程元振以宦官身份在内侍省任职,累功迁升到内射生使。宝应末(762),肃宗去世,张皇后与太子有怨恨,恐怕他不依附自己,便召引越王李亻系代为处理国政。元振知道这一谋划后,秘密地告诉了李辅国,于是挟持太子,杀了越王和他的同党。代宗即位,元振以功授官飞龙副使、右监门将军、上柱国,主持内侍省的事务。不久代替李辅国兼任元帅行军司马,专门节制禁兵,加官镇军大将军、右监门卫大将军,封爵保定县侯,充任宝应军使。九月,加官骠骑大将军,封爵..国公,追赠他的父亲程元贞司空官职,追赠他母亲郄氏为赵国夫人。这时程元振的权势,超过了李辅国,军队中称他为“十郎”。程元振曾有事私下嘱托襄阳节度使来王真,来王真没有答应。到元振大权在握时,便征召来王真进京朝见。来王真拖延着迟迟未去。广德元年(763),来王真大破裴茂,便进京拜见皇上,授官兵部尚书。程元振想报私怨之仇,诬告来王真有罪,来王真最终被牵累杀头。辅政大臣裴冕为肃宗的山陵使,曾有事与元振违拗过,便告发他属下小官贪污罪行,把裴冕贬为施州刺史。来王真为一代名将,裴冕是国家元勋,这两个被诬陷后,天下各掌一方兵权的长官人心离散,程元振仍骄傲放纵,自鸣得意,完全不顾众人的议论。
九月,吐蕃、党项侵犯京畿地区,颁布诏书征兵,各道却始终没有人前去应征。十月,吐蕃的军队到达咸阳桥,代宗仓皇出逃巡幸陕州,敌寇攻陷京城,府库被抢劫一空。到代宗到达行都时,太常博士柳伉上书直言极谏应当杀程元振以谢天下之人。代宗担忧人心归罪,便罢免了元振的官职,将他放逐归田,他的家乡在三原县(今属陕西)。
十二月,代宗车驾回到京城,程元振披麻戴孝地坐在车子里,混入京城,以谋划再度任职进用。他与御史大夫王升一块饮酒,被御史台所弹劾。所颁诏书写道:
“杂乱地站在一起聚众交谈,法令尚且不容许,狼狈为奸秘密计谋,比相互交谈处罚更应从重,如此所作所为,情形实难原谅。程元振性情凶残暴戾,秉赋庸俗愚蠢,渺小之人,虽万死不足以塞责。近来本已对严厉的刑法有所放宽,念他有过功劳,枉法以表示恩顾,将他放逐归田。却仍不知约束自己的言行、私欲,还不知道自己的过错,既忘了恩顾的仁厚,又另怀非分的冀望。竟敢召集众人,还想有所动作。不听令的臣子一道窥伺时机,妄谈善恶吉凶,仍然心怀不满。捆绑包裹起兵器铠甲,换了衣服暗中行动,毫不顾及君臣之亲,准备图谋不轨。经审查检验都是如此,无法逃脱刑罚,首足异门而出,也不能塞责。然朕仍不能忘他的微劳,再次饶恕罪人。特免除砍头的刑罚,把他流放到荒远的地方以正法典。可长期流放溱州为百姓,委托京兆府派人押送递解,所路过的各州县,派人接应援助,一直押抵目的地,不许乱跑,即使有不同寻常的大赦,他也不在集中恩赦之列。一切官吏百姓应体察朕的心意。”