邓琬字元琬,豫章郡南昌县人。他的高祖邓混,曾祖邓玄,都当过晋朝尚书吏部郎。他的祖父邓潜之,官至镇南将军长史。父胤之,世祖征虏长史、吏部郎、彭城王刘义康大将军长史、豫章太守、光禄勋。
邓琬最开始当本州西曹主簿、南谯王义宣征北行参军,再转本府主簿、江州治中从事史。当世祖起义时,任命邓琬当辅国将军、南海太守。他又率领部队至广州讨伐萧简,攻打了一年多才攻克。又因为臧质造反、被广州刺史宗..逮捕,遇到大赦又被释放。邓琬的弟弟邓璩和臧质一同造反,臧质失败后因随从他而被杀,另一个弟弟邓环也因为这被杀。邓琬因为远离他们,又加上有功劳,被免除死刑而流放远方,仍然是