神宗万历元年壬子朔，尹台复为南京礼部尚书。庚申，吏部都给事中陈三谟，劾原任苏松兵备副使蔡国熙奸邪险诈，且言其假道学以欺世，自知大察难免，托疾求归，不当听其致仕，竟不加显斥。国熙遂革职听勘。丙寅，升湖广左参议舒应龙为山东副使，整饬徐州等处兵备。差广东道御史张更化巡按淮、扬。
三月壬午，升大名府知府王叔杲为湖广副使，整饬苏、松、常、镇兵备。乙未，差广西道御史王琢玉督理两淮盐课。辛丑，豁免应天高淳县边湖淹田存留米八百六十余石，仍令查各府豪占江湖洲荡及新涨田亩，清理起科，以补前额。壬寅，河道侍郎万恭奏：“江南粮运开帮，期于岁十二月。在江楚长江大河则可，至若吴、浙之舟，阻于京口闸，必待季春开闸，方可开帮。今年早运，实由诸臣挑浚京口所致。顾事必专管而后善，计必远虑而后成。江南河道水利，原设都水司郎中一员，后革郎中，令兵备道带管。权阻于遥制，力分于他务，三江运道，遂至湮滞。今宜比照惠通、北河、南河事例，复设郎中，驻扎镇江。以其余力兼治三吴水利。”工部言：“三吴水利积弊已极，非工部郎中所能任，已责成应天巡抚督理。其京口闸挑浅事务，仍旧分责于各道，而亦统领于督臣为便。”
四月乙亥，工部请建复淮南平水闸与浅船浅夫，及建天妃庙口石闸，修复境山闸。从之。仪真建平水闸二座，江都一座，高邮十座，宝应八座，山阳二座，凡二十三座，座三百金；自仪真至山阳五十一栈，栈设捞浅二小船，船七金，浅夫十名。天妃口大闸一门，除堪改废石料，仍用二千五百金；境山旧闸五百二十金，凡费工料一万余金，悉听河道便宜酌处。闸多则水易落而堤坚，浚勤则河愈深而堤厚。建天妃闸则时闭时启而省挑浚，修境山闸则有留有接而省盘剥。既裨运道，且资民生，议发于恭而衡复行之，诚万世之利云。丙子，督漕御史张宪翔奏：“今岁漕运粮四百万石，除灾例准改及山东、徐州例不过淮洪，并留常盈仓外，实该过洪粮三百一十万一千九百五石一斗，共船八千五百二十六只，以正月九日至四月十日，悉数过洪，粮既全运且无闰。较之上年过洪尤早，因归功河漕诸臣焉。
五月庚子，差贵州道御史许大亨巡按苏、松、常、镇四府。
六月壬戌，差监察御史郑国仕等巡按应天等处。丙寅，改铸苏、松兵备道关防，兼管河道。壬辰，以淮安水灾异常，发长盈仓米六万石赈之。丙子，兵科给事中赵思诚奏请清查河道钱粮，雇徐、淮贫民修挑海口。旨下该部。戊寅，裁革淮、扬、徐州等处十一递运所，从巡抚王宗沐议也。
七月辛巳，工部复：“给事中赵思诚疏言，黄河挟百川万壑之势，益以伏秋潢潦之水，拔木扬沙，排山倒海，所向无坚不瑕，所赖以容纳者在海，而输泄之路则海口也。海口梗塞，一夕则无淮安，再夕则无清河，无桃源。运道冲决，伤天下之大计，人民昏垫，损一方之生灵，关系诚不浅小。故必疾使之泄，其害始息，必多为之委，其泄始易。淮安旧有八口，今止存其一，其委既少，则流必缓，诚宜早计亟图。至于近年河水，未尝加益，特因河决之后，冲刷未尽，淤垫遂积，故河身日高，堤岸日卑，日卑日增，终当奚极。宜行河道诸臣，逐一踏勘会议，具题以请。”上是之。戊戌，巡按直隶御史李学诗奏建清浦县于唐行镇。报可。
八月壬戌，御史朱文科巡按应天等府。
九月甲申，南京右都御史傅颐为南京户部尚书。戊戌，兵部复：“南京兵部尚书刘体乾奏言：留都根本之地，且陵寝所在，关系尤重。原额军不下九万余名，马五千一百余匹，仅足防御。今军止二万二千名，马二千九百余匹，比之原额消耗已多。矧值闽、浙警报，壤地相接，守备单弱，实所当虞。宜如体乾等议，选各卫丁随伍操练，照给全粮；动支贮库草场银两，买马六百匹应用。”从之。甲辰，河道侍郎万恭奏：“今岁七月，黄河水涨。徐州黄水骤发，阅月方始归漕，皆故老所竞言未见者。因自称调度机宜，合房村堤一百余丈，正河千里安流。通茶城口淤一十余里，回空千艘速出。仍开国初以来治河之法及今所探各处浅深以闻。”疏下工部。丁未，工科署给事中朱南雍参河道侍郎万恭言：“防河甚于防边。为河臣者，事必预报庙堂，方可据以处分；功必实图国计，方可藉以利济。臣备访河务，咸谓茶城淤塞二十余里，万恭起夫数万，挑浚罔效。回空粮船数千，阻泊于上河者，不下五十余里。幸黄水旁冲小沟，恭督军民拖泄空船从小沟出，日不能七八只。正河仍未开通。今据恭奏谓，河通于九月十二日，距恭具疏时，才五日耳。纵神运鬼输，焉能于五日间，尽回数十里粮船。始之失事，既属隐蔽，今之奏词，又属朦胧。弥缝一时之失职，侥幸后日之成功。且不图目前之难，而谈古法之沿革，不虞上流之塞，而计下流之浅深。恭盖曰，河道通塞，自古已然，下流俱深，一浅何害，又何莫非掩过幸功之心。夫今岁南回之空船，即明年北上之重船，使茶城一日不开，则空船一日不下。明年之运，将有欲早而不可得者。乞敕令万恭戴罪管事，悉心河务，以赎前愆。”工部复亦罪恭。下严旨，切责之。
十月癸丑，升光禄寺卿路天道为应天府府尹。甲寅，设厂于瓜、仪，改造江北、南京各总浅船。
十一月壬午，河道侍郎万恭奏：“江南运道，延袤八百余里，每岁夏初开运，河水充溢，运道无虞。今改于年前十二月开帮，正属各河浅滞，诸坝断流，京口封闭之侯。挑浚工费动以数万计，仰给导河银，是以杯水救车火，且病农病商。派夫于丁田，则病民；借办于铺行，则病商；取给于协济，则病邻，俱属偏枯，非久计也。查江南漕粮凡二百万石，每石旧带征雇船脚米七升。近瓜州建闸，运船径抵水次交完，此米遂蠲。宜仍每石征一升，岁折银一万两，查各府河务轻重，分发守贮，名曰运河银。凡遇漕渠挑浅、筑堤、建闸、修坝、雇募夫役、买办什物、一应工费，悉于此项内动支应用。再不干扰农商，贻累邻境。以瓜闸所省江南之费，为江南运道通融之用，似为长便。”下工部复。行之。
十二月庚申，升广西左布政使杨成为应天府府尹。壬戌，巡按苏松御史李学诗荐境内人才，特疏请还胡涍。诏报：胡涍逆臣，未正国法，李学诗朦胧荐举，且不究。再有树党引荐者，并胡涍一并拿来重处。
二年正月戊子，兵部复：“操江都御史董尧封奏：留都根本重地。自应天至九江延袤一千一百余里，寇盗出没不常。本官巡历有期，稽查不给，将应天等府治中、同知不妨原务，责令专管江防。”从之。
二月己巳，巡抚应天张佳胤调别用。壬申，户部复：“两推巡盐御史王琢玉条陈二事：一、停存积以塞壅滞之源。方今边商开派利少而难于召纳。淮商守候日久而不乐接买，故引日存积，盐法壅滞。合自万历三年为始，将两淮存积暂停十万五千七百余引，其边储应补银五万余两，合于太仓措给。至万历六年以后，照常开中；一、开屯积以浚壅滞之流。先年，江西、湖广王府、势豪人等，收积商盐，坐索高价奉旨严禁，有司遂不问良善豪恶，概为禁止。致水商盐船不得整发，仪真日渐萧条。仍行各地方，如有铺户，听其囤积，但不许势豪梗法。”报可。乙亥，大理寺少卿宋仪望为都察院右佥都御史，巡抚应天。
三月丙戌，工部复：“河道侍郎万恭议处河漕四事：一议疏治茶城淤浅。茶城当漕、黄之会，培筑小堤，预作小河，宽止数丈，以为速水之计。其夫役取之徐州洪夏镇督发，不必更烦经费，一议修复镜山闸一座。镜山旧闸，锥探至二丈五尺，杳不可寻。合相度地势，从新创建。复自两边各筑一堤，东抵山冈高阜，西接黄河缕水长堤。水发可闭闸以遏洪流于两堤之外，水落可放水以冲积沙子方淤之初。待运尽之日，并力兴工，毋得延迟；一议保护房村一带堤岸。徐、邳南北两岸新堤，束水中流，以防溃决。但河形曲直不同，急流扫湾之处，伏秋水发，不无冲决，而房村以上为甚。合应正堤一带，大加帮筑，急溜去处，创建遥堤。及责由浅以下，旧有遥堤者，一并加培高厚。但诸臣集议，欲于黄钟集之上分水，由符离集出小河口。窃恐有并行之河，决无两盛之理。万一全河弃旧奔新，径趋符离集，则镜山上下四百三十里，将为陆地，嘉靖甲子之患可鉴也。前议亟宜停止；一议接窑子头古堤。先年黄河北徙，溢入运河为患，接筑前堤，彼一时也。近自接连缕堤头，通筑长堤，黄水再无空隙可以北徙，前项似可省筑。惟镜山至留城一带，东堤内束河水，外障河波，往来牵挽，自必由之。现今冲坍数多，相应加筑，其砀山县陈益口新冲决口，永禁筑塞，使黄河水发，岁岁分泄，以图永利。”如议行。己亥，刑科左给事中郑岳奏：“国家借黄河为运道，上自茶城，下至淮安，五百余里。乃茶城有倒淤之患，徐州有淹城之危，邳州有淤塞决口之虞，稽之历年可考也。臣去年奉差经过淮安，正值水发之候，民居飘荡，询之地方父老，皆言自嘉靖四十四、五年河水大发，淮口出水之际，海沙渐淤，今则高与山等。此沙既壅，自淮而上，河流不迅，泥水愈淤，其邳州之浅、房村之决、吕梁二洪之平、茶城倒流之弊，皆由此也。今不务海口之沙，乃于徐、沛、吕梁地形高处，日筑堤岸，以防水势。桃源、宿迁而下，听其所之，则水安得不大，而民之为鱼，未有已时也！臣闻之恻然。曾见宋人李公义、王令图曾献浚川耙法，以圆木八尺横于中，以铁为齿，齿列三行，两端有轮，以舟驾之，行浅水中，舟过则泥去。此古人已试之法，试仿而用之。能疏淮口横沙，而去其最下之塞，则徐、淮自无淹溺之虞；能疏吕梁积淤，而得其高低之形，则茶城自无倒流之患。此固言之可采，理之必然者。”工部复议：“咨河道侍郎亲诣海口，踏勘具奏。”从之。辛丑，工部复：“河道侍郎万恭题，瓜州花园港等处，原议建闸，盖俾江南粮运可以直达，免盘剥之费也。自隆庆六年，花园港猪市上、下闸成，迨今二载，粮艘无滞，省民间不赀之费。但上闸重建方毕，而下闸冲啮尽坏。合行河道侍郎将瓜州应改下闸及詹家洲应建中闸，作速兴举，并汊河扬子桥，亦于明年接续修建，以收全功。其江南应该协助修闸银两，严行追解济用。”从之。
五月乙酉，兵部复：“南京兵部尚书刘体乾等题，南京锦衣等卫、所快船及江淮二卫马船，差拨虽均，但快船掌驾取诸各卫军余，委属调敝；马船水夫原有本等工食，似可通融。议将快船裁减一百五十一只，内二十一只径行停止，其一百三十只，改入江淮二卫，以准马船。即以现在及添募水夫，拨领掌驾。其工食口粮并哨总等官廪给，悉照浦子口兵船事例处给。”从之。
六月丙午，户部复：“南京户部尚书傅颐等题，南京锦衣等卫所，新收军士九千五百余名，每年约用银九千余两，米九万余石。今南京库银积贮颇多，虽增新军，折色支用有余。其粮米当于万历三年秋粮内，派浙江二万五千石，江西四万五千石，湖广二万石，径解南京户部交纳，以备增军之用。”报可。丁未，总督漕运、副都御史王宗沐题漕务二事：“一、定期限以图善后。今岁漕舟，正月终已悉抵镇江，盖事体初复，人心竞奋，然不可为常。议定以三月终尽数过淮，以一月为黄河逆溯之期，则四月终可悉过洪，不与黄水相值；一、禁军士以戒不虞。祖宗以十二万军士，岁运于中原，自有深意。但群聚起争，不免贻祸地方。凡军船赴水次领兑，止许一旗一纲，跟同运官赴仓，其余军士，不许私自上岸。”乙卯，户部复：“两淮巡盐御史王琢玉会同抚按官王宗沐等题，淮北堆盐地方低洼，每被淮水淹消，损商启弊。今议筑堡围护，合用工价银一万一千四百四十八两零，应于淮字各单每引带盐二十斤，纳银一钱，充为工费。”从之。壬戌，兵部复：“巡抚应天都御史宋仪望题，修理句容县旧设巡抚衙门，为巡抚驻扎。春、夏巡历苏、松等府，以防海汛；秋、冬巡历徽、宁等府，以肃地方。”从之。南京刑部尚书戴才改南京兵部尚书，参赞机务。庚午，陕西左布政使侯东莱为应天府府尹。起原南京工部尚书林云同为南京刑部尚书。
七月癸酉，户部复：“南京户部尚书傅颐题，南京二总运军行粮，改于水次兑给，诚为二便。但其数多寡，该部无从稽考。至耗米、席、驴、脚等项，但系正额正米，既兑给军旗，前项俱无下落，亏损甚多。合行漕司每年给发全单，先期咨报该部查处。耗米等项，除给军外，其余解南京，并行查以前混支米扣、米银及松江府以麦银径作行粮、华亭县以南粮擅放外卫官军，俱听该部查复议处。”报可。丁亥，南京工部尚书刘光济改南京吏部尚书。癸巳，吏部听选岁贡生许汝愚上言：“东南运道，水势之涩、莫甚于丹阳；地势之高，莫甚于夹港。国初于此置为闸者四：曰京口，曰丹徒，二闸居上，以防三江之易涸；曰吕城，曰奔牛，二闸居下，以防五湖之易泄。自丹阳起，至镇江蓄为湖者三：曰练湖，曰焦於，曰杜墅，以济漕河之用，遂免海运之艰。而于四月交兑，五月过淮，维时雨泽大降，江潮盛行，不假湖水亦足以济。岁久，延袭居民，侵为田亩。焦、杜二湖，俱为旱麓，仅存练湖，犹有侵者，而四闸俱空设矣。今改为十月临仓，雨泽既少，江水枯落，不免剥浅胶涩，才数十里之区，有阅三四月而不得尽达于江者。虽添设攒运，枉费推挽，而开河之议起矣。夫夹港两岸，高者数十丈，而河仅阔数丈许，下之开凿愈深，则上之塌坍愈速。频冬役民以浚之，春来淤塞如故。年年兴此大役，民何以堪。为今之计，莫若修三湖之故址，就四闸之完基，蓄泄以时。下修吕城、奔牛二闸，以待粮运之入，上修京口、丹徒，以待粮运之出。况乎上流既溢，则奔牛而下，又何不通之患哉。破此说者，必以淹没民田为辞，不知前此占湖为田，今仍旧修葺，非废田以为湖也。即欲补此数顷之田，则沿江一带新涨常稔洲田，无虑千顷。民方争佃，构讼不息，且其皆隶于丹徒，以此相易，不亦可乎？年年官司欲兴水利，辄为豪富破害，遂以湖浅河长为解。试并修三湖，而于丹阳水关下板，则河如此其长，湖亦如此其阔，宁有不足之理！此皆上下习见而缄口不言，则利害之心惕之也。”工部复，行彼处抚按踏勘具奏。从之。
八月甲辰，户部复：“总督漕运都御史王宗沐奏请事件：一、禁军士以戒不虞；一、复军船以苏疲困；一、折脚米以济修船，俱如原议。其定期限以图善后议，以三月过淮者，仍限二月。”乙巳，汪宗伊为应天府府尹。丙辰，以盗劫芜湖县库，查处地方失事官员。奉旨：操江都御史董尧封降一级，调外任；巡抚都御史宋仪望，到任未久，着戴罪立限捕贼；各巡按、巡江御史，候差满之日，都察院从公考察。
九月甲戌，豁减镇江丹徒、丹阳、金坛三县及常州靖江县钱粮，以水旱灾伤，从巡抚应天宋仪望请也。丙子，工部复：“工科给事中吴文佳言，茶城，黄、漕交会，数千粮艘，皆由此一线之路。如数十里之茶城一淤，即百计疏通，无救旦夕。查得先年总理河道都御史翁大立建议，欲从子詹山、梁山至马家桥，上下约八十余里，另开新河，置旧河于堤外。凡黄河出口之地，并不相及，而波涛可避，良为得策。但称田梁之下，张孤山之东，内花山之西。新冲河形，南出戚家港，会于黄河，亦可通舟。因势利导，就下为川，颇与原议稍异。宜令总理河道等官亲诣茶城踏勘。”从之。
十月己未，赈恤徐、淮等处灾伤，准留漕粮一十六万余石，银六万余两。壬戌，以原礼部尚书潘晟为南京礼部尚书。甲子，提督操江兼管巡江、永康侯徐乔松，革任闲住，并张应宿革任、朱正色等提问。以南京刑科杨节奏其芜湖失事也。丁卯，总督漕运都御史王宗沐议：“徐、邳民俗犷猂，盗贼充斥。盐城地滨江海，盐徒出没。将韩荣改为徐、邳参将，专驻徐州，往来邳、宿；丁介夫改为盐城守备，常川操守。六、霍等处矿山，徒众垂涎，虽有巡山官兵，漫无统纪。合将麻埠巡检裁革，设立把总，率领兵勇，擒剿矿徒。”部议俱依议行。
十一月壬申，以保定侯梁继璠为南京提督操江兼管巡江。壬辰，两淮巡盐御史王琢玉言：“查过吕、四等三十场，灾伤十分、九分被灾极贫灶丁七万六千七十三丁，次贫丁六千三百三丁，已发银二万两赈济，止可济秋冬之急。若明春青黄不济，尤为可虑。议请于今余盐银内借留三万两，以待来春接济。”部复，从之。
十二月辛亥，户部题准：预开淮、浙、山东常股存积盐一十五万八百七十三引一百八十五斤，共银五万一千七十二两四钱六分。甲寅，应天巡抚宋仪望言：该镇兵力单弱，粮饷缺短，战守之计，尚多疏略，条议五事：“一议更置将领。吴淞一镇，兵船聚泊，乃水陆折冲之区。副总兵驻扎，南可以援金山之急，北可以扼长江之险。所统六路官兵，约计一千八百员名，而川沙堡、宝镇堡及一应水操官兵，悉以隶之。金山乃三吴之外屏，刘河为苏州之门庭，宜以参将移镇金山，游击移镇刘河。至常、镇参将，原非要害，当议裁革。仍更置守备一员，就驻杨舍，互为策应；一议处粮饷。苏松一镇，自倭患稍宁，客兵题革之后，又经量议增兵，以定战守。大约每岁计该饷银十三万八千二百四十一两九钱，应坐苏、松、常、镇四府照粮加派，一议增戍孤镇。金山一镇，孤悬海边，接近浙海，为三吴外屏。今更置参将，其兵仅以千计，万一有警，即悉城中老弱登埤以守，未充其半。欲增募客兵，则供饷难继。宜行应天十府一州各衙门，问拟军犯遣发该镇，以充营伍；一议兵船器械。福仓大船，长巨高坚，破浪乘风，摧拉甚易。每船定价至四百余两，岁用二百三十六只，每年打造不过三十六只，余皆雇募民间，颇为便宜。其各船之兵，于崇、靖两县沿海居民，按图挑选，尤为易集。一应军器，若发贡佛郎机之类并火药，俱各将官自行制造，庶乎可用；一议明事权。令把总等官，听副总、参、游节制。参、游等官听副总官节制，敢有抗违者，许以军法从事。副总官比照行部事例，不时巡历，必使体统尊严，事权专一。若州、县佐二等官，品级相悬，体统攸关，在道必避，在庭必参。如敢倨傲凌肆，许即揭呈提究，庶名分不乱。”户、兵二部各复，依议行。
闰十二月乙亥，升徽州府知府崔孔昕为两淮盐运使。
三年正月辛丑，扬州、镇江府地震。癸丑，巡按直隶监察御史邵陞疏言：“苏、松、常、镇等府，宪臣久缺，水潦频灾，节年逋赋，难以逼追。乞于考成簿内宽限，节次完销。”事下工部。于是工部条复：“以逋赋久近，上供缓急，分别酌量，仍立限催督，违者查参。”诏如议行。甲寅，先是巡抚凤阳都御史王宗沐以淮、徐地方，素多奸豪，恐其啸聚，乃令军门捕盗郭宗抚访求侠豪巨室，计得三百余人，加以义勇名色，责令捕盗。约以有功，则为奏叙。其后义勇王忻等，果有缉获。至是，宗沐为请升郭宗抚把总，王忻等各给与冠带。兵部复疏：“以所虑为盗之人，即用以治盗，诚救荒安民，弭怨销衅之良策。”从之。已未，议修理南京内府门殿、库藏。议者以为累朝明禁，无容轻议，惟奉先殿享祀列圣神位，武英殿奉太祖、成祖御容，大庖厨为进供日膳之所，及诸紧要库藏所，宜及时修葺。于是南京工部尚书刘应节上言：“南京为祖宗创业根本重地。自成祖定鼎幽燕，南京大内，遂为虚设，禁令勿修，允其自坏。先朝深意，未易窥测。然臣等之愚谓有不必修者，有必不可不修者，似未可漫无分别，一概停止。如系内外出入之防者必修，外围皇墙、内围禁城是也；系享祀供膳之所者必修，奉先殿、武英殿、大庖厨是也；系钱粮积贮之所者必修，承运等库是也；系官军驻扎、官军宿卫之处必修，光禄寺、尚宝司、六科、监局及宿卫等房是也，系臣民观瞻之重者必修，东安、东华等门是也。今各衙门公署已经题修二殿，大庖各库，见有今议，而独东安、东华等门及宿卫处所，议者未及。恐倾颓日甚，一望丘墟，非所以肃观瞻重根本也。但钱粮诎乏，工料难办，或俟别项倒塌，重行拆卸，移取无用，以修有用，庶为两得耳。”疏下工部。
二月甲戌，南京兵部尚书刘体乾以浦子口城垣濒江冲塌，议募水兵四百八十名守之，属江、济二卫，入册工食与马船水夫一例。又议减锦衣等卫快船一百三十只，改为马船，以现在水夫通融差拨，内有不足，量募新夫，必壮丁习舟任战者，方许应募，春秋掣取教练。童欲藉水夫之工食，为水兵之调度，而马船骤增，二卫苦之。又水夫向听差拨，骤闻教练，遂生骇怨，相与围劫千户高隆。意议出自隆也。南京兵科王颐言其不便状。下部复议。于是甫京兵部尚书戴才以浦口原系陆营，欲改水兵为陆，马船第增九十只，裁旧船水夫十八名为十六名，以所裁名数，派驾新船。尚有不足，另行招募，但听差拨，不便操练。议上，兵部复奏：“马船之议，业已妥确。惟水兵改陆，则彼五卫之众皆焉往？陆则本城之操军，隔江则操江之水军皆焉用，而更增此四百八十人为哉？若云已集之兵，不可复散，新改马船夫额尚少，那彼就此可也。”上然之。辛卯，南京大理寺右寺丞雷稽古为应天府丞。戊戌，总理河道、都察院右佥都御史傅希挚上言：“治河当视其大势，虑思务求其永图。顷见徐、邳一带，河身垫淤，壅决变徙之患不在今秋，则在来岁。幸而决于徐、吕之下，犹可言也。若决于萧、砀之上，则闸河中断，两洪俱涸矣。幸而决于南岸犹可为也，若决于北岸，则不走张秋，必射丰、沛矣。臣日夜忧惧，悉心讲求，禹之治水，顺水之性耳。今以资河为漕，故强水之性以就我，虽神禹亦难底绩。惟开创泇河，置黄河于度外，庶为永图耳。泇河之议，尝建而中止，谓有三难。而臣遣锥手、步弓、水平、画匠人等于三难之处，逐一勘踏。起自上泉河口，开向东南，则起处低洼，下流趋高之难可避也；南经性义村东，则葛墟领高坚之难可避也，从陡沟河经郭家西之平垣，则良城侯家湾之伏石可避也。至于泇口上下，则河渠之深浅不一，湖塘之联络相回，间有砂礓，无碍挑挖。大较上起泉河口，水所从入也，下至大河口，水所从出也，自西北而东南，计长五百余里，比之黄河近八十里。河渠湖塘，十之八九源头活水，脉络贯通，此天之所以资漕运也。昔尚书朱衡之开新河，都御史潘季驯之开邳河，权救一时，其情事忙促，工费浩大，难尽名言。今虽尚幸无梗，然相时度势，要之不免卒有不虞，而后竭天下之财力，以通咽喉，何啻如新河、邳河情事之汹汹面巳哉！若将十年治河之费以成泇河，泇河既成，黄河无虑塑决矣，茶城无虑填淤矣，二洪无虑难险矣，运船无虑漂损矣；洋山之支河可无开，境山之闸可无建，徐口之洪夫可尽省，马家桥之堤工可中辍。今日不赀之费，他日所省，抵尚有余者也。故臣以为开泇河便，因列为议工费、酌工程、拟督工、请监工四款上之。”章下工、户二部勘议。
三月丁巳，工科都给事中侯于赵疏言：“开河事体重大，宜行地方复勘。又濒河一带，水灾频仍，大役骤兴，地方隐忧，不可不虑。”户科都绐事中汤聘尹谓：“曩者新河之役，议用费七万，及其成功，殆十倍焉。今日虽议百万，而大役难料，中道难辍，恐不能无倍于初议矣。宜大集心计，博采众思，工费约用几何．支给出自何所，开列奏闻。必储蓄可备六年，然后可下诏兴工。”二疏俱得旨下部。部臣复请会议。上曰：“开河事理，傅希挚所奏，固已明确，但事体重大，不厌详慎。廷臣会议，亦是虚文，甲可乙否，终难成事。命侯于赵亲往会希挚及攒运按臣确议以闻。”
四月己卯，调补江西左参政严大纪为山东左参政，驻扎淮安，管理漕务。甲午，淮、徐等处大水，直隶巡按御史舒螯议：“以为海口淤塞，横绝下流，故淮、扬、徐、邳诸处，频年水害，郡邑几废。宜开草湾、浚洋麻港口、石诸口，以备淮黄之冲。”又欲蠲折粮、留商税、请赃罚、发漕米，以备赈济。总理河道都御史傅希挚谓：“高宝之间，桃花泛涨，陡齐堤岸，宜急捐徐、邳二州河道、船税、堤夫等项银四万，以备修筑。”于是工科给事中萧崇业等疏：“东南咽喉重地，重罹灾变。宿水未消，新涝增毒，蠲恤修筑，以苏疮痍，是或一道也。若开草湾、浚石二策，则未可轻议。何也？泇河之役，国储所关，必不容已。若两役并兴，弛鹜不足，顾尾失首，非计也。宜俟泇河告竣，淮、扬稍稍安业，方可徐图耳。”户科给事中光懋亦言之。事下户、工二部复议。命河漕诸臣及勘洳河科臣，博访群策，议定明白以闻。
五月庚子，先是，元年二月间，徐、淮、扬等处被水灾。抚臣王宗沐、按臣舒鳌、科臣贾三近等俱先以蠲兔、赈济为请。户部复议：“咨行地方抚按，选委贤能官员，从公踏勘，分别轻重，以凭酌处。”又言：“淮、扬等处，蠲免、赈济所费钱粮，总计应征并发去者，无虑五六十万矣。国家经费，各有正项，非专供一方也。虽急缓之势当知，而无已之求难继。且救荒委无奇策，求其策之善者，全赖各该有司，先之以俭静不扰，次之以就地设法。故有富弼则青州不为灾；有苏轼则杭州不能困。若无先事之备，而徒仰给于内帑，不惟缓不及事，以天下之大，尽内帑亦不足以给矣。”奏闻。奉旨：“近来淮、扬地方，无岁不奏报灾伤，无岁不蠲免、赈济。朕奉天子民，一闻百姓饥溺，辄切切于怀，思为亟救。但朝廷设官分职，原以为民。天灾流行，国家代有。若各地方官平时肯着实经理民事，加意撙节，多方设备，即有灾荒，岂至束手无措。今做官者，本无实心爱民，只虚文了事。遇水旱即委责于上，动称危言，以胁制朝廷。及至奏过一番，依旧因循不理，岂朝廷任官养民之意。所奏姑拟勘报议处。着吏部查两府被灾地方，有司官拣有操守及年力精壮者去做，贪酷害民及衰老无为者，即便奏请黜调。各处抚按官俱要督率有司省去繁文，修举实政，多方预处水旱之备。不许但诿之气数，沽名蠲恤，责上市恩。亦不许因此便谓朝廷讳言灾异，壅敝小民疾苦，不以上闻。”
六月己巳，应天府尹汪宗伊迁，吴文华继任。丁丑，裁扬州府驻扎仪真县理盐通判。壬午，改南京户部尚书陈瓒为左都御史，提督两广；殷正茂为南京户部尚书。戊子，换给徐颖海防敕书三道，增入整饬中都留守班军事务，以班政废弛，军多不到者。辛卯，工科都给事中侯于赵等题会勘泇河事宜：“自泉河口至大河口，五百三十余里。内自直河至清河三百余里，自来河道无恙，无赖于泇断在可矣。惟是徐、吕至直河，上下二百余里，宜开以避二洪、邳河之害，约费可一百五十余万金。特良城伏石，长五百五十丈，比原勘多四百七十丈，开凿之力，难以逆料。性义、马陵俱限隔河流之处，二处既开，则丰、沛河决，必至灌入。宜先凿良城石工，预修丰、沛堤防，而后前功可徐议也。”户部亦复如科臣言。又谓正河有目前之患，而泇河非数年不成，故治河为急，开泇为缓。奉旨：“看侯于赵等所奏，与傅希挚原议大不相同，傅希挚久历河道，当初若无的见，岂敢谩兴此议。此必该道等官，畏工久羁官，故难其说，阴肆阻挠。勘官据其所言，谩尔回奏，其言先开良城伏石，徐议兴工，都是搪塞了事之语，深负委托。今人平居都会说利道害，沽名任事。及至着落他实干，便百计推诿，只图优游无事，捱日待转，谁有视国如家，忠谋远虑者。似这等人，如何靠得他成功济事。且泇河之议，正欲遁漕，非欲弃河而不理。今他每既说治河即可以兼漕，便着他一意治河，别工不必再议。今后漕粮开兑迟误，责在漕运；舟行梗塞，责在河道；有旷职废事的，都拿来重处。管河司道等官，都着久任，不许升转。吏部该科记着。”乙未，工科都给事中侯于赵等复议：“淮、扬地方频年水灾，惟在下流壅滞。宜通草湾，以分河流入海之路，开渔沟老黄河，以疏淮、扬涌激之势；浚新洋、石诸口，以济兴盐垫溺之危；筑安东之县堤，以为水趋该县之备。其开浚先后，则欲先草湾、石，而后渔沟，度缓急以舒物力。”俱报可。
七月己未，国初粮运，自仪真抵淮安，谓之里河。俱分入五坝，转盘黄河，谓之外河，不相通。后平江伯疏开清江浦河，由天妃口径通黄河，仍设闸以司启闭。每岁三月以后，粮运过完，即将原闸封闭，隔绝黄水，官民船盘剥如故。其后漕规废弛，闸不能闭，而黄水灌入，河臣乃议塞天妃口，以杜黄水。创开三里新河，设通济闸，以通淮水。其后闸废不修，淮水不息，黄水盛大，淮亦因之，高宝湖堤，年年冲决，盐、兴等处，岁岁被灾矣。至是，御史刘光国议：“以天妃闸地势高于通济，淮水灌滥，多子黄水。谓宜将通济闸及福兴，新庄二闸，增卑倍薄，务令高厚坚固。仍令清江厂分司专司启闭，每五月以后，九月以前，二水盛发之候，严加封闭，官民船听其自行转盘。惟回南空船，每二日启放一次，随放随闭，不许官民船越规擅进，以贻水患。”从之。
八月甲戌，工科都给事中侯于赵疏言：“高宝湖堤大坏，苏、松水利久湮。宜专委任督理，以裨国计。巡盐、巡抚俱难兼管，宜于南京巡江、巡仓、屯田三差，—归并一员专理河。”工部复如议。乙亥，户部题复事干漕务者：“一、给余米，以资回南；一、复抵坝，以守良法；一、报完兑、开帮、过洪、入闸日期，以稽迟误；一、追积欠，以杜侵欺。惟存亡事故者，清查量免；一、责典守，以禁私货，宜自监兑主事始；一、序挨帮，以禁挽越；一、修仓廒，以善积贮；一、改海船，以疏河道。俱载入议单，永为遵守。”奉旨：“黄河广阔，运船取便越帮，利于速进，着照近例行。余依议。”丁丑，河决高邮、砀山及邵家口、曹家庄、韩登家等处。总理河道都御史傅希挚议以高邮决口，当亟筑；砀山决口，当改筑月堤。其他三口，宜留以为泄水之路。工部复：“奏议是不得已而为权宜之术耳，安能必三口之不愈决愈深，而夺正河耶？宜随机相度，近河诸堤，有当增筑以广容纳，或上流有可分杀以减水势，皆当从长计议，无得因循。”奉旨，从之。戊子，淮、扬、凤、徐四府州所属大水灾。户部复：“抚按奏将本年夏季税粮存留者，照例蠲免，系起运者暂准停征，其三年应运漕粮，再准一年改折；各卫屯粮亦视灾重轻，照例折处。其巡抚、巡按、巡盐当年赃罚及徐州商税银两，准留支，以备赈恤。”报可。
九月戊戌，先是，应天、苏、松等府州、县各有弓兵、民壮，前年查扣工食济边。至是，应天以江防增兵，苏松以海防增兵，操江及抚按各具疏请留民壮银饷。部复以银出均徭，无存留之理。但江防缺饷，姑准于民壮银内动支九千三百六十两。苏松近报灾伤，将民壮银内动支一万二千六百一十二两，余尽数解部。得旨从之。己亥，时苏、松、常、镇水灾异常，抚按具疏，要将太仓、华亭、上海、常熟、嘉定、丹徒、丹阳七州、县漕粮改折，并减免应征钱粮，改折三分。从之。壬寅，提督操江都御史何宽奏：“京城内外，原设三大营，以习陆战。又设新江口营，挑选官军一万五千人，驽船三百只，以习水战。今江营兵仅五千二百，占役过半。战船仅四十只，比原额甚远。乞行南京兵部会同将本营额数中有丁者，行卫取补；改差者勒归本营；为事者收复；老弱者选补；逃故者清勾。若一时难以复旧，请量分三营之军，以益江营，使习水战。”部复：“除有丁取补听其径行外，三营之军应否量分江营，宜移咨南京兵部同操江会议停当具奏，以凭议复。”得旨，从之，兵部奏复：“巡按应天都御史宋仪望会同巡按御史邵升条议防倭善后事宜：一、增设游兵，以定邀击；一、定船，以便调遣；一、联陆兵，以防流突；一、核军储，以时支给；一、定举劾，以示劝惩；一、广资格，以需将材；一、联浙直，以定合剿；一、复乡甲，以固人心。”俱依拟行。内承运库太监崔敏等奏：急缺段匹。工部议复：“行应天等处抚按官，动支无碍官银，令有司织造九万七千九百有奇。”南京湖广等道御史陈堂等上疏曰：“昔人有言，天地生财，止有此数，不在官则在民，未有无碍官银之说。无碍之说，起于贪墨之吏，搜括公帑以充之。搜括必加渔猎，渔猎必加科派，科派必加箠楚，此岂陛下所乐闻。兹者每匹估价银一十二两零，应天一府计一十二万两，则各处该银二三十万矣。臣谓科派无辜之百姓，不如取足逋负之顽民。查浙江、苏州等处，拖欠应进京库金花银，共计一百六十余万两。查各抚按赃罚银两，有二三年全不解部者，除二分备赈，四分济边，余系工部额数数。此固户部所本无，又系工部所自出者也。至金花银两，以上用之岁银，供上用之段匹，不必解部，通融织造，可无议加派矣。”奉旨：“段四以备供用，赏赐必不可缺，着照前旨，陆续解运本内。说纻丝罗每匹该价银十二两，其实解进的都粗糙不堪，不值原价三分之一。且不分轻重，一律重估，中间必有冒破情弊，工部看了来说。”庚申，巡抚应天都御史宋仪望奏：“镇江一府，官民田地照亩起科，各有原额，至其瘦田、荒田、芦地、草苗及新垦荡田，共算折实在田八千四百七十二顷九十九审二分零。凡昔时奸民巧立名色，诡避粮差者悉裁革，均为一则。”疏下户部。南京祖陵被风雨损坏坍塌，着本处官修理。刑部右侍郎翁大立为南京工部尚书。
十月甲戌，广西左布政使程嗣功为应天府尹。乙亥，右通政王篆为右佥都御史，提督操江。丙子，尚宝卿陆树德为应天府丞。壬午，总理傅希挚奏．江南运河归水利御史就近统管。部复，从之。淮安分司所属刘庄等十场大水。壬辰，南京都察院右都御史何宽议以巡江、巡仓、屯田三差，惟仓差事稍简。以仓并屯，委不相妨。割屯田所带漕粮，摘付上江御史。其苏、松水利，另给敕印御史一员，钦遵行事。工部复允。兵科给事中萧彦上言治河。大约言：“近日诸议，俱在徐、邳以下，于上流似未之及，但以运道为急，不以淮、泗为念。宜令河道大臣带同熟于河道司属二三人，下沿淮安，上溯潼关，逐日相视。孰可分其流，孰可杀其势，计划定妥，贴图立说，具奏施行。工部复如议。
十一月己酉，原兵部左侍郎吴桂芳总督漕运，巡抚凤阳。
十二月乙亥，南直隶遥抚宋仪望为右副都御史，照旧巡抚地方，赏银三十两，纻丝三表里；副使王叔杲升一级；总理黄应甲升都督佥事；其余将吏各赏有差。论是年四五月间黑水洋斩获倭级功也。
四年正月乙巳，升镇江府知府林应雷为两浙运使。丙午，应天巡抚宋仪望官：“三吴海防，南界两浙，北抵扬州，相去千余里。中惟吴淞至金山三百余里，为倭奴入犯必由之路，而宝镇一堡，更为要冲。但置山不据，而筑堡山外十里，岁仅拨兵三百戍焉。形势既失，兵力又单，寇若据山，建瓴而下，堡非我有矣！今欲移堡依山，戍以协守，计费六千余两，出抚按赃赎佐之，可一年报竣；或移大兵驻防，以控要害；或出海洋搜剿，以立奇功，均便。”从之。己酉，高邮州清水潭堤口冲决。时督漕侍郎张翀以修复老堤工力浩大，数年始可成功。恐新运已临，决口未就，且令粮船暂由圈田里行。而御史陈功则称：圈田浅涩，不便牵挽。外湖水面阔四十余里，风有不顾，必至稽阻。给事中侯于赵亦以两臣持论未决，恐致过淮后期，乞敕所司速议。并欲以淮北运道，专命河臣傅希挚一意经理，务宜时加挑浚，以图万全。从之。督漕侍郎张翀，以修筑宝应堤工，议于江南各府、县，并浙江、江西、湖广每粮一石，加派一斗，折银五分。先于余盐银内借用，候次年征完补解。不许。诏以漕粮脚米六升，每岁计银三万三千三百余两，及蠲免七升内，量复一升，每岁计银一万两，为修筑之费。又命于河道衙门转发修河银五万两。如不敷，或留漕米，或借工本盐银，或山东、坷南香钱例银，及德州仓银，并准凑用。丁巳，命漕运及河道衙门严督郡县将清水潭原决堤口设法堵塞，勿得恃圈田外湖，致稽粮艘。己未，命泰宁侯陈良弼为提督操江。
二月己卯，改南京吏部刘光济为参赞机务、兵部尚书。壬午，改南京礼部尚书潘晟为南京吏部尚书。癸未，总督漕运吴桂芳言：“淮、扬二郡，洪潦奔冲，灾民号泣，所在凄然。盖滨海汊港，岁久道湮，入海止恃云梯一径。至海拥黄沙，河流泥溢，而盐、安、高、宝不复可收拾矣。国家转运，但知急漕而不暇急民。故朝廷设官，亦主治河，而不主治海。请另设水利佥事一员，专疏海道。而以淮安管河通判，改为水利同知，令其审度地方所宜，谋求捷径，如草湾及老黄河，皆可趋海，何必专事云梯。并乞留后帮漕粮五万石，及轻赍内河工银二万五千四百三十余两，以备鸠工。庶淮、河各得所归，运道亦还其故。”下吏、户二部议，悉如其请，并优诏答之。乙酉，命南京铸造万历通宝制钱。改南京工部尚书翁大立为南京礼部尚书。戊子，升户部左侍郎毕锵为南京户部尚书。
三月乙未，两淮盐运御史许三省以淮、扬灾眚，改所属停薪工食于仪、淮二所盐课，每引带盐一斤为额。下户部复，不允。丙午，命南京太仆寺卿何鸣起将所属各府灾伤，分别二等，如高、邳等州，县为甚，江、仪等次之，节年所欠马价银两，或暂免十分之六，以万历八年至十年带征；或暂免十分之四，以万历六年至八年带征。其应天、镇江未报水患地方，仍每年带征三分之一，以万历四年至六年依期征解，毋得轻议蠲免，一概因循。丙辰，应天巡抚宋仪望，议留掘港守备鲁邦于吴淞总镇标下练兵。漕运侍郎吴桂芳言：“高邮西堤，乃永乐间平江伯陈瑄所建，运舸俱行湖内，波涛为患。至弘治间，侍郎白昂议开越湖，中为土堤，东为石堤，二头建闸，名为康济河。其中堤之西，老堤之东，约成民田数万亩，即今所谓圈子田也。彼时未傍西堤为河，而别作越河于数里内，舳舻安流，军民称便。但河去老堤太远，瞻顾不及，缺坏不修，遂至水入圈田，又成一湖。而中土堤遂溃坏，则东堤独受数百里湖涛，故有昨岁清水潭之决，盖势所必至也。今若尽复白昂旧迹，策非不善，但据估银二十三万有奇，比之白昂所费，尚不及半。诚恐修筑不坚，数年复坏，反成虚费，则不如照弘治间侍郎王恕议，就老堤为越河，只修筑东、西二堤，为费既省，而随堤牵挽，亦可随坏随修。高邮既完，徐及宝应。谨将切要事宜条为四议：其一曰、设处钱粮；二曰、烧采砖石；三曰、分募夫役；四曰、委官分理。”下所司议。丁巳，应天巡抚宋仪望言，增建青浦县城，华亭、上海不得视为秦越。下部议。命河南道御史邵昇巡按淮、扬。壬戌，工科给事中戴光启言：“臣观吴桂芳所奏高邮筑堤一事，窃探桂芳意，若曰三堤并修，一河复旧，良可垂远。第前估工费不足应用，又不便更估。又曰必复康济之旧，非增二十万不济，其意可见。夫图大事者忘小费，佴必过为嫌惮，求目前之苟安。”下部议。
四月戊辰，先是，吴桂芳以议修高邮湖堤，为戴光启所謫。工部议言：“事应复勘。惟是合用砖石数多，采烧、船运，非仓卒可办。所议河南库贮河工银五万两，应即转发。其砖石行各府、州、县如式烧采。至兴大役，应分派各府、县拨夫，一体应役，计时省放。”得旨：“吴桂芳原任扬州湖工，事理知之必真。前已有旨，委任责成，不必又行复勘。余如议。”庚午，漕运侍郎吴桂芳言：“黄河自徐、邳而来，至清河与淮水合流，经清江浦外河，东至草湾，又折而西南，经淮安新城外河，转入安东县前，直至云梯关入海。近年，云梯关海口沙涌，水势溯洄，河流渐浅。淮安新城外河，深不过五七尺。惟清江浦相对草湾地方，地形低下。黄河屡向冲决，欲夺安东县后迤逦下海，以县治攸关，屡决屡塞，致近年淮、黄交溢。去岁草湾迤东自决一口，宜于决口之西，王家山之东，开挑新闸，以迎扫湾之溜。量长五百十八丈四尺，计土十万四千九十一方，共工银七千二百八十余两，粮米二千八十一石，准银一千二百四十两，总约银八千五百三十余两。其余不通河及河身窄狭之处，逐段估计，通长九千七百二十三丈，计用银六万八千一百五十余两。又两处用管工官一百九十一员，口粮银共一百五十余两，又用水车四十部，共银八十八两，又金城至挂甲墩五港，岸势低洼，应筑束水堤岸一道，合用银四千四百四十余两。应筑决口十八处，约用银五百两，通计该银八万一千八百七十余两。查截留河土、轻赍、折色等银及正耗粮米共银七万四千二百余两，未足九千四百余两，应于盐商修河银内支用。”工部复言：“委一垂陷之安东，以拯全淮之胥溺，漕臣言可听。”报曰：“可。”辛未，命苏、松、常三府白粮，俱各府管粮官督解。从部请也。辛巳，吴桂芳言：“淮、扬水患在下流海口之塞，上游河身之高。欲浚河身，先开海口。臣前开草湾入海，惭有次第，至于河身之高不过积淤不浚，若遇桃花、伏、秋水发，可用混江龙推浚。每岁将浚过河身丈尺，年终奏报。其清河以上邳、徐等城，则责在河臣，浚否惟命。”下工部言：“疏浚兼施，抬河长策，宜令总河衙门一体推浚。”从之。丁亥，淮安府东陬山，漂流朝鲜国进贡夷使梁俊等。上命赏给衣履，押回。
七月壬寅，应天巡抚宋仪望奏：“三吴财用所出，水利最急。自嘉靖初抚臣李充嗣修治之后，未尝大修。沟港日淤，圩埂尽废，旱涝无备，根本之忧，莫急三吴形胜。东南自嘉秀沿海而北，水皆趋松江，循黄浦入海；西北自常、镇沿江而东，水皆趋江阴、常熟。其中太湖潴蓄，汇为巨浸，流注庞山、渎墅、淀山、三泖、阳城诸湖。及开浦引湖，北经常熟七浦、白茆诸港者，入于江；东北经昆山、太仓、刘家河，东南通吴淞江、黄浦各入于海。诸水连络，四向环护，中如仰盂，杭、嘉、常、镇势绕四隅，苏州居中，松江居下，则又为各水所受。故苏、松之利害，视四郡独大。禹疏三江以入海，太湖之水趋下驶急，海潮不船为淤。书曰：‘三江既入，震泽底定’是也。其后民利渐兴，壤为田畴，疏为浦港，淤为洲荡，五谷鱼盐，茭菱芦苇之利生焉。然地力虽辟，水势渐分，江流漫缓，海潮内蚀，而东江湮塞，无复可考矣。吴淞江直贯太湖，径入大海，最为要害，屡开屡塞，费用不赀。考吴淞江旧阔一百五十余丈，今不及旧五之一。其中菱芦丛生，涨滩涌塞，太湖停蓄，势不能尽泄。而淀山、三泖由古浦塘入黄浦者，淤涨尤甚。华亭、上海之间，旬日不雨，河港尽涸，每遇霪滂，则田畴悉淹，害有不可胜言者。惟娄江一道，受阳城诸湖之水以入于海，即今所称刘家河是也。舟楫往来，人力疏导，不至断流。其他港汊，皆为平陆，田地荒弃甚多。迩来，有司将宗人府等粮银尽派荒区，名为缓征，实则拖负。今议者谓浚原，则必修溧阳五堰，以节宣上流初泛之势；开孟渎澡港，以杀导上流往北之路；疏吴江湖口，使太湖积水分注诸湖，疾趋其故道。治委则深浚其入江、入海之路，以决其就下之势；旁通其各港支流，以尽其潴泄之方。今湖荡之水散漫无归，而通海之涂所在皆是。淤抄之害，已见目前。往年治水之臣皆夫动大众，费请内帑，疏浚既起，修筑继之。言事者见久劳工作，功或垂成，辄将应设部臬诸臣尽行论罢，是以功用未数十年而利害或仍相半。今吴淞江开塞靡常，工费不赀，议者不敢任咎。湖荡或种芦苇，或围荡田，所占据者，非势家则豪民也。此皆能惑乱耳目，造为浮言，一或误投，便成鼓煽。臣见兵备王叔杲，忠勤体国，素有心计，周爰咨诹，悉计形便，审察地宜，考古证今，画图帖说，庶几夹策以从，万无一失。至于设处钱粮，稽考工程，酌量缓急，分别年岁，务使农隙无偷安之民，功兴无废业之地，亦令采集众思以报。顷见科臣侯于赵奏请专差御史一员，理三吴水利。臣以为不若设按察司佥事一员，驻扎苏、松，带衔浙省，职掌一应开浚修筑事宜，而总其权于巡抚。”疏下所司，部复：“罢佥事不设，仍遣御史董之。”癸卯，命南京户部借发官军俸粮折银二万一千四百两，给南京工部铸“万历通宝”金背、火漆制钱。铸成，仍以制钱抵还。己未，应天抚按宋仪望、郭思极并参太仓州知州陈大统以参谒出，为奸犯所乘，纵火烧廊，文卷俱毁。吏部复议以请。上曰：“近方严禁掌印官趋谒，而大统故违，卒以失事，降杂职用。仍查提学御史有无先行禁示，并以实闻。”于是提学御史褚铁言：“有司参谒，屡行严禁，大统实未到宜兴，安得捏词饰罪。”下所司。
八月乙丑，草湾河工告成。计河身长一万一千一百四十八丈九尺，塞过大小决口二十二处，募过人夫四万四千名，实用银三万九千六百六十两，粮四万六千一百七十二石，准银二万七千七百两。以二月二十日起工，本年六月十二日报完。叙总督吴桂芳等功。壬申，苏松兵备副使王叔呆擒献海寇严大拜等，命枭之。甲戌，巡抚应天都御史宋仪望奏：“烧造高宝河堤砖价，缺银四万八千有奇，乞动支新河、临德二仓麦折等银。”工部以事关户部，当下户部议。户部谓：“河工专属工部，前奏留各项银一十一万五千八百六十两有奇助工，已为破格，岂可再援格不行。”乙酉，巡按直隶御史王晓言：“两淮盐至仪真则解捆小包，盖因江西、湖广行盐地方多山僻小县，河路浅狭，船小包大，承载为难，势不得不解包就船，水陆均便。今闻有解捆之禁，皆逗留观望，莫肯承买。商既苦之，而仪真地狭差繁，小民亦以解捆觅利度日；每年解下大包名曰潮包，南京下关民用沥灰卤，每一包官税银四厘，岁得二千余两解部。今如停止，则措解何从；高邮等州县粮田，常为水啮，民以织包为业，代纳粮差。一旦禁不使行，手足罔措，凶荒相迫，可为隐忧。商困民穷，国课难办。若虑夹带，则宜酌定盐数，每大包盐若干，折改小包盐应若干，登之格册，报掣监御史，据册验掣，自难容奸。况私盐之弊，多在兴贩之徒，商人挟千万金重资，必不以数金小利甘犯没官之律也。”下所司部议，如晓言。从之。丙戌，巡抚直隶御史邵陛言：“淮、徐、扬自海口沙横，河身淤垫，桑田尽成湖泊，钱粮逋负独多。顷开草湾河，导黄、淮赴海，虽当大潮，旋涨旋消，不复停积。数十年鱼鳖之渊，幸有平土。但荒田初垦，收获为难，乞将二府一州所属州县漕粮，分别改折三年。其一切起存钱粮料价，亦命停征，于三年后带补，以示宽恤。”下户部复谓：“河水之患渐平，则剥肤之灾自远，岂可预为三年之请，概冀非常之恩。惟万历元年、二年拖欠，若果系灾伤，勘实奏豁。”从之。
九月壬寅，总理河道御史傅希挚奏：“河决沛县缕水堤二处，一长一百三十一丈二尺，一长九十五丈七尺。又丰县决长堤二处，一长五十余丈，一长六十余丈。”下所司。
十月乙亥，河决丰、沛、徐等州县，发各库仓贮银粮赈之。戊寅，凤阳巡抚吴桂芳等以宿迁县为黄水扫啮，请迁县治，筑土城以避之。前基去县不数百步，不必移民，而儒学亦稍俟丰盈另议。户部复言：“儒学当与县治并兴，移民当与迁县同举，寓赈恤于救灾，胥赖此举。”然之。辛巳，应天巡抚宋仪望迁南京大理寺卿。甲申，胡执礼为应天巡抚。
十一月辛卯，命南京广东道御史刘应训巡视苏、松、常、镇水利．丁未，户部尚书殷正茂题：“查南京户部隆庆二、三、四年额征银未完一十三万二千六百九十九两二钱三分；本色米豆未完二千三百四十四石五斗四升；花绒未完八千二百三十斤。隆庆五、六年全征折色银未完七万三千六百九十九两九钱三分，本色米豆未完三千四百三十四石二斗八升；花绒未完一万一千七百五十八斤；农桑丝绢未完三千六百一十七匹一丈七尺；稻草未完二百二十一束。徐州，隆庆三年起至五年止，茶叶未完二百六十二斤；应天府，隆庆六年课钞未完二千三十九贯五百三十九文，铜钱未完二千三百三文，钞折银未完一十三两七钱一分。乞尽数蠲免。”报可。癸丑，工部言：“黄、淮交涨，冲决太多，请将天妃闸以北，行傅希挚修决浚淤；以南行吴桂芳增补堤岸，毋误明年漕挽。”然之。
十二月丁亥，南京太仆寺卿石星，以淮、扬一带连岁水灾，民困已极，奏免节年拖欠马价、草料、场租银在淮安者一十一万五千二百九十三两七钱三分。
五年正月己酉，巡抚直隶监察御史邵陛言：“淮安等地，土广人稀，加以水灾，民半逃亡，二千里皆成灌莽，当急为劳来安定之计。”得旨：“抚按官督率营田佥事着实举行。”
壬子，工科都给事中刘铉等言：“季终考成，计延阁者，淮、扬巡按邵陛二十事；漕运总督、侍郎吴桂芳十三事。”命夺陛、桂芳俸各二月。乙卯，先是，应天巡抚宋仪望上所属驿递钱粮节省减编之数。上以其数才十分之一，与北直隶奏报不同。下兵部议。部具言额派多寡与裁省悬绝之由。得旨：“朕念小民困苦，屡旨清查驿递，以除弊安民。乃抚按全不体朕心，背公徇私，牢不可变，今姑再行申饬，余如议。”
二月己卯，总督漕运、侍郎吴桂芳言：“高邮石堤，工将底绩，宜及时开挑越河。查先年，侍郎白昂开康济越河，去老堤太远，河成之后，人心狃于目前越河之安，而忘老堤外捍之力。年复一年，不复省视，遂至老堤与中堤俱坏，而东堤不能独存。今宜仿侍郎王恕之议，挨老堤十数丈，取土成河，使堤上来往共由人得照管，不致蹈前颓圮。”旨下所司。
三月辛卯，户部复：“总督漕运吴桂芳条上屯田六议：一、定分辖。山阳、徐州、萧、砀、丰、沛等十八州县，宜属淮、凤水利；一、佥事衙门驻扎灵璧；一、请拨庐州府属预备仓谷五万石，以裕开垦之资；一、仿国初法，以府、州判、县簿为治农官，专治农事。其未设农官者，即以管粮官兼之；一、召集流寓，给田开垦。无力者，官给牛种，次年还官，三年纳粮，十年编役；一、荒芜田地不必专责成富民，各从所便，听民告认。”命如议行。癸卯，直隶巡按御史郭思极因京口漕河浅涸，条上三吴水利：“一、复练湖以永资蓄泄。盖江南漕河北高南下，京口一带地形高亢，河流易涸。虽奔牛、吕城建闸，启闭蓄水。以待运船，实仰藉练湖为之源。练湖北去丹阳城百步而近，漕河萦绕其侧，周围四十余里，仰受长山八十四汊之水，汇为巨浸。唐宋以来，筑有中埂、斗门、石闸。国朝天顺、成化间，屡尝疏浚增修，夏秋戽水溉田，冬春放水济运，故有湖水放一寸，河水涨一尺之谚。自往时守令狃于近利，令豪右告佃成田，浸失旧额。而旁湖之民，私开涵洞，网取渔利，年涸一年，今且扬尘矣。为漕河经久计，急宜清复。倘虑平民失业，使佃湖之民，转佃于万顷洋等处可也；一、修通孟渎，以傍通舟楫。奔牛、吕城二闸，例如冬闭春启，蓄水以待运船。然秋冬之交，回空运船与往来官船，必取道于此，欲恪守闸规，势不可得。有不由闸而可以开道达江者，为武进之孟渎河。河延袤六十余里，外通长江，内资灌溉。自嘉靖间，防倭入寇，筑坝堵塞。于是河流渐微，日就阻塞，而船不复经行矣！今计开浚约费五万余金，取诸漕运衙门，毋令独累武进一县。此河一开，即有道以通舟楫，而运闸得启闭之宜。又引江潮以注奔牛，而运河资接济之力。”部复，得旨：“练湖并孟渎河，抚按督同水利官修复开浚。责令秋间完报，为来岁运漕计。占湖阻运，不行治罪，已属宽恩，如何又议勘偿。如有抗拒阻挠，及司道因循苟且者，抚按参来重处。”壬子，巡按直隶御史陈世宝条陈河道江北四事，江南二事。”一、复老黄河故道。先是，河自三义镇历清河县，北出大河口，与淮水会流出海。运道自淮安天妃庙乱淮而下，十里至大河口，从三义镇出口，向桃源大河而去，谓之老黄河。至嘉靖初年，三义镇口淤，而黄河改趋清河县南，与淮会合入海。自是运道不由大河，而径诣清河县北上。迩者，崔镇屡决，河势渐趋故道，若仍开三义镇口，引河入清河县，或令出大河口与淮流合，或从清河县西另开一河，引淮水出河上与会合，则运道无恐，而淮、泗之水亦不为黄河所涨，民难其永纾矣；一、修宝应湖堤。补古堤以固其外，于古堤东再起一堤，以通越河，而使运舟于此经行；一、浚练湖；一、复开孟渎河；一、增建仪真二闸。因江口去闸太远，欲于上下江口，迤逦数十丈许，各建一闸。潮始来，预去板纳之；潮初退，即下板以闭之。使出江之船，尽数入闸，以免迟滞；一、开瓜州河港坞。将屯船坞挑浚深阔，使船之先入者屯聚于内。又于坝之东开一曲港，与新闸外港相合，使船之后至续泊于内，以免金山挂江之险。”部复宜依议行。上命行之。丙辰，命御史董光裕巡督两淮盐课，兼理河道。
五月甲午，孟渎河以三月初兴工，至是报竣，共用银一万六千五十余两。
六月甲戌，总督潜运侍郎吴桂芳奏：“自去秋时河决崔镇，清河一带正河淤垫，淮口梗塞。于是淮弱河强，不能夺草湾入海之途，而全淮南徙，灌山阳、高宝之间。向来湖水不逾五尺，堤仅七尺，今堤加至一丈二尺，而水更过之。议护河堤以杀水势。”部言：“堤虽可护，而不能必水之不涨。欲水之不涨，必俾淮有所归而后可。宜令漕运衙门，严督司道，熟计其便。”报可。戊寅，淮安水利佥事黄猷吉以病乞休。上以猷吉管河甫及一年，似有诈托，令巡按御史查核以闻。己卯，隆庆间，苏州卫镇抚任贤以侵欺军需，下巡按御史提问，脱逃。至是，升川沙把总。直隶巡按御史郭思极摘发其事。命夺该司郎中俸三月，余各一月。升凤阳府同知杨化为河南佥事，驻扎淮安，专管治水，代黄猷吉。
七月戊子，兵部复奏留都饬武弭盗事宜：一、饬兵卫以护陵寝，稽出入以肃禁城；一、严点闸以重守卫；一、补丁壮以饬营务，额军九万余，今仅二万余名，宜选各卫在册余丁补足；一、增锐卒以备缓急；一、增马军以严巡警；一、励官守以严稽查，严缉捕以杜出没。得旨允行。己亥，先是，苏、松、常、镇四府原差部官监兑，后以两浙巡盐御史监之。至是，复以巡盐督理不及，议仍遣部官。部复从之。蠲免淮安府属隆庆三年以前未完马价银四万二千余两。甲辰，两淮巡盐御史王晓以所荐各属仅举人七名，不及格，夺俸三月。丁未，巡按直隶御史林应训条奏三吴水利，言：三吴水利莫重于苏、松。而在苏者，莫重于吴淞江，若吴江长桥一带，则太湖入江之口，在松者，莫重于黄浦，若山泾港、秀州塘诸处，则淀泖入浦之路，皆不容不急图者。议开吴淞江中段，以通入海之势；疏吴家港、长桥，以宣出湖之源；浚山泾港诸渎，以导达浦之路。请给钱粮，以便兴事之用，清查滩占，以广经费之助。部复允行。辛亥，应天巡抚胡执礼奏革练湖佃田。得旨：“各田亩有碍水利者，尽数查革。不许畏徇容隐，致挠公法。”
八月丙辰，以被灾伤，蠲免淮、扬万历二年以前未完药材、牲口、北羊等项银两。癸亥，河复决崔镇。丁丑，先是，南直隶上海县下沙场有盗三十余人，进劫场官，杀死家属事闻。得旨：“参政王叔呆等住俸戴罪，抚按官严督兵备等官整饬武备；有司有隐匿盗情及累失事者，参奏重治。”
闰八月乙酉，时河决崔镇，冲阔水溜，势分正道，漕河都御史傅希挚议堵筑决口，束水归漕。漕运侍郎吴桂芳欲冲刷成河，以为老黄河入海之路，持议各异。部复：“运道关系尤重且紧，崔镇决口，听河道衙门及时堵筑，溜水归漕。其老黄河入海之路，俟水势稍定，会同议奏。”戊子，南京礼部右侍郎、管国子监祭酒事殷迈，以病乞休。时，迈家僮为监生茅迪吉等痛殴重伤，及堂官牌谕，仍复抗拒之，久之方解。南京科道以闻。上谕吏部：“殷迈既有疾，准致仕。近年监规颓坏已极，生徒凶恶无礼，何以风示四方；员缺以有才望、能振作者任之。”复谕礼部申饬两京国子监，都照监规、敕谕，严率生徒，振兴法纪；下茅迪吉等于南京都察院问拟，俱遣戍。时徐、淮河涨，宿、邳、清、桃两岸多决，淮水为河所迫，徙而南，高宝湖堤大坏。于是工科都给事中刘铉建议：“南河郎中不便顾理淮北，请添郎中一员于淮、徐适中处，专治淮、黄一带河道，其徐、吕二洪主事可并一员。”上谕工部：“近来，偶以一事，辄便增官，久之不便，又议裁革，殊为轻率。添设部官及先年河、漕划地分管之议，本欲责成，反滋推诿，并议以闻。”部复：“国家特设总督漕运大臣，则凡有关于运务皆其事也。又设总理河道大臣，则漕河自张家湾直抵瓜仪；黄河自河南、山东上源至淮安入海，皆其地也。与其划地分管之异同，孰若漕、河各供厥职之划一。宜各遵原奉敕书行事，惟差郎中一员，专治淮北，裁吕、梁洪主事，即令郎中管理，则无增官之费，而有得人分治之益。”从之。壬辰，礼科左给事中汤聘尹言：“京口水涸，漕挽愆期。近议开练湖矣。然可以资丹阳，不能资丹徒，议开孟渎矣，然可以资江阴，不能资京口。盖京口与瓜州对垒，而孟渎去瓜州颇遥，空船可以溯流，粮艘难以涉险。则运道必出京口，宜于京口之傍，另建一闸，引江流内注，低旧闸丈许，视冬间水势而定之准，潮长则开，缩则闭，可免涸辙之患。”章下所司。辛丑，时，山阳、高、宝淮水弥漫，礼科左给事中汤聘尹议导淮入江，于瓜州入江之口，分流增闸，以杀其势。已，漕运侍郎吴桂芳揭称：“黄水向老黄河故道而去，下奔如驶，淮遂乘虚涌入清口故道，淮、扬水势渐消。”工部复：“二议不同，奏请行勘。”上以河、淮既合，命寝其议。壬寅，先是，应天巡抚宋仪望报获拒捕盐徒蔡廷等十名。巡按御史王民顺审录奏报，前后矛盾。上以抚按司道官捏报掩饰，致为抵牾，夺仪望俸三月，王叔呆俸半年，民顺候回道考察，下把总管懋于御史问。庚戌，御史尹良任条陈漕运事宜：一、通便道以速粮运。孟渎河口渡江入白塔河，抵湾头为运道捷径。宣德七年，平江伯开通，至正统四年，都督武兴复闭。今孟渎河既开，则自河渡江入黄家港，水面虽阔，江流甚平，且由黄家港至泰兴以达湾头、高邮运河仅二百余里，可免瓜、仪不测之患；一、开江道以泊运舟。粮船自京口乘风北渡，瞬息可达瓜闸。但金山而下，波浪汹涌，中流遇风，难免漂泊之患。镇江城西北有甘露港，约长十余里，夹岸洲田宜挑深阔，以便回泊。”部复：“二港可否，踏勘行之。”报可。
九月甲寅，蠲免松江、镇江两府万历元年、二年未完米折、草折、盐钞银一万七千三百余两。丁卯，管理河道南工部郎中施天麟言：“淮、泗之水，原从清口会黄河入海。今不下清口，而下山阳，从黄浦口入海。浦不能尽泄，淫渐及于高宝、邵伯诸湖，而湖堤尽没，则以淮、泗水本不入湖而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又缘清口尚未淤塞而今淤塞故也。清口之淤塞者，又缘黄河淤淀日高，淮水不得不让河而南徙也。盖淮水并力敌黄，胜负或亦相半。自高家堰废坏，而清口之内傍通济闸则又开朱家等口，引淮水内灌。于是淮、泗之力分，而黄河得以全力制其敝，此清口所以独淤于今。下流既淤，则上游不得不决。每岁粮艘，以四五月尽运堤，以六七月淮水发之时，不能为力，水落之后，方图堵塞。甫及春初，运事忽至，仅完堤工，于河身无与。河身不挑，则来年益高。须不惜一年粮运，不惜百万帑藏，开挑正河，宽限责成，乃为一劳永逸。”部复：“河内疏浚，苦无良法。先臣刘天和用平底方舟，横排河中为一层，四维拴系，以长柄铁爬浚之。浚深数尺，移舟再浚。后数丈，复为一层，如前法，则水中与陆地施工略同。兴工停运，宜行河道等衙门会议，具奏定夺。”报可。戊辰，升山东巡抚李世达为右副都御史，总理河道。丁丑，升大理寺右少卿张岳为南京右佥都御史，提督操江。辛巳，南京右佥都御史王篆条上江防事宜：“一、核军实以充营伍。新江口营官军，额设、添调共一万七千有奇。查改差、逃故、取回、退回、为事及有丁未行顶补各项官军共一万九百余名，止存五千六百二十余名。宜追回改差，勾补逃故，取回者查复，退回者更换，为事者清提，有丁者查替；一、省繁差以旨军劳。先年，京营有暗伏一差，分遣弭盗，今沿江上下，已设游、巡二兵，则暗伏官军宜撤回操练；一、拣劲卒以任选锋；一、议战舰以图实效。额设战船四百一只，递减至二百九十四只，俱已损坏，今议以一百六十只属操江衙门改造，余还该部，变价停造。”部议允行。
十月乙酉，先是，总理粮储都御史胡执礼言：“江南改折之例，请每岁会计以改折三分为常。”户部奏：“今太仓所存，仅足支六年，此时未可遽议。”上是部言。辛丑，命支两淮运司库银一万两、稻六百六十余石，赈两淮各场灶丁，以水灾重大故也。
十一月庚申，苏州盗发失事，命调兵备参政王叔杲治之。丙寅，以德安知府王凭为两淮盐运使。甲戌，户部复：“淮、扬、桃等州、县水灾重大，议将本年起存钱粮一概停征，漕粮改折一半，正兑每石折七钱，改兑每石折六钱，席板耗价在内，并留赃罚银五千两，以备赈粟。”得旨：“小民困苦，深轸朕怀。被灾州县，准停征、改折、赈济，以苏民困；其运军行粮，亦准于徐州商税银内量行支给。地方官着实奉行，俾穷民得沾实惠。”
十二月己丑，先是，淮水南徙，泛滥淮、扬间。已而，漕运侍郎吴桂芳报称草湾开通，淮水稍落。至是淤垫如故。给事中刘铉言：“治淮以通开海口为策，宜简方略大臣一员，会同河漕诸臣，相踏咨度，为新运计。”上令吏部推有才望，实心任事者以闻。于是吏部请以总督漕运兵部左侍郎吴桂芳为工部尚书，总理河漕。得旨：“迩来当事诸臣意见不同，动多掣肘，以致日久无功。今以此事专属吴桂芳；经理河道都御史，暂行裁革，李世达改推别用。其选任部司，处置钱粮，俱许以便宜奏请。若明岁运道有梗，户部查先年海运事宜闻。”癸巳，漕臣吴桂芳奏：“高邮湖土、石二堤，新开越河南北二关，及老堤加高石层，增设护堤水城各工竣事。”报闻。丁酉，改南京刑部尚书赵锦为南京礼部尚书。壬寅，谕户、工二部：“朕念东南民力困乏，苏杭织造病民，前差太监孙隆查已派及在手应织者，织完回京，其未派并应措处钱粮，尽行停免。”己酉，蠲免淮、扬二府及徐州万历六年以前小民拖欠驿递额编站银，以苏民困。辛亥，先是，扬州府城有伙盗劫财斩关而出。至是潜入南都，为逻者所获，事闻。上以贼情重大，地方官如何隐匿不报，命兵部查看。
六年正月丁巳，兵科都给事中裴应章题：“先是，操江都御史张岳称强盗李七等，劫掠扬州盐商，各执铁斧劈城门，渡江而去。该地方官疏虞罪应罚治。既奉明旨申报，乃盗发于十一月二十五日，延至初旬以闻。各盗供称三十七人，文止开八九名数，欺隐之罪，实不容逃。至两漕总督、直隶巡按并不参奏，相应究治。”上曰：“你既知隐匿事情，何不早行参奏。及有旨下部，乃于袷亨日论奏塞责，且不究。”下其章于所司。辛酉，起原任巡抚陕西、右副都御史陈省为南京都察院右副都御史，提督操江兼管巡江。丙寅，兵部复：“巡按御史王民顺奏苏、松、常、镇财赋之区，而泖渎具区，夙为盗薮，该地方官务行缉捕，以安良民。捕盗规条，如成化二十一年、嘉靖四十一年、万历二年各议事例，宽严得中。惟隆庆六年吏部所议一款。限数定罚，责成过严，反生规避，若不斟酌，似非弭盗安民之计，请圣裁。”上曰：“捕盗之规，照万历二年题准事例行，各抚按官论劾功罪，以此为准。着再行申饬，以便遵守。”庚午，户科给事中李涞条陈治河五事：“一曰、多浚海口，以导众水之归。夫徐、邳而下，黄河自西而东，淮河良南而北，俱会于清河口。东南折面历安东县，出云梯关以入于海，旧甚深广。嗣以黄水泥供，黄、淮二渎皆无所归。故其势不决徐、邳，而冲啮乎高宝诸堤，至高宝诸湖，浩荡无涯。先是，沿河之西，多置塘岸，以蓄盱、泗诸处暴涨之水，故湖以东运堤无恙。乃今塘岸尽废，而黄、淮之水又悉飞泻于此，是以全堤尽圮。宜别勘坚实之地，以多浚其口，仍必自下而上，渐去河身之淤，尽于徐、吕二洪而后止。若淮安之南、宝应之北，计八十里，每里建平水闸一座，而高邮、邵伯各加建平水闸十座。闸下海开支河四五十处，以导上湖之水，入于堤下射阳等湖。而盐城、兴化沿海地方，皆宜查其旧地，多浚十余口，以导射阳诸水而入于海；二曰、勤塞决口，以济粮运。夫自徐、邳以至瓜、仪，皆为运河，而皆赖堤以蓄水。但自清口面浚至安东云梯等地多逾一二百里。而自徐、吕至清河又不下三四百里。山阳、高宝诸湖必由多闸始泄，而采办闸石，转运亦难。浚导之功，旦夕未竟，其不涸漕而妨运者几希。必多储桩草，相度水势，而急为之备，然后可以无患；三曰，宜以江北全力治漕河，不当以濒河穷困州县治漕河。臣尝滥役宝应，见其地道重伤，而又有冲路之供应，有养马之烦费，及观扬州所属，或有地稍丰收，而又无驿递养马之累。夫常赋之经，各有定额，诚未敢轻议。若浅夫则因时增设，且皆国事耳，可无裒益，以恤疲民；四曰、岁报钱粮，以核疏凿之功。夫疏河浚海，建闸筑堤，非百余万以上，则难与经费，非五年七年之久，则无以成功。总理大臣每岁终将用过钱粮，修过工程，逐一奏报。其筑塞决口，必视水势注海之机以为消息，但能勤于补塞，不妨飞挽者，即为成功。此于稽核钱粮之中，而寓考成河渠之益也；五曰、优恤夫役，以鼓劳人。夫河工之苦，胼胝狂澜之中，跋涉淤淖之地，且地皆荒野海滨，凡饔飱等需，有费二钱不得一钱之济者。今宜从实估勘，稍优其值，以苏小民之苦。至应得工银，必须委廉能官依时早结。仍察督小官，不许假以别事，剥削夫役。”章下所司。辛未，升总督漕运兼提督军务、巡抚凤阳等处、兵部左侍郎吴桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河漕，提督军务。丙子，户部尚书殷正茂题：“一曰、先是，徐州未设海防，而淮、扬、徐三府州、县军卫皆辖于徐州。今既有兵备副使，凡扬州府并所属州、县、卫、所，已属专管，则徐州道不当复行兼摄，以免遥制之烦。至滁州卫屯田向来原属颍州兵备，今徐州兵备敕内，仍复开载，不免重复。乞下部酌议，从一职掌；一曰、盐场滨海，兵备专责海防，则运司各官法应兵备约束，敕书原自明白。近者，两淮运使崔孔昕倡为本道不相干涉，辄行抗拒，已经题参罚俸。本部仍行移翰林院，将原开运司分守官改为运司官吏，悉听约束，撰敕书一道给付之；一曰、安庆、徐、淮十卫。初因各道未设之故，概属颍州兵备道管辖。嗣后因官分后，已将安、徐、淮、扬各卫，改属徽、宁、徐州海防三道分管，则颍州道内不当复行开载。至潼关卫隶在陕西西安府境内，而军伍屯营，考选军政，俱在彼中，与直隶抚按原不相干。唯以零卫班军，因附中都留守司统领，以故责赴江北挂号，不但道远人难，亦且不便管辖。且该卫接壤河南，须附河南领班都司下统领，发营收操，庶为妥当；一曰、淮凤垦田佥事，原衔系推、凤两府，部札、敕书具载。续奉奏添徐州而割去寿州等州县，则所当巡历者，固在近题十八州，面非初设两府意也。相应行彼处抚按，即将前项府、州、县境内屯田，若有荒芜，听与民间一体招垦。在颍州、徐州二道，仍遵原奉敕书，加章振刷，查征粮务，不得因而推避。本部仍行移翰林院，两府二字改为等处，以便统辖。”得旨：“远司分守官，听海道委用，着照旧行。”户部复议：“直隶巡按御史王民顺称，苏、松四府，今年夏秋之间大雨连旬，潮水横溢，高田仅可薄收，卑下颗粒无赖，重以赋繁役重，民生不堪。查该地方先荷蠲免，并经抚按会题，已征在官及借支外，臣等复议蠲免通前数一应起存折色共计辗五十八万六千三百三十余两，本色米二万九千九百一十余石，爱养休息，不为不至。然所议仍行带征者，皆系内府布匹、颜料与元年、二年拖欠，例不应遽豁者也。又四府士民俱云，各钱粮已完。今查得现年应解者，考之额数不及十分之四。即如金花一项，额设三十六万五千八百三十余两，止解一十二万一千一十余两，所欠尚多。夫追征之法，必现征俱完而后及于带征，所征既急，则解必多。以彼四府现征者尚未能完，解纳如此之少，去岁未完，则今年又系带征之数矣。夫既已完征，又不完解，则公私俱病，此诚何故？若士民之论不可据，则是有司于现征者，尚且迟缓，而带征一节，或者犹非所急也。今除金花等项无容轻议外，至于元年、二年各项本折暂准缓征，候至八年，地方丰熟，照数带征解完。”上曰：“现年额征已不完解，年复一年，积逋愈多，军需何赖？这元年，二年所欠，姑暂免。其余内府钱粮题准不免及现年应征的，俱要遵前旨，上紧征解。”
二月壬午，礼科给事中齐世臣，疏论提督操江都察院右副都御史陈省不堪起用。得旨：“陈省仍着在籍听用。”丙戌，升南京光禄寺卿胡价为南京右佥都御史，提督操江兼管巡江。丁酉，升刑部右侍郎潘季驯为都察院右都御史兼工部左侍郎，总理河漕兼提督军务。丙午，户部题：“黄、淮为患，总理河漕吴桂芳已于正月十八日兴工筑堤，数万之夫云集待哺，银、粮不可一日有缺。所请南京户、兵二部库贮粮剩、马价银两各支一万两，及户部速将现年每帮漕粮奉请准留八万石，行漕运衙门，分贮沿河各仓支用。”从之。庚戌，户部复：“南京户部尚书毕锵题，江营选锋口粮，即于简汰游兵饷内支给，以后选锋饷粮不足，仍以瓜州梁头税银凑用。俱听操江衙门批行。”从之。升应天府尹程嗣功为南京户都右侍郎，总督粮储。
三月乙卯，升南京太仆寺卿陈于陛为应天府府尹。乙丑，户部复：“南京户科给事中傅作舟奏，为南京百官硃票、硃封纷买货物，以致上、江二县铺行买办陪累不少。臣今拟为四款上请，俟命下之日，着各衙门施行。一、议革重纸以苏众行。夫重纸铺行，原供孝陵支用包帛、国子监春秋二祭、兵仗局药线数项，取用不多，价亦不少。后缘各衙门公用，以致赔累，攀殷实户帮帖多至八百余人，今尽行查革。有行者仍归本行，无行者径革不编；一、革去殷实以清弊源。南京殷实原无货可居，止因铺行消乏，攀扯帮帖。今后，务要买物当行，不得更立殷实名色，以累居民；一、定期编审南京铺户，五年一次，乃有奸人夤缘，率多过期，有至十五六年不审编者。今定限五年一编，径自举行。编完之日，题知青册送部，庶不稽迟。其应立铺户，应办物料，轻者轮流承当，重者通融应役，庶不偏累，依时给价，以免赔累。夫物输于官，有借贷使费之烦，即给领以时，已非民间贸易之比，而况不必然哉！今后南京户、工二部将各行应办之料，量其多寡，少者先价后料，其多者，如合丝、红花之类，分为数次给价。庶各行无贷支之苦，而官府亦免侵渔之弊；一、戒取索以杜贪残。南京各行既有领价之难，搭货之损，各物料办齐，各监局官多立名色，以恣侵渔。今后一应进供物料，验中即便收纳。仍严约束库局官员并家人等役，有仍前放肆勒取常例者，准许科道官参究。”得旨允行。丁卯，改南京礼部尚书赵锦为南京吏部尚书。起原任太仆寺少卿辛自修为应天府丞。壬申，升刑部左侍郎陶承学为南京礼部尚书．丁丑，遇抚应天、都察院右副都御史胡执礼疏称：“三吴水利，工费浩繁，今先开苏州府之吴淞江，吴江县之长桥，松江府之黄浦等，请将本府原派剩未解宗人府等衙门米折银八千两，工部料银一万二千两以充修浚之费。”从之。
五月辛酉，以高邮湖堤告成，赠恤原任工都侍郎吴桂芳如例，淮扬海防副使程学博等十员升赏有差。壬戌，改迁萧县治及城垣、衙宇、儒学，准留徐州解部税银一千四百七十九两二钱五分二厘，其不敷银八百九十两二钱六分，亦于所属收贮抚按赃罚内，动支凑用。
六月辛巳朔，巡按直隶御史林应训题：“臣为开浚吴淞江中段，久驻昆山，乃知安亭东西等都沙土瘠薄。国初每亩仅从五升、一斗起科，复经派以官布等项轻赍，故小民犹得存活。至嘉靖十七年于今，征三斗重额，以致贫民逃窜，田地益荒。今欲复荒田，必先开水利，欲复荒民，必先停追逋，次议减削。盖各区地方，地废人亡，钱粮无所出，且各区岁征，平米大约六万有余石，而极荒逋负，……仅折银数十两耳。在国家缓此不足为损，在穷民负此实不能完。臣谓宜令该县极荒之田，未完逋负尽行停追。将来荒芜可垦，而新赋犹可望其不废也。至若田有上下区之分，查得嘉靖三十八年间，曾将下区每亩减耗七升八合，止科二斗二升九合二勺，共该减米一万一千余石。当时荒民稍稍安集，未几而法随坏矣。臣清查滩占田地，以资工费。即昆山一县，已经查出涂田万余亩。若就中分别新旧科粮，大略可补该县荒田减削之数。至嘉定县东北皆上区，滨临江海，历年新涨涂田，亦不下数千亩，久享厚利，俱未升科，以之补荒，有何不可。臣谓宜将二县新涨滩田，委官尽数丈量明白，定为等则，升科若干，然后将荒区之田，斟酌赃罚，庶几粮轻而民无畏。将来荒芜可垦，而正赋可望，其能充也。”部复如议。乙巳，总督河漕，都察院右都御史潘季驯条陈治理六事：“一曰、塞决口，以挽正河；二曰、筑堤防，以杜溃决；三曰、复闸坝，以防外河；四曰、创滚水坝，以固堤岸；五曰、止浚海工程，以免糜费；六曰、寝老黄河之议，以仍利涉。”部复如议。有旨：“治河事宜，既经河漕诸臣会议停当，着他着实行各该经委分任人员。如有玩愒推诿，虚费财力者，不时拿问参治。”
七月壬子，工部复：“总河都御史潘季驯等奏，河工浩大，须多官分督。往年一逢升迁，竟自代去，以致钱粮不明，勤惰莫稽。今后凡有升调，留待工完将经手钱粮并其勤惰稽查明白，方许离任。至若分部司属，奉有专敕，而有司视之蔑如，动有掣肘。今后除地方守巡各有专职，自行督责外，凡供事河工者，俱听分司责成，如有玩愒不遵，该上司参奏。”有旨：“河工事重，必须委任责成，以后该管河官暂停升调，候河工完日，分别赏罚。委官贤否，但以该管河道官为主，别道不得干预。”戊午，以天气暄热，免南京刑部罪囚论死发遣者四人，免追赃者七人。甲子，定苏、松、常州三府额解布每匹长三丈二尺，阔一尺八寸，重三斤四两，如法织造，不得违式。免淮、扬、徐所属十一州、县本年现征夏秋起解钱粮之半。丙子，总督河漕都御史潘季驯等题称：“宝应湖于本年六月内陡起暴风骤雨，将本堤复行冲决。盖由河上诸臣，期以苟且了事，而但为月前之谋，惮任劳者，莫亲版筑之务，巧避怨者，不严程督之功。钱粮虚糜，而冒破之核不行，功筑圮坏，而偾事之罪不加。稍有一篑之功，便移大以竞赏；脱至溃决之祸，则遮护以托逃。若不因此重加究治，何以示惩。”上是其议，着河漕衙门着实参奏。丁丑，升工部左侍郎何宽为南京刑部尚书。
八月甲申，开朱辉港、钥匙河、清江等处为粮船湾泊，其工费即于两淮赃罚及河工银内动支。丁亥，户部题：“万历七年，两直隶并各省漕运事宜，例应会同各衙门会议，今题巡漕都御史江一麟疏：一议补造漕船，以足装运。南京锦衣、旗手等五总下缺浅船八百只，要将七年以后各运轻赍内，应解河工米银暂留二年，共计得银五万二千两。再于河道原借七万九千七百余两，应于南京解列粮剩、马价补还漕库银内动支二万八千两，就于瓜、仪二处设厂打造。及称清、卫二厂正造年例船只中，有未造者，一并查刷督造；一议杂物则例，以定漕规。旧制不论船之新旧，一概止给年例四两，以为桅篷杂费，价既不敷，旗甲不无赔垫之苦。今以万历七年为始，各卫浅船杂费，凡遇初造年份，即总给银二十三两六钱五分，照数买办。以后九年，陆续给银二十两九钱七分凑买。俟十年改造，将原置物件，分别计算，准银九两六钱，贴送该厂，找给银十四两四钱，以为重新置办杂物之费。其在运旧船，照例支给。候改造之年，将所存桅、篷、锚、橹等项物件，一体查送该厂变价，添凑别置。仍将置买物件银两各数目，刻记在官，永为遵守。”上是其议。辛卯，大理寺少卿王世贞为应天府府尹。已亥，总河都御史潘季驯题：“徐州小浮桥以上一带河浅。查得河南归德府新集地方，下至徐州二百五十里，原系黄河故道，欲乘今一并开复。”已而工科给事中王道成上言：“治河而疏上流，诚为探本之论。然南挽淮流，北障河决，则其工巨矣。动众八万，费逾八十万金，则其用糜矣。工费已大，事之究竟，尚有不能逆睹者，其底绩则又难矣。胡乃此之未为，而又欲并开数百里之上河耶？即使诸臣不计劳逸，不避利害，窃恐国家财用终属有限，万一漫为而不效，将若之何？不如揆势度理，就中权缓急而图之，乃为计之得也。”上命下其章于所司。癸卯，先是，淮安水利道、河南佥事杨化、淮安府通判王弘化治河无状，为总河都御史潘季驯所劾，上命锦衣卫逮系来京。至是，法司拟各照运炭赎罪例，完日复职。上以杨化、王弘化都着革职为民律，文官犯私，罪杖一百的即该罢职不叙。今后，但据所犯拟罪，送吏部拟处，毋得概拟复职，以至轻纵。丙午，户部题复：“御史谢师启条陈糟务：一曰、复羡余以济官军；二曰、革抽税以速漕运；三曰、改剥船以杜侵盗；四曰、处漂流以救灾患；五曰、足军粮以苏疲总。”上报可。丁未，户部题：“边商朋计营求，告掣河盐。所谓河盐者，谓其在河径自起掣，全不上堆也。夫两淮行盐地方，止有此数，而每年掣发之盐，亦有定额。河盐行则单盐滞，必然之势，不容易者。若其计一行，而河盐复掣，每年淮盐八单，若再河盐一二单，江西、湖广地方盐价必贱。盐价既贱，水商必不乐于承买。水商承买既少，则掣单盐必停阁，内商余银无从处办，而六十万两之额课，大可虞矣。内商坐困，边商引目，岂能及期分拨。是河盐之行，不独累及内商，必累及国课，而并及于边商矣。”得旨：“这边镇盐引，依拟改派，河盐停止不行。”
九月己酉朔，先是，扬州府强盗入境，各巡捕官住俸提问。未几，缉捕前贼三十七名，巡按题，各官免降。上曰：“该府拿获甚少，功不掩罪。指挥顾名臣姑从宽免降，知府卢德烨等，以旨下之日为始，开俸管事。”己未，兵部题复：“应天抚按疏称，苏州府嘉定县，七月内，强盗约八九人越城砍杀打劫，共伤官兵五人，未劫财物，越城脱逃。已而，拿获强盗陈阿大等七名，未获陆金二名。各官事出不意，情既可原，又未几救援擒获，功足赎罪，似应免究。”有旨：“兵备冯叔吉姑免究，夺百户谭相等俸三月。各贼审决枭示，仍缉拿未获者。”庚午，巡抚应天、都察院右副都御史胡执礼奏：“苏州府属昆山、嘉定二县荒田，欲令督率有司，趁时开垦，以补荒粮。其余逐郡逐邑，沿江沿海，荒田无限，不止昆山、嘉定为然。因三年起科之令不行，故百姓疑畏，旋开旋弃。必须揭榜通衢，招人开垦，但报四至送官，三年之外，方行起科。”部复其议，以为民领荒田之始，牛种器具甚多、甚难，计三年所获之利，不足抵偿初年所费之赀。遽令纳粮，谁肯承种。合无通限种田六年，方准起科。各给印信执照，永为己业。该州县务须实心任事，务使六年之内，荒芜尽辟。抚按从实疏名，上请擢用，不则参劾降处。上允行之。
十月已卯，巡按直隶御史林应训奏三吴水利：“三江入海，而吴淞江中段，自屈家坟以达艾祁，自千墩浦以达漫水港，则入海之中道也。今河浦皆通，而中段独塞，此其为害，岂曰细故。盖缘在上者，以无关于运道，而每以时诎为解；在下者，虑轻用其财力，而每以浮议中格。淤塞之患，盖数十年于兹矣。一旦官民同心，人力毕举，以三十余里一线之浊流，而辟为一十余丈一带之巨浸，初议三万五千六百有奇之夫役，用之四旬，而今也，三旬而举之；初议四万五千七百有奇之工价，犹恐不足，而今也，二万四千九百有奇而成之。且役之兴也，当春夏清和之候，适小民青黄不接之时，授民以值，而农有所济，募民之力，而人乐于趋。臣又与该道时时到工所，考其勤惰而赏罚之，访其侵克而究惩之。是以役无顷刻之旷，食无毫末之虚，故集三万五千有余夫于江上，功以三旬而举，费以二万四千九百而足也。伏乞敕下工部复查，如果前项工程别无虚冒，即将已未经银两，准其销发。其余存剩在库银两，并各县滩占未完地价，俱准征收，听候别项河工支用。”得旨，允之。乙酉，南京报囚矜疑宥死，发戍者二人，情罪不服，再问者二十八人，应决监候者四人。己丑，升总督两，“军务、巡抚广东地方、都察院右都御史兼兵部左侍郎凌云翼为南京工部尚书。丁酉，先是，总河都御史潘季驯、漕运侍郎江一麟交章论徐州道副使林绍治河无状。既而绍揭季驯，谓遥堤不当筑，决河不当塞，天妃闸不当闭，而徐北雁门、北阵一带浅阻可虞。其议相左，彼此各相论列。部复，绍应罢黜，季驯、一麟身膺重寄，不宜播惑妄议，以替初心。上然之。着林绍冠带闲住。
十一月戊申，兵部题复：“南京四川道御史张友舜，以留都根本重地，皇城之内所贵肃清，邦域之中尤当盘诘。各内官衙门，凡有事情，俱送司礼监审处，内使、火者、工役出入，俱要悬带牌面。至于云游僧道，寄食寺观；劫财巨寇，投宿娼家，此皆盗贼渊薮，尤宜禁缉。”报可。辛未，南京科道官王良心等，交章论列应天府府尹王世贞。部复：“世贞才识年力，众所共惜。但京尹重任，既经论列，难以议留。仍令回籍听用。”上然之。癸酉，升陕西布政使阴武卿为应天府府尹。乙亥，以南京都察院右都御史王好问为南京户部尚书。遣云南道御史房如式巡按淮、扬地方。
十二月辛巳，升浙江左参政徐节为按察使，整饬苏、松兵备。己亥，南京奉先、武英二殿及承天门工竣。
七年正月戊辰，工科给事中王道成言：“两河修筑，遥堤未成，徐邳旧堤宜守。查万历四年，该河臣傅希挚议设堤夫三千七百名，每三里建一铺，一里用十人，而使管河官划地分督。水消则随处帮修，水涨则并力防塞，此亦支持终岁长计。其后官夫不复省视，遂贻河决之害。宜于旧堤按铺，责成防守。”从之。命毁天下书院。原任常州府知府施观以科敛民财，私创书院坐罪，着革职闲住。并其所创书院及各省私建者，俱改为公廨衙门。粮田查归里甲，不许聚集游食，扰害地方。仍敕各巡按御史、提学官查访奏闻。
二月庚子，两淮巡盐御史董光裕条陈事宜：“一、优恤灶丁。仿民间社仓规制，将三分司罪赎银两，籴稻贮场，遇荒量赈，且当青黄不接时，稽贫量借，秋成抵还。至于盐仓，仅覆数苇，日久亏蚀，苦于追补。请凡拖欠盐课十年以上者，尽数蠲免，以苏灶困。七年以上者，令每引折银—钱五分贮库，以给支商。七年以下者，严责用心护守，以候开支；一、清理引目。旧制，两淮差官赍纸价赴南京户部关领引目号簿，回司给商支盐。临掣之时，止将引目送验，号簿逸失无考，于是老引、假引得而混之。议将号簿填写边商、内商姓名，候临掣比对，若商人不缴号簿及查比不同者，追没盐引；一、严立限程。旧例，仪真掣盐，水商必候盐价腾踊，然后赴卖，致使小民食盐不便。今议自仪真至石灰关，石灰关至湖广、江西，各立水程限期，逮往发卖，违限者计日罚治；一、禁革食盐。食盐不禁，弊源终不可塞。议查将淮、扬二府食盐禁革，照旧分派行盐，除迫近盐场州、县，听其以米易盐，兔派。其余如扬州、淮安府属等处，原派一千引者，止派五百，原派五百引者止派三百。仍依旧例，令各州、县佥选殷户赴仪真、淮安二所，分买掣过单盐往本州、县折卖。其或军民食用不敷，将缉获私盐贱卖。仍将铺户所领盐引盐尽缴报，违者参治。”报可。
三月戊申，吏部题：“苏、松等郡，以寇盗出没，专设兵备。若升任者径去，则地方缺官可虞。冯叔吉虽已升迁，宜暂留管事候代，始可行。以后苏、松等兵备，如遇升迁，俱如例。”庚戌，兵部复：“应天巡抚胡执礼条陈事宜：一、谓备倭之策，在御海洋、防海岸。宜于每年止讯之时，将把总等官分守讯地；副总兵常驻苏窦岙，以当首锋；刘河游击常驻败草沙，以备策应；金山参将移驻南汇，以防登岸；海防同知各驻一方，以理粮饷；兵备道巡历沿海，以便监督；巡抚移驻近海地方，以振兵威。分布远近，声势联络，便于接应；一、议渔禁，酌议以四月小满日止，官给旗、票验入，遇警与官军协击，一体赏罚。自五月二十五日起至六月初五日止，官收旗、票验出，此后或告捕采，亦当给以号票，申明禁约，限期回销。有私出及过违期限者查究。巡海员役，纵容隐匿者，罪如之。”得旨，允行。巡按直隶御史陈世宝条陈治河策约：一、移建管河官衙舍。要害之地，责其昼夜防守；一、添设新堤堰夫役。河工虽已垂成，但遥、缕二堤，巳逾千里。高家堰之堤凡六十里，柳浦湾补旧增新，将百余里。而黄铺八浅虽咫尺，反称紧要。若非集夫密守，则盗决、水决可虞，宜增夫额，划地筑居，乃为胜算；一、添设管堤官吏。高家堰、柳浦湾，于淮安最称紧要。今修筑告竣，但二堤俱属荒僻，奸商漏税，利其直达扬州，每行盗决。宜增设大使官一员，专督众役，使之同居堤上密防；一、增筑宿迁县遥堤。宿迁缕河，虽有堤岸，而侍丘诸湖，尚未修筑遥堤，倘伏秋河涨，必遭水患，乘时修筑，诚不可缓；一、暂宽归民钱粮。民遭水患，流移者半，幸水去田出，渐为归计。但恐居处未遑，而旧逋即追，开垦未熟，而新课复征。夫捐金治河以为民也，今水患渐平，而顾以逋负，阻绝归路乎；一、乞广筑役赏劳，于工食外，动支河工羡银，量行犒赏。”奏上，命酌议复行。壬子，户部复：“应天巡按胡执礼查理新洲田亩粮米事宜：一、丹徒县砥柱新洲，腴田万亩，缘未入版图，致豪右侵夺，应行备细清量。如给军便，则令官军屯种，扣除粮银；若给民便，则令民开垦，纳租充饷。庶地无遗利，而兵食有资；一、苏州府每年带解德府禄米一千石，外加耗车脚米三千四百四十石，此重困也。今议折色，而每石折耗银以二钱为率，差官解用。”报可。甲寅，应天巡抚胡执礼条陈事宜：“一、议应天府江浦县建筑城垣；一、南京府属县各有牧马草场，占地数多，虽奉例佃田输租，然仅十分之一。今各县种马减半，则前地旷闲者多，许民承佃，开垦六年之外，照则起科，征银解寺，以备马价之用。”得旨，允行。辛未，户部复：“总督南京粮储、户部右侍郎程嗣功条陈仓场五事：一议改折南粮。题称南京仓米够支七年以上，多积必致折耗。要将万历七、八两年，各省、直南粮，每年改折一半；江、浙、南直止行一年，湖广多水地方连准二年。改折之价，系上仓者，定以五钱，兑者加收耗价。九年以后，照旧全运。据此，留都重地，改折似难允从，但仓既赢余，参酌于一年、二年之间，亦便计也。以后若无余储，不得擅议改折；一议监收南粮。题拟注选主事四员，专司其事。任满起送赴部，考其贤劳之上下，以为官方之殿最。查隆庆二年正月内，南京总督粮储游震得条陈，有专责任一款，复奉通行。今注选之议，亦固所当因也；一议减仓耗。题称积贮既久，日有消折。合照条陈耗米减尽，每年递除正米。查据南粮较之京仓准耗已多二倍，虽土湿易坏，官攒人等若用心看守，廒座坚完，虽多一二年，耗米尚有附余，未必亏及正米。倘因耗减正，恐守仓人等，借口好欺。应查照先年规则施行，毋得轻减；一议折价。题称起运府分，凡遇折价，多者连耗不得过七钱，少者仍照彼中节年旧例，相应依拟征收解纳，毋得援例分外加派小民，以致解头侵欺；一议收纳。题称米色不同，应派定各仓，以便支放。查照各省、直粮米，种色庞杂，若混收一仓，开放之时，诚滋弊端。应随其色别而定，各仓易为酌量，临时坐放卫分，轮流支放，自无不均之叹。”得旨，依拟行。
四月辛巳，改南京工部尚书凌云翼为南京礼部尚书。
五月戊辰，户部以南京银库钱粮册籍浩繁，请三年差科道官清查一次。从之。
六月乙未，兵部题复：“黄船小甲编审夫役，原属南京兵部车驾司管理。迩来，滥属军卫，以致弊多偏累。宜行应天府委官从公编审，并马、快、平船小甲编完，备造文册，送科道官参订定役，以均劳逸。又宜改定五年一编，毋仍旧制，十年久远，致有消乏应差不前之苦。而看验船只，量行修理，节省繁费，则南京工部管船主事职之。”报可。
七月戊申，总理河漕潘季驯等奏：“桃源、清河水患，宜并力疏导，作急捍御，俾水势毋至滥觞。”疏上，报可。己酉，徐州等十二州、县水灾，命勘别轻重，量议停免。庚戌，总理河漕潘季驯、总督漕运江一麟题称：“淮安一带，黄淮灌入，运渠高垫，且闸水湍发，启闭甚难。查照平江伯陈瑄所建清江、福兴、新庄等闸，递互启闭，以防黄水之淤。又于水发之时，闸外暂筑土坝遏水头，以便启闭。水退即去坝，用闸如常。议欲修复旧规，并请特旨垂示各闸，使势豪人员，不敢任情阻挠。”部复，从之。壬子，苏州水灾，抚按官请先行赈饥蠲免。得旨：“以灾伤重大，命抚按官作速勘处。”癸亥，工部奏叙开便河功次。先是，巡漕御史陈世宝议凿瓜州屯坞，通浙直运船。今又议开仪真便河，以通江西、湖广等粮运。钦命严督开挑。至是总理河漕潘季驯、管理粮储道陈文烛查原督扬州府知府卢德华、淮安府通判况于梧、仪真知县侯应征挑完便河工程。将所挑河渠勘定丈尺，所支钱粮开报数目，会同漕运巡抚、侍郎江一麟佥谓：“陈世宝功当优叙；如陈文烛等四员，官有崇卑，劳无轩轾，议吏部叙录。其余行漕院分别奖赏，以示激劝。”从之。乙丑，工部复：“礼科左给事中顾九思、工科都给事中王道成等疏请罢苏、松及应天织造，取回京差。”内臣传渝：“内阁织造袍服未可遽罢，若如部议取回内臣，改属巡按有司，则织造不精，谁任其责。且现有钱粮，不必加派，先生拟票来。”辅臣张居正等言：“该部为地方灾伤，故如此议复，请得面奏，为皇上从容开说。”有顷，居正等持工部疏并拟票入，至御前奏云：“近日苏、松等处水灾重大，百姓困苦流离，有群聚劫夺者，地方钱粮实难措处。且自前年星变时，亲奉明旨，停止织造，著孙隆回京，至今尚未报完。是诏令不信，而德泽不宣也。臣等谓，宜从该部所请，以彰皇上敬天恤民至意。”上曰：“朕未尝不爱惜百姓，但彼处织造不久当完，远不过来春耳。”居正言：“皇上德意，臣民无不欣仰。即孙隆在彼，亦能仰体圣心，安静行事。但地方多一事，则有一事之扰，宽一分，则受一分之赐。彼中织完十未四五，物料钱粮尚有未尽征完者，灾地疲民不堪催督，愿皇上且取回孙隆。其应天被灾稍轻，许坤仍旧可也。”上乃许之，曰：“近降去花样银两，皆御前发出，并不加派扰民。候此件织造回京，余悉停罢。”居正等顿首曰：“幸甚。”
八月甲戌，升云南左布政使方曙为应天府府尹。丁酉，苏、松水灾。御史张简题：“民穷盗起，非民之得已也。然恤穷有道，唯责成司牧而已。夫天灾何代无之，苏、松二郡之民，一遭水患，何遽称穷至此？盖苏、松为东南财富之地，其困于征求，非一日矣。今二郡司牧岂无急便身图，厚自封殖。赈贷之恩虽施，而给散不均；蠲免之令虽下，而催征如故。勾摄之皂快，毒甚豺狼；罚锾之逼迫，急于星火，奈之何民不穷且盗以死也。请速行抚按官，严责有司，简省词讼，轻免锾赎，使之得安其生理，由是而下蠲征赈贷之令，而民蒙实惠矣。又入觐伊迩，应朝官指称公费，科派小民，骗借富室者难保必无。科敛之禁，此时尤宜申饬，以警玩邪，此救荒安民之最要也。又民穷为盗，势所必至。巡抚宜移驻彼处，以示弹压，便抚恤。仍同巡按御史严督兵备将领，军卫、有司官申明保甲，训练兵壮，以潜消盗贼。俟事宁之日，仍驻句容，以时巡历。”部复，报可。辛丑，户部复：“凤阳巡抚江一麟、巡按李时成奏，泗州、兴化、宝应、山阳、清河，桃源、盐城等七州、县田地，其高阜成熟者，照旧派征；其被灾稍轻与被灾次重者，俱免一年；被灾极重者，免二年。共免秋夏起存税粮二十九万一千四百石有奇，银一万一百八十八两有奇。其额派漕粮，于附近各府所属无灾及灾轻州县通融拨补，务足原额，候被灾州县有收之年照数征还。”报可。
九月戊辰，巡抚都御史胡执礼、巡按御史田乐，奏勘苏、松二府所属太仓、吴江等十州县灾各有等，除存留钱粮，照例蠲免，尚欲于漕粮尽数改折，见征五分，蠲免五分，及钞关、赃罚银两悉留赈恤。部复：“照嘉靖年事例，将今年额派存留钱粮，如数蠲免。”从之。
十月乙亥，以淮安府属盐城等十州、县，照旧改属营田道，令现任佥事史邦直充之，仍给敕以便行事。辛巳，以苏、松水灾，赐减明年牲口、药材等银十之五，并暂停征以前逋欠者。丙戌，蠲苏、松二府段匹、军器等十之四，仍于旧逋者，暂行停征，以水灾异常故也。丁酉，升河南副使孙光祐为右佥都御史，巡抚应天等府地方。巡抚都御史胡执礼、巡按御史田乐、董光裕上言：常州、镇江、应天等四府属邑灾伤不等，欲援苏、松二府事例，蠲免如数。部复谓：“苏、松赋额甚重，又加以灾伤异常，宜从厚蠲赈。应天等府赋额既轻、水灾不重，缓征别赋已为不宜，改折漕银，尤难轻议。今据各官奏勘，宜酌议应征、应免、应折、应停，以灾之轻重为次。”上以两河工成，赏总督河道官潘季驯、江一麟等银币有差，科道官勘实以闻。庚子，先是，隆庆六年，恩诏蠲免，海内共沾，而苏州、松江、常州等四府完解在先，未蒙抵蠲，今抚按官胡执礼、田乐、董光裕等议以万历元年起解牲口银两内，扣除三分，以抵隆庆六年蠲免之数。报可。
十一月癸卯朔，应天巡抚胡执礼、直隶巡按田乐、董光裕等题：常、镇府属江阴、靖江、金坛等州、县水灾，议以协济各驿递马价，自万历五年以前未完者，三县俱停征。部复，从之。庚午，巡抚凤阳江一麟、巡按李时成题：“江北地方，军民杂处，盗贼起伏，皆由总捕各官所辖辽远，稽察难周。宜分任巡捕山阳、盐城、安东、沭阳、海州、赣榆六县，仍属管粮通判；邳州、宿迁、桃源、清河四州、县，分属邳州驻扎淮安府管河同知；睢宁并徐州、萧、沛、砀、丰六州县，分属徐州驻扎淮安府水利同知，无为州并巢县，仍属江防同知。其各境内卫、所、巡捕、巡河等官，悉听会督。凡总捕应行事宜，责成着实举行。”部复，从之。
八年正月庚申，苏州卫管镇抚司指挥宋木，因常州府发来勘产追赃犯人管封周以贿脱逃。御史田乐上其事。上怒，敕加究处，并罪本道参政徐用简疏纵，降治。
二月丁亥，裁革苏、松营粮参政。辛卯，直隶巡按林应训疏言：“苏、松诸郡，古称泽国。干河支港不下千百。大则泄水以入海，次则通湖以达江，小则引流以灌田。年久淤浅，泄蓄无裨。今将苏、松、常、镇等河如吴淞江、白泖塘、秀州塘、蒲汇塘、孟渎河，舜河、青砀港等处，俱经设处兴工竣事。苏、松尚有支河数十处，宜用民之半，出力以赴工，用官之半，处费以给食。事无中辍，利可冀兴。”下其章于所司。壬辰，南直隶丹徒县永生、砥柱二洲，新涨淤沙，生芦渐广。应天巡抚胡执礼奏请委官丈明，开垦充饷。南京工部尚书沈应时奏称：“芦租原供织造，充饷非宜。”户部酌复：“请以芦课原额，归南京工部。余多银两解送巡抚，以充军饷。”诏以洲地盈缩不时，丈出新淤，计亩增税，仍充芦课，不得争扰。乙未，勒应天府府尹方良曙致仕。以南京给事中傅作舟、御史林应训等劾其冒滥故也。戊戌，诏蠲两淮盐场自嘉靖二十九年起，至隆庆四年止，消折盐二十八万七千五百引，以宽灶丁。河工告成，工部开叙效劳诸臣。上降旨褒赉之，加总河潘季驯太子太保、开工部尚书兼都察院左副都御史，荫一子；升总漕江一瞬都察院右都御史兼户部右侍郎，各银币同季驯。赐敕奖励。
三月辛丑，升湖广右布政使刘志伊为应天府府尹。乙巳，工科给事中尹瑾陈河工善后七款：“一、重久任以便责成。凡管河诸臣，遇三、六年考满者，宜加衔管事，俟资停最久，绩效景著，破格超擢。应补者，即就近遴选；一、定法制以核岁修。令管河司道，每岁严督各该管河官率领守堤官夫，将各边堤加帮高厚，兼栽柳、苇，修葺闸坝。年终管河郎中会同该道核验开报。三年遣官一阅视；一、甃石堰以固要冲。高家堰近已筑塞成堤，体制高厚，既有桩板，以护其外，复设官夫，以严其防。然终不如石堤，更可永恃。宜于中间二十里低洼处，用石包砌。令徐、颍、海防三道均分道里，各派所属而董其成；一、浚闸河以利运艘。淮河一带，先年，平江伯陈瑄开凿时，原恐阻浅，创立里河，岁一挑浚。今狂流既息，积沙未除，外河日深，内河日浅，宜照南旺事例，三年两挑。挑期俱在通济闸筑填之后，动支岁修钱粮，多募夫役，限一月通完。至于扬、仪河道，亦应时常捞浅，以专责成，以防冲决。河水暴决，势在速治，今后遇有水涨暴发，非司道驻扎地方，该掌印官径自派募人夫，动支物料，多方防守。如水势异常，夫料不足，听其借支贮库别项银两，一面通详司道，一面便宜筑塞，不必拘泥关白而后行事；一、防徐北以固上流。徐北黄河，旧由萧县出小浮桥，河深近洪，能刷洪以深河，实利运道。嘉靖四十五年河决邵家口，出秦沟入运。秦沟河浅近闸，每积淤以塞河，实害运道。今幸复趋小浮桥，且议修筑行、缕二堤为之捍御。而邵家坝为秦沟旧口，亦宜倍加修理，以绝秦沟上流。然有堤不守，与无堤同。今徐北至单县界，见修坝堤长一百五十余里，而夫役止七百余名，其何能济？宜照徐南事例，每里补足十名；一、备积贮以裕经费。河道钱粮，山东、河南额派原多。南直河道起丰、沛，至淮、扬，延袤千有余里。淮以北则黄河汹涌，淮以南则湖水弥漫，葺修防守，费用浩繁。及查岁额，桩草银两仅二千有奇，加以连年灾殄，每岁征收不满数百，安能支持千里之河。宜从长计议，或河南、山东河道银两，或运司挑河盐银，或徐、淮各处钞税，或抚按赃罚，多方措处，每岁共凑银三千两为定额，解贮淮安府库，专备两河修守之费。”部臣酌议复请，上皆从之。己酉，裁淮、扬等府本色马匹，减新增一分二厘，仍旧四分，著为定例。从南京太仆寺卿萧廪所请也。癸亥，夺应天府府尹陈于陞职，因差官捕解脱逃故也。
四月壬申，以两淮各灶场饥，命该处按臣发运司贮济银一万二千两赈之。癸酉、江北等处连年饥馑，命支营田银一万五千两并各仓贮粟赈之。丙戌，降应天府府丞杨标为湖广左参议。
闰四月癸卯，升光禄寺卿傅孟春为南京都察院右佥都御史，提督操江。
五月己卯，户部因差主事侯世卿往管淮安府常盈仓，遂请照各边管粮例，将本仓及徐州等处管理主事，俱以三年为限，久任以便责成，从之。丁亥，总理河漕潘季驯奏复漕河旧规，六月初旬，于通济闸筑坝；九月初旬开坝。下所司知之。丁酉，改户部尚书、总督仓场汪宗伊为南京吏部尚书。都察院复：“山东抚按何起鸣、钱岱劾奏淮安知府宋伯华，违例驰驿。”得旨：“清查驿递，明旨禁敕，三令五申，为臣者乃不体朝廷德意，抗违明旨，玩法殃民，本当重治，姑宽处，宋伯华着降六级调用。”定江北积谷额数，淮安府一千五百石，扬州府一千八百石，著为令。
六月甲辰，以淮安府安东县田荒民逃，准改折漕粮，具于该府铸钱余利及军饷、商税并该县运军行、月粮等银抵解。其本色暂借修河漕米四千石，限三年后带征补还。丁未，夺南京工部尚书沈应时俸一年。以部差不奉行考核，为科臣傅作舟所纠也。辛酉，改潘季驯为南京兵部尚书。
七月庚午，升光禄寺少卿曹大野为应天府府丞。乙亥，升光禄寺少卿胡嘉谟为都察院右佥都御史，提督操江。甲申，苏、松水利御史林应训奏称，所属地方，复被水灾，议设法蠲赈。上以报灾请恤，乃地方抚按事。应训疏泄无功，又代请掩罪，命工部同该科会查以报。既而部、科以为地方水患，固人事未尽，亦天时适逢，宜宽之，以责后效。乃令之策励供职。
八月庚申，南直隶淮、扬等处水灾，诏准改折漕粮及停征岁额，以被灾轻重为差。从巡按御史陈用宾请也。
九月壬午，改南京刑部尚书何宽为南京吏部尚书。乙酉，升南京都察院右都御史陈瑞为南京刑部尚书。辛卯，南京府军并建阳等卫所屯田灾。命南京户部选委司官一员，同管屯御史亲诣查勘，将本年屯粮，以被灾重轻，递减其折银分数。
十月丁酉，应天巡抚孙光祐，请咨送朝鲜国飘流夷人梁成贵等二十余人，给与沿途应付，押还本国。从之。戊戌，南京户科给事中王蔚论劾南京工部主事陈春差往仪真贪纵状。上命锦衣卫逮春。辛丑，礼科给事中帅兰以淮、扬、苏、松等处饥，言民苦水灾，颠连万状。如有司失职，稗政尚多。征输之弊，未尽清也，书保之蠹，未尽祛也；追呼纷扰，未尽息也；罚赎滥科，未尽厘也。查盘滋索诈也，揭访纵仇恶也，供亿糜财货也。而讼讦则奸宄未杜，习俗则淫摩未惩也。此数弊者，其属于民之自戕者十一，而官之剥乎民者十九。宜行各抚按痛加修省，严督各州、县有司，着实振刷，其有害乎民者尽除之。章下所司。乙巳，应天抚臣孙光祐奏称：苏、松、常、镇等府灾，议将漕粮、仓粮、屯粮各酌量改折。常熟、吴江、长洲、昆山四县被灾尤甚。以余剩兵饷量抵改折起运之数，仍发赃罚并仓储，分别赈之。上从其议，仍命地方官着实存恤，使贫民得沾实惠。丁未，应天抚臣孙光祐奏请兴复苏、松等处水利：“一、浚下流以杀水势，谓书言：‘三江既入，震泽底定。’震泽，即今之太湖。三江即娄江、吴淞江及东江也。今震泽之水滔滔犹故，而东江久湮塞，出口入黄浦之处，仅存丈余。而吴淞江、娄江两岸多淤。是以前人因水无出路，于常熟、昆山之间，疏白茆诸港，以泄太湖之水，于江阴一带开数港，以泄宜兴诸渎西来之水。又于各田中创为浦塘，一以泄水、一以引水。今三江故道，虽难遽复，宜于江口出水之处，狭者阔之，浅者深之。开导常、昆等处之小港，浚治田间之浦塘，则下流有归，而水势不壅矣；一、筑圩岸以捍横水。谓下流虽浚，然或霪雨不止，洪水暴发，流泄不及，势必弥漫田间，则不得不筑圩岸以御。往者华亭、上海极低之田，尽割于青浦。去岁县官当水发之时，督民修筑，救水害十之三四。今岁又复筑之，虽水灾亦不甚害。昆山之田亦最下，去岁灾伤特甚，今岁灾遂稍轻。常州之芙蓉湖，十年九潦，今者田苗独盛，则皆筑圩岸之明效也。今宜严督各水利掌印官，相其田之高下冲辟，以为圩岸之高下厚薄。一圩之内，立有圩长，计亩分工，通力合作，半年之内，次第可成，而水得以顺流趋下矣；一、疏沟洫以滋灌溉。下田虽治，而四府之中，未必皆下田也。濒海一带，地势颇高。古人遂凿为沟洫，引水注之，以备旱干。后因小民无力疏浚，互相推诿，官又不为之督率，以致湮塞，田失灌溉之利。今宜循其故道，一并开疏，则不惟河水顺流，亦且舟楫得通，而濒海高阜之处，且有支河以泄下流之水矣。”该部如议复请，报可。
十二月甲辰，归并淮安四税于常盈仓，令主事兼管之。庚申，户部郎中柴承学奏称：“淮安等府所开之地，原是熟田抛荒，并未创开无粮荒地。间有以旧种熟田，冒称新开者，招回人口，虽暂安插，未必领牛种田，以致塘坪树株，半属虚增，册内原报地数、人数，半多虚捏。”部议谓：“在事诸臣，肆为欺罔，宜重处以惩之。”上命革监督营田副使史邦直职，其查处府、州、县、卫各官，悉如部议。癸亥，先是，扬州等处饥。上命发该府库积并仓贮赈之。库积原报八万八千余两，无纤毫在库；仓贮五十四万余石，止三万六千。巡抚以闻，再请别项备赈。上是之，而降该府知府卢德华服、俸三级。
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