杨巨源,字子渊,他的祖先是成都人。他父亲杨信臣,客居在益昌,于是他家住在益昌。杨巨源洒脱有大志,善于骑马射箭,涉猎诸子百家的书籍。考进士不中,考武举又不中。刘光祖见他认为他是奇才,把他推荐给总领钱粮陈晔,以重要的职位推举他为凤州堡子原仓官,杨巨源驰骋射猎,拿出自己的财产养士,沿边的忠义人,都佩服他的才能。让他分管鱼关粮料院,转为监兴州合江赡军仓。
吴曦反叛,杨巨源暗有讨贼的志向,交结义士三百人,给他们钱、粮。游奕军统领张林,能挽两石的弓,队将朱邦宁身高六尺,勇力超人,都被吴曦忌恨,虽然屡立战功也不加以奖赏,张林等对吴曦不满。当时张林在..口,朱邦宁在合江,杨巨源就和他们加强联系,并招集忠义人朱福、陈安、傅桧等。
吴曦胁迫安丙为丞相长史,安丙称自己有病,眉州士大夫程梦锡见安丙,安丙叹道:“世事如此,世间没有豪杰!”程梦锡就谈到杨巨源的计划。安丙说“:他肯来见我吗?”就嘱托程梦锡送信给杨巨源,请他到安丙的住所。杨巨源问:“先生就是逆贼的丞相长史吗?”安丙号哭说“:目前的兵将,我知道他们不能奋起平叛。一定得是你这样的豪杰,才能平灭这个叛贼,那么安丙没有忧虑了。”杨巨源问“:先生的主意已定了吗?”安丙指天发誓说:“如果能诛杀这个叛贼,即使死也是忠鬼,还有什么遗憾!”杨巨源十分高兴,说:“除了先生,别人不能主持这事,除了我杨巨源,别人不能了却这事。”
这时,李好义、李好问也结交李贵、杨君玉、李坤辰等数十人,李坤辰邀请杨巨源与李好义会合一处。杨巨源又十分高兴地说“:我与安长史商议在三月六日邀吴曦去拜庙,会合勇士刺杀他。”李好义说“:吴曦出行时就清理道路,他的扈从有千人,事情一定难成功。听说他在熟食日祭祀东园,谋取他应该在这时候。”杨巨源同意。李好义希望见安丙一面来确定真假。杨巨源说“:我今天先对安长史说这事,明日在伪宫,让长史问你的祖先就是。”杨巨源把这事告诉安丙,第二天,李好义在伪宫见安丙,向他施礼。安丙说:“从前我与你父亲是同僚,杨省干富有才略,早晚要委以职事。”他们杀吴曦的计划就确定了。
杨君玉先委托他的同乡白子申草拟诏书,文辞不符合训诫的话,杨巨源更改了它,照例盖上合江仓的红印。杨巨源、李好义担心事情泄露,就在开禧三年二月二十九日,天没亮时,李好义率他的部下冲入伪宫,杨巨源拿着诏书、骑着马,自称是朝廷使臣,进入吴曦的寝室,吴曦开门想逃,李贵抓住并杀死了他。吴曦的卫兵开始还抵抗,听说有诏书就都退去。杨巨源、李好义迎接安丙宣读诏书,用吴曦的头示众。三军推举安丙权四川宣抚使,杨巨源权参赞军事。安丙向朝廷奏功,把杨巨源排在第一,皇上下诏杨巨源补为承事郎。
杨巨源对安丙说:“吴曦死了,贼胆已破,关外四州是蜀的要害,应该乘势收复。”李好义也这么说。安丙担心军中没有现成的粮草,杨巨源极力讲不夺取四州,必有后患,自己请求为随军措置粮运。于是安丙分别派李好义收复西和州,张林、李简收复成州,刘昌国收复阶州,孙忠锐收复大散关。不久诏命杨巨源升为朝奉郎,差遣为通判,兼任四川宣抚使司参议官。安丙一向讨厌孙忠锐,听说孙忠锐在大散关失守,传檄召他回来,想废掉他,安丙先命令杨巨源同朱邦宁一起率两千人去策应。杨巨源到凤州,趁孙忠锐出来迎接之机,在帐幕后埋伏壮士,突然出来杀了孙忠锐和他的儿子孙揆。安丙就以孙忠锐附会吴曦,进献贺表为罪名上告给朝廷,并且自己等待处治。
先前,奖谕诛叛贼的诏书到达沔州,杨巨源对人说“:诏命中没一个字提及杨巨源,怀疑有掩盖我功劳的人。”不久传来授予王喜节度使的消息,杨巨源更加不平。这时赵彦呐因在夔州杀死禄禧而得到州通判的官职,杨巨源说:“杀禄禧给通判的官职,杀吴曦也给通判吗?”杨巨源用书函感谢安丙说“:鲁仲连写信劝燕将撤守,帮助齐国收复了聊城,不受齐王的封爵,我十分敬慕他的高尚行为;陶渊明不为五斗米折腰,弃去彭泽令的官印而归隐,成就他的清风亮节。”他又派人到朝廷诉说自己的功劳,又怂恿兴元都统彭辂给韩..胄写信,彭辂明里答应,暗中报告了安丙。有人说杨巨源和他的部下米福、车彦威谋划作乱,安丙命令王喜审讯他们,米福、车彦威都获罪。正将陈安又告发杨巨源集结敢死士入关,想烧沔州州治,等安丙出来就杀了他。安丙综合以前的事,就想除去杨巨源,但没什么确凿的证据。
恰好杨巨源在凤州给金国凤翔都统使送去檄书,其中的话像是用了间谍,并自称是宣抚副使而用参议官的印盖在上面。金国给安丙送檄书。杨巨源正和金人作战,在长桥失败,安丙就给杨巨源写信让他回来,杨巨源怀疑。梁泉主簿高岳成,是杨巨源推荐他当随军拨运的,他来见杨巨源,支持他回去,杨巨源相信了他。
这时彭辂已到沔州,六月二十八日,杨巨源回到幕府,安丙密令彭辂抓杨巨源。杨巨源一点都不知道,以为他是来拜见自己,谈完话,彭辂起身告辞,杨巨源送他到客舍。武士拉住他的衣服,杨巨源还呵斥他们,但已被驱逐到庭下。杨巨源大喊道“:我有什么罪?”安丙隔着屏障派人对他说“:你为什么诈称是宣抚副使?”下令把他押送到阆州监狱。杨巨源说“:我一时使用间谍,他时一定有替我讲明这事的。”安丙给他送去酒菜,杨巨源说“:我一身无愧,死也不遗憾;只是有个妹妹没出嫁,希望宣抚想着这事。”二十九日,杨巨源的船到达大安龙尾滩,将校樊世显把船叫上岸,杨巨源知道将被杀死,就指着这块地对他说:“这是一块好的葬身之地。”樊世显说“:哪有这种事?”船行了数步,樊世显对杨巨源说:“宣参口渴了很久,难道不喝杯酒?”杨巨源推辞。又说:“宣参戴着枷锁已很久了,何不稍微松一下?”杨巨源没来得及回答,他左右的人就拿利刀砍他的头,有一寸多没砍断,于是就以杨巨源是自杀的向宣抚司报告。以后数日,安丙下令埋葬他。
杨巨源死后,忠义之士都替他惋惜,听说的人都流泪,剑外士人张伯威做祭文悼念他,言辞十分悲切。杨巨源的属吏李壁在政府,听说后说:“唉,杨巨源他死啦!”安丙因人情汹汹,上章辞职。杨辅也认为安丙杀杨巨源一定会招致变乱,请求用刘甲代替安丙。当初,杨巨源和李好义同官军联合,安丙秘密做反正的计策,各不相知,联合杨巨源于李好义的是李坤辰,而联合李好义于安丙的是杨巨源。杨巨源给刘光祖写信,讲述了安丙酬答的话,被刻成书竞相传播,安丙已不高兴,再加上谗言不断,终于积成此祸。
成忠郎李珙投书朝廷,献上所做的《杨巨源传》替他诉冤,朝廷也感念他的功劳,赐庙褒奖他的忠心,赐为宝谟阁待制,给他的两个儿子官职。制置使崔与之请求官府安葬他,加赠他为宝谟阁直学士、太中大夫。嘉熙元年(1237),理宗特别赐他谥号为“忠愍”。他的儿子杨履正最终的官职是大理卿、四川制置副使。