出兵开原，攻打北面；杜松出兵抚顺，攻打西面，李如柏从鸦鹘关出兵直奔清河，攻打南面；东南面则让刘纟廷出兵宽甸，经凉马佃捣后，用朝鲜部队来帮助他。号称大兵四十七万，约定三月二日在二道关集合后一起出发。当时天下着大雪，部队不肯向前走，出兵的时间又泄漏出去了。杜松想立个头功，先期渡过浑河，开到二道关来，伏兵大起，杜松全军覆没了。马林统领开原部队准备从三岔口出师，听说杜松战败，就停步不前，结营自保。大清部队居高临下，奋勇出击，马林招架不住，大败而逃了。杨镐听说后急忙传令想停下如柏、刘纟廷的两支部队，如柏就停止不前了。刘纟廷当时已经深入三百里，到了浑河，大清部队攻打他，但打不动他。后来就打着杜松的旗帜，穿着他的衣甲蒙骗刘纟廷。大清部队进入他的兵营以后，刘纟廷的营中大乱，刘纟廷奋力拼战而死。只有如柏的军队得以完整保存。文武将吏前后死去的有三百一十多人，士兵四万五千八百多人，丢掉的马匹、骆驼、兵器就多得无法计算了。战败的报告递到朝廷后，京师大震，御史杨鹤上书弹劾他，神宗皇帝没有答复。不多久，开原、铁岭又相继丢失了。言官纷纷上书弹劾杨镐，杨镐于是被逮进了皇家监狱，判为死刑。崇祯二年(1628)，杨镐伏法。
熊廷弼，字飞百，江夏人。万历二十五年(1594)考中乡试第一名，第二年成进士，初授官为保定推官，继而升为御史。
三十六年(1608)外出巡按辽东。巡抚赵楫与总兵官李成梁放弃宽甸地方的八百里领土，把当地六万老百姓迁移到内地来安家。过后，评定功绩竟然还要受到奖赏，给事中宋一韩上书论列了他们的罪。此事被下发给廷弼重新核查，全部查清了他们放弃领土、驱民迁移的事，廷弼上书弹劾他们两个的罪状，并说到前任巡按大臣何尔健、康丕扬勾结、包庇他们。但他的奏章竟未被下发给大臣讨论。当时诏书要求兴办屯田，廷弼说辽地多有闲地，每年在八万兵额中用三分人力来屯田、耕种，就可以收获粟米一百三十万石。神宗皇帝特地颁布诏书表示赞成，命令在边境各处推行。当时边防将领喜欢搅扰敌营，动辄引发战斗。廷弼说防护边疆以自守为上策，修造城堡，有十五种好处，报告皇帝后就实行起来。那年大旱，廷弼巡行至于金州，就在城隍庙神像祈祷，约七日里下场雨，如若不下雨就拆毁城隍庙。等巡行到广宁，已过了三天，廷弼就用大字写了白牌，封了剑，派使节前去斩杀城隍神，使节还没到，就见风雷大作，暴雨如注。辽地的人以为他为神明。他在辽地几年，杜绝送礼，核查军情，审查大将小吏，绝不姑息养奸，辽地的风尚、纲纪为之大振。
廷弼在南畿为督学，纪律严明，很有声望。后来因为棒打生员致死一事，与巡按御史荆养智相互在奏章中攻击。养智递上奏章弃职而去，廷弼也因听候核查回家乡去了。
四十七年(1619)，杨镐战败丧师以后，朝廷因为廷弼熟悉边防事务，起用他为大理寺丞兼河南道御史，前往安抚河东地带。不久提升为兵部右侍郎兼右佥都御史，代杨镐为经略。他还没有离开京城，开原就失守了，廷弼上书说：“辽左，是京城的肩背，河东，是辽镇的心腹，开原又是河东的根本。想保住辽东的话，开原一定不能放弃。敌军没有打下开原的时候，北关、朝鲜还足以给他们构成腹背之患，现在开原被打下，北关不敢不向敌人屈服，敌方派一个使臣去，朝鲜不敢不附从。敌人没有腹背之忧，一定会联合东西两边的兵力来一起攻打我们，这样辽、沈怎么守得住呢？我请求朝廷赶紧派遣将士，准备粮草，修造器械，不要节制我的费用，不要延误我的时限，不要用一般的规矩来使我沮丧，不要从旁阻挠来掣我的手肘，不要把艰危只给了我一个，大家不关于心，以至于误了我、误了辽，并且误了我朝我国家。”奏章递上去以后，全部得到允准，神宗并赐给尚方宝剑以加大他的权力。廷弼刚刚走出山海关，铁岭又失守了，沈阳和其他城堡的军民一时间全都逃窜了，辽阳一带人心不安。廷弼兼程向前，遇到逃出来的，就劝说他们回去。把逃将刘遇节、王捷、王文鼎斩了头来祭奠死节的将士。把贪污的将领陈伦给宰了，并上书弹劾、罢免了总兵官李如桢，用李怀信替换了他。他督促士兵打造战车，置办火器，开挖战濠，修筑城墙，做御敌守城的准备。他的命令坚决，有法必行，几个月下来，守备大为牢固了。接着他上书皇帝进呈方略，请召集军队十八万人分布在云阳、清河、抚顺、柴河、三岔儿、镇江等战略要地，首尾呼应，小的战事各自拒敌防守，大敌来时则互相接应、援助。另外再挑选精兵悍将组织游击，乘机出动，攻掠敌人的零散兵马，扰乱他们的耕种和放牧，轮番出击，使敌人疲于奔命，然后瞅准机会进兵剿敌。奏章递上后，神宗听从了他的建议。
廷弼刚到辽地时，命令佥事韩原善前往安抚沈阳，韩原善害怕，不肯去。接着派佥事阎鸣泰去，阎鸣泰走到虎皮驿，大哭而返。廷弼于是亲往巡视，从虎皮驿抵达沈阳，又冒雪夜往抚顺。总兵贺世贤用距离敌人太近来阻挠他，廷弼说：“冰雪满地，敌人想不到我会来的。”于是打鼓奏乐进入抚顺城。当时正是兵祸以后，几百里地不见人影，廷弼祭祀了那些为国事死亡的将士，哭了一场。接着在奉集显示了一番军威，察看了当地的地理形势，然后返回。一路上所到之处都招集流民，修整防守战具，分派兵马驻扎，因此当地军民的心重新稳定下来了。
廷弼身高七尺，有胆量，晓军事，擅长左右开弓放箭。自前番为辽地巡按时就主张防守，到这时更加坚决地主张拒敌守城。但是他脾气火，禀性刚直，喜欢骂人，不甘谦恭下人，因而舆论对他不太推许。
第二年五月，我大清兵占领了地花岭。六月，打下了王大人屯。八月进攻蒲河。明朝将士散亡七百多人，不过世贤等将领也有斩敌俘敌的功劳。然而给事中姚宗文却在朝廷里腾舌诽谤，廷弼因此无法再安心职守了。宗文这个人原先任户科给事，因守丧离职回乡。回朝以后想入补做官，而吏部的几次申请递给皇上以后都被放置几年，不予批准，宗文引以为忧。又假借招来西部人民的名义，托执政的大臣推荐自己，荐章上了几次，仍得不到任用。宗文没法可想，就写信给廷弼，让他为自己请求一官。廷弼没有随从他，宗文因此怨恨廷弼。后来他一路巴结，才复职于吏科，到辽东来检阅兵马，与廷弼议事，大多意见不一。辽东人刘国缙原先做过御史，在三年一次的考绩中受到贬职处分。辽地战事起来后，朝廷决定用辽人，于是他才做了兵部主事，参与军务。国缙主张召募辽人为兵，按他的办法召募了一万七千多人，后来有一半以上逃跑了。廷弼把此事报给朝廷知道，国缙也对廷弼产生了怨恨。过去廷弼当御史的时候，与国缙、宗文一起负责进言，相互之间，意气相得，共同以排斥东林、攻击道学为职事。国缙等对廷弼寄以旧望，廷弼却不能和从前一样了，这样他们之间更两相失望了。宗文本出自国缙门下，他们两个从此更加勾结在一起，倾轧廷弼。等到宗文回朝以后，上书陈说辽地疆土日见减少，诋毁廷弼废弃大家的计谋，夸张自己的错误，并且说：“那里的军马也不训练，将领未加部署，人心既不亲附，刑罚有时并无作用，只是军民的劳务没有停止的时候。”又鼓动他那一伙人起来攻击，想非使廷弼去职不可。御史顾忄造首先起来，弹劾廷弼出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟，尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。
这个时候，光宗去世，熹宗刚刚登基，朝廷里事情正多，而对边疆大臣的议论也开始了，御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇上的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。熹宗把冯三元的奏章发给朝臣议论，廷弼恼火了，上书为自己竭力辩解，并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。廷弼更加愤恨，又一次上书自白，说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了”。于是缴回尚方宝剑，竭力请将自己免职罢官。给事中魏应嘉又弹劾了他，朝廷终于决定准许廷弼去职，用袁应泰接替了他。廷弼于是上书请求派人来调查。三元、应嘉、修德等又连章极论廷弼的过失，廷弼就请派他三个来核实，熹宗听从了他的意见。御史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以，于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等童蒙回来上奏，全面陈述了廷弼的功绩，最后说：“我进入辽地的时候，士民对他垂泪称道，说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存，他的罪怎么能轻易确定呢？只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大；等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢？廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称；但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功！”熹宗因为廷弼力保危城，仍打算以后起用他。
天启元年(1621)，沈阳陷落，应泰死去，朝廷里大臣们又想起了廷弼。给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一火景。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊。一火景说：“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。”御史江秉谦上书追叙廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。熹宗于是对过去弹劾廷弼的人加以治罪，三元、修德、应嘉、郭巩各贬三级，除掉了宗文的官籍。御史刘廷宣论救，也被罢免。于是又下达诏书从家里起用廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。
化贞是诸城人，万历四十一年(1613)进士。由户部主事转右参议，分兵驻守在广宁。蒙古炒花等部落酋长乘机想要南侵，化贞安抚他们，他们就不敢再动了。朱童蒙到东北调查回来后，极力说化贞得西部人心，不要轻易调动他，以免坏了安抚蒙古的事。化贞也说辽地战事终将失败，只有发放百万帑金，极力款待蒙古人，那么敌人就有所顾忌，不敢深入了。恰好辽阳、沈阳相继失守，朝廷决定起用廷弼，御史方震孺请给化贞晋级，让他便宜行事，与薛国用一同驻守河西。于是提升化贞为右佥都御史，巡抚广宁。广宁城坐落在弯曲的山头上，登上山可以俯瞰城内，倚仗三岔河为险阻，而三岔河的黄泥洼又水浅可涉。广宁只有一千名弱卒，化贞招集散兵流民，得到万余人。他激励士民的斗志，联络西部的蒙古，当地人心才稍稍安定下来。辽阳刚失守时，国内远近震惊，都以为河西一定没法保住了。化贞率领一支弱军，把守孤城，斗志不减，当时他的声望真是赫然有名。朝廷也认为可以依靠他的才能，便把河西的战事全部交由他来办了。
到六月份，廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，熹宗不同意。又提出分三方布置的策略：广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力；天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任；而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心，熹宗都予以批准。七月，廷弼启程时，熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇。又派用五千名京营选锋护送他赴任。
在此之前，袁应泰死了，由薛国用代为经略，因病不能干事。化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后，廷弼不以为然，上书说：“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了。敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。”奏章交上后，熹宗下诏表扬了他。恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方，化贞的建议就此作罢了。而化贞因为自己的计策未被采纳，恨透了，把军事全推托在廷弼身上。廷弼于是请朝廷警告化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，化贞全改名号为“平辽”，辽人很不愉快。廷弼说：“辽人又没叛乱，请改为‘平东’或‘征东’，以快慰辽人的心。”从此以后化贞与廷弼有了矛盾，经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。
八月初一，廷弼上书说：“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜。请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。熹宗马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官以示宠信。之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求，熹宗也都同意了。
之垣正在和有关部门商议兵饷的事，化贞所派遣的都司毛文龙已经袭取了镇江，奏上了捷报。满朝为此大喜，立即命令登、莱、天津派出两万水师接应文龙，化贞率四万广宁兵进据河上，和蒙古军一起乘机进取，由廷弼在中间调度。命令下达以后，经略、巡抚所辖兵镇相互观望，最终还是没有出兵。不久，化贞上书详述东西两边的情况说：“敌人放弃辽阳不加守备，河东失陷地区的将士日夜盼望官军开到，就抓了敌将来投降。而西部的虎墩兔、炒花都愿意以兵助我。敌人驻守海州的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已。如果派军队悄悄过去夜袭，势在必克。南防的敌军得知辽阳失守一定北归，我军凭借险要的地势来打击他们惰归的军队，可以一举歼灭。”兵部尚书张鹤鸣认为对，上书说机不可失。御史徐卿伯又促成此事，奏请派廷弼进驻广宁，蓟辽总督王象乾移驻山海。正好化贞又飞章上奏说：“敌人因为官军收复镇江，就驱赶、抢劫周围四卫屯民。屯民现在占据铁山死守，杀伤了敌兵三四千人，敌人把他们围困得更紧了，应该马上前往援救。”于是兵部越发催促进兵。化贞就在这个月里渡过河去。廷弼迫不得已让出山海关，驻兵右屯，而飞章上奏说海州取易守难，不该轻举妄动。化贞终于无功而回。
化贞为人痴傻而且自以为是，平素不学习军事，轻视大敌，好说大话。文武将吏的规劝一点也听不进去，与廷弼尤其抵触得厉害。他妄想投降敌人的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，说是虎墩兔将派援兵四十万，因此想不战而获全胜。一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。尚书鹤鸣很相信他，他有所请无不答应，因此廷弼无法实现自己的心愿。广宁有十四万部队，而廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。从延绥调来的部队不能作战，廷弼请把主帅杜文焕治罪，鹤鸣却让宽恕了他。廷弼奏请任用卜年，鹤鸣递上奏章反对。廷弼奏请派遣之垣去朝鲜，鹤鸣故意扣发他的饷银。于是两人之间相互怨恨，事事争吵。廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他。
毛文龙镇江之捷，化贞自以为立了奇功。廷弼说：“三方兵力尚未集合，文龙发动得太早，致使敌人恨辽地的人民，把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，让朝鲜君臣胆寒，令河西军队丧气，扰乱了三方并进的计划，耽误了联络朝鲜的打算，把它看作奇功，实际上是奇祸呢。”送信到京城，竭力批评化贞。朝臣们正把镇江一役看作大捷，听到他的话，心中多有不服。廷弼又明显地攻击鹤鸣说：“我既然担任经略，四方援军应当听我调遣，而鹤鸣径自发动，不让我知道。七月里我向兵部询问军队人数，到现在两个月了，没有回答。我有经略之名，无其实，辽左的战事都是张枢密和王抚臣一起办的。”鹤鸣这下更加恼恨他了。到九月份，化贞还说虎墩兔的四十万部队快来了，请迅速出兵。廷弼说：“抚臣靠着蒙古人，想不虞而收战功。我不敢轻视敌人，不敢说能不战而胜。”后来蒙古军队终于没来，化贞也不敢进兵了。
当时，廷弼主张防御，认为辽地人不可信用，蒙古人不可凭仗，永芳其人不可相信，广宁地方有很多间谍让人担心。化贞则一切相反，绝口不提防御，说我们一渡河，河东人必为内应。并且飞书报告朝廷，说八月里你们就可以高枕酣睡，而收到我的捷报。有见识的人知道他一定坏事，因为疆场事关系重大，没有人敢说他的不好。
到十月份，河上结了冰，广宁人认为大清兵一定渡过河来，纷纷想逃出广宁。化贞于是和震孺商议，分兵把守镇武、西平、闾阳、镇宁等城堡，而以主力驻守广宁。鹤鸣也认为广宁值得担忧，请皇上命令廷弼出关。廷弼于是又出山海关，到达右屯，考虑用重兵内护广宁，外扼镇武、闾阳，于是派刘渠以两万人驻守镇武，祁秉忠以一万人驻守闾阳。又派罗一贯以三千人守西平。又重申他的命令说：“敌人来时，跨出镇武一步的，文武将吏都有杀无赦。敌人到达广宁而镇武、闾阳不出兵夹攻，敌人抢劫右屯饷道而三路兵马不救援的，罪也相同。”
廷弼刚刚布署完毕，化贞又相信间谍的话，突然发兵袭击海州，不久又退了回来。廷弼于是上书说：“抚臣进兵，到现在已经五次了。部队屡进屡退，敌人早看透了我方的伎俩，我的虚名也因轻易出兵而受到损伤。希望陛下明确指示抚臣，对自己的行为慎重些，不要给敌人嘲笑了。”化贞看到他的上书很不高兴，飞章上奏，为自己辩解，并且说：“我请求给我六万兵，我保证把敌人一举荡平。就是不如意，也一定能做到死伤相等，使敌人一蹶不振，管保它不再成为河西之忧！”并请准许他便宜行事。
当时叶向高掌了大权，他是化贞成进士时的主考官，很偏向化贞。等化贞请求把敌人一举荡平时，廷弼上书说：“就请按抚臣约定的办吧，应及早罢掉我的官以便于鼓舞士气。”
这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事。而鹤鸣笃信化贞，于是想把廷弼拿掉。二年(1622)正月，员外郎徐大化顺承其意弹劾廷弼大言欺世，嫉能妒功，不罢免他必将有害于辽地战事。他们的奏章一并被发给各部，鹤鸣于是召集大臣们讨论。说把廷弼撤职的有几个人，其余大多主张让二人各尽其职，共谋成功。正好大清兵这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。
没过多久，西平之围吃紧。化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让得功和祖大寿前往和秉忠会合，然后向前去作战。廷弼也传令刘渠拔营赴援。二十二日在平阳桥遭遇大清部队，刚刚交锋，得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、秉忠在沙岭战死，大寿逃往觉华岛去了。西平守将待援不至，与参将黑云鹤也战死。廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是廷弼撤退了回来。当时大清在沙岭停下来不再向前来。化贞平常把得功看作心腹，而得功已偷偷地投降了大清，他想活捉化贞作为自己的功劳，就诈称敌军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，化贞大声训斥他。朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了廷弼，廷弼微笑着说：“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢？”化贞惭愧了，建议驻守宁远和前屯。廷弼说：“口海！已经晚了。现在只有保护老百姓入关去。”于是把自己所领的五千人交由化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。二十六日廷弼和初命一起护送难民入得关来，化贞、高出、嘉栋也先后入关，只有邦佐自杀而死。得功率领广宁城的叛将把大清兵迎入广宁时，化贞逃跑已有两天时间。大清兵追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。
二月逮捕了化贞，罢了廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，廷弼、化贞都判了死刑。后来快到行刑时，廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过廷弼的贿赂，以此加重廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应..，说他和廷弼的儿子出入监狱内外，阴谋叵测。忠贤越发想尽早杀掉廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断催促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿出集市上刊印的《辽东传》向熹宗诬陷廷弼说：“这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。”熹宗恼了，于是在五年(1625)八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两。御史刘徽说廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。忠贤便矫诏命令严加追赃，廷弼家全部资财不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉向廷弼的儿子勒索貂裘、珍玩，得不到，就要打人。廷弼的长子兆王圭自杀身亡，兆王圭的母亲喊冤，尔玉就扒掉她两个丫环的衣裳，打了她们四十板。无论远近知道这件事的人无不叹息、愤恨。
崇祯元年(1628)，庄烈帝下诏书停止追赃。那年秋天，工部主事徐尔一上书诉说廷弼的冤屈，说：“当年广宁兵十三万，粮草百万担，全都交由化贞管理。廷弼只有五千名援辽部队，驻守在右屯，距离广宁只四十里。化贞忽然之间同三四百万辽民一下子都败退下来，廷弼只五千人，不一起败退就够了，还能指望他屹然不动，坚壁固守吗？廷弼的罪在哪里呢？我请为他平反昭雪，用以激励有苦劳的大臣！”庄烈帝不同意。第二年五月，大学士韩火广等上书说：“廷弼的尸骨至今不能拿回去安葬，根据国法是从来没有过的。”庄烈帝颁发诏书允许廷弼的儿子拿他的首级回去安葬。
崇祯五年(1632)，王化贞才被处以死刑。
袁崇焕，字元素，东莞人。万历四十七年(1572)，考中进士。被授官邵武知县。为人慷慨而富有胆略，喜欢谈论军事。遇到老军官和退伍的士兵，就同他们谈论边塞上的事情，得以通晓边塞地区的情况，自称有能力镇守边防。
天启二年(1622)正月，在京都朝见天子，御史侯恂请熹宗任用他，于是被提升为兵部职方主事。没有几多时，广宁地方的军队被打败，朝廷决定派他扼守山海关，袁崇焕即单身一人骑马到山海关内外考察。兵部中因袁主事失踪都感到十分惊讶，他的家人也不知道他去了哪里。过后，他回到朝廷，具体讲述了关上的形势。说：“给我兵马钱粮，我一个就足能守住此地。”朝中的大臣更加赞赏他的才能，于是越级提升他为佥事，监管关外的军队；并发给他公用金二十万，让他招募士兵。当时关外的地盘全被哈剌慎的各部士兵占领，袁崇焕于是驻守关内。不多久，各部受到攻击，经略王在晋命令袁崇焕驻守中前所，监督参将周守廉及左辅的游击队，管理前屯卫的事务。不久又命他前往辽地安置失业人员。崇焕当夜率兵从遍布荆棘、虎豹出没的小路上行进，至四更天进城，将士们都称赞他有胆量。王在晋很器重他，在他的旗帜上题名为宁前兵备佥事。然而崇焕轻视王在晋没有长远的谋略，不大遵守他的军令。等到王在晋建议在八里铺修筑双层城墙时，崇焕认为这不是办法。他争王在晋不过，就把这件事记述下来上书给首辅叶向高。
十三山地方有十多万难民，长期被围困不能出来。大学士孙承宗来巡视边防，崇焕请求说：“派五千人驻守宁远，以壮大十三山的威势，另外派猛将前去救援。宁远离十三山有二百里路，如果能占便宜就进军占据锦州，否则就退守宁远，怎能把十万人放在一边不管呢？”承宗与总督王象乾谋划，象乾因关上的军队新近丧失斗志，提出让插部守关的三千人前去。承宗同意他的说法，就把此事告诉了在晋。在晋竟没能阻止，结果全军覆灭，脱险回来的军民只有六千人而已，等承宗驳斥了修筑双重城墙的建议后，聚集将吏讨论把守什么地方。阎鸣泰主张守觉华，崇焕主张守宁远，在晋以及张应吾、邢慎言认为不行，承宗最后支持崇焕的意见。过后，承宗镇守关外更加依靠崇焕，崇焕对内安抚军民，在外面整治边防战备，功绩显著。他曾调查胆怯的队伍，立刻斩了一个军官。承宗愤怒地说：“监军能够一个人决定杀人的事吗？”崇焕叩头请罪，他在执行军法方面就是这么果断。
三年(1623)九月，承宗决定驻守宁远。佥事万有孚、刘诏竭力阻止，承宗不听，命令满桂同崇焕一同前往。当初，承宗命令祖大寿建筑宁远的城墙，大寿考虑朝中官员不能到这边远地方来防守，所以仅仅修筑了十分之一，并且简陋得不合规格。崇焕于是确定了城墙的规格，高三丈二尺，雉堞高六尺，地基宽三丈，上面宽二丈四。大寿与参将高见、贺谦分别监督工程。第二年完工，宁远就成为关外的重要城镇。满桂是优秀的将领，而崇焕勤于职守，发誓与城共存亡，他又能安抚官兵，所以将士都愿意为他尽力。因此此地商旅车马往来，游民、移民成群聚集在此处，远近地方的人民都把这儿看成乐土。后来碰到父亲去世，崇焕仍然不顾孝心私情继续管理军务。四年(1624)九月，他同大将马世龙、王世钦率领水陆马步军共一万二千人，东巡广宁，拜祭北镇祠，经过十三山，抵达右屯，然后从三岔河坐船回来。不久叙论驻守的功劳，升为兵备副使，后来又升为右参政。
崇焕到东面巡视时，请求马上收复锦州、右屯等城池，承宗认为时机未成熟，就停止了。到五年夏天，承宗与崇焕商议，派将领分别驻兵锦州、松山、杏山、右屯以及大、小凌河等地，修缮城郭居住。从这时起宁远就成为内地了，外边又开辟疆土二百里。十月，承宗罢官，由高第接替了他，认为关外一定不能守住，命令全盘撤去锦州、右屯各城的全部守具，把那里的官兵调进关内。督理屯田的通判官金启亻宗上书崇焕说：“锦州、右屯、大凌三城都是前沿的要害之地。如果收兵撤回，已经安居的百姓又要迁移，已得到的疆土再次沦陷，关的内外能容许有几次后撤防守！”崇焕尽力争辩不同意撤兵说：“用兵的方法，只有进没有退的道理。三座城池已恢复，怎能轻易撤回？锦州、右屯动摇，那么宁远、前屯卫就会受到震惊，山海关的大门也就失去了保障。现在只有选择良将把守，不应有其他考虑。”高第决心已定，并且还打算撤退宁远、前屯卫两城的兵力。崇焕说：“我是宁前道，在此做官，即使死在此地，我也不会离开。”高第无语反驳，于是撤退锦州，右屯，大、小凌河以及松山、杏山、塔山的全部守具，把屯田的士兵也一同驱赶进山海关来，放弃粮食十多万担。而且途中人员死亡，哭声响彻四野，百姓不满，军队的士气更加不振。崇焕于是请求回家服丧，没有得到允许。十二月，晋升为按察使，和过去一样管理军事。
我们大清得知经略撤退，六年(1662)正月，就大举用兵，西渡辽河。二十三日抵达宁远。崇焕听说，马上同大将满桂，副将左辅、朱梅，参将祖大寿，守备何可刚等聚集将士在一起，誓死守城。崇焕又写下血书，激励士兵忠义报国，并为之向官兵下拜，所以将士都愿意出死力。于是烧毁城外的全部民房，把守备器械运进城中，等候大清军。命令同知程维木英拷问奸细，通判官金启亻宗管理士兵饮食，并隐蔽路上的行人，传檄前屯守将赵率教、山海守将杨麒，如有将士逃到那里去全部斩首，由此，人心才稳定下来。第二天，大清军开始攻城，戴着盾牌掘洞入城，弓箭和滚石不能打退大清军。崇焕命福建士兵罗立，发放西洋大炮，击伤城外的大清军。第二天，再次进攻，又被击退，于是宁远之围解除了。通判金启亻宗也因为点大炮而战死。
启亻宗起初是一个小官吏，官名叫经历，掌管赏功的事情，勤奋聪明而又有志向。承宗器重他，让他做通判官，核查兵马粮食的数量，监督修城工程，办理军民的诉讼案件，深得民心。死后，追赠为光禄少卿，后代享受世袭锦衣百户的待遇。
起初，朝廷听到边境的警报，兵部尚书王永光召集朝中大臣讨论战守问题，没有什么好策略。经略高第、总兵杨麒在山海关上有大量的部队，却不肯援救，朝廷官员认为宁远必定把守不住。等崇焕奏上捷报，满朝喜气洋洋，马上提升他为右佥都御史，熹宗用加盖玉玺的诏书奖励他，满桂等人也各有晋升。
大清兵刚解围，分兵数万进攻觉华岛，杀死参将金冠等以及军民数万。崇焕刚防卫宁远城，兵力已尽不能救援。高第镇守关门，一反承宗的政策，屈辱将领，使得将领们都离心离德。对待杨麒就如同他的偏裨军官一样，一次杨麒到来，发现高第侮辱他的士兵。到这个时候因为没有发兵援助宁远，高第、杨麒一齐被罢官去职，用王之臣取代高第，赵率教取代了杨麒。
我大清发兵，所到之处没有攻不破的，明朝将领不敢议论战守。讨论战守的事是从袁崇焕开始的。三月朝廷重设辽东巡抚，让崇焕来担任。魏忠贤派遣他的党羽刘应坤、纪用等前往坐镇。崇焕大胆地上疏反对，意见不被采纳。后来给评定功绩，晋升为兵部右侍郎，赏赐他不少银钱，并给他世代享有锦衣千户的封赏。
袁崇焕解围以后，渐渐骄傲起来，同满桂开始不和，请把他调往别处驻兵，朝廷就召满桂回去了。因为王之臣上书挽留满桂，又与王之臣不和，朝廷担心因此坏事，就命令之臣等专管关内的事，关外让崇焕分兵把守。崇焕担心朝中大臣忌妒自己，上书说：“陛下把关内外，分责给两个大臣把守，用辽人防守辽地，又要作战又要防守，又要建城又要屯田。屯田的收入，可以减少海运的需要。关外战略的大要在于以坚壁清野为主体，趁机袭击敌人为功用。这样战虽不足，守则有余；守既有余，战无不足，但是勇猛地攻打敌军，敌军一定仇视我；奋迅立功就有很多人会妒忌。不辞辛劳地干事就必定要蒙受怨恨，身被罪名的人才可能建立功勋。蒙受的怨恨不深，功劳就不显著，罪过不大，那么功勋就不能成就。诽谤我的奏书满箱子都是，诋毁我的话语陛下天天可以听到，自古以来就是这样了，我希望圣明的陛下您和朝廷大臣能有始有终地信任我。”熹宗皇帝用温和的诏书回答并赞扬了他。
这年冬天，崇焕同应坤、纪用、率教巡视锦州，大、小凌河，讨论大规模屯田，慢慢收复了高第以前放弃的领土。忠贤与应坤等一并因此得到世袭锦衣的封赏，崇焕将他们受到荫封的子孙任命为指挥佥事。然后上书说：“辽左的失败，固然是因为人心不稳，但也是因为失了有利的险要地势，不能稳定人心。士兵不利于野战，只有凭借坚固的城墙用大炮这个办法来守卫，现在山海的四城已经修建完毕，应当再修松山等城市，班军四万人，缺一不可。”熹宗皇帝回答说同意。
这以前，八月中旬，清太祖高皇帝逝世，崇焕派遣使节前往吊唁，并且利用这个机会窥测清朝内部的虚实。我清太宗文皇帝派遣使者回访了他，崇焕想议和，就写了一封信让使者带回来，我们大清部队将要讨伐朝鲜，打算用议和阻止他们的军队，以便能专心南下。七年(1627)正月，又派使者回答了他，于是，派兵渡过鸭绿江向南方进攻。朝中认为崇焕与之臣不和，召之臣回来，免除经略不再设置，关内外都交由崇焕监管，同监军的宦官应坤、纪用一起见机行事。崇焕坚决想要收复失地，于是趁大清军外出作战之机，调遣将士修缮锦州、中左、大凌三城，同时又派使者持书前去议和，恰巧朝鲜与毛文龙同时告急，朝廷命崇焕前去救援。崇焕派水军援救文龙，又派遣左辅、赵率教、朱梅等九位将领率九千精兵先后逼进三岔河，来牵制大清势力，而朝鲜已经被征服，各位将领于是返回。
崇焕当初开始议和时，朝廷里不知道。等到奏章送上，熹宗皇帝以赞赏的态度颁发诏书表示同意，后来认为不是好计策，又几次传旨告诫他。崇焕打算借此机会来修整旧疆域，所以坚持要议和。朝鲜及文龙受到大清军进攻，朝中的谏官于是说是因为崇焕议和而造成的。四月，崇焕上书说：“关外的四城虽绵延二百里，北面靠山南面临海，东西宽只四十里罢了。现在屯兵六万，商民数十万之多，可谓地狭人多，从哪里取得粮食呢？锦州、中左、大凌三城的修建一定不能停止。现在我已经迁移了部分商人和农民在那里大规模屯田。如果城墙不坚固而敌军到来，就必须撤回，这样等于放弃了将要成功的事业。所以趁敌人在江东作战之际，姑且以议和来延缓时间。等敌人知道时，三城已修建完毕。或守或战都在关门以外四百里的地方，我朝的边防也就可以固如金汤了。”熹宗以赞赏的口气回答说知道了。
当时率教驻军锦州，监护修筑城墙，朝廷任命尤世禄来取代他，又让左辅担任前锋总兵官，驻守大凌河。世禄没有到，左辅也没有入守大凌，五月十一日，大清军兵直抵锦州，四面围城。率教同宦官纪用环城防守，同时派使者议和，想赢得时间等来援兵，使者往返三次没有效果，大清兵的围困更加紧了。崇焕因为宁远的兵力不可以调动，就选精骑兵四千人，命令世禄、大寿带领，绕到大清军的后面开始决战。另外又派水兵在大清军东面作战，牵制清朝兵力。并且请求发动蓟镇、宣、大的兵力，在东面护守关门。朝廷已经命令驻守山海的满桂移驻前屯，驻守三屯的孙祖寿移驻山海，驻守宣府的黑云龙移驻一片石，蓟辽总督阎鸣泰移驻关城；又派昌平、天津、保定的军队奔赴上关；发书给山西、河南、山东等地的守臣整顿队伍随时听候调遣。世禄等将要出发时，大清已在二十八日分兵开往宁远。崇焕与宦官应坤、副史毕自肃督兵登城拒敌，派兵躲在壕沟内，用大炮击敌。而满桂、世禄、大寿在城外作战，伤亡累累，满桂身中数箭。大清军不久也就引退，派更多兵力攻打锦州，因为天热无法攻下，士兵损伤众多，六月五日也率兵归还，顺势摧毁大、小凌河两座城池。这次战役当时被称为宁锦大捷，满桂、率教立功最多。忠贤于是让他的党羽说崇焕不救锦州是暮年衰弱气象，崇焕于是请求辞职。朝廷内外正争着颂扬忠贤，崇焕没办法，也请求为他建立生祠，最终还是得不到忠贤的欢心。七月朝廷允许他离职，让王之臣接替他做督师兼辽东巡抚，驻兵宁远。等到论功时，文臣武将被晋级荫封者有几百人，忠贤的孙子也封了伯，而崇焕只是升了一级。尚书霍维华不平，上疏请求辞让给自己的荫封，忠贤不允许。
不多久，熹宗逝世，庄烈帝即位，忠贤被诛杀，削了过去冒领军功封赏者的官职。朝廷大臣争着请求召回崇焕，这年十一月，袁崇焕被提升为右都御史，掌管兵部添注左侍郎的事务。崇祯元年(1628)四月，被任命做兵部尚书兼右副都御史，督管蓟、辽两地军队，兼登、莱、天津的军务，上司敦促他走马上任。七月崇焕入都，先上疏陈述军事。庄烈帝在平台召见他，对他深加慰劳，并向他咨询用兵方略。他说：“用兵方略已经全部写在奏章中了。臣受陛下的特别宠信，希望能给我以便宜行事的权力，估计五年内，全辽可以恢复。”庄烈帝说：“你能收复辽地，我决不吝啬封侯之赏。你努力平息天下的动乱，你的子孙也会享你的福的。”崇焕磕头谢恩。庄烈帝退朝稍事休息的时候，给事中许誉卿向崇焕询问五年内收复辽地策略。崇焕说：“皇上为这事心中焦急，我姑且用这话安慰他罢了。”誉卿说：“皇上英明，你怎能随便回话呢？以后按期责取成功，你怎么办？”崇焕茫然不知所云。一会儿，皇帝出朝，崇焕上奏说：“辽东军事本来就不容易成功。陛下既然交由我来办，我怎么敢因难而推辞？只是在五年内，户部转给军饷，工部供给器械，吏部选派官员，兵部调兵遣将必须朝廷内外事事相互照应，才有可能取得成功。”庄烈帝按他所说，发布诏书告诫了四部大臣。
崇焕又说：“依我的能力，制服全辽的疆土有余，可是统一众人的议论力量就不足了。我一出国门，就踏上了万里征途。朝中忌能妒功的，总是不乏其人。就是他们不能以权力牵制我，也能用意见来打乱我的谋略。”庄烈帝站起来侧耳倾听他的话，告诉他说：“您不必为此忧虑，我自有主张。”大学士刘鸿训等请收回之臣、满桂的尚方宝剑，赐给崇焕，并给他便宜行事的权力。庄烈帝都一一答应，并赐崇焕酒馔，然后散朝而去。崇焕因为以前熊廷弼、孙承宗都被人诬陷、排挤，不能实现他们的抱负，上书说：“收复辽地的计策，不外乎以前我用辽人守辽土，用辽土养辽人，守为正招，战为奇招，和为旁招的说法。实施之法在于逐步实行而不能求快，在于实实在在而不能务虚。这是我和守边的大臣们所能做到的。至于负责用人的大臣和任用有作为的官员，都由皇上您掌握其关键。怎样才能任而无贰，信而无疑？大概说来驾驭边臣与朝臣的办法不同，军队中可惊可疑的事特别多，皇上只应当看他成败的大局，没必要抓住边臣一言一行的小过错不放。边臣负担的责任重大，对他们的埋怨实在很多。凡是有利于边疆的举动，对将领自己都不利。何况攻敌紧急，敌人也会从中离间大将，所以当边疆守臣实在很难。陛下爱护我信任我，我何必过多疑虑惧怕呢？只是心中意识到自己有危险，不敢不报告。”庄烈帝以安慰的诏书回答了他，并赐给他蟒玉、银币，他上书辞让蟒玉，没有接受。
这个月，川、湖军队戍守宁远的，因为军饷缺发达四个月之久，起来喧闹，其余的十三个营起来响应他们，把巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳绑了去，囚禁在城墙上的碉楼里。自肃受重伤，兵备副使郭广刚到，亲自保护自肃，收集抚赏金和不动金二万两用以平息事态，数目不足，又从商人百姓那里借贷五万两给他们，事情才得以解决。自肃上书自行请罪，逃往中左所，自杀而死。崇焕在八月初抵达关防所，听说兵变就骑马前去同郭广密谋，宽恕了带头起事的杨正朝、张思顺，命令逮捕了十五人在街市上杀掉；斩知情不报的中军吴国琦，责问参将彭簪古，罢黜都司左良玉等四人。派正朝、思顺到前线立功赎罪，世荣、涵淳因贪污虐待下属导致事变，也被罢免。只有都司程大乐一营没有跟从兵变，特别为此给予奖励。由此当地才稳定下来。
关外大将四、五人，办起事情往往互相牵制，后来又规定只设二人，由朱梅镇守宁远，大寿仍然驻军锦州。到这个时候朱梅就要卸任了，崇焕请求合宁远、锦州为一镇，大寿仍然驻军锦州，提升中军副将何可刚都督佥事，接替朱梅驻守宁远，改派蓟镇的赵率教驻军关门，关内外只设两员大将。就此事在上疏中极力称赞他们三人的才干，说：“我自许五年内收复，就专靠这三个人了，应当让他们从头到尾辅助我。到时候没有成效，我就亲手杀了他们三个，我自己的命交由司法部门处理吧。”庄烈帝同意了他的意见。崇焕于是留下来镇守宁远。自肃已经死了，崇焕请求停止设巡抚一职。等到登莱巡抚孙国桢免职，崇焕又请求虚其位不再派人。庄烈帝也都回答可以。哈剌慎三十六家过去接受了明朝的安抚和封赏，后来被插汉所逼迫，又因收成不好，有叛改的意向。崇焕召他们在边境上相见，亲自安抚慰问他们，他们都顺服了。二年闰四月评叙春秋两防的战功，崇焕被加封太子太保，赐给蟒衣、银币，并得到荫封子孙锦衣千户的封赏。
崇焕上任一开始，就想杀掉毛文龙，文龙，仁和人。以都司之职率兵援助朝鲜，逗留在辽东一带，辽东失陷后，从海路逃回，乘守备空虚杀死大清镇江的守将，向巡抚王化贞做了报告，没有告诉经略熊廷弼，由此两人开始有了怨恨。当时朝廷里掌权的人正赏识化贞，于是授职文龙为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内地一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江，在登、莱沿岸的大海中，全长八十里，不生长草木，远离海岸，靠近北岸，北岸与大清界只相隔八十里的海面，他的东北海就属于朝鲜了。
不过，毛文龙占居的东江，形势虽然足以牵制大清兵，但他本人没有大的谋略，每次征战都失算，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战争，也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。兵部讨论认为不行。崇焕心里对文龙不高兴，曾上书请求派部臣到文龙处清理粮饷。文龙讨厌有文臣在身边牵制，上书反驳，崇焕很不高兴。等到文龙来拜访时，崇焕按宾客之礼迎接他，文龙又不谦让，崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。
到了这个时候，崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，文龙前来会面。崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，文龙没有觉察崇焕的意思。崇焕同他商量更改营制，设立监司，文龙很不高兴。崇焕用离职返乡劝说他，文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”崇焕更加不高兴，就在六月五日这天邀请文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来。崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的。文龙说：“这些人都是我的孙子。”崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
崇焕就此诘问文龙几桩违令的事情，文龙做了对抗性的辩解。崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，文龙仍很倔强。崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。崇焕召他的部将来说：“文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道文龙数年劳苦的，崇焕训斥说：“文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀文龙以整顿军纪。将领中间有和文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说：“只杀文龙一个人，其他人都没有罪。”
这时候，文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人，都怕崇焕的威风，没有一个敢乱动的。崇焕命人用棺材埋了文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨文龙的士兵二万八千人为四协，任用文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了文龙的苛政。回到镇上以后，把文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年(1624)五月。庄烈帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到文龙既已死去，当时又靠着崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开文龙的罪行，用以稳定崇焕的心；文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。崇焕又上书说：“文龙一介匹夫，不守法竟至于这种程度，是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”庄烈帝回答可以。
崇焕虽然杀了文龙，怕他的部下发动兵变，所以增加饷钱至十八万两银子。然而岛上的兵失去主帅后，渐渐地散了心，越发不可征用了。以后直至有背叛投敌的。崇焕上书说：“东江一镇，想牵制敌人还必须借助它。今定为两协，马军十营，步军五营，每年需饷银四十二万两，米十三万六千石。”庄烈帝因为兵减少粮饷增加很有点情绪，因为崇焕，就特别地按他的请求办了。
崇焕在辽东，和率教、大寿、可刚等确定兵制，渐渐推行到登、莱、天津，等到确定东江兵制以后，合计四镇兵共十五万三千有余，马匹八万一千有余，每年耗费饷银四百八十余万两，比过去减少了一百二十万。庄烈帝很赞赏他。
文龙死后才三个月，大清兵数十万分路进入龙井关、大安口。崇焕听说了，就督领大寿、可刚等去守卫。于十一月十日抵达蓟州，经过抚宁、永平、迁安、丰润、玉田等城市，都留下队伍防守，庄烈帝听说他到了，很高兴，用温和的诏书赞扬、鼓励他，颁发公款犒赏将士，并命令他统帅各路援军。不久听说率教战死，遵化、三屯营都被攻下，巡抚王元雅、总兵朱国彦自杀，大清兵越过蓟州向西去了。崇焕怕了，火速领兵入关保护北京，在广渠门外扎营。庄烈帝立刻召见他，慰劳了他一番，向他讯问战守策略，赐他御用的食品和貂裘。崇焕由于兵马疲惫，请允许进城中来休息，庄烈帝不同意，崇焕出去与清兵大战，互有杀伤。
当时大清兵所由进入的隘口是蓟辽总理刘策管辖的，崇焕听说事变就不远千里前来解救，所以自认为有功无罪。然而都城的人们突然遭到兵乱，怨言诽谤纷纷而起，说崇焕拥兵纵敌。朝廷大臣因为以前崇焕和大清军有过议和，诬蔑他引来敌人想逼朝廷议和，将要订立城下之盟。庄烈帝听了一些这样的话，心中不能不迷惑。恰好大清军又设了离间计，说崇焕和我们有秘密的和约，让他们所抓获的宦官知道后，又故意让他逃走。那宦官跑去告诉庄烈帝，庄烈帝深信不疑。十二月十五日又一次召崇焕问话时，就把他绑了下到京师的狱里。大寿当时在旁边，浑身哆嗦，不知所措，出来以后就带兵叛逃而去。大寿过去曾经有罪，孙承宗要杀他的时候，爱惜他的才能，就秘密地要崇焕解救他。大寿因此感激崇焕，怕被一齐杀了，就叛逃了。庄烈帝拿崇焕在监狱中亲手写的信，派人前往召大寿回来，他才归顺。
崇焕在朝廷时，曾和大学士钱龙锡谈话中间略略说到想杀毛文龙一事。等崇焕想和大清兵和议时，龙锡曾写信制止他。龙锡过去曾主管确定魏忠贤的逆案，忠贤的残余党羽王永光、高捷、袁弘勋、史翲等人策划制造大案，就以擅自主张议和、独断专杀大帅等事作为他们两个人的罪行，高捷首先上书竭力攻击，史翲、弘勋继之于后，一心想连龙锡一齐杀掉。法司定了崇焕谋叛的罪名，龙锡也定死罪。三年(1630)八月就把崇焕在街市上车裂而死。他的兄弟妻子都被流放三千里，并抄没了他的家。崇焕没有儿子，家中也没有多余的钱财，天下人都以为他死得冤屈。
崇焕被捕入狱后，大寿奔逃大清军去了。武经略满桂因为被催促甚急，与大清兵战斗，终于战死，这时离崇焕下狱才半个月时间。当初崇焕妄自杀了文龙，至此庄烈帝又误杀了崇焕。自从崇焕死后，边疆的战事更加无人可靠了，明朝灭亡的征兆也已决定无疑了。
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