二十二年正月庚寅，起原任太子宾客、吏部左侍郎兼侍读学士沈一贯为南京礼部尚书。壬寅，允兵部复凤阳抚、按议，将沿海通、泰等七卫所秋班军二千九百余名尽留防海，事宁入卫。
二月乙卯，户部郎中华存礼请复老黄河故道并浚草湾。工部侍郎沈节甫以为复者诚难轻议，浚者似或可从。乞命总河委官查勘，兼查与原题腰铺工程，利害孰多？事体孰当？工费孰省？疏内所称桃源四坝及小河口、董家沟等处浚塞，是否可行。又言：“近来河患，在于河身日高。高在清口，则淮水不得出，而为祖陵忧。故开腰铺者，所以使黄让淮而安祖陵；高在镇口，则闸河之水不得出，而为运道忧。故开韩家庄者，所以泄闸河之水而保运道。然皆补偏救弊。臣部日求治本之策而未得，乃议者纷然，多不可行之事，宜概复停。”上曰：可。癸亥，直隶巡抚綦才奏称：“淮安通济闸，乃漕运咽喉，请浚闸左旧河，更开闸右新河，三闸并出，获利而免害。”又欲加培左畔大堤。部议行总河相度。从之。
三月己丑，先是，南京祭酒陆可教条奏：一、均制额；分拨贡生就试南京，并增解额；一、慎稽核。严禁杂流入赀太学，民俊亦必限年试艺，其以学行闻者奖；一、定课程。诸生须习经书正文及大诰、通鉴、集要、大明律令；一、优礼遇。有司不得鄙夷诸生，当隆重体貌，以重简押；一、广书籍。自购给四方内府藏书外，其永乐间所纂大典，令出差御史分刻，颁贮两雍。都复，俱如议，但贡生不必分试增额。
四月辛未，金坛等县逆犯赵州平等私蓄兵器、妖书，巡按陈遇文擒获以报，因请安人心，严稽察。诏令本犯勿得枉纵，姑赦协从，仍饬保甲。
六月丙辰，南京屯田御史陈所问请近屯州县设立社仓，以本职及前御史赎银籴谷贮之，赎稻一并寄贮。春给贫军，以为子种，秋成加二还官，岁为常。部复。如议，但立仓烦扰，不若分发各掌印官董其事。可之。辛未，祟明县报获倭船一只，倭三十四名。兵部言，但令应天抚、按研审真伪，不必解。从之。
八月乙亥，升吏部左侍郎赵参鲁为南京刑部尚书，以总督漕运、户部尚书李戴为南京户部尚书。
九月己卯，升总督仓场、户部右侍郎褚铁为尚书兼副都御史，总督漕运。以总督河道、工部尚书舒应龙回部管事。壬午，升兵部左侍郎顾养谦为工部尚书，总理河道。辛卯，升提督操江、右佥都御史张养蒙为左佥都御史协理院事。戊戌，起原任陕西巡抚赵可怀为南京右副都御史，提督操江。庚子，升两广总督陈渠为南京户部右侍郎兼右佥都御史，总督粮储。
十一月乙亥，升南京操江、都御史赵可怀为兵部侍郎兼佥都御史，巡抚应天。甲申，起南京礼部尚书黄凤翔补原职。乙酉，起原任巡抚贾待问为南京右副都御史，提督操江。庚寅，升南京通政司参议白栋为应天府府丞。
十二月丙辰，前崇明擒获夷船，再加译审，令琉球国陪臣认识，实非倭人。兵部复，请就令琉球陪臣带回本国，以彰不杀属夷之仁，仍赏捕船员役，以示激劝。上曰：“今后沿海地方，获有夷人船，还要详译真伪，毋得希图功赏，枉害远人。”丁巳，苏松巡按鹿久徵题称：“三吴连岁荒歉，百姓困苦未苏，太仓、嘉定、上海三州县又遭霪雨，淹没殆尽。乞将漕粮太仓州改折四分，上海县改折六分，嘉定县原系折征，有所逋十七年原停银两及三州县十九年未完各项银粮，俱乞蠲豁。”户部复奏：“太仓、上海漕粮，如数改折，嘉定漕折，准分两年征解。其三州县各项未完银两，准候丰年带征。”如议行。戊午，应天巡抚朱鸿谟奏：“苏、松二府急缺袍段工料价，拟将常、镇二府段价余银借给，乞酌缓急织进。”章下工部，议留苏、松两府解部料银以充费，不必挪借常、镇，并请权缓急，量为减省，如鸿谟言。上谕，遵前减数分运之旨行。
二十三年二月丁未，诏以南京都察院右副都御史杨一魁升工部尚书，兼都察院右副都御史，总督河道。庚戌，原任南光禄署正王汝立捐银三千两，助筑淮安庙湾城。抚、按请加衔建坊，以示激劝。又，管清江厂工部员外包应魁将庙湾盐所抽分柴席银一千五百两助役，并乞纪录。工部复奏，宜如所请。从之。
三月乙亥，工科都给事中吴应明奏。淮、黄二流，会于清口，而海口一带，则淮、黄之尾闾也。先因黄河迁移无常，设遥、缕二堤束水归漕。乃水过沙停，河身日高，徐、邳以下，居民尽在水底。今清口以外，则黄河阻遏；清口以内，则淤沙横截。强黄倒灌，上流约百里许，淮水仅出沙上之浮流，而潴蓄于盱、泗者，遂为祖陵患矣。先年，科臣张贞观所议，自腰铺开一支河，归之草湾河；或从清河南岸另开小河至骆家营、马厂等处，出会大河，建闸启闭，一遇运浅，即行此河，亦策之便者。至治泗水，则有议开老子山，百折而入之江者，即排淮、泗注江之故道也。宜于此处建闸，淮平则闭，秋涨则开，使不得为陵、泗患。又考河形，北高南下，张福口居淮河北流，与清口对。堤张福，则水向南，而淮病；堤清口，则水向北，而淮不病。故拆张福堤，而于清口造堤以束之，亦两利也。”疏下工部复称：“腰铺支河之开，岁浚清口之议，容臣等行总河详勘，次第举行。至疏海口，开老子山，决张福堤，与夫建闸扒沙，实土甃石之议，事难遥断。恭候命下，行漕部院及各御史会勘划一，以凭复诸裁夺。”诏如部议。甲午，兵部题议：“淮、扬按臣吴崇礼疏称，训练民壮，既成行伍，务时加训练，不得始勤终怠。至所议留马价一万两，现今财仓罄竭，何敢强从。徐州等七卫所班军，仍照原题抚、按官于内挑选一千名，暂留防海，余俱赴京入卫。”从之。丙申，工部议复：“淮安府管河同知唐民敏，因勘徐州管河州判彭鹤侵克河工岁修银一百八十两，以致牛市口决溃。先经总河潘季驯题参民敏不即承问，致彭鹤亡去，遂并劾民敏，革职。盖民敏与彭鹤先同官徐州，季驯疑其有庇也。乃勘科张贞观极称民敏清吏、才吏，止争磨脐河，总河主塞，民敏主留，遂衔民敏，借彭鹤事以发之。除彭鹤追赃发遣，民敏相应怜惜，遇缺推补。”从之。
四月癸亥，直隶巡按牛应元，因瞻谒祖陵，目击河患，乃绘图以进。随上疏言：“黄、淮交会，其来已久。今独黄高淮壅者，起于嘉靖末年，管河部臣见徐、吕二洪巨石巉岩横亘水中，运船不便，令工凿去，河失冲激之势，而沙日停，河身日高，于是溃决起矣。当事者计无所之，旁河两岸筑长堤以夹束之，名曰缕堤；缕堤复决，更于数里外筑长堤以防之，名曰遥堤。虽岁决岁补，而莫可谁何矣。但黄、淮原有交会处，黄从西北来，自清河县北二十里骆家营折而东，至大河口会淮，所称老黄河是也。永乐初年，平江伯陈瑄以其迂曲，从骆家营开一支河，为现今河道，而老黄河淤矣。庆、历年间，复从草湾开一支河，黄舍故道而趋，以致清口交会处，二水相持，淮不胜黄，则窜入各涧口。淮安士民于各涧口筑一土埂以防之。嗣后黄、淮暴涨，水退沙停，清口遂淤，今所称门限是也。此时当事者不思挑辟门限沙，惟习筑塞之故智，费巨万金钱，傍土埂筑大堰，横亘六十里，名曰高堰。全淮正流之口，置不为理，复将从旁入黄之福口，一并筑堤塞之，遂倒流而为陵、泗患矣。前岁勘科张贞观始议辟门限抄，裁张福堤，其所重又在支河腰铺之开。总之全口淤沙，未尽挑辟，即腰铺功成，淮水未能出也。况目今下流鲍、王诸口已决，难以施功，岂若复黄河故道，尽辟清口淤沙之为要乎？至欲于上流施功，则不如科臣吴应明疏中所引，就草湾下流，浚诸决口，俾由安东归伍港，是一策也。不则，原议周家桥量为疏通，亦为一策。若乃急将黄堌、戎家等见决水口，早为堤防，又于萧、砀等弥漫处，挑成渠道，又于符离集一带河身浅阻处，量为疏利。至宿迁县西旧有小河一道，为睢水入黄正路，急宜挑辟，使有所归。”大意唯以复淮故道，辟门限沙为主，而腰铺之开，海口之浚，在所缓者。已而，总河舒应龙报称：“张福堤已决百余丈，辟口挑沙，见在行功，至腰铺之开，尤不可废。”事下工部。侍郎沈思孝因奏言：“臣顷道出淮口，询问父老，皆谓黄高势猛，淮弱倒灌。抒此患者，惟有复老黄河于上，以夺其势；辟清口沙于下，以通其流。因询听谓老黄河，则自桃源县三义镇起，至叶家冲，仅八千余丈，河形尚存，工费似易，一意开浚，河势必分为二：一从故道抵颜家河入海，一从清口会淮，患必为弭矣。第甲乙未定，既奉有差官踏看之旨，请着得力工科一人，会同总河、总漕与各御史从长计议，务期佥谋划一，永有利赖可也。”上诏：“着得力科臣一员，去会同地方官计议。其工易举者，作速随宜疏泄，以安陵寝。若事干重大，垂永利者，仍确议奏报，不得仍前怠玩，以取罪戾。”
五月庚子，御史高举疏称：“黄河为患，自古记之，未闻淮水之为患也。淮之患，起于高堰之筑张福之堤。臣往岁只役江北，曾议疏周家桥以杀淮，裁张福堤，辟门限沙以泄淮。至高堰东捍高、宝、淮、扬，未可尽去。惟当于周家桥大涧口、小涧口、武家墩、绿杨沟及前所挑惠通河诸处，详择要地，建滚水石坝。各于坝外浚河筑岸，使行地中，由白马、氾光等湖会入邵伯。水入邵伯，虑害高、宝，闻河塘埂旧建十二闸，闸外疏成十二河，皆泄湖水而拄之海者，宜改前闸为坝，辟入海之途。又湾头而下，旧有芒稻河，扬州而南，旧有瓜仪闸，皆泄湖水而注之江者。宜将芒稻河大加疏掘，滨江处多建水闸，以广入江之途。然而海口日壅，则河泥日积，河身日高，欲二渎安流不得也。顾海口沆漭，不能为力。有灌口者，视诸口颇大。而近日所决蒋家、鲍家、吴家三口，直射此口。若挑浚成河，俾径由灌口入海，似为上策。有谓自三义口、骆家营，修复老黄河故道，又是一策。然而有治人，无治法，委任责成，则惟天语敕厉耳。”已而，南京工部主事樊兆程上言：“欲导淮，先疏黄，欲疏黄，先辟海口。然而旧海口决不可浚，当自鲍家营至五港口挑浚成河，令从灌口入海。”俱下工部议。部臣沈思孝复言：“御史巡历其地，见闻既真，议论皆凿凿可行。至治人责成之说，尤探本之论。今科臣奉命往勘，宜将此疏及兆程五口入海之奏，并行勘议，以图永利。”诏行勘河科臣并总理河、漕及各御史将各疏条议，与疏中未尽事宜，一一商榷具奏。
六月癸卯，总理河道、工部尚书杨一魁，以御史秦懋义论其力薄不堪艰巨，乃上疏乞罢。且言清口宜浚，黄河故道宜复，高堰不必修，石堤不必砌，减水闸坝不必用。乞查臣先后奏议并行司道文移，苟有可采，勿因臣去而废其言。诏以尽心任事，不允辞。己酉，巡视南京营务兼管巡仓御史段尚绣陈仓储八事：“一曰酌雇役，每月令军余出钱少许，募工以恤其困；一曰议协管，每仓及时修理，不必拘会估以误其期；一曰稽时用，量其不堪贮米者先修，以别缓急；一曰核成数，预查一应贮廒数若干，以定岁修；一曰速开报，从小损者亟修葺，以省工役；一曰慎委官，专责廉能，以计成功；一曰审制度，务修筑高厚如法，以图永久；一曰重考成，必查任内修理劳绩，以责实效。”先行南京户、工二部酌议。至是．工部复请，诏悉报可。壬子，御史夏子臣疏请决高堰。其略曰：“高堰者，即台臣高举所云大涧口，淮水所由以直趋东注之处也。筑之自旧河臣潘季驯始。臣常读其治河之疏矣，谓海口无可浚之理，惟当导河以归之海。河又非可以人力导也，欲顺其性，先惧其溢，惟常缮治堤防，俾无傍溢，此其大指也。毋论悔口终塞，无岁不有导黄之役，即淮水之旧，自西而东，稍折而北，由清口会黄入海，此故道也。而强弱无敌，清口渐淤，今所称门限沙是矣。淮水欲出清口会黄既不可得，则就下顺流取道大涧口，而滔滔东注，非其性则然哉，而奈何阻之？彼一淮也，既为黄遏而不得入海，又为堰阻而不得入湖，弥漫泛涨固其所矣！三祖真穴，名旧龙嘴，其地冬夏草色常青，旺气所锺者也。万历初年堰成，而金水河壅而不行，节年河流日增，玄宫之上，水且盈丈。议者既不敢言，又不能救，初建堤以障之，而堤内之水自若也；寻又建子堤以障之，而子堤内之水自若也；寻又设水车于子堤以撤之，而随撤随盈，旧龙嘴之淹，又自若也。前勘河使者亦明知之，第以高堰糜帑可数百万，一旦破之，则前功尽弃，于首事诸臣不便，遂决意庇之，而以治黄为请。有欲开海口者，有欲辟横沙者，有欲开云梯关者，不惟无救于淮，亦无救于黄。何则海口之决不可开也，横沙下为铁板沙，上为柔沙，人力莫施，其不可劈，行道之人皆知之。草子湖在高堰之东，今非不流；草湾河在清河之南，即黄河现流之处，皆无俟开也。惟腰铺议开新河，至周家庄四十里，其地泄水不多，开之徒费财力；云梯关又在安东之下，隔黄甚远，更为迂阔。就令各路可开，亦当责效数年之后。近者，按臣欲开施家沟、周家桥，使淮由高宝湖而出，此即开高堰之意。但二处各数百里，费出不赀，即开亦以年计。急救祖陵非开高堰不可。臣请举不开高堰之说，一一破之。彼以堤束水，以水刷沙之说，数十年无一效，无容藉口矣。有托形胜之说以存高堰者，必曰：淮、黄合襟，形胜在焉。然当淮、黄会合，笃生圣祖之时，未有高堰也。相传旧龙嘴，玄宫也，较合襟孰重，今沈水底有年矣！且讳而不言，而力争合襟，以哆言形胜乎？又有为运道及危高、宝之说以存高堰者，然而高堰之筑，才二十余年，而国家转饷二百余年矣，未有高堰之先，岂遂无运乎？且运道经黄入闸，固不畏黄，宁畏淮乎。纵可畏，尚可移高堰石堤之费，以修湖堤也。奈何藉口湖堤，强存高堰也。如曰高、宝受害，则盱、泗未尝不害。况高、宝之害，不在淮水之去，而在湖水之未泄。高堰虽障上流，实为危窦。历年以来，土堤之在高良涧者，每遇伏秋，即遭冲决。石堤之在大涧口者，每遇汹涛，即见崩溃。使历年愈久，能保其不颓而无伤乎？然则高堰在，为高、宝之利小，而高堰决，则高、宝之害非大也。孰若明议而明开之，使之趋避乎？闻科臣张贞观勘议之时，高宝之民哄如聚讼，然试引高、宝士民有识者，至祖陵一寓目之，则孰重孰轻，有人心者，宜于此焉变也。”疏上。工部复奏，以事难悬度，今既遣科臣会勘，应并行酌议。上从之。壬戌，南京兵科给事中卢大中以地方失盗，参劾巡逻坐营官张天秩革任。因言武臣敢于坏法乱纪者，以革其管事，而不革其职衔。今日革之，明日即钻求进用，随革随补，故套牢不可破。请自今而后，武臣犯赃者，比照文职，终身不叙。兵部复奏，诏悉如议。甲子，户科给事中黄运泰言：“治河之策，当治下流。今日欲安祖陵，不得不泄淮水；欲泄淮水，不得不浚黄河下流，以杀其夺淮之势。倘黄河下流未泄，而遽开高堰、周桥以泄淮水，则淮流南下，黄必乘之。无论高、宝数郡尽为池沼，运道月河，势必冲溃，即淮水且终为黄所遏抑而壅如故。”大旨欲别寻五港口浚之，达灌口，以入于海。工部复请。诏令勘河、管河各官悉心会议。
七月丙戌，户部复：“南京兵科给事中卢大中条议京卫漕船四事：一曰、增修船之工价，以便责成；二曰、酌地方之轮兑，以均苦乐；三曰、立食粮之军单，以杜偏累；四曰、核空船之到数，以便修补。”报可。乙未，总督漕运尚书褚鈇奏漕政五事：一、早给修船，以苏军困；一、严核漂流，以杜假挽；一、严限起纳，以速回空；一、减造漕船，以省糜费；一、晒扬粮米，以杜争哄。户部如其言以请。皆报可。
八月甲辰，勘河给事中张企程奏：“兼程抵泗州，展谒祖陵。见长淮激湍，洪波汩流，诚有如御史牛应元所图上者。前此河不为陵患，自隆庆末年，高、宝、淮、扬告急，当事狃于目前，清口既淤，又筑高堰以避之，堤张福以束之，障全河之水与黄角胜，不虞其势不敌也。迨后甃石加筑，堙塞愈坚，举七十二溪之水汇于泗者，仅留数丈一口出之。出者什一，停者什九，河身日高流日壅，淮日益不得出，而潴蓄日益深，安得不倒流旁溢为陵、泗患乎？今论疏淮以安陵，有谓清口当辟；有谓高堰当决；有谓周家桥、武家墩当开；有谓高良涧、施家沟当浚。论疏黄以导淮，有谓腰铺可仍，有谓老黄河故道可复；有谓鲍、王二口可因；有谓王家坝、五港口可寻。顾淮水之涨，虽由高堰之筑，而工程浩巨，未可议废。且以屏捍高、宝、淮、扬，亦不可少。周家桥北去高堰五十里，有支河下接草子湖，若并未挑，三十余里大加开浚，一由金家湾入芒稻河，注之江；一由于婴沟入广洋湖，达之海。则淮水上流半有宜泄矣。武家墩南去高堰十五里，逼邻永济河，引水由窑湾闸出口，直达泾河，从射阳湖入海，则淮水下流半有归宿矣。此急救祖陵第一议也。”工部复议。诏：“作速疏浚，毋得推诿观望。”癸亥，直隶崇明县知县杨大成犯赃，论赎为民。
九月壬辰，勘河科臣张企程、总河杨一魁等议：欲分杀黄流以纵淮，别疏海口以导黄。盖以淮壅由于河身日高，河高由于海口不深，若上流既分，则下流日减。清河之口，淮无黄遏，则泗之积水自消，而祖陵永保无虞。总漕褚鈇以江北岁遭大祲，民力不堪大役，欲先泄淮而徐议分淮。工部谓：“导淮分黄，势实相须，不容偏废。宜将导淮分黄并疏浚海口等处工程，逐一举行。其中应工费，酌议动支，事完日分别劝惩。”悉报可。丙申，时，治河诸臣议稍异。河臣既欲分黄以导淮，而漕臣以黄家坝之役，工力重大，宜在所缓。御史牛应元折中其说，言：“治水犹治病，病有的证，药有缓急。淮、黄的证也，初因草湾之开，宣泄不利，遂致黄流上壅。继因黄梳之壅，遇涨逼阻，遂致淮流下决。寻因淮流下决，清口空隙，河水乘而上之，遂致有门限沙之势。至沙势堤防，淮壅而溃，为患遂滋。今欲为治标之图，则如漕臣言，导河南下，大破曲防，诸溃俱泄，势便而功甚易。若清口之壅如故，则病根原在。欲为治本之图，则如河臣言，分黄他避，淮流无侵，功大而利远。但水势之通塞难定，而交会之风脉有妨。若岁月不效，则受病无已。”科臣林熙春言：“河臣杨一魁业奉重托，科臣张企程业奉特遣，分黄勘议，业奉明旨，是河臣既身肩大役，原疏所请亦不过六十八万金而止，国家亦何靳于此。惟是蠲免不可不议，劝赉不可不先，侵克不可不禁，纪律不可不严。愿俯允河臣之请，以鼓亿兆之心。”工部两具复。上从之。
十月甲辰，以直隶长洲等十六州、县大罹水灾，准漕粮改折。丙午，蠲免江北被灾州、县自万历十四年起，至万历二十一年止，未完存留钱粮各有差。又准折被灾州、县漕粮各有差。仍清查各州、县备赈银米，酌量时势，分别赈济。戊申，南京四川道试御史陈瑄，旧令宝应，虑厨家桥既开，则必以高宝、邵伯为壑，运道、民产、盐场交受其害，上疏言之，语甚激。且言治水必先疏下流，自兴、盐迤东，如白涂河、石口、廖家港等处，条为数河，分门出海。然后从下而上，将清水口，子婴沟等处疏浚深广，使水有所容。又于瓜、仪多开闸口，以广分泄之路，庶免溃决之患。又云河强淮弱，淮退则河进，万一逆行，为患更大。五港口之议，亟宜举行。大意欲分黄为先，而淮不必深治。且欲多开入海之路，令高、宝诸湖之水，次第东行，周桥，武墩之水，受纳有地。工部谓分黄导淮二役伊始，重巨难支，复有兴、盐开河之役，工费更当何底，请下治河诸臣勘议。报曰：可。
十一月己巳朔，初，河漕诸臣欲以南直隶江南等府及浙江原免过江脚米内量复三升，准银一分五厘；又欲于江西、湖广二省每石加二升，准银一分，以助河工。户部酌议，以江、湖二省民力困弊不堪，加增止以江南、浙江原免脚米量复二升以复。报可。辛未，时分黄流已有成议，漕臣褚鈇终以为虑，遂据淮安府知府马化龙分黄五难之说，颍州兵备道李弘道导淮宜开高堰具疏上请。大意以导淮功小易成，分黄功巨难就。惟渐开高家堰，急辟清口沙，方于祖陵王气无碍，而运道民力亦胥赖之。疏上，科臣林熙春言：积水为患，淹及祖陵者，淮也。流行不快，致有退缩者，非淮也。障水不东，令无旁泄者，堰也。泥沙日淀，致淮滞流者，非堰也。故导淮分黄之议不自今日而已然矣，马化龙五难之说，可置勿问，惟是李弘道力主开高堰一节，关系非小。若以长淮之水尽决高堰而下之，滔滔东注，有不溃漕渠而坏田庐乎？或者曰，祖陵、运道、民生三者，高堰未修而无事，高堰既修而多事。殊不知淮犹昔日之淮，而河非昔日之河。先是，河身未高，而淮尚安流，今则河身日高，而淮受倒灌，此导淮固以为淮，分黄亦以为淮。乞敕工部亟为议复，如事有缓急，不妨酌量次第举行。工部复言：先前议开腰铺支河，以分黄流，以倭警灾伤竟至停寝，遂始今日之患。上廑圣怒，重谴河臣，今黄家坝分黄之工再行沮格，万一淮壅为害，谁任其咎？合备行治河诸臣，殚心毕虑，将导淮分黄工程，亟行兴举。其高家堰应决与否，仍听科臣会同河漕诸臣从长酌议。诏报可。癸未，以起复南京礼部尚书王弘诲为南京礼部尚书。
十二月乙巳，南京吏科给事中祝世禄奏：“禹之治水，浚之也，非堤之也。三十年来，当事者不师禹而师鲧。徐淮之河，束之以缕堤。堤善决，决而塞，不胜塞也，又外加以遥堤。盖缘曲护运道，故以筑塞奏功，亦以筑塞贻害。顷者议主疏浚分黄以治其本，导淮以治其标。分黄功先下流，安东五港别开海口，至为得策。独导淮除浚清口外，议开高良涧、子婴沟，放淮从广阳湖东入于海；议开武家墩、泾河，放淮从射阳湖东入于海。广阳湖闹阔八里。射阳名为湖，实则为河，阔仅二十五丈，离海且三百里，迂回浅窄。高、宝等七州、县之水唯此一线宣泄之。宣泄不及，即苦淹没，若又决，淮注焉，田庐盐场必无幸矣。广阳湖东有一湖名太湖，方广六十里，湖北口有旧官河，自官荡直至盐城石口，通海只五十三里。此河见阔六七丈，若加深挑广，此导淮下流入海之一便也。至云开周家桥，放淮下高、宝诸湖，从金家湾、芒稻河南入于江。而此湾、此河入江之路甚隘，十不能入其一二，非开广十五丈、深五尺许不可。”工部据疏复请，诏令与勘河科臣，总河、总漕及各御史等官从长酌议以奏。
二十四年正月辛未，夺应天巡抚朱鸿谟等俸有差，以其解进段匹不堪。仍敕自后各该织谴地方抚、按严率司、府等官，用心督造。
二月辛亥，户部题：“应天高淳县水患，改闸筑坝，将该县漕粮一万六千八百五十石，照依嘉定县近例，永远改折。”从之。癸丑，户部题：“苏、松四府连岁灾伤，太仓库米折等银，乞哲准停缓。”从之。庚申，差御史秦懋义往苏、松巡按。
三月丙申，工都复：“御史蒋春芳题，分黄导淮之说；真是石画。第分黄即所以导淮，而分黄之工未就，则清河口之辟沙，高良涧、武家墩之建闸，周家桥之疏河，抚臣之议，亦确乎其不可易者。盖所以避时下泛涨之水，纾祖陵眉睫之急也。若分黄大工就绪，门限淤沙尽辟，祖陵无恙，黄淮顺轨，则此数处不妨堵塞，使淮水专由清口而出，亦无不可。今二渎春流无恙，各工渐次底绩，乃喜事异论，丛尔多口。泥堪舆者曰：分黄之工遂成，则淮、黄不交，有伤王气。拘区见者曰：高家之堰不拆，则淮流泛滥，终淹祖陵。不知武家墩、高良涧、周家桥，即所称高家堰也，高良涧其中，而武家墩、周家桥其首尾也。开此三处，即拆高家堰矣，必如何方谓之拆也？而堪舆之说，尤无根据。盖二流之合，始于武庙初年，祖陵之葬，肇于胜国末造。我国家熙运，原不系于此，况分黄工程，毋论淮、黄依合，且有重添一合襟者，而论者特未之思耳。信如彼拆堰之说，水直南射，与黄风马牛不相及，合襟安在？风气安在？信口而谈，其于国事，若秦越人之视肥瘠，不足听也，徒使当事者闻之嚣然，灰其任事之心。惟是分黄与辟清口沙为第一要务，但往者黄流未分，一时积淮宣泄未及，故不得不开周家桥、武家墩等处，以泄泛涨之水，权为急救祖陵之计。若高家堰之不当拆，则固无容议者，乞禁浮言，庶便责成。议论既定，而肤功可奏。”疏入，从之。
四月辛丑，户部复：“应天巡抚赵可怀急缺段价。”上曰：“东南地方灾困，织造钱粮难以措办。赃罚银准免解三年，还命抚、按官督征料银供用，如有不足，再行议处。”甲辰，户部复：“总督褚鈇奏，摘陈紧要河工。”上曰：“河工重大，夫役待哺。钱粮不敷，准借与盐银五万两，令工部作速补还。仍截留漕粮六十万济用。”
五月辛巳，户部题：“南京创修虎贲等卫仓廒一十五座，计工料银五千二百五十九两，户四工六动支，修造完日缴。”报可。
六月辛丑，改淮安兵备曲迁乔专管扬州、徐州兵备，徐成位分管淮安地方。户部题：“总督漕运尚书褚鈇会同总兵官、新建伯王承勋，巡漕御史况上进揭称，每年浙江、江西、湖广、应天、苏、松四道督粮、兵备等道，管押重运粮船过洪，毕日回任。每道仍各委通判二员，押运至徐。立法精详，足称至善。但府道各官乘坐船只并随从员役，经过直隶地方，供应浩繁，小民苦累。要将浙江、江西、湖广、徽、宁四道参政等官，以后止令督押所属粮船尽数催入瓜仪闸内，即与漕储道交代回任。其苏、松四府漕粮独多，计程止隔一江，仍令该道督押过洪。每道止选委精明通判一员，尾催至徐州方回。如遇折改漕粮不及十万，道府俱免押运。仍通行申谕各官，不许多带从人，骚扰驿递，糜费供应。”报可。
八月丁酉，兵部复：“操江都御史陈荐条陈七议，一、禁官军改差；一、议营基营房；一、议改造战船；一、议请给关防；一、议选任捕职；一、议核实功绩；一、议江海要区。”得旨，如议行。壬寅，工部题复：“总督河道、工部尚书杨一魁条议分黄导淮事宜十事：一议、展河岸，以固堤防。旧河身阔二百余丈，尚有缕堤、遥堤以束之。而新河面窄土松，伏秋之防，不可不虑。宜于新渠中坚处所，再辟二十丈，以广容纳，两岸效遥堤之制，另筑厚堤一道，以固冲击。其王家口、周三庄为运经之地，令加浚凿，并筑坚堤，以便牵挽，工期三载，费约八万，于大工余剩数内支用；一议、设长夫，以时修守。盖黄坝至五港口，约三百余里，河堤始创，势易溃决。议设夫一千七百名，以待修救之用。而州县之加派果难，乃于镇口闸原夫内裒四百名并高家堰堤夫八百名，尽调新河防守；于山阳长夫，裒拨高堰、清江浦诸处分守；又以折盐引银岁募五百名。责令遇有浅阻，亟为挑浚，则夫不增而用足；一议、设专官，以便责成。盖修浚虽以伕役，而督率要在专官。其娘子庄以下，应以府同知张兆元专为督察，仍管清军、马政，而以总捕、巡盐二事改委通判。其旧用巡检者，改设主簿二员。各有汛地，则管理可以无虞；一议、裁新堤，以免壅溃。盖筑堤所以障淮，而恐以泗为壑。新堤可以议裁，而恐裁去太多，或贻后悔。且应量裁数段，以泄淮涨。仍开瓜、仪二闸，以分高、宝之害。庶上有泄，而下有归也；一议、修祖陵，以培国脉。盖以二十五年为始，查阅应修所在，估料工费，于粮、漕衙门移文南京工部动支，以凭开注类缴；一议、分河官，以理淮、泗。盖以凤阳府同知兼管淮河，泗州同知、盱眙县县丞加管河名色，专属南河分司。遇有修筑前，呈管河衙门料估起工，岁终告成甄别；一议、设官兵，以严稽察。盖五港口、淮口地方，四邻河海既通，奸宄出没。应添设五港巡检司，属安东县提调。官吏、弓兵俸粮于盐课募夫数内动支，专司稽察；一议、改湖水，以疏漕渠。盖高、宝诸湖，原系沃壤，自淮、黄逆壅，冲决汪洋，即岁加堤障，犹多昏垫。今入江入海之路既浚，分黄导淮之功已成。应于泾河、子婴沟、金湾河诸闸及瓜、仪二闸，并为开治，大放湖水，就湖疏渠，与高、宝越河相接，既避运道风波之险，而永涸成田，给民菽种，渐议起科，以充河费；一议、建庙宇，以答灵贶。盖河之有神，所从来矣。而自建功以至竣役，河伯效顺，酬报宜隆。除岔庙及五港口立庙外，议于黄坝、周庄处所，各建庙祀，请赐庙额以示崇报；一议、备钱粮，以储岁用。盖守救之官役既立，则物料亦宜并储。宜于瓜州、通济、镇口诸闸，如仪真事例，量取船税，以济河工之用；一议、辟清口，以导淮流。盖清口为淮出之门，而苦为黄壅。今虽挑浚，而恐水分势缓，泥沙复入。合议岁修，以图永利；一议、浚海口，以免内涨。盖以黄水倒灌，正以海口为阻。即分黄工就，而伏秋水涨，势恐复淤。则石口、廖家港、白驹场诸处海口，金湾、芒稻诸河，宜乘时开刷，以为预图，酌量工程修举者也。”疏上，如议行。丙午，户部题：总督漕运、尚书褚鈇条议六事：一、久任运官，以责成效；一、改造京船，以省浮费；一、核实完欠，以正赏罚；一、预启京口，以速粮运；一、改解预支，以防挂欠；一、更换交兑，以便民情。上命如议行。
闰八月乙酉，应天巡抚赵可怀题，应天、苏、常等处灾伤。章下户部。
九月壬子，差钦天监副杨如常往淮安府改开堤沟。辛酉，兵部复：总督漕运、尚书褚鈇、巡按直隶御史蒋春芳等题：“扬州地方，切近江海，新设游击一员，以防关白。其分守扬州游击袁世忠新改天津游击，但人地相宜，宜久任。乞将袁世忠仍分守淮、扬。”报可。南京刑部奏审录重囚。上命照例会官处决。
十月丙寅，工部复：直隶监察御史蒋春芳题河工告成善后事宜，条为一十六款，乞敕河、漕、部、院等官遵照施行。一、筑遥堤以障溃决；一、砌新河以御冲刷；一、裁张福堤以纵淮流；一、岁浚清口以防壅塞；一、疏籍家河以分横流；一、辟五港口以助宣泄；一、建减水坝以分暴涨；一、积物料以济缓急；一、设铺舍以处夫匠；一、议修闸以杜陵患；一、复浅船以疏河身；一、填泗城以安陵寝；一、治沟渠以兴永利；一、塞黄堌口以防河徙；一、固王公堤以保漕渠；一、专责成以臻实效。其说与漕臣合。部复如议，而后复有会勘之议。工科署科事、刑科给事中李应策奏：“河、漕意见稍分，乞敕协谋以急国患事。部议，黄堌口之决而南也，在萧、砀、睢、宿则病于淹没，在徐州至宿迁三百三十余里，运道颇艰。故漕臣褚鈇谓：黄堌旁泄太多，徐、邳之河几夺，以塞堌口为第一义。河臣杨一魁谓：决口至一千二百余丈，深三丈，两岸沙浮，筑塞固难措手，虽下楗卷兴筑，犹恐无益。河性趋下，势不可回。况往年全河尽注徐、邳，下流塞壅，镇口、张秋每患灌淤。今年黄堌分流，暴涨得泄，既于镇口有补，又于运道无伤。惟当于水涩地面，筑草坝，制木闸，引诸湖之水，以济目前；浚小河口，增筑边堤，通睢、宿一路之垫，护凤、泗万年之脉。盖漕臣主运，河臣主工，各自为见，而方经赏赉之余，遽为异同之见，故不得不再行折议者也。”庚辰，差御史周盘往淮、扬巡按。乙酉，升江西参议支可大为应天府府丞。
十一月己亥，吏部题，原任郎中黄承玄，驻扎徐、淮，兼管吕梁洪、徐州事务。报可。丁未，敕成山伯王允忠提督操江，兼管巡江，不妨府事。户部题，应天等府照灾伤分数改拆征收。从之。
十二月丁丑，河道尚书杨一魁奏酌复漕河旧制。谓：“黄堌口一般由虞城、夏邑接砀山、萧县、宿州，至宿迁出白洋河；一小股分萧县两河口，出徐州小浮桥，相去不满四十里。且系先年河经故道，所当疏浚，与正河会接济运道。夫役之用，集山东、河南、徐、邳徭夫二万，限止两月。更于镇口闸以里诸湖之水，通放与小浮桥。二水会则黄堌口不必塞，而运道益无阻滞之患。”部复如议行。
二十五年正月壬寅，时，河决黄堌口。有言宜塞者，有言不可塞、不易塞，不必塞者，议无划一。于是议浚小浮桥、沂河等口，以济徐、邳运道，以泄砀、萧弥漫；砌归仁堤，以护陵寝。而总漕尚书褚鈇上疏，极言堌口宜塞。纵不能尽塞，亦宜量为节制，不则全河南徙，害将立见。请行巡盐、巡漕御史亲诣一勘。工科给事中杨应文言：“堌口旁泄害大，浮桥引水利微，一浚诚为永赖，则口可无塞。如仅为一时权宜，则塞口。宜急请敕令，酌议的确。”部复，从之。
三月壬子，升岳州知府李苏为两淮都转盐运使司运使。己未，自河决南徙徐、邳，复见清泗。议者谓全河水微，不利运道，决口不塞，贻害地方，且恐下啮归仁，为二陵患。独总河尚书杨一魁谓，涸口深阔难塞，议浚小浮桥、沂河口、小河口。至是，工程报竣，运道通利。
五月壬寅，初，淮盐运江、广，直隶御史牒送南京盐政道御史，亲诣石灰山关掣验，名曰京掣。后以不便，裁革。至是，御史杨光训言，各商称自京掣革后，奸商夹带私盐，正盐壅积。议仍旧便。部报可。戊申，户部复：总漕褚鈇奏，蓄粮饷以备急。令淮、扬二府沿海州、县各借库银籴谷，仍劝谕盐商、当铺，量力积谷，遇有乏食，平价粜卖。事宁之日，在官者易价还库，在商者听其变价营运。允行。
七月甲辰，直隶巡按周盘条上防倭四事：一、议复饷兵，以足战守。淮南六营，复官兵二千八百八十六名，沙船三十只。淮北三营，复官兵一千一百员名；一、移建营屯，以据要害。通州副将移驻狼山；一、增修城堡，以资保障；一、稽练鱼船，以消祸患。将沿海鱼船编伍约束，仿保甲法。部复，允行。
八月丁卯，先是，以黄堌塞口，众议未定，下漕、盐御史会同河漕大臣详勘议妥具奏。至是，总河杨一魁仍主前议，疏言：“今黄河南旋，至韩家道、盘岔河、丁家庄，俱岸阔百丈，深逾二丈，名曰铜帮铁底，故道也。刘家洼始强半南流，得山西坡永涸湖以为壑，出溪口入符离河，亦故道也。惟徐、邳运道浅涸，诚为可虑。所以，首议疏小浮桥，实因其势而图资其利，乃小决小试，颇有效验。若将小浮桥再加挑辟，未必不为运道之利。计不出此，而欲自黄堌挽回全河，必须挑四百里淤高之河身，筑三百里南岸之长堤，不惟所费不赀，抑恐后患无已。”御史杨光训、周盘、马从聘亦议止挑扫湾直渠，展济、浊河及筑山西坡、归仁堤，以济运护陵，费省功倍。与总河合。独总漕褚鈇意见不同，部请再行会勘。工科给事中徐观澜言：“堌口之勘，三臣既同，善均从众，不必再勘。请专任河臣，以责成功。”上是其言。令该部行河臣，悉心经划，应与漕臣会议者，不妨从长计议，毋得各持异议。
九月戊申，添设苏、松、常、镇四府兵船。丁巳，总河尚书杨一魁言：“今岁春间，吕粱二洪浅涸，皆归咎于黄河南徙。臣等设法疏导，河渠流通，漕艘既济。漕臣褚鈇谓，黄堌未塞，全河不来，非一劳永逸之计。臣忝当局岂虑不及此。臣入秋以来，自镇口涉浮桥，由小河历归仁，上泗陵，浮睢水，下徐溪，过夏、虞，抵黄垌，及砀山，详观形势。看得归仁在西北，泗州在东南，相距一百九十里，中隔重冈叠嶂，高逾归仁不啻数仞。况归仁之北有白洋河、朱家沟、周家沟、胡家沟，小河口，泄入运河，势如建瓴。即无归仁，祖陵万无足虑也。浊河泥沙淤垫，高出地上，潦则溢，旱则浅。今曹、单河身阔一二百丈，深二三丈，尚不免于横流。徐、邳河身阔不满百丈，深不过丈余，徐州以西深者六七尺，浅者二三尺。而夏、永韩家道口、同家道口、宿州徐溪口，符离河等处，阔百丈余，深二三丈，避高就下，水之本性，河流已弃，自古难复。且往岁河水充盈，见稍利矣，而风波漂溺，镇口病淤，不可谓之非害。今岁河水微涩，见稍害矣，而安流无恙，岁运全完，不可谓之非利。乃议者在往年隐害言利，在今日隐利言害，无怪乎道谋之纷起也。查得正统年间，参将汤节议于徐吕洪、南吕各建闸座，节水通舟，行之有效。嘉靖二十年间，督治漕河侍郎王以旂复请建置。盖运河原不资黄河之水，山东诸泉，实运河命脉，是闸河乃先朝已试成规，今日济时要务也。宜仍复旧制，于镇口之下，大浮桥之上，吕梁之下洪，邳州之沙坊，各建石闸一座，以节宣汶、泗之水。况济，兖泉源已浚，用之不竭，而小浮桥、沂河口二水，又足以助之。更于镇口以西筑坝，以截黄河之水，开唐家口而注之龙沟，会小浮桥入运，以杜灌淤口塞之患。过涨则听从由王山滚水坝分泄入姬材湖。盖资其利而去其害，实万全永赖之计也。”部复报可。
十月癸亥，张孟男为南京户部尚书。
十一月庚寅，操江、成山伯王允忠奏陈，于新江口营添设中营，枕藉江洋，拱护留都。部复，于戎务有裨。从之。乙卯，兵部复：给事中郑明选条议南都备倭六事：一、镇要地。令南京备倭佥书出镇京口；一、补水兵；一、复浦口城守；一、造战舰；一、勘伏场。旧有三十六处，年久为墟，宜查勘以为设伏张疑之地；一、安置新旧兵。报可。
十二月戊午，南京兵部尚书周世选、总漕尚书褚鈇，各以病累疏乞休，俱令回籍调理，痊可起用。
二十六年二月乙丑，以河道尚书杨一魁兼管漕运事务。其凤阳等处兼海防巡抚，便着吏部会推来看。从御史马从聘、杨光训、周孔教之议也。从聘言：河、漕一柄两操，矛盾互生。归一则有三便。光训言：河臣杨一魁，曾总漕著绩，宜令兼管，听其便宜。而先是孔教虑倭奴阑入淮、扬，南北断绝，河漕宜总一尚书。遗下衙门，即改为备倭巡抚。至是，工部复请，故有是命。癸酉，南京科臣奏称：“顷者，南京皇城端门外，拿获妖人宋四八，并简得指南书一囊，书中语多荒唐不经，狂逆不逊。昔所称鱼腹、白莲教，大都类此。方今倭蹂于海外，矿凿于区中，河溢于淮南，木采于陇西，民生枯竭，在在生心，何可复容此辈为之煽惑。乞敕行各省、直抚按官，重加禁饬，所在但有左道惑众者，密访严拿，毁其书板，不使流布民间。尤望皇上罢不急之秕政，收既散之人心，撤矿役，散矿徒，使各安其业，各重其生，绝盗之媒。若腹心内地无恙，即倭奴外讧，特皮毛疥癣之疾耳。”先是，南京守备太监获妖人以闻，上命未获人犯，严拿究问。至是，科臣疏入，不报。
六月甲戌，升耿定力为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。丙子，起曾同亨为南京吏部尚书，刘秉星工部左侍郎兼都察院右佥都御史、总理河道、提督军务兼管漕运。己卯，起周世选为南京兵部尚书。
七月丙戌，诏操江、应天、浙江、江西、湖广各巡抚，遇江、淮、扬有倭警，咨到驰援。浙、直有警，亦如之。从凤阳巡抚李志请也。壬子，升陈惟芝为右佥都御史、总理粮储、提督军务、巡抚应天等处。
八月壬戌，工部题复：“总理河漕、尚书杨一魁疏：‘今日之可虑者，不在漕而在河。盖黄河决徙尚无归着，既南忧其淤而不能受，又北忧其来而无所容。势当广挑故道，以为容受之区。’与巡漕御史杨光训请复故道所见略同。至目前为新运计，有徐洪以下二三浅处，或就浅捞浚，或增添月河，更将吕洪、沙枋两处正河筑坝，用闸节水，以便经行。则汶、泗、沂、沟源泉微，吕、周、柳诸湖加之小浮桥源流之水，明春自足济运，不至嗷嗷仰给于黄流。而李吉口以下，浚治之工亦可从容料理，为万全永赖之计。其砀山五圣庙下流一带，中有浅滞处，亦宜量行疏浚。盖河流通则徐、邳不梗而漕利，商、虞不波而陵安，此一举三益之策也。至于查复徐、邳故道之说，果一劳可以永逸，即宜早为设处，以济新运。”上是其议。丙子，总河尚书杨一魁，奏请专设水利、屯田宪臣一员于砀山、安东等地方。下部议。起郝杰为南京工部尚书。
九月己丑，差御史蒋汝瑚巡按应天。
十月癸亥，诏今岁南京及各省俱照例暂免行刑。辛未，迁徐州砀山县城于秦家塘地方。
十一月癸巳，以灾伤免萧县等县本色钱粮。
二十七年正月戊子，两淮税监鲁保奏：“有私贩匿课盐商孟养志等，乞重加罚治。两淮盐课正股之外，乞许行存积盐引，岁进银十二万两。”从之。庚寅，南京句容等十五县灾。户部复议，灾重者改征折色有差，轻者仍征本色；其米、豆、芝麻等项，供祀陵庙之用，不得改折。报可。丁酉，遣内官高寀征税于京口闸，暨禄征税于仪真。听千户郑一麟、百户马承恩之奏也。
二月辛未，户部题复：“应天抚、按揭借各项银两，以充段价。其已借支万历十年绢布等银，准其开销。其二十五、六年草、米、盐钞等银，照数征解。袍价不敷，另行设处，毋亏正供。”上从之。
三月丙午，应天巡抚陈惟芝上言：“太湖夙称多盗，而湖之西北隶常州府，汊港错杂，乌溪、定化、兰溪三港，尤群盗出没之薮也。先年，虽用木桩钉塞，顾日久弊生，奸民往往昏夜私开。臣等议于港口狭处，筑堤砌石，中开水窦，仍用排钉，防其出入。惟是奸盗趋险如鹜，非得明旨严法振肃之，不已也。请如山东南旺等处禁例，盗决者，为首之人，民则充近卫，军则调极边。载入河防勒石，永为遵守。仍责成附近巡司，不时稽察，此弭盗安民之第一议也。”章下工部复，行之。
四月丙寅，户部开具直隶苏、松等府节年金花逋银共百万有奇，乞差官守催。从之。丁卯，诏两淮引盐，已纳官课，仪真税监不得重征。从鲁保请也。
闰四月丙戌，仪真税监暨禄委官马承恩等，以抽税激变。禄耸词具奏，且参守御杨应光推诿不救。上命逮应光究治。已获犯人陈真等，送南京刑部重拟；未获者，严限缉拿。仍申饬抚、按及地方有司，毋得各分彼此。应光已逮，禄复为乞原，诏释之。
五月丁巳，改南京右都御史赵焕为南京吏部尚书。庚午，调左通政徐申为应天府丞。
六月壬辰，户部复：“南京国子监祭酒郭正域议，比因司成、主簿等官钱谷不习，付之书役，致存侵欺。议将该监钱粮置立通知文簿，分发府厅协管，互相稽查。其师生全廪、半廪银数，明白开载，照单发给。已未代领及有无短少，俱令亲注缴查。至于派征椒油、馔肉等银，要照在监诸生实数行派。仍行文上、江两县，每季总解簿厅，以防私受。房园租银各给佃户印票，亲赴交纳，不许书役私受，以滋干没。官、恩、举、贡入监，即与支粮，新附坐班一年，酌量给廪。俱查照会典开载事例遵行，仍着为令。”报可。丁未，榷采肆出，江南纷扰。应天巡抚陈惟芝乞停矿税，疏六上，不报。至是，绘图孝陵风水争之。疏曰：“东南财赋重区，民劳而鱼赭，臣抚兹三载，忧深杼轴。近大江南北，所在开凿。臣初惧貂挡横恣，以厉民也。及相山川形势，匪特厉民，并以厉国。锺阜紫金山，高皇帝卧弓剑之地，二百余年，王气锺焉，山之祖也。其牛渚、石柱、龙眠、瓜步绵亘五六百里，皆紫金之枝也，枝凿则伤根。谨恭绘孝陵风水图，细注源流。”上览图，即日报罢。
九月己酉，工部言：顷南京鸿胪寺卿张朝瑞与臣一魁奏议治河得失，意见各别。科臣桂有根看详，谓在臣以治祖陵之水，而决意于分黄导淮，兼为运道民生之计，在朝瑞目击萧、砀、宿迁之患，而遂欲塞堌复徐、邳，而未深为陵寝、淮、泗之图。顾天下之事，旁观者不若当局之为审。今日河工，固有重臣在也，安可任盈廷之议，以启纷争。乞敕下河臣勘明具奏。业奉明旨允行，惟是朝瑞与臣一魁原疏俱留中，恐河臣无从勘核，乞简发二疏，以便遵行。上命据各揭帖转行查勘。竟从一魁议。
十月甲申，南京国子监祭酒郭正域条议申饬监规：一曰、广搜额，以罗异材。大略谓时文不足以尽才，科目不足以得士。请下礼部，访求各州、县九流异学之士，稍如宋司马光十科例，或善推步，或诸钟律，或通阵法，或工六书，各为一科。府、州、县贡入礼部考核，分别等第，选入两京国子监。得照选贡事例，次者依旧附事例，与之全廪，一体拨选。如异日太常诸属之选，则取诸乐律科；钦天诸属之选，则取诸历象科；殿阁中书之选，取诸六书科；幕府参赞之选，取诸兵法科。则平日养之有素，而一旦求之，如探囊而取物矣；一曰、严差拨，以杜请托。南壅诸差，祖制惟有小刷历与湖差耳。后乃创立市书、问安名目，借差自便。又举人以超拨为分内，一拨之外，又超一拨，非法也。臣已出示严革二差，请著为令；一曰、申禁罚锾，以一赏罚。太学之中，所恃为赏罚者，止压班耳。不知何年许压班监生输银自赎。夫法贵一也，令贵平也，令无力者走班，而有力者输银，非平也。臣已出示严革，请著为令；一曰、勤课诵，以修职业。按太学仪节，举贡不背书，非制也。臣请科贡诸生，自本经之外，别兼一经，而新旧已未成材者，自大诰、经书而外，增大明律一条。背书之日，一体背诵，以生熟为赏罚；一曰、改历期，以向实学。夫在监者肄业，而在拨者办事，肄业者有业可肄，而历事者无事可历。乃举贡肄业，不过四月、六月，而历事辄多数月。臣请量损历事之期，积增肄业之期，以彼无用之日月，就此有用之工夫；一曰、复查押，以警游荡。按监规生员于各衙门办事者，每晚必回监，不许在外宿歇。若画酉不到及点卯不在者，痛决。夫办事即拨历也，画酉点卯则日日回监矣。近来士子，一拨之后，任意狂猖，莫敢谁何。今在历放肆者，臣已量惩一二，请著为令。见历事监生，每月月尽日，俱回监画押，稍示防范，有不简者，掣签惩治，庶监规明而人心肃矣。疏下礼部复议，以为四科所以搜异材也，然它途杂进，恐开幸滥之门；记诵所以课实学也，然章句易溺，贵有因材之诲。历期业有定规，仍旧遵行为便，历监倘有放恣，行本衙门约束为便。其余各款俱如议。
十一月丁卯，马尚仁奏请于南京清查芦田及编审铺户。南京户部等衙门会议，以为尚仁所奏通州、如皋二处，有新涨洲田九万余亩，佃课七千六百有奇，是芦洲尽有余田，而隐占未必尽绝，少俟水落，责成司道各官，遍历地方，清查隐占，照科增课。至于编审铺行，抚、按、道、府均称不便。盖各商在芜湖等处，各有抽税，近差内监诸臣，棋布星列，剥肌椎髓，奈何又欲重征之也。且应天系圣祖旧都，开国之初，尚徙四方富户，充实其中。近闻编审，流寓之家相率思归，万一人心动摇，群家倡乱，谁执其咎？户部复请如议。上许免编派，仍以清查芦课属工曹。其沿江上下新涨洲田，命守备太监邢隆、刘朝用择委廉慎内官一员，同南京吏部芦玫司官，督令该府、州、县备查遗漏隐占，丈勘册报，照例起课。银两每年解进，不许扰害地方。
二十八年二月庚辰，金吾左卫百户吴镇，奏抽淮、扬、常、镇等处商货船税。奉旨：南直沿江一带往来船只遗税，每年可得银八万两，有裨国用。着暨禄不妨原务，带管督率原奏官员吴镇、为首土民钱文明前去会抚、按征收解进，不许侵越钞关疆界，重叠征收，困累商民。辛巳，凤阳巡抚李三才上言：所在饥荒，流民千百成群，攘窃剽劫，日闻久而不散，恐酿揭竿之祸。徐、砀、丰、沛，壤接河南、山东，白莲妖术盛行。近有赵抚民、孟化鲸、赵天民等，招合亡命，布散流言，大骇听闻。榷使左右奸人程守训等大行吓诈，鱼肉富室，摇动民心，可为隐忧。甲申，兵部复：“凤阳巡抚李三才题饥民群聚酿乱，榷使虐焰召戎，急宜早计预图，弭变未行，等因。”奉旨：“旧年灾沴流行，各省多罹饥馑，朕常忧念，屡旨着有司多方赈恤，严饬中外各官，不许生事扰民，用彰爱育之意。何今淮、徐贼徒，辄敢构结倡乱，法难轻宥，着督抚官上紧设法，缉拿有名首恶，务在得获，不许推诿，纵奸遗害。其余胁从诖诬，一切勿问，不许株连，以害善良。各抚、按用心救济，以安灾民。仍加意防御，毋令地方有警，责有攸归。”
三月庚戌，两淮盐务少监鲁保为重困难支，扰害日甚，参税监陈增委官程守训，率领虎党王文、洪修之等百余人到扬州、仪真，假托奉旨提人，纵听流棍项九川、吕尚文等诳捏通倭、漏税虚情，斩门擒捉，抄产毒刑数百余家，小则破家，大则绝命，逞强娶妾，逼人投水，商灶哄然，几激成乱。伏乞严敕矿税、盐务，各有职掌，民间犯罪，有司官究治，毋俟矿税衙门纠察。请一切禁绝越例受词，严禁奸徒倚托。疏入，不报。
五月癸卯，直隶巡抚刘日梧为奸棍假托诏旨，擅置官属，窃弄威福，祸延京省道路。喧传武英殿带俸中书程守训，奉密旨访各处富商，搜求天下异宝。臣初不信，及至，则旌盖车马，填塞街衢。首有硃红金字钦命牌二面，继有二牌，一书凡告富商巨室违法致富者，随此牌进；一书凡告官民人等怀藏珍宝者随此牌进。四介胄骑士执之，其他戈矛剑戟，拥卫如卤簿，臣为之色夺。又擅立京棍同治为中军，另踞一船，逻卒数百辈，爪牙甚众，每日放告，专令四方积猾揭首匿名鬼状，平空架影。今日械一人曰：“尔富违法。”明日系一人曰：“尔家藏珍宝。”又挟山东税监陈增前奏吴宗尧逆党文移，忽左指一人曰：“某甲即某乙。”复右指一人曰：“赵某即钱某。”凡稍殷实者，即罗而织之。其初逮也，不遽讯也，铁索锁项，三木曳身，令过都历市，逼使观者股栗，而复就讯舟次。设水牢于舟中，昼夜浸之，绝其食饮。已，乃出之岸，令舆皂厮养竞谇而迭殴之，非法刑阱，备极惨毒。其人求死不得，无奈倾家鬻产，跪献乞命，多则万金，少亦不下数千。如仪真监生李良材、南京盐商王懋佶、淮扬高方全诸家，立见倾荡丧身，人心恟惧，弃家远窜。而守训方饱于仪、扬，又扬扬去之金陵、之太平、之芜湖、之徽州，且声言向苏、杭矣。宴饮游玩，挥金如土，赏倡优动以百金，且曰：“我将赏汝一官。”私买婢妾，辄曰：“我将进御。”其号于人曰：“我天于门生，奉有密旨，部院不得考察，不得纠劾。”闻其原籍歙县，创竖一坊，曰：“帝心简在。”门首高挂黄旗，曰：“皇恩特建。”乡党有规之者，则曰：“我自出都门，头已不在我颈矣！”其虐焰薰天，宁复知有三尺哉。细访其人，原市井无赖，屠沽淮上，复拐一妓而逃。不审何故，陈增招为侄婿，以致猴冠虎翼，咆哮若此。且旗牌非军情，法不得用，中军非抚镇，法不得立。守训何人，公然用之。矧陈增止督山东矿税，守训作彼鹰犬，则所索诈，亦应尽山以东而止。胡自徐、淮，遍及南直、苏、杭，岂守训遂为兼总千道使耶？利归一人，怨丛朝廷，皇上试逮而籍没，即一守训可得数十万金。状维皇上大振乾纲，将守训、同治肆诸市曹，以为假诏虐民之戒。仍查该县，何因擅与建立坊牌及有无列名牌额，重加罚治，以儆阿徇，民生幸甚。不报。庚戌，经理两淮盐务内臣鲁保极言商民贫困，程守训假势吓诈。又有张大亨等假牌捉拿，诉害多赃。乞究诛首恶，潜消乱萌。奉旨：“张大亨等指称矿税衙门，假牌诈害淮商，生事玩法，已获的证，并有名人犯，即同抚、按严拿问拟，勿得连累无辜，以安地方。程守训不法事情，着陈增勘明，奏请定夺，不得徇私庇护。”壬戌，应天巡按牛应元言：“南京守备内臣邢隆，索借宁国府县库备赈官银，假充样银；索借徽州库备赈官银，假充正银进献。矿实无银，得不偿费，徒伤孝陵龙脉。且受好人告讦吓诈，流毒甚惨。乞赐停止。”不报。
六月丁丑，凤阳巡抚李三才上言：“矿税烦兴，万民失业，朝野嚣然，莫知所计。如臣境内抽税者，徐州则陈增、仪真则暨禄。理盐者，扬州则鲁保。理芦政者，沿江则邢隆。千里之途，中使四布，棋置星罗，如捕叛亡。无赖亡命，翼于虎狼。如淮安之马如壮等，扬州之蒋季柔等，瓜州之酆奔、纪四，仪真之吴大川、汪三等，泰州之郭实等，假雕印信，公行吓骗，而程守训尤为无忌。近来楚中内使，沿途掘坟，得财方止，毒虐人鬼，且一人之心，千万人之心也。皇上欲金银高于北斗，而不使百姓有糠粃升斗之储；皇上欲为子孙千万年之计，而不使百姓有一朝一夕之计。试观往籍，朝廷有如此政令，天下有如此景象而不乱者哉？昔元政不纲，黩货无厌，群小擅命，故高皇帝奋其一剑而取之，如摧枯拉朽焉，此殷鉴之不远者也。且所谓巡抚者，安抚此一方民。巡按者，按察此一方民。知府、知州、知县，知此府、州、县之民之事也。今采抽踏勘，俱会抚、按，少有异同，动蒙切责；起解征收，任委有司驾言阻挠，便被逮系。是上自皇上，下至抚、按、有司，无非为矿税设也。故谓臣等为巡扰可也，为巡害可也，为知矿、知税、知盐可也，岂所以寄托皇上与皇上所以命官之意哉？乞亟下明诏，停罢矿税，尽撤内使，其掘墓杀人事有显迹者，擒拿正法，传首四方。由是郊庙之亲，朝讲之复，辅臣之点，台省之补，建言斥逐之赐环，无辜被逮之解网，顿然改弦，天下岂不翕然而顷圣德哉？”不报。
七月丁未，升湖广左布政使曹时聘为都察院右佥都御史，巡抚应天等府地方。戊辰，南京兵部尚书郝杰以病乞休，允之。
十一月甲寅，升吏部左侍郎裴应章为南京工部尚书。
二十九年二月癸酉，起原任太子少保、吏部尚书孙丕扬为南京吏部尚书。
四月甲申，工部尚书杨一魁等言：“今年经岁不雨，徐、邳一带，粮运浅阻。乞敕河道官员，讲求长策，务期先济。”从之。
五月戊申，改常镇参将为永生洲参将，仪真守备为瓜仪守备。永生洲横亘江中，接连大海，为京口门户，故移京口参将驻扎，而裁永生洲把总。仪真、瓜洲相距四十里，守备敕书原系协同防守，今令兼管瓜、仪二营，往来训练。先是，巡江御史朱吾弼条上，至是，兵部复奏，从之。
六月壬申，苏州民葛贤等缚税官六七人，投之于河，且焚宦家之税棍者。知府朱燮元抚定之。乙未，仪真税监暨禄进银内库船料银二千九百余两，遗税银一万七千余两，又税银三万五千余两，赃罚银一千九百二十六两，又遗税银五千九百三十八两。
七月丁未，苏杭等处提督织造、兼理税务、司礼监太监孙隆及巡抚应天、右佥御史曹时聘俱以苏州民变事上闻。隆疏言：“乱民葛贤等造言聚众，焚掠劫杀，围逼织造衙门，要挟罢税。”其词颇激。时聘疏言：“吴民生齿最烦，恒产绝少，家杼轴而户纂组，机户出资，织工出力，相依为命久矣。往者税务初兴，民咸罢市。孙隆在吴日久，习知民情，分别九则，设立五关，止榷行商，不征坐贾，一时民心始定。然榷网之设，密如秋荼。原奏参随本地光棍，以榷征为奇货，吴中之转贩日稀，织户之机张日减。加以大水无麦，穷民之以织为生者，岌岌乎无人路矣。五月初旬，隆入苏会议五关之税，额数不敷，暂借库银挪解。参随黄建节交通本地棍徒汤莘、徐成等十二家，乘委查税，擅自加增，又妄议每机一张，税银三钱。人情汹汹，讹言四起。于是机户皆杜门罢织，而织工皆自分饿死，一呼响应，毙黄建节于乱石之下，付汤莘等家于烈焰之中，而乡宦丁元复家亦与焉。不挟寸刃，不掠一物，预告乡邻同里，防其沿烧。殴杀窃取之人，抛弃买免之财。有司往谕，则伏地请罪曰，若辈害民已甚，愿得而甘心焉，不敢有他也。及汤莘等被责枷示，一挥而散。葛贤挺身诣府自首，愿即常刑，不以累众。其愤激之情，亦可原矣。吴民轻心易动，好信讹言，浮食寄民，朝不谋夕，得业则生，失业则死。臣所睹及，染坊罢，而染工散者数千人；机户罢，而织工散者又数千人。此皆自食其力之良民也，一旦驱之死亡之地，臣窃悼之。四郡额赋，岁不下数百万，何有于六万之税，不亟罢之，以安财赋之重地哉！”奉旨：“苏州府机房织手，聚众誓神，杀人毁屋，大干法纪。本当尽法究治，但赤身空手，不怀一丝，止破起衅之家，不及无辜一人，府县官并税监出示晓渝，旋即解散。原因公愤，情有可矜。召祸奸民汤莘及为首鼓噪葛贤等八名，着抚、按官严究正法具奏。其余胁从，俱免追究，以靖地方。”己酉，襄城伯李承功以南京右军都督府掌府事，提督操江，兼管巡江。乙丑，两淮盐税鲁保进银内库税银一万六千九百三十九两，引价五万六千两，补解七百五十两，输献吴时修等银九万两。
八月丁丑，沈一贯言：“伏蒙发户部查参苏、松二府拖欠金花银两，自十四年后、该抚、按等官职名，令臣票上。臣已票上，又命改票。臣看详得苏、松二府逋欠固多，然自十四年到今，连岁荒旱，钱粮安得无欠，带征安得不多，若尽加罚，则十余年中，苏、松官员，不论贤愚大小，俱被处置，似为太甚。臣既奉改票，今拟二十年以后管粮官员，各追罚俸半年，现任者仍各住俸停催，其抚按、司道姑免追罚。”
十一月戊午，起原任太子少保、工部尚书曾同亨为南京吏部尚书。
十二月庚辰，以南京右都御史李颐改右都御史兼工部右侍郎、总理河道，提督军务兼管漕运事务。仍命兼程赴任管事。
三十年正月壬戌，应天巡抚曹时聘言：“自万历十九年倭奴攻陷朝鲜，声势震邻。前道臣议增兵置船，以备不虞。前岁东事稍宁，当事矜恤民隐，议撤四府协济蠲田上新饷各兵，停募不补。今倭警日闻，补军宜讲。虽不能尽复十九年添设之数，酌量于苏州府复兵一千七百四十六名，沙船六十五只，将应减存新饷银四千四百余两仍编征，及四府新增协济量复一万五千两；松江府复兵七百四十一名，将应减新饷银四千七百二十二两有奇仍编复；常州府补旧兵三百七十八名，留新兵一千一百九员名，量编复田上新饷银一万二千两；镇江府补旧兵一百二十六名，留新兵一千一百六十八员名，量编复田上新饷银七千四十七两有奇。盖视四府地方之缓急，以为多寡，而又必将领人地相宜。议将夏永昌调福山把总，仍以都指挥体统行事；虞宗诩以原官调崇明把总；杨守愚调中平镇把总；赵跃龙调游兵把总。”户部复，俱如议。乙丑，蠲扬州府属额解麻、铁、蒲草银两，因按臣以灾请也。
三月辛巳，吏部尚书李戴复：“巡按御史吴崇礼议，国家大务，无过漕河。往年并设总漕、总河二大官，不惟繁剧各有攸司，抑且艰大期于共济。顷因导黄分淮之议所见不同，防海备倭之虞，为患孔亟。遂以诘戎专责之巡抚，而以漕运归并之河臣，亦一时权宜之计，未可以垂久远。况昔之漕运、河道，其要在淮、扬，故可以一人兼。今漕运于东南，而河决于西，欲以一人之身而东督储，西治河，虽有智巧，亦苦于力之不足矣。请复旧制，将总河道衙门专管河务，仍驻扎济宁，往来督理。其总督漕运衙门，仍兼管凤阳巡抚、防海军务，驻扎淮安。咨行各该部换给敕书，以便行事。”诏可。
四月丙辰，工部复：“南京给事中祝世禄议复船厂一款，总漕建议造于龙江关，垂十余年矣。迩因巡漕御史李光辉疏请改于清江厂，旋复旋改，不啻数次，必两者俱各有便与不便之故耳。今欲仍归改造龙江关，彼身居其地，必有所见。然其事关漕运，可否应听彼中，请移咨总河、总漕御史从公查议。止求有裨粮艘，弗致利彼害此，以凭复请定夺。”从之。
五月戊辰，苏、松、常、镇税务改用刘成。因陆邦新等营干机务，众机户嫉之。土人管文等藉口激变，煽众抢掠。地方官擒治首恶，解散余党，抚臣曹时聘以闻。
三十一年三月丁丑，初清口陡涸，运艘不前。御史蒋以化、淮抚李三才各疏闻，并请宽过淮、过洪之期，许之，仍命行总河的议。于是，河臣曾如春言：“水涸之故，大都因淮黄交会，河底冲刷，深且五丈，外低内昂，势不能复溢而上，陡涸病根，皆原于此。今所恃淮南高、宝诸湖之水，臣檄行封闭甚早，不令旁泄，北引接运，颇有余资。以故司道诸臣，欲因便于高、宝湖水而建闸浚渠，节宣用之，正永乐中陈平江已然之明效也。目前济运，似无逾此。”工部如议复，上从之。壬午，先是，常熟生员孙汝炬等煽众鼓噪，窘辱守令，苏州府知府周一梧闭门求去，抚按以闻。礼科都给事中张问达疏纠，俱奉严旨参究。于是，礼部奏，将孙汝炬等分别首从问拟，常熟县学生员并童生停勒一科，不许考试。周一梧令供职。仍通行各省直提学官，照本部原题每三年之中岁考两遍，文章行谊，严为进退。并禁府、州、县收拜门生，及纵容生员出入公门，禀嘱公事。如遇有纠众生事等项，不分多寡，轻则革锢，重则问遣，合学停科，一如前法。上俱允行之，仍命巡抚驻苏州，以资弹压。
四月庚寅，工部以河工急需，请于南京兵部总库动支二十万两；淮、扬马价一十万两。兵部疏议，陪京备用，亦属吃紧，不得已酌动十五万，先后给发。兵部复请，从之。
五月戊寅，原任川贵总督李化龙辞总河新命。上不允，以河工甚急，令速赴任。
七月辛酉，苏州知府周一梧，为生员鼓噪杜门，允其致仕。
九月戊辰，工部复：“直隶巡按杨廷筠疏，南直各卫所漕船，自永乐年间，成造于淮安清江厂，万历十三年，偶以总漕王廷瞻等建议，改造于龙江关。积习日久，奸弊丛生，仍归造于清江厂。今科臣祝世禄复欲改龙江关，殊多不便，莫若照旧于清江厂如式成造。”从之。兵部复：“应天巡抚曹时聘疏：一、议兵食。将选锋二百二十名及城操二百八十名，共五百名，不分汛期、汛毕，日加银一分。连前府兵、民壮共八百名，加以标下陆兵四百名，共一千二百名，增总操指挥一员，连旧设二员，分管划守。每员日给廪粮银一钱。又增哨官一员，共前三员，各日给银五分。应增粮饷，于嘉定县永折漕粮减存折银、常熟原编土兵银及清查各卫冗食、汰省苏州卫军储折银三项内支用；一、议将领。用游击将军，撰给传敕一道，苏州卫属及巡河、巡湖各官悉听节制；一、议纪律。将现在军兵逐一挑选，汰其老弱，易以精锐，编伍训练，申明约束，昼夜更番，与标兵一体操守；一、议射圃。将郡城之中废基一段，辟为射圃，缭以垣墙，树以门户，建造厅房，以便观射栖止；一、议赏罚。于每年终，通查各官有无捕获，课其勤惰，分别去留。坐营官职在督率，亦照此定议功罪。”上俱从之。
十月丁酉，户部复应天抚按蔬：“被灾六分以下吴县等各州、县漕粮，俱不准折。至于二十五年以前未完钱粮，被灾各州、县宽限缓征；二十六，七两年未完，姑准三十二年带征；其二十八、九年与三十年份，各未完钱粮，仍照数征解。母许藉口拖延。”
三十二年二月丙申，户部尚书赵世卿言：“近见苏松税监刘成疏乞轸念灾荒，稍宽商旅。奉旨：‘前有旨，米粮柴薪、民生日用之需，不许征税，以昭恤灾德意。这奏内苏、松四府税课六万，准照全折额课四万两解进。’夫刘成所奏者，原欲减米税于六万之半，而皇上所行者，犹欲酌征于四万之多，岂恻隐一念，貂珰尚自勃勃，顾如天好生而反有不然者。伏乞申一定之诏，察万民之隐，粮税照旧蠲停，原定额银概从减半。”疏入留中。己酉，河道总督李化龙题：“开泇分黄，两工并急。”上曰：“河工既急，所请钱粮，原经题允数内者，准就近借支，以济急用。其余令部议以闻。”
三月乙卯，户部尚书赵世卿言：“河工用乏，宜动支徐州分司库贮商税并漕米变价银四万四千三百三十八两协济。”从之。
四月庚戌，工部尚书姚继可题：“泇河业有成绪，泇成而漕可藉矣。至于黄河冲徙，鱼鳖丰、沛，若非因势利导，何以拯救元元。总兵议于坚城集以上开渠引河，而下流多通，复分六座楼、苑家楼二路，而水势多杀，既可以移丰、沛之患，又不至沼砀山之城，所事莫善于此。”
九月丙辰，升大理寺少卿李尧民为应天府府尹。戊辰，以南京刑部侍郎王基为南京户部尚书兼右副都御史，总督粮储。
十一月乙酉，升通政司左通政周孔教为都察院右佥都御史，巡抚应天地方，督理军储。
十二月己未，兵部言：“淮、徐南北咽喉。按臣目击灾黎愁苦之状，要将本部马价、草场租银二十八年以前议蠲，二十九年、三十年停，俟三十三年带征，三十一年照旧征解。合无量允自二十八年以前已征在官者，截数起解。拖欠在民者，准蠲六分，其应征四分并二十九年，三十年份钱粮，准候三十三年一齐带征完解。三十一年者，照旧征，庶寓宽恤于催科，而同库亦无告乏矣。”报可。
三十三年正月乙酉，总理河道、少保、兵部尚书、丁忧李化龙，奉旨查勘两年河工失事缘由：“大约三十二年之决，丰先单后。丰之失，失于巡守之不严；单之失，失于下埽之不早。而总之则三十一年苏家庄之决酿之也。苏庄之失，或谓先淤后决，或谓先决后淤，南直、山东交相推诿。第查新河放水数日，即有刘肃等口之溢，非下壅，胡遽有此？则开挑不如式之罪；南直任之；水已南行三月，因堤防不固，始有苏家庄之决，非上溃，胡为乎使然？则防护不如法之罪，山东任之。然而补苴多劳，陵、运无恙，功过亦有不相掩者。在事各官，除黜降物故不议外，现在郎中刘不息、参政来三聘、同知张执、刘崇正、计仲謇、知县戴一松相应分别罚治。而臣更有说者，年来缓于堤防，急于挑浚，及至堤坏水溢，尚不引咎于守堤之不力，而且委罪于浚河之不深，则何不取河势观之也。河北岸自曹县以下，无入张秋之路；南岸自虞城以下，无入淮之路。惟是向来运道由徐、邳以达镇口，故河北决曹、单、丰、沛间，则由昭阳湖出李家口而运道溢，南决虞、夏、徐、邳间，则由小河口及白洋河而运道涸。今泇河一成，自直隶以至夏镇，以三百六十里之迂途，易而为二百六十里之捷径，此后黄河在山东、直隶间，能系运道之命脉者寡矣。独朱旺口以上，决单则单为沼，决曹则曹为鱼，与夫丰、沛、徐、邳、鱼、砀数十万生灵，总悬命于遥遥之一线，则堤防亦何可缓也。至于中州有更重者，荆隆口、铜瓦厢等处，皆入张秋之路；孙家渡、野鸡冈及蒙墙寺等处，皆入淮之路也，一不守而北坏运，南犯陵，又岂直一城一邑之利害已者。故堤固则上无泛溢，下必顺流；不固而下虽通行，上必旁夺。此一恒人能辨之，而何持议者之纷纷也。前年水行堤北，则曰昭阳湖不能容水，水且倒灌矣。昨岁水分堤南，则曰新河不能容水，水且倒灌矣。倒灌之说，兴筑塞之事缓，卒之堤溃河淤，水之取道昭阳期而南者自如，夫安见其倒灌也，则又何不取地势观之也。自来旺口由花家楼以至小浮桥，上下相较，可低三四尺，北高南下，居可知矣。若水入新河，两两分行，纵伏秋暴涨，不过溢岸而止，岂能自卑趋高，自下趋上哉？故上堤诚守，则河必在朱旺口上下，亦其自然之势也，又何倒灌之足患也？倒灌之说，原为失堤者逃罪之地，乃其弊也，人心不定，人力不齐，延缓失机，逡巡待变。甚者持阴阳之说，以求两中。操纵横之权，以求两合。卒使河臣疲于奔命，而河事坏于多歧，则以不明于地势与河势，而冥冥决事者之过也。请西自开、归，东至徐、邳，必无不守之地，上自司道，下至府县，必无不守之人。在府县掌印官，必与管河佐贰同其赏罚；在地方守巡道，必与管河司道同其功罪。庶人人在事，自不得分藩篱；人人着肩，自不暇腾口说。其有怠事隳成，而巧辨自文，以图分功嫁祸者，重加参治，勿事姑息。”下工部，复如议，得旨：“刘不息等各罚俸半年，仍行新任总河，严加申饬，违者不时参治。”
三月丁丑，改命淮、扬巡按御史高攀枝攒运粮储，敕御史黄吉士巡按淮、扬。己卯，直隶抚按言：“淮安府安东县地方，为淮、黄二渎入海之路。嘉靖以来，草湾冲决，海套沙淤，佥欲废其县治，因岁额贡生无所附着，止议归并里甲，永折漕粮而已。第查江北永折事例，如泗州、兴化皆折五钱，今安东荒瘠尤甚，且连被重灾，而户部议折七钱，实难完办。乞照例通以五钱折解。”下户部复议：“该县虽称疲敝，较之丰、沛节被河患者，尚为有间，姑准三十二年暂折五钱，向后仍以七钱永折，不得议减。”从之。丁酉，总理河道工部右侍郎曹时聘奏：“臣先任应天巡抚，蒙恩升任，于二月初二日渡江而北。沿途阅视仪、扬、高、宝，以至淮安河道，俱各安澜无恙。清江浦现修堤工完及八分以上。出清河口，系黄、淮交会之处，测量水势甚深。桃源黄坝新成，可备减水之用。初十日至宿迁，与新抚臣周孔教面代，一意北行。十二日至邳州直河口，即洳河之下流也。旧督臣李化龙咨送关防文卷，即日接管行事。舍舟登陆，沿泇阅视所有辟渠建闸各工，亦俱完及八分以上。其未竟者，以水涌礓出、颇难施力，臣酌其多寡难易，限以日期。总之，三月初旬工役俱竣，新河可以通行也。复挽舟而上，逐程按视，如栲栳湾、牛角湾二处跌溜甚险。督令设法疏治，务得其平。自牛角湾而上，即夏镇也。黄河自昭阳湖散漫而南，出李家口至范家山，仍归徐、邳故道。第李家口外联诸湖，一望无际，势如沧海。又自朱梅闸而上，即南阳也。一带西堤，因被黄流荡啮，残毁甚多。前督臣已大加修筑，护以桩埽。但四顾皆水，雇船运土，远在二三十里之外，计日程工须四月初旬乃能完事。彼时大帮始至，纤道已成，衔尾而行，可保必无梗阻耳。”报闻。
四月庚戌，御史杨廷筠巡按苏、松。
五月壬寅，河道总督曹时聘奏：“泇河一役，肇于壬辰之泄湖水，辟于辛丑之达沂河，而避湖凿石，遂成通津，则前河臣李化龙之议也。上自李家巷，下至直河口，计长二百六十里，已于去年四月尽行开通，粮艘之由泇而上者，业五千余只矣！只缘张村集以下三十里直河，因其旧以为渠，意在省费，而不料水涨沙壅，舟行稍滞。兼之洳卑于直，其水逆流，土坝被冲，其水傍泄，遂不免为全河之累耳。续该前河臣督行司道等官，相度地形，避高就下，自张村西南创开支渠一道，长三十一里，下接田家口。去年所开旧河，其毛窝一段，横穿浮沙二十丈，见用桩板厢护，内实老土。王市口之减水闸，台、顿二庄之节水闸，与夫彭家口之滚水坝，一切易之以石。又自直河口以至刘家庄，但系浅狭，悉加辟浚。今三月二十九日工役告竣，放舟而入。臣由曹、单、丰、沛阅视黄流，周咨挽回之策，南趋凤、泗，恭谒祖陵；东出灵、邳，至于直口，见运船鳞集口外两傍者不下数百艘，督夫挽拽不两日而尽。臣尾之而行，沿途测量，渠水皆深六七尺以上，不惟无去年沙浅之虞，即大泛口之溜，亦以下建闸座，有所节蓄，而其势转乎也。近据各官揭报，重船过王市口者，至五月初三日，已逾二千三十余艘。使此后鱼贯而入，无或脱帮，则运事之早于往年，当不止一两月矣。凡此皆前河臣李化龙经理就绪，臣受事之始，获睹成功，私窃庆幸。除增设闸驿官员与一切善后事宜，陆续奏请外，谨先驰报，以慰圣怀。”疏下所司。
七月壬午，以黄河汹溜，运船过淮，过洪期限，照上年例量宽一月。其冲决处所，着总河严督司道等官，作速修治。辛卯，敕刑部主事黄景峨江南、黄体仁江北，各审决。
八月癸卯，应天巡抚周孔教疏：“据华亭县知县熊剑化揭称：该县岁征折银二十余万两，重输苦多，难满分数。每遇考成，必藉虚报。虚报者用以救急于目前，徐且补输于后日，而不虞其官之辄以事去也。署者第受成事，安问以前之典守。署更一署，令更一令，计无复之。不得不袭其道而为虚焉，民亦以为是固然耳。远不及稽，自万历二十四年至三十一年，共计虚报布折等银九万三千六百三十六两八钱五分，在库候解。云在库，则恩赦所不宥。云候解，则缓急惟所取。此时若不揭明，将来作何推诿。又据青浦县知县金玉节揭称：本县到任后，即将屡年一应钱粮通核完欠实在数目，查得二十四年起，至三十一年止，虚报京库钱粮三万三千有奇。本职内除征补外，尚欠银三万七百七十六两七分零。现今国库告匮，计部焦劳，使三吴郡县皆如此，则军国之需，只为纸上空言。上下相蒙，何所底止。乞下户部议复，容臣会同按臣督行两道，清查华、青二县现开虚报之数，及通查各州县，但有已经报部实未完纳者，倘系侵匿等弊，经手官吏人等，各照律例尽法究治。若果民欠，令其设法带征，务期完足。第三吴赋重，百姓烦苦，现年钱粮尚不及额，历年带征安能及期，伏乞皇上俯赐一分之宽，许令暂次完纳。至于势豪大户，恃顽不纳，容臣引例治罪。其虚报各官，俟臣细加查核，分别议处。”下户部复议：“剑化等准与纪录，经承员役，严查处治。”河道总督曹时聘言：“自苏庄一决，全河北注者三年矣。初沉丰、沛，继沼单、鱼，陈灿之塞不成，南阳之堤尽坏。今且上灌金、济，旁浸运道，其势盖汲汲也。臣受事未几，亲诣曹、单等处，上视王家口新筑之坝，下视朱旺口北溃之流。相度地形，体察水势，咨询于沿河故老，以求所谓挽河之策。因知河之大忧者三，而机之不可失者二。何也？水性就下，惟下有所归，斯上无所溢，惟下之往也顺而且驶，斯上之来也过而不留。今河决行堤，泛溢平地之上，昭阳日垫，下流日淤，水之出李家口者，日渐微缓，势不得不退而上流。溢于南，则孙家渡、野鸡冈，皆入淮之故道，毋谓蒙墙已塞，而无虞于陵。溢于北则芝麻庄、荆隆口，皆张秋之故道，毋谓泇役已成，而无虞于运。且南之夏、商，北之曹、濮，其地益卑，其祸益烈，其挽回益不易。毋谓灾止鱼、济等处而无虞于民。此三者，睹指知归，杞忧方大，河之不得不治也，明甚。矧及是时而治之，又有可乘之机乎？自王家口以达朱旺口，新导之河依然在也，因而疏通下流，以出小浮桥，所费有限，非复昔比。从此三百里长河上下条畅，可冀久安，机之可乘者一。自徐州而下，清、黄并行，沙随水刷，河底日深，河崖日峻，此亦数十年所未有也，因而导水归徐，容受有地，昔年议挑之费，皆在可省，机之可乘者二。盖以水为师，因势利导，惟此时为然。万一坐失事机，忽而不治，或治而仍量挑以徼天幸，至于前功尽弃，后患相寻，其劳费可胜悔哉！今司道各官殚心竭虑，热思审处，谓河之中路，有南北二股，北股出浊河，再疏再壅，往事可镜。惟南股出小浮桥，地形卑下，其势甚顺。度长三万一千四百丈有零，议开口阔四十丈以至二十丈不等，深皆一丈五尺，共该土方四百六十九万五千有零，用夫六万名。自下而上，约四百日可完。水出小浮桥，徐城适当其冲，议于安山建滚水坝以分其流，复用石砌护城堤，以垂永赖。庶几其为完策乎？惟是前项土方工价及堤坝工程，估该银八十万。及查河道钱粮，则马价、漕粮支销已尽，库金、仓谷搜括已穷，且江北、河南、山东三省直者，概有天灾之苦，概有无艺之征，物力匮绌，公储虚耗。臣等只奉宸纶，集思广益，既不敢蹈前车之辙，又不能为无米之炊。惟有仰乞圣恩，多方处给，或在工部，或在别部，均凑六十万，再留附近漕粮四十万石，共足八十万之数，听臣等于今岁九月间，严催东、兖、开、归、淮、徐等处本折漕粮，先解工所募夫之用。其余银两陆续起解，定限岁里通完。盖南阳水势日异而月不同，入伏以来，黄流旁溢，淤淀漕渠者六七尺不等。金乡护堤又为鱼台之续，逾此而北，直灌张秋。失今不治，来岁新运即有泇可通，而自夏镇以至安山，岂能无翼而渡也。”疏留中。壬子，苏、松、常、镇税监刘成，亦以米粮免税，额数难充，请乞特赐裁减。上曰：“前有旨，米粮柴薪，民生日用之需，不许征税，以昭朝廷因灾救荒德意。今奏四府税课六万之多，米粮居半，还会同抚按委令有司，酌征四万两解进应用。待殿门工有次第，奏请停免，不许困累商民。”
九月壬午，升南京大理寺右寺丞颜素为应天府丞。
十月辛酉，户部复淮扬巡按御史黄吉士勘过所属灾伤地方议。得旨：“这灾伤地方，既查勘明实，准分别减免，以苏民困。”癸亥，户部又言：“本色漕粮，乃军国之命脉，非遇大灾大祲，不得轻议改折。近该总督仓场右侍郎游应乾条议，以后漕粮地方，虽罹极灾，不得议改。新奏明旨，议复遵守。又该河臣建议大挑，欲协济漕粮四十万石。而巡仓御史亦以濒河被灾州县应折为请。当此匮绌之极，仓余能有几何？而此削彼割，未有已时，至于各年之逋赋，正边饷之急需。况江南连岁秋成，颇称丰稔，目前虽罹灾眚，较之濒河丰、沛一带，迥不相同。据按臣题议改折、缓征二项，目击捐瘠之灾民，自是优恤之雅意，倘察臣部万苦、万难之状，固难强其勉从也。恭候命下，将苏、常、镇三府漕粮，靖江县南粮，俱各照旧起运，不准改折、带征；各年钱粮，依限照数征解；以后并不得轻议改折、缓征，致误国计。”诏从之。
十一月戊寅，准仪真税监暨禄奏，徐州原额税银四万两，于内除去山东郯城、馆陶等处过税，每年征银二万两解进应用，以昭朝廷宽恤商民德意。辛巳，户部复：“淮扬巡按黄吉士，勘过所属灾伤地方，议蠲免、暂停有差。仍将蠲免过年份钱粮分数榜示通衢，使灾民咸沾实惠，毋容里递胥徒朦胧催征。”诏从之。丙戌，升南京都察院右都御史孙为南京兵部尚书，参赞机务。
十二月戊申，升南京通政使赵钦汤为南京户部右侍郎兼右佥都御史，总督粮储。丙辰，以直隶川沙把总戴天赐剥军激变，行该巡按官提问具奏，副总兵侯国弼徇情曲庇，罚俸三个月。其鼓噪倡首军人严查究治。以后副将、参游各官，务要正己率属，遇有贪纵不简，即据实申报抚按，如或徇庇酿衅，一体连坐。
三十四年正月辛巳，升南京光禄寺少卿刘学曾为应天府丞。甲申，直隶御史乔应甲言：“国家设盐课以实军需，课办于灶，灶依于荡，荡之关于盐灶，至为吃紧。法久弊滋，奸豪侵占，不肖官吏，听其贿嘱，遂将荡地擅垦，视为己物，无复顾忌。今查扬州荡地，庙湾一场。开至九万九千二百余亩。一场如此，其三十场可知，况延袤千有余里，即可比拟三十郡县。论地当分等，则应否纳价，作何分种，论租当有多寡，谁为征收，作何支销。查得海防兵备副使张鸣鹗、泰州知州李存信、兴化知县杨润，接壤海滨，素知灶情，可令鸣鹗总理于上，存信、润，分理于下，沿坵踏勘，以清弊端。事完移咨吏部，纪录优升。”报可。
三月甲戌，减征南直隶扬州等九府米税银二万两。丁酉，是月，仪真太监暨禄进徐州税银一万一百两。苏松税监刘成进税课银二万一千两。
四月癸亥，大挑河工成。自朱旺口达小浮桥，延袤一百七十里。渠势深广，筑堤高厚，溃流复归故道。用众凡五十万，费金八十万两，自十一月至今五阅月而成。河道总督曹时聘上疏报闻，请建祠赐祭，以旌河神；破格蠲征，以酬力役。皆从之。
六月己亥，郭煖楼人字口河决，北股至茶城、镇口。直隶按臣黄吉士、漕臣陈宗契疏闻。下部复议。署工部侍郎沈应文言：“朱旺而上，徐州而下，旧河甚阔，悉百丈以至二三百丈。今所挑新渠，宽者不过三四十丈耳，广狭相悬，吞吐不及，势必盈漫。庞家屯乃河臣原题量挑以分杀水势者，虽有郭煖楼之溃，暴涨所乘，原非决裂而不可收拾也。目今行南股者十之七、行北股者十之三，滔滔大势，仍趋新渠。且坝工止留六丈，官夫云集，畚锸立俟，待冲刷稍广，水势必杀，数丈决口，直一鼓舞之力。但两股并驶，势不两强，河性变迁，桑沧互易。且出之水，不独萧县杨家楼一带，上下四方亦皆有之。转盼复秋，宁无横决。则长河南北，增筑新堤，修补行缕，不可不豫也。全河既已东注，恶溜必平。今双沟栲栳之险未夷，尾闾不畅，上流络梗，明岁漕艘可又于治黄之后而尽由泇乎？是在河臣严饬各属，虔始厚终，以收一篑。”奉旨：“河工垂成，尤宜万分加谨。着河臣于应塞决口，相机堵筑，朝不为中制，不责近功，务保万全，方称完局。如蹈前辙，不尔贷也。”
八月戊戌，升南京鸿胪寺卿丁宾为南京右佥都御史，提督操江。癸丑，直隶扬州府泰州天鼓，连震六日。
九月辛来，河道总督曹时聘以朱旺口既塞疏闻。因条议十事：一、移置专道；一、增设河官；一、创筑堤防；一、建立铺厂；一、分别赏罚；一、久任责成；一、申明职掌；一、严禁挪借；一、议处河夫；一、除豁占田。工部复如议。上谕部臣：“连岁公帑、民力俱竭于河上，役不可再，宜怀永图。既称大坝已成，全河东注，必使尽出中路，方保无虞。趁此秋涸，将一应南北堤岸，尽力修筑，屹如山峙，自然水得所归，方堪永赖。所议十事，俱依拟。朝廷不惜懋赏，亦不事姑息，可即行与河上诸臣知之。”
三十五年正月壬申，南直隶巡按宋焘以妖贼就擒，请发边饷，罢税监，练军实，以固人心。不报。去岁冬月，南都有刘天绪之乱。天绪，中州人，以莲教煽聚至千有余人，自相部署，号龙华帝主。稍治凶器，造符验，以号召远近。其党羽张名、王宗、龙凤、王起、吴熊、江升、郭礼、吴凤、傅保荣等，各自封号。而张名称将军，誓众于冬至日举事，先掠仓库，质百官，次犯陵寝。为操府家丁陈继学所发，遂一夕掩捕，尽得之。丁亥，南京御史孙居相以去岁监试应天，发榜，江北绝稀。诸士子流言，疑誊封作弊，有暗记折角，送卷先后之别。御史黄吉士、给事中邵庶亦以为言。居相疏言，江北亦有分考之官，岂必皆取南人，江北亦有誊录之手，不应皆誊南卷。如谓江南进卷，先于江北，则江北贴卷，何为反早于江南。且江北卷才逾千，而贴几二百。南北风会，大概可知。于是言者始息。
二月癸卯，工部复议，泇河善后六事，俱依议行，从总督河道曹时聘之请也。去岁漕河再决，萧、砀之间，以巨浸为忧。自杨村集而下，黄堌口而上，再筑再塞，凡用夫二十万人，金钱八十万缗。至是，乃言全河既已就轨，泇功委应厚终。开泇于梗漕之日，固不可因泇而废黄，漕利于泇成之后，亦不可因黄而废泇。两利俱存，庶缓急可赖。如谓淮、扬之患已去，而徐、邳之险可乘，异时有失，谁司其咎乎？因议筑郗山之堤，削顿庄之嘴，平大泛口之溜，浚猫儿窝等处之浅，建巨梁、吴冲之闸，增三市、徐塘之坝，以终泇河未就之工。又议设河官，置官夫，建驿递，立巡司，严闸禁，加裁展，以成新渠善后之务。大率皆切近，无甚糜耗。然亦自去岁冬月，三请乃下。
三月己卯，直隶巡按杨廷筠荐举隐士陈继儒。继儒华亭人，早谢青衿，为古人之学，留心经济，而澹于荣利，不谈性命，而湛于道德。自嘉靖以来，学者无先之者。
四月庚子，方妖民始祸，兵部尚书孙鑛以留都昇平日久，掣肘事多，民不知兵，众思乘隙，宜用重典治之。上意亦以为然也。而南中议者不齐，自正月己卯，命复功状，往复者屡矣。南刑部直以妖言律谳刘天褚等拟斩。罪上。上以妖党谋犯留都，逆状已著，难拘妖言之律，且人心未定，法纪当严，着法司再查往例拟议来说。刑部侍郎沈应文乃以先年赵一平事上。赵一平，亦以莲教造谋发觉，擒死，各锉尸枭示，朱子高等斩首，余党重枷有差。乃定以刘天绪、张名二名，锉尸枭首；龙凤、王宗、江昇、王起、郭礼五人立时斩决；崔文、周鹤等十一人各着锦衣卫重枷发遣，则犹比造妖言律也。而部请直以宣捷为文。是时，南中讹言相煽，追捕未已，明旨虽有胁从罔治之文，而枢臣有去草除根之意。先是，正月谳方未定，而妖榜再出。杨珊、杨子定首称曹大远、朱铣复图发难，孙尚书鑛、刘职方宇，执之颇厉。逻卒四出，于居民不无惊扰。曾尚书同亨闻之叹曰：孙公之祸始于此矣。然自妖党以来，动相部署，枝蔓遍于州郡。后十余年，法纪陵夷，邪谋遂炽，白莲所在，动烦王师，人始有服孙鑛之识者，要其消弭存于治法，未可以刑威胜也。戊申，河道总督曹时聘言：夏镇分司，原管闸河，上自珠梅，下抵黄家，运渠地方不过百里。自梁镜以下俱属中河，故责任差轻。自万历十六年黄河盛涨，倒灌镇口，遂议梁镜、镇口并丁家集缕堤，尽属夏镇，责任已倍矣，然此不过百五十里之河耳。今泇河既开，自李家巷至刘昌庄，则系沛县；自刘昌庄下抵黄林，则入滕、峄之境，延长一百六十余里，悉系漕艘使官，仍主事则品秩未崇，敕谕未颁则事权不重。宜将夏镇主事改为郎中，颁给敕书，照中河事例，庶事权重而臂指相联，漕渠永赖矣。章下所司。
五月戊子，应天府生员陆一骥，以鼓噪发口外为民。
六月庚子，南京兵部尚书孙疏言：“臣自去岁擒获妖犯刘天绪等后，即同内外守备出示抚谕，第造恶渠魁，尚多伏莽。今年正月，复得妖帖。臣见其语斥乘舆，不可复纵。密访民间，皆相顾啼号，谓前妖复作，而不轨之徒，仍复啸聚，煽乱无已。自二月以来，妖犯再擒，讹言遂止。从邪反正，乡井不惊。向若缩手听其自息，则妖势愈张，今不知作何景象矣。今乃加司官以悖旨生事之名，捃摭无干人命，以文致其罪，则臣累司官，臣罪滋重矣。乞罢臣以谢言官，并行南刑部勘诸言官所论刘宇事。”于是，刘宇始不脱于物议矣。先是，南中言官所捃摭诸命以迫死者数十家，他所嗡取信是，虽南中士绅，亦以为然也。而孙鑛持之稍激，言留都十羊九牧，事多掣肘。九卿科道权力既分，每一事出，相顾持疑，所以奸雄鼓掌，狂逆攘臂。宜将南京各衙门，分定职掌，论职课效，所辖属官，俱从举劾。意甚衔诸言者，而北中言者攻之益甚。上一日持孙鑛疏，召文书官趋内阁拟旨。内官至辅臣处传言，留都根本重地，陵寝尊临，设内外守备衙门及兵部参赞机务，俱有专敕，如何事多掣肘，使奸党跳梁，法纪何在！且近来科道借言时政，挟私灭公，诬害忠良，现任者杜门推避，尽职者解体寒心，致机务迟疑，殊非激浊扬清之任意，凛凛不测也。辅臣稍为宽譬，又疏言：“朝廷只赦胁从，不赦渠首。据妖帖讹言，有臣子所不忍闻者，必非胁从所为。孙鑛擒获一二造写之人，似不为过，但以根本重地，人心未定，罪人已获，只宜抚绥安静，宣布朝廷德意，使人人乐业。不必搜求，以生衅端。”上意良解，仍命南京刑部将论列刘宇事情，一一勘明具奏。前事遂不叙功，而留都亦无复更为妖帖者。
七月庚戌，刑部员外赵世禄为苏州府知府。
九月丁未，督淮仓员外张养正以漕粮失额，劾邳州知州周世臣等罚治，从之。庚戌，云南巡按御史周懋相改差巡按苏、松。甲寅，刑部复上留都谳狱。奏曰：“留都根本重地，弹压职在兵枢。去冬妖人刘天绪等蓄谋狂逞，虽旋就扑灭，而余党复布妖言，惶惑远近。南京刑部尚书孙鑛，参赞是司，安危所寄，其不得不急擒捕者，法也。郎中刘宇，诚能核真伪，慎发纵、约束严明，则地方可靖，乃使恶弁悍卒，乘势咆咻勘过多命，或死奸、死溺、死保，候者鼎沸，一时大骇视听。上失庙堂之指，下阱无辜之民，刘宇不得不任其咎矣。至若坐营、军番诸役，奸淫诈骗，仇抢抑勒，罪有轻重，条律具存。宜将郎中刘宇，特行处分，以为溺职之戒。并行南刑部衙门，将各官军分别究问。”从之。
十月丁丑，户部题：苏州府所欠布花，自先年蠲免八十万外，万历二十九年起，至三十五年止，尚欠八十三万二千三百八十一匹，内嘉定所欠独多。参嘉定管征知县陈一元、昆山知县王时熙、太仓知州李世鳌、苏州府署印同知先韩子祈、今王照等，各住俸催征。
十一月庚寅，直隶巡按黄吉士勘砀山知县高瀚以贪酷，革职为民。
十二月丙戌，以徐、淮灾伤，量蠲马价。淮属自清河、海州、宿迁、桃源、安东、盐城、邳州、山阳九州县，徐属自萧、砀山、沛、徐、丰五州县，未征者俱蠲。免六分者，应征四分。俱宽限后年带征。从漕督李三才之请也。
三十六年正月戊申，户部言：“南直之淮、徐、扬水旱为灾，请发赈金。”不报。
五月辛亥，升浙江左布政使王一乾为应天府府尹。
六月己卯，南京科道，内外守备、大小九卿、应天巡抚各揭称：地方霪雨连绵，江湖泛涨，自留都以至苏、松、常、镇诸郡，皆被淹没，盖二百年来未有之灾。大学士朱赓等，请速议蠲赈，并乞罢免，以塞天变。癸未，吏部右给事中翁宪祥言：“苏、松等处，自三月终旬雨，越五十余日，昼夜不息。城市、乡村水深数丈，庐室漂没殆尽，数百里无复烟火，乞赐蠲恤。”不报。
八月己未，升应天巡抚、都察院右佥都御史周孔教为右副都御史，总理河道。辛未，升太常寺少卿项应祥为都察院右佥都御史，总理粮储兼巡抚应天。
三十七年正月戊戌，先是，奉旨给赈浙西盐税银共十万六千两，续又奉旨各拨一半，给赈应天等六府。巡抚甘士价以浙西蒙恩在先，望照旧给发。户部复请，不许。
四月辛未，工部复：以苏、松、常、镇等府水灾异常，业经奉旨勘报。其应解四司料银停征、全免有差。
八月己巳，直隶巡按邓澄言：“苏松岁织，毫无额编。所责成者曰设处，曰借支。去岁水灾，即金花、漕折，十不完一，有何他项可挪。乞留船料、关税二项，以理后运。”不报。
九月丁未，南京兵部尚书孙鑛，以留都天鸣奏闻，因乞求罢。优旨许之。
十月乙丑，巡漕御史颜思忠条议申饬漕规：“一、建闸坝，以竟前工。徐塘、猫窝等处流沙为患，先河臣议于阎家集、田家口、吴家冲建闸三座，以备蓄积；于徐塘河、王文沟、王市沟建水石坝以备分泄；于张村、长旺等口各筑截河二坝，以遏流沙。至泇河之水，全藉南旺、蜀山、安山诸泉，须大加疏通，令泉脉涌注。又沧浪水改从针沟口入泇，自源概委，亦挤运之上策也；一、分官建驿，以保万全。泇河南北二百六十里，人舍稀少，盗贼公行。议将徐州水驿移之泇沟，邳州水驿移之田家口，以兖州泇河通判移驻台庄，徐州管河同知移驻王市口，邳州管河同知移驻直河。每春、夏行运之时，以徐州参将移驻猫窝，沙沟守备移驻韩庄邹山地方，声势相倚，河渠为之肃清矣。徐核造船以资挽运；修潞河以济起纳；严法令以肃漕政。”章下该部。
十一月癸巳，工部奏：“应天高淳被灾等县，其三十五年以前未完钱粮准与停免。”许之。丁酉，以太仆寺少卿徐民式为右佥都御史，巡抚应天。
十二月壬子，徐州吴家庄盗劫杀如皋之任知县张藩。漕运总督李三才以知州刘民爱、指挥王正国等失事罪闻。因言：“各处洊饥，惟淮、扬一带，稍有收成，故流移之众，千百成群，在在行劫。非速赐蠲赈，大行安抚，恐不知其所终。”章下兵部。丁巳，以原任少保邢玠复为南京兵部尚书。戊辰，行苏、松、常三府催解布匹、蜡、茶。
三十八年二月乙卯，革清河县主簿、海州永济仓大使各—员。从漕运总督李三才议也。甲子，南京巡视东城、福建道御史蒋贵上言：“南京五城，商贾辐辏，军民杂沓。户口众则事务烦，人命有简验之事，盗贼有缉捕之事，忿争有剖分之事，皆责兵马司，而上、江两县不与焉。兵马司官轻责重矣！其正兵马则副指挥及吏目所禀承，责任尤不易。如概任以赀郎，彼内有赀本之费，外有债负之逼，政以贿成，贪以酷济，何所不至。请已后五城正指挥有缺，择于科目出身推官、知县资望相应者推补，庶乎知所自爱，而民不扰。查隆庆四年，御史赵可怀曾经题准，一时以举人、知县升任者，若张起凤、李概、王命爵、刘应兆、马有骓、马相、马斯臧、杜凌方、徐延龙九人，先后著有循声，至今民德之。特创议之始，止知改官，不遑议上下接见之礼。止言推补，未及三年，优擢之劝，以致人言不便，而铨部复止。夫既以科目服官矣，一切仪则，参谒上司，宜如上、江两县经管衙门，不得横执旧规，妄为卑辱。其副指挥，吏目之待印官，亦如两县佐属之待县令。一切事宜，印官统之，副属听委而分理之，不得仍前分牌专管，致涣散无统。每季终，贤否俱听印官开报，以重责成，则体崇而人乐就矣！在外知、推卓异，每有行取京秩之擢，即平等亦有郡贰、州正之转。乃前九人，升自知县，皆转同知、知州以去，是兵马反枉道不捷也。今后历俸三年，考核称职，即与推升部属，以示优异，彼何不自奋焉。年终巡视之举劾，不必拘以二人，使以不肖自处劣者多，不妨进于二人外，不然减而一与全无，亦不为纵。至非印官荐数，亦应酌议，不然荐仅及于科目，不及赀郎，又非风励鼓舞之道也。”疏入，未报。
三月丁丑，升河南彰德府知府冯盛典为两淮都转运盐使司运使。
五月癸亥，南京户部尚书郑继之疏议改折应天高淳、溧水、溧阳三县每年额解太常寺黄豆二百石，因牺牲牛食辄病热，改用绿豆。其黄豆虚积，日久耗蠹，议自本年始，黄豆每石折银五钱。从之。
七月丁未，命御史房壮丽巡按苏、松。
九月癸卯，升江西左布政使陆长庚为应天府府尹。丁巳，直隶巡按苏惟霖疏陈黄、泇利害，请专力于泇。其略言：“黄河自清河县经桃源北达直河口，长二百四十里，此在泇下流，水平身广，极力推运，舟止日行十里，然以别无所经，故必用之。自直河口而上历邳、徐二州达镇口长二百八十余里，是谓黄河。又一百二十里方抵夏镇。东自猫窝、泇沟，达夏镇，止长二百六十余里，是谓泇河，东西相对，舍此则彼。黄河水在三四月则浅与泇同，若正月初旬后，汹流自天而下，一步难行，又其水挟沙而来，河口日高一日。七月初，辄浅涸十倍，无一时可由者。由之，溺人损储，其害甚剧。泇河一水安流，岁修有例，既无溺溜，终鲜风波，率而由之，计日可达。即河身稍狭，惟狭则水不苦铺摊而浅，其猫窝诸浅，亦不必浚。盖自河流至则闸水积，山泉之脉止有此数。河身高则高受，低则低受，深浅相随。非云水深则深，水浅则浅，水之多寡不系河身深浅也。或有稍宜拓而浚者，但得实心任事之河官，严其稽核，因利乘便，不三五年，缺略悉补，可成数百年之利。惟于泇下流诸口，谨严厉禁，而夏镇之吕公堂、邳州之沂河口更甚，庶所藉蒙、独诸泉，光、泗，济诸水不至随到随涸。伏乞敕下工部，详酌利害，一意修泇，以济新运。”留中。
十月壬申朔，工科给事中何士晋等言：“运道最称险阻，人力难施者，无如黄河。先年，水出昭阳湖，夏镇以南，运道冲阻。于是开泇之议始决。入直河口，经猫窝，抵夏镇，长二百六十里，较黄为近。避浅涩，急溜二洪之险，建闸置坝，潴聚诸泉河之水，以时启闭，用之六年，通行无滞。今岁忽有舍泇由黄之议，卒致仓皇，损伤粮艘，且有沦溺以死者。费人工牵挽，有至大浮桥以淤塞复还由泇者。以故今运抵湾甚迟，汲汲有守冻之虞。由此言之，黄之害大略可见，然泇亦未竟之工也。河面阔八丈，底阔三丈，深一丈三尺至一丈六尺不等，节年虽有增修，大概止此。地近湖山，戽泉引水，易乏易涸，全藉人工深厚使有容受潴蓄之势。若河身太隘，伏秋则山水暴涨，旱干则枯竭无余，非策也。谓宜拓广浚深，令与会通河相等，重运回空，往来不相碍，回旋不相避。即时有亢润，地有高下，而水常充盛，舟无留行。计岁捐水衡数万金，督以廉能之吏，为期三年，可以竣工。然后循骆马湖南岸，东达宿迁，大兴畚锸，尽避黄之险，则泇河之事讫矣。或谓泉脉细微，太阔太深，水不能有。不知泇源远自蒙沂，近挟徐塘、许池、文武诸泉河，大率视济宁泉河略相等。吕公堂口既塞，则山东诸水总合全收，加以闸坝堤防，何忧不足。或谓直抵宿迁，此功迂而难竟，是又不然。夫昔年不估以二百六十万乎？不虑山水暴涨、湖水泛滥乎？不虑石硼山礓难凿、沙淤崩溃乎？王市坝不再圮乎？夫荒度诚难，不无错愕，及任用得人，综理有法，功成晏如，此难与众人虑始也。然近日由黄之说，盖因泇河二百六十里旷野新辟，人迹荒凉，万艘蚁泊，公私旅困，恐生意外之虞。且计徐州一大都会，贸迁化居者，一旦有折阅之恨，然此害之小者，惟是饬邮传、设机防，由之既久，渐成乐郊，何必徐土，此破纷纭之一说也。”未报。
三十九年四月壬申，工部侍郎刘元霖复：“御史苏惟霖言：泇河之在直奉者有猫窝、一浅，为沂下流，河广沙深，不可以闸，最为泇患。人观河沙，水门口西上箭许，掘一月河，洄流即清，宜于此下二里许，仍西掘一月河，以通沂口之月河。凡水挟沙来，沙性直走，有月河以分之，则洄洑之处，沙所必储。就此二里，时加捞刷，比岁修十五丈之河，难易较然，而泇患可减矣。又邳宿同知所管左黄右泇岁费三万两贮邳，久之弊滋，移贮淮库，而关支往返耗费误公。议将此项径解总河收发，附近藏积。每季河官先期赴领，便宜给发，季有报，岁有稽，则费不虚，而工早集矣。”依拟行。
五月辛丑，兵部奏：南京卫官梁心恒、蔡万春借差遣牌，泇扰驿递，为浙江抚按参奏。命着南京法司提问。壬寅，掌京畿道御史徐兆奎上言：“臣观今日天下大势，尽趋东林。今年计典之误，实由于此。盖无锡县有东林书院，宋儒杨时祠也。顾宪成自谪官归，会林居诸臣讲学于此。未几，其徒日众，挟制有司，凭凌乡曲，门遂如市矣。黄正宾者，以赀郎冒迁谪名，因结淮抚。东林所至郡县，一喜一怒，足系诸有司祸福。凡东林讲学所至，主从百余，该县必先饬厨传，戒执事，馆谷程席之需，非二百金上下不能办。会讲中必杂以实事，讲毕立刊，传布远近。各邑行事，有与之左者，必速改图，其令乃得安。今已及浙中诸郡矣！杨龟山失足蔡京，君子讥焉。宪成之结淮抚，不过以淮抚为蔡京耳。宪成学术驳杂，颇似王安石而行远不逮，即家食而之淮、之浙，席不暇暖。与其徒书札所及，大能使南北交攻，邪正角胜，而党附者不曰清流，则曰清议之臣，岂谓天下耳目尽可涂哉!丁元荐借许弘纲近疏以发难，谓真不当避，正谓东林、三才所欲处者，不当救耳！工献媚以应当事者之一快，而不难极文致以启下石者之效尤，元荐其谓何也？秦聚奎之疏，特为金明时要挟，非真而发，其暗引六人者，因时情所惜并言之耳。六人中应有亦为人快者，所惜者王绍徽、乔应甲、刘国缙耳！元荐乃概目为奸党，欲齑粉之，亦足骇矣。自吴亮发顾宪成书，宪成始干物议。元荐不咎宪成贻书之轻，与吴亮发抄之谬，而深尤于言官抨弹之及，且并诬为昆、宣党，诬人言尽抑何据也？元荐身自党附，而反以党诬人；盲尽好欺，而敢以欺济恶。身所欲卖者为谁，而心所欲倾者为谁，明所击者在此，即阴所扶者必在彼。所混排者未必非今日独行之君子，所甘附者未必非后日论定之小人矣。至东林败坏天下，其祸更显。盖自假讲学以结党行私，而道德性命与功名利达混为一途，而天下之学术坏自濡足淮、扬；而气节坏自广纳贽币，庇短护贪，而天下之吏治、人品并坏自游扬之书四出；而天下之官评坏自指摘之怨生，而移书捏单，假计典尽剪其所忌；而天下之元气坏，凡计典滋议，始于假书之播弄，私书之把持，成于金明时发假书之一疏，激于汤兆京要挟之八字。太宰不言假书有无，其意甚婉。兆京欲为人杜发假书之隙，而以要挟驾词，其计巧而实拙，假书终未发出，难以径坐王图。至以‘断秦脉’三字误，太宰处诸臣则王图、南师仲、胡忻均不得辞其责也。乘计察而私书荧惑者，东林为祟；赍书者，吴志也；代为送者，胡忻也。当事者不预绝其源，徒咎于秦聚奎之阻挠，复虑台省之有言，不已左乎？史记事访单至二十余，屹然不动，何以服天下！兆京得管京察实史记事力，记事不处，岂惟太宰之私其乡，亦兆京所以报知遇也。兆京一出，两受计于东林，旋修谒于淮抚，徇私交忍负君父，触目皆是，世变真莫知所终矣。”癸卯，监兑主事顾四明条陈：“苏、松二府，自万历十八年起至今，止报完未解钱粮四十万有奇，至部中所目击京储绢布解到者十无三四，茶、蜡、颜料完者十无六七。有咨报已起解而留滞数年不到者，有续投批而延捱竟年不完者。询之，则曰临时差遣解官，徒以空头文书付之也，垫杠在府未领也，所领者半寄库也。垫杠不领，杂费焉出？寄库居半，末路何之？种种情弊，及今不为中饬，恐以前之挪扣化为乌有，以后之齮龁长此安穷。须着实清查，自赦宥以后，拖欠年份、京储等项，所完解者几何？先挪借后抵补者几何？所贮库办料未起解者几何？所扣垫杠未发者，俱要查盘清楚，比缴明白。苏、松二府前项贮库及现存买截数起解，节年挪借织造、兵粮、浅船等银，非奉部文，府县擅借者，速令追补。以后属县解贮库钱粮，逐季造册，申送抚按，以便查盘，仍报监兑衙门，以便督催。一项清，而项下各注收缴；一年完，而年终汇送考成。如有积惯吏役，仍踵故智，尽法究遣，以惩将来。”署部侍郎孙玮复请，诏依议行。
六月壬申，总理河道、巡抚凤阳等处佥都御史刘士忠题：“淮安蝗旱灾伤，乞赐行勘蠲赈。”命户部知之。
十一月庚子，升陕西左布政使汪道亨为应天府府尹。
四十年正月己未，升南京刑部郎中康应乾为镇江府知府。
三月丙午，直隶巡按颇思忠奏，中都民饥最甚，当事请恤独遗，乞赐赈救，以重汤沐。言：“淮、徐等处，先罹蝗旱，后遭霪雨灾伤，仳离之惨，臣已详悉于请改折、截留、蠲免、发帑赈济之疏矣。讵意户部为饥民请命，独遗一江北乎？夫中都之民，不轻于七省之民，江北之灾，尤甚于七省之灾，岂数月之后便可赈恤，数月以前即可遗忘乎？乞敕部简复前疏，速行蠲恤。”
七丹庚戌，开刑部郎中张文炫为松江府知府。乙卯，升南京通政司参议王一言为应天府丞。
八月庚午，户部复：“应天抚按题，苏、松监兑部差，比浙江、江西、湖广、河南、山东等省裁革。言漕、白二粮，既有盐、漕二院专督，又有道、府、州、县分任，综理有人，则监兑似为闲员。且曾革于隆庆三年，复于万历七年，则知非可久之制，允当裁省。其兑运漕粮、催攒京储等项事宜，凡属监兑衙门者，俱改属粮道管理。颁给敕书、明谕两道，各照所属，应兑正耗本折漕粮及轻赍银两、运军行粮等项，设法督催，尽数完报。仍将开仓、开兑日期，管粮、运粮官职，具揭送部。现运各官贤否，应举、应刺，核实具呈抚按题请；有船粮迟误及抗违阻挠，照例分别参究；府、州、县见征、带征京边银粮，并商税契等项银两，照依题准考成新例，开报抚按参处。水利一节，并乞敕责兼管。至于裁省诸费，大约每省每年不下千金。抚按宜檄行道府查革减编，就于赋册除明，张示晓谕，使百姓共知，所谓省一分，民受赐一分者也。”有旨，依议行。辛未，升刑部郎中郭之琮为扬州府知府。
九月癸卯，户部复：“漕运总督奏，酌派水次轮转，以平军民之情。言隆庆六年，设立会单，每年有亲派之议，意临时有便不便故也。如今镇海不愿常熟，华亭不愿豹韬之类，军民交受其累。法无若轮派可久。即以苏、松四府论，当全漕四分之一，该兑粮一百一十万四百五十七石，可分四总。以苏之五十九万五百余石，又非一总可任，当与松、常、镇裒益，增而为五。各量道里远近，酌船只多少，分凑漕粮，通五年为一周，均便。不便而并受，每年亲派之意自存，军民偏累之苦可释，并将轮派领兑粮船数开列，以为永规。”辛亥，升右通政罗朝国为南京都察院右佥都御史，提督操江。丙辰，吏部复：“河道总督刘士忠言，黄水冲决徐州缕堤长二百八十丈、玄字遥堤口阔一百四十丈、荒字遥堤口阔四十丈，蔾林铺以下二十里正河悉为平陆，邳、睢河水陡耗。司道议开韩家坝堤外小渠引水归河，由是坝以东河流浙深，可通舟楫，大约挽回水十分之三。惟玄字决口尚浅，正需版筑，请留徐、邳、睢宁、宿迁、桃源管属州、县正官免觐，共襄河事。”从之。
十月癸亥，户部复：“应天巡抚题言，太仓折银以充军饷，内库本色以备御供。仅云京边未明本折，故此外如绢、布、蜡、茶、颜料等项一概迟缓。请自今本折通论并入考成。”从之。戊辰，升南京兵部右侍郎卫承芳为南京户部尚书。乙酉，升南京太仆寺卿刘日升为应天府府尹。丙戌，命御史薛贞往苏、松，王九叙往淮、扬巡按，徐缙芳往两淮巡盐，张铨巡漕。
十二月壬子，命御史徐应登往应天巡按。
四十一年二月乙巳，巡按直隶御史颜思忠疏陈地方事宜：“一、修复营兵，以重海防。淮、扬东邻日本，如廖角嘴突出海中，乃倭奴首犯登岸之路。犯嘴之南，则通、海等州受敌；犯嘴之北，则庙湾等处直捣。诚苏、松之肩背，淮、扬之门户。国初于此嘴设廖角、大河二寨，拨通州所军七百名守卫，委指挥、千、百户六员统领，诚重之也。后因倭警，添设大河营把总，未几移驻吕场。大河寨尚有官军，廖角寨则军去久矣。今议于淮安大营调兵六百名，分守廖角嘴等营寨，仍委千、百户三员统领，以复国初之旧；一、蠲税除珰，以解倒悬。两淮岁办盐课六十余万，足国济边，不烦催督。自有皇税以来，横征叠派，吸髓敲筋，商人不啻在汤火中。鲁保物故未几，复遭马堂扰害，变乱成规，商人逃窜，利归群小，怨归朝廷。皇上未之思耶？何如责成有司解部恭进，岂不正大光明，又何苦令此辈剥削为哉；一、专理清军，以速漕运。卫所军差，以运粮为苦，而京操次之，较之城操屯田，劳逸悬绝。此中无官专理，各军藉口差系祖代流传，急难更易，不至逃亡不已。及遇逃亡，又信凭卫所官佥点，往往卖富差贫，何怪乎中途盗卖漕米什物，弃船私逃，致累运官，稽延程限耶？查得各省俱有清军道，专司清查编审，分别贫富消长定差。合无照例行淮、扬三兵备道，各专管清军事务，五年编审一次，分别消长贫富，某某中等应定京操，某某下等应定城操，屯田等项杂差。庶法一于下，军有定差，而于漕运不无少补矣；一、查抵坍田，以足粮额。江北通、海、江、仪一带州县田地，强半滨临大江。江河变迁，此坍彼涨，有等好豪，以粮田赋重，芦地赋轻，一窥涨出，径赴芦政衙门报田升科，致使坍民赔纳无田之粮，奸豪安享白占之利，此江北病民之第一事也。合无凡遇涨出田地，先尽坍民各照原坍数目多寡分佃，听其自行开垦，不许豪民越赴工部告佃，庶赋课两不失额，而民无向隅之泣矣。”
三月丙子，户部复：“凤阳等处巡抚陈荐议言，淮、扬边海之地，倭夷相望之所，尤为利害所关，其兵饷宁可缺乎？现在官兵及战马、战船各粮等银共一十五万八千六百九十余两，除扬州府有抵饷银一万二千余两，其十四万六千六百九十余两应派所属征解，以备防海官军支用。俟地方无事，兵马渐减，查将应减数目从实题裁，不得虚冒滥派，以苏民力。”得旨，允行。乙酉，总督漕运都御史陈荐，奏革清江厂船务提举，以淮、扬二府同知掌其事。下工部议可。从之。
七月己未，初，淮安府安东县每年额征漕粮一万四千七百石。先年题准永折每石七钱，共银一万二百九十四两，内有府税银二千八百五十九两五钱助凑其额，后因府税不足，议停岁助，悉归该县征粮田地。至是，因灾患频仍，田地冲淤，巡抚凤阳都御史陈荐、巡按御史王九叙请自万历四十一年为始，每石永折五钱，以苏疲邑民命。户部复议。从之。丙寅，南京大水，守臣以闻。
九月甲子，南直隶大水。
十月乙酉，巡按直隶御史薛贞核状以闻，因请申饬越贩之禁：“一、巨海风浪，惟双桅抄船可恃无恐。自嘉靖年被倭后，严禁寸板不许下海，后因盐课失额，稍容滨灶小船樵捕补课。今直隶势豪之家，私造双桅沙船，伺风越贩，宜尽数查出，不许违禁出海，则通倭无具，私贩者无所施其计矣；一、江南与浙之定海、楚门、石塘、石浦、马墓等处，江北之通州、如皋、泰州、海门等处，互相往来，是在一体禁戢。使浙江之船不得越定海而抵直隶，江北之船不得越江南而走浙江，则通倭无路，而邻国不至为壑矣。”下部议可。从之。
四十二年四月乙酉，工科给事中归于顾疏言：“江南岁供财赋半于天下。第财赋出于农田，农田以水为利，亦以水为害，则全系吴淞江之通塞焉。书曰：“三江既入，震泽底定。”震泽即今之太湖，其广三万六千顷，纳受杭、嘉、湖、宣、歙、应天、苏、松、常、镇等郡溪涧之水，为三吴巨浸。而三江则钱塘、扬子、吴淞江也。自杭州筑长林堰，而太湖东南之水不得入于钱塘，自常州筑五堰，而太湖西北之水不得入于扬子，独吴淞一江当太湖下流，泄诸郡之汇水以注海，而今且久塞。是以太湖有纳无吐，客水暴至，即四向溃出，淹没数郡，国家财赋将安所出。今欲国计民生两便，则舍浚涤吴淞江无策也。查宋时江面原阔九里，可敌千浦，故与钱塘、扬子并称三江。胜国之末，水利不修，江流淤塞，已失九里、千浦之旧。我朝正统间，巡抚周忱始立表江心，设法开浚，淤塞顿通。嗣后，天顺四年巡抚崔恭、弘治七年侍郎徐贯、嘉靖元年尚书李充嗣、隆庆三年巡抚海瑞，浚者凡五。迄今四十余年，废不讲矣，以至万历三十七、八等年，大浸稽天，三吴之民，胥沦鱼鳖，田禾颗粒无收。窃谓不一劳者不永逸，宜速考故道，稽原委，大兴畚锸，为之批导壅淤，疏瀹浅隘，务使江身阔深，水流驶迅。太湖泄水顺利，滔滔入海，渐及塘浦，渐及支河，皆令流派四达无碍。由是能吞能吐，可以吸引灌溉，不虞旱暵，即有霪霖，亦无复淹没之患，而三吴岁岁成熟，不至额征岁亏矣。又查得海瑞所浚之江六十余里，所费官帑不过六七万金。若能设处有方，何爱六七万之费，不以开江南无穷之利。乞敕该部议复，移咨抚按，此方今经国之急务也。”留中。
五月甲戌，提督操江、右佥都御史罗朝国题称：“孟河河庄地方，飘船登岸一人作番语，遂致讹传倭至，各处骚动。武进、江阴、无锡、丹阳等县百姓惊窜，一时拥挤，走失子女，压死老幼无数。总练指挥同知陆万里，正备御卫民之官也，不能明白开谕，束手闭城，以致乡民狂奔，转相蹂躏，所当参究，以警其余。”下所司复议，将陆万里行应天抚，按提问。从之。辛巳，南京户部尚书卫承芳疏言：“见福王奏讨南直隶自江都至太平沿江两岸新涨芦田租税，自行征收，奉旨查明给与。臣惟芦税按亩起科，且又以大江南北之分，作芦洲肥瘠之辨，征派有定例，督理有专官，匝岁以钱粮完欠，分所司之举劾；五年以清丈损益，定各属之殿最。万历二十七年，查出丹徒、丹阳、崇明、武进、江都、通州、如皋、泰兴等处田滩二万六千七十亩，名曰皇庄，责令佃户陈钱等纳价银三万七千五百七十两，又每岁征收租银四千五百四十余两。而上江地方，如上元、江宁、句容、江浦、六合等县，新经五年清丈，比之芦课旧额多银三千三百余两，归并于扬、镇等处四千五百四十余两之内，名为皇庄银两，兔其重丈，此皇庄子粒之名所由起也。总计上、下江岁征银七千三百有奇，每年春夏之交，内守备刘朝用额收解进。本职仍核实奏闻。盖芦地濒江，出没不常，小民不时告豁告补，州县不时丈滩丈淤，总之指东补西，求足原额而已。一经福府管业，而定无常之洲滩为图册中实数，沧桑几变之洲，必难按籍而课，王府征收之役，必至侵渔而扰。窃恐管业之初，忧在无课，管业之后，又忧在无民矣。且扬、镇等处之佃户，纳过佃价三万七千余两，则江浒虽无可据之恒产，而江民久有承佃之定额，据额求洲，据洲纳租，已视纳价之额地为己业矣。一旦改为王庄，是清丈隐占之日，有洲有租，而因以有价。交册管业之日，有租有价，而顿令无洲，哀哉！穷民有不举手蹙额者乎？仰祈皇上，特谕内守备官，将前项子粒银两照旧解进，而仍以查勘催征属之臣部司官及各地方有司等官，则福府之令德、令名辉映后先矣。”不报。
四十三年正月乙丑，先是，徐州黄河缕堤决口二百余丈，遥堤决口一百七十余丈，先后河臣或欲估计应动钱粮亲诣筑塞，或欲浚正河以便水之归，阔下流以便水之出。屡经奏闻。是时，管理中河工部郎中吴大山淮、徐河道副使袁应泰督同多官以次挑复三山故道，创筑遥、缕各堤，计二万三千余丈，人夫四万七千三百八十六名，实用银八万七千一百九十六两。然不烦内帑，不派里甲，较诸原估尚省银五万三千三百有奇。总督漕运陈荐疏列效劳各官以闻。下工部复。
三月甲戌，应天府巡按徐应登条议：“屯田圩埂，凡有低洼未有圩埂者，责令有司随宜增筑，工程小者限一年，大者限二年报完。相沿旧圩，县官亲自踏看修筑，限三月报完。如遇拱水破埂者，虽贤不奖。破至两圩以上，或如往年接连受害者，特行参治，停其升考。其义社诸仓，每社立社长一名，社副一二人，给与印簿，令其协力收掌。每年扣谷二三十石，以为仓夫、纸张等费，三年一更。有功者给与冠带，免其杂徭。每田一亩，秋收日纳谷一升，每至冬月收完，社长连印簿同实收缴县，以防侵弊。各郡备赈银两，照常平仓法，贱籴贵粜，使银米周流出入，即令小民以谷输粮，虽大枝赈借，不许议动，以亏仓本。”户部题复。上是之。
五月庚戌，工部侍郎林如楚复：“督漕陈荐疏称，黄河所恃，惟遥、缕二堤，可为束水归漕之计。迩因黄、泇役烦，自徐州以下，各堤单薄。河臣计地七百余里，料估九万有奇，议。动三府正税，佐以采石余银，足襄兹举。而又责成于府佐、州、县正官划地分工，先尽徐、邳等处工完，而后及于山阳堤工。至于一劳期永逸，其经始有法，其要终必实。科臣所谓分丈尺，以专其责；核虚实，以考其成；明赏罚，以儆其惰，于所委府、州、县官重致意焉。诚补前议所未备，而于河务深有裨者也。”上是其言。
六月辛巳，初，巡按直隶御史薛贞有请开东南水利之疏。工部复谓：“吴淞一江，居娄、东二江之中，灌注苏、松，吐纳湖海，其通塞关民生不小。隆庆中，巡抚海瑞开浚至三十余年，旱潦有赖。岁久寝湮，疏瀹无法，潴泄不时，遂致沮洳成田，咽喉阻塞。潦则极目沉沦而稼病，旱则侧足焦原而穑病，害岂独在民生哉？国家财赋，仰给东南，苏、松二府，岁供约四百五十余万，然则安得靳数万之缗钱，而不顾数百万之额，惮一时之劳，而不图百年之便，御史请之是也。破道旁之咻，杜局外之挠，因天时，相地利，尽人力，在当事者审处而力行之耳。至于开浚工费，据议动借各项及应解国库钱粮。除本部目下大工经始，库储有限，在两浙修塘，既不请留，则三吴开江亦难准借。其不系本部，与夫粮解、逋侵、河夫、经派存剩、赃罚等项，抚按得以径行者，应听就便清追动借，如有不敷，该地方官从长设处。要使下免加派，上省发帑，用寡功多，一劳永逸，斯不负朝廷为民至意矣。”上命如议行。丙戌，应天巡抚王应麟，请将浒墅税尽行蠲免。言恩诏内一款，凡近京零星小税，准与豁免。皇上前已允台臣免芦沟小税矣，两京并重，而陪京尤为根本，乞并罢之。户部复议。上曰：“所奏浒墅额税，准免三分之一。其余税银，着遵旨照旧征解，税监类进应用，不得再来渎扰。”
七月庚申，升严一鹏为应天府丞。
四十四年二月壬寅，淮、徐饥，上曰：“省直饥民数多，朕心悯恻，现贮溢税并正项银，俱准动支，煮粥赈济。”于是，户部复请行淮安府将库贮四十二年分四税溢额银八千两，俱委官易粟，发淮、徐所属地方煮粥，以赡饥民。
乙巳，南京奉先殿落成。丙辰，起原任刑部尚书沈应文为南京吏部尚书。戊午，升大理寺少卿姚思仁为应天府府尹。
三月癸未，以总兵李邦镇提督漕运，镇守淮安。
五月己卯，巡漕御史朱坩言涫政二事：“一曰、清核厂船。清江厂每年额造船六百一十余只，每船料价银一百二十七两，而钉灰油麻之数，取之抽分者不与焉。是以岁运米四百万，船无缺乏者。自三十九年来，督臣刘士忠报缺船已积至二千零。工部议逐年带造，今缺且日甚，盖缘官给料银减价而亏商，官匠衙役增例以剥军，木价日高，船料日薄，且奸商冒领，猾胥朋分。木银两无归落，造作兼不中程。夫帑藏清楚，必须查盘，何独船厂无之。乞敕每岁择风力推官严查之，庶滥冒可杜，船额可复；一曰、修复泉湖。国家岁漕，由江河抵邳，水常虞溢；由泇入闸，历闸抵卫，水常虞涸，此其大较也。自夏镇而北，别无运道，不过赖闸河以利涉耳。此河半属枯垓，先臣宋礼，筑坝戴村，夺二汶入海之路，灌此成河，复导沫、泗、汴、沂诸水以佐之。汶虽率众流出全力以奉漕，然行远而渴，已自难支，至南旺复分其四以南迎淮，六以北赴卫，无昆仑之源，多尾闾之泄，能无疲于奔命哉？况此泉遇夏秋而涨，遇春冬而涸，遇雨而涨，遇无雨即夏秋而涸。先臣逆虞其不可恃也，乃于沿河陂泽，如所谓昭阳、南旺、马踏、蜀山，安山诸河设立斗门，名曰水柜。漕河水涨听其溢而潴之湖，漕河水消决其蓄而注之漕，积泄有法，盗决有罪。夫然后旱涝俱有恃而无恐，无奈法久禁弛，湖多旷土，人遂垂涎，其间昭阳一湖，已作藩田，其余诸湖，高亢处，半为势豪占种，其最洼下者，或有行潦，闸坝坍塌，地势淤浅，蓄得几许？所谓沟浍之盈涸耳，曾何济于运哉？而职司攒饷者，不过受事之初，督令修浚，下亦以空文应之。顷山东半年不雨，泉流几断，职按图而索水柜，管河府佐茫然也。乞敕总河抚臣，躬亲踏验，凡系先年济运各湖，清查归官；堤坝斗门，亟时修筑。处处蓄潴有余，漕臣不至遇旱而束手矣。”从之。
六月己未，巡抚应天都察院右副都御史王应麟奏：“臣待罪南都，封疆是任，民俗士风所宜申饬，乃不意一时有周玄暐、董其昌二事。玄暐之犯众怒也，以《泾林续纪》为之招，其子复倚势凌轹士民，故士民群起而合诉者五百余人。臣与学盐二臣，会疏上闻。及明旨逮问，臣恐怨毒既深，溃败决裂，仍严谕毋得乘机泄愤，擅为蹂躏。故就逮之日，曾无一人敢轻哗其室，此江南士庶所共睹也。其昌起家词林，素负时望，三月间，忽与生员范启宋并至苏州，互相告讦，方行批发。而其昌华亭之居，业于此时化为煨烬矣。海上之民易动难静，虽发于士子，而乱成于奸民，固不可与玄暐同日而语也。总之，臣望轻才劣，谬处于斯，有负任使。伏乞罢斥，以重纪纲。”上报云：周玄暐已有旨，董其昌事严查首从议处。王应麟照旧。后玄暐竟卒于狱。
七月戊子，礼科给事中余懋孳疏言辟异教，严海禁。大略谓：“自西洋利玛窦入贡，而中国复有天主之教，不意留都王丰肃、阳玛诺等煽惑百姓，不下万人。朔望朝拜，动以千计。夫通夷有禁，左道有禁，使其处南中者，夜聚晓散，效白莲，无为之尤，则左道之诛何可贷也。使其资往侦来，通濠境岙夷之谋，则通番之戮何可后也。故今日解散党类，严饬关津，诚防微之大计。”不报。壬辰，南直常、镇、淮、扬诸郡蝗；土鼠千万成群，夜衔尾渡江往南，络绎不绝者，几一月方止。
八月壬寅，南京兵部尚书黄克缵奏漕粮运丁之累。大略谓：“京卫运粮，船有定额，甲有编签，历年以来，通融掣补。卫军之避差，自万历十四年编丁始，有力之家暗通书役，改窜册籍，不为快丁，则为仓户；不为仓户，则为屯丁；日趋月避，仅鹑衣百结者数千人为运军，其中有狡谲无赖欲衣食于漕粮者，充为旗甲，一经签定，恣意横行，折干盗卖之弊，种种莫诘。以致贻累运官，镌职殒命，而所挂漕粮，计积万石。查万历二十二年，准户部咨开各卫军士，不分领运、操守、杂差及马船快丁，一概尽审，将有力先尽旗甲，次及别差等。臣今已清出窜丁计三千六百一十八名，悉听临运亲审佥点。伏乞申饬以后有仍窜名避役者，照纵放军人歇役律，从重究罪。庶漕运不致终累矣。”癸亥，工科给事中归于顾言：“臣，嘉定县，土田瘠埆，岁收曾不能当府属各邑之半。永乐间，巡抚周忱称土定税，以本县官布十九万匹，准米十九万石，内折色五万匹，所以宽民力也。后乃重折银，改布样，日朘月削，民已称累，然未尝搀入布花额内。至三十五年，户部尚书赵世卿以京军急缺冬衣，暂行挪处，遂将此项布牵合布花，载入考成。后久假相忘，直用布花各色督征矣。顷且令久逋于数年者，趋期于一旦，民以何应之。乞仍旧制，不列之布花项内，俾催科者得先后调停，不至竭泽，则邑民或少苏耳。”不报。
九月甲戌，应天溧阳等处水灾，江宁等处蝗蝻大起。
十月丁巳，巡漕御史梁州彦上漕河事宜：“一、修治黄、泇。自洳渠告成，岁避徐、沛之险，而不虞黄河之近废不复修，廷臣以为漕利，而不知漕终以此受病也。累年来一决狼矢，再决三山，复决塔山，璧马空沉，此塞彼溃。今岁狼矢又见告矣。以洑流涨发，高与堤齐，俯瞷徐城如累卵。决于南则灵、睢为壑，而泇、虞径泻；决于北则以泇为尾闾，运堤宛在水中，漕舟不能飞渡也。为今之计，宜议经久，使徐城不忧，建瓴泇岸，不为黄据。或于徐、灵一带护城旧堤，增卑培薄，缮治坚完，庶几不逢其害。或于直口递北运道，创筑堤岸，迤曲缕河而止，此堤既成，有裨牵挽，兼足为田庐屏障。不然旋塞旋决，民劳已甚，且浊流岁啮，泇底告淤，将无泇矣；一、修治东省以北漕河。漕艘遇洪，必按例具报，而过此则否，岂非以一入东省，便可顺流北趋耶？乃如汶、如济、如卫，昨岁既告胶浅，而今岁白河更甚矣。谓宜核泉湖之旧址，而勿为豪右所浸，疏卫河之淤塞，而勿为私闸所闭，浚白河之壅沙，而勿为浅夫所冒破。夏镇以北，其通行无碍乎！一、缮漕仓。始粮船过洪，原有定限，回空到迟，例有查参，然迟速之关，实于征兑系之。近闻米不贮之廒不仓，仍属之粮户，且有并无廒仓者矣。夫征完待兑，缓急听之，有司军民俱称省便。船到索兑，缓急听之，粮户军累殊不可胜矣。然欲征兑依期，无如恢复廒仓，坏者增修，缺者创建，责成管粮官于开征报竣。遍历各州县水次，亲验米色，合式者贮仓听兑，不则勿混收也。其交兑之日，但有军民争执，粮官秉公裁定，无偏低昂，以致激争偾事。如是，旗军无辞于粮户，而往返不致稽迟矣；一、善漕后。漕舟抵关，催攒者至此而穷。故于关、通两处，各额设剥舟，分属两部司综其事，然通剥不能敌关剥之半，且远出百里外，以迎数千里舟，安得不疲于奔命哉？故欲急疏重船之壅，无如分事任而严责成，不论地之远近，例之一剥再剥，但总论本年应剥漕粮若干，悉准剥舟之数，关通三七均分，各照应剥帮之数，起完而止。如稽迟冻阻，责有所归，或亦更弦易辙之一助也。”
十二月丁酉，南京太常寺少卿桂有根，再请修南京奉先殿。丙午，命押发远夷王丰肃等于广东，听归本国。先是远夷利玛窦，偕其徒庞迪峨入京，上嘉其向化之诚，予之饩廪。玛窦死，复给以葬地。而其徒日繁，踪迹亦复诡秘，王丰肃等在留都以天主教煽惑愚民，一时信徒甚众。又盖屋于洪武冈，造花园于孝陵卫寝殿前。南礼部特疏参之，南府、部、台、省合疏参之，北科道诸臣参之，故南科臣晏文辉有速赐处分之请。而迪峨等亦刊揭逞辩，千里之远，数日可达，人益疑丰肃等为佛郎机夷种。及文辉疏下，礼部复言：此辈左道惑众，止于摇铎鼓簧，倡夷狄之道于中国，是书所称蛮夷滑夏者也，此其关系在世道人心，为祸显而迟；但其各省盘踞，果尔神出鬼没，透中国之情形于海外，是书所称寇贼奸宄者也，此其关系在庙谟国是，为祸隐而大。阁臣亦力言之。有旨：“王丰肃等立教惑众，蓄谋叵测，可递送广东抚按，督令西归。其庞迪峨等，礼部曾言晓知历法，请与各官推演七政，且系向化来，亦令归还本国。”
四十五年四月丙寅，差御史史姚镛巡按淮、扬。
五月己卯，兵部署部事、左侍郎崔景荣复：“应天巡抚王应麟条议七款：一、议水营以制险夷。据称吴淞江，海道咽喉，三吴门户。其外有行泊沙，又属吴淞之门户。国初海运，特筑宝山，其山外有李家滨，新为海潮冲啮。议以吴淞水营把总移驻宝山，原设总练兵听其节制，水陆互应，内外协防。其上流稗草沙，仍拨游兵哨驻，轮月更代。出汛即以奇兵营官兵尽数替守；一、添水兵以备缓急。谓沿海地方，处处皆冲，而青村、南汇对峙羊山，倭夷乘风瞬息可至。青村向有军选六百名，南汇军选五百六十六名，划地分防，循塘拒守，足资捍卫。旧各有唬船三只，俱招民兵管驾。向因汰革民侠，止存船只，汛时则抽选锋三十六名驾驶，不习风涛，易至偾事。议于奇兵营不时调取合操；一、增船兵以壮敌忾。金山卫介于柘林、乍浦之间，为浙、直要冲，而本卫水营兵夫日渐汰减。现在沙船十五只，每只捕柁兵夫十八名；唬船十只，每只十四名。唬船差小，已难撑驾，而沙船尤藉以冲犁贼舟，堵拒倭寇者，兵少则驾驶尚不能前，何暇冲锋陷阵耶？查得海防旧例，每沙船一只，用兵夫二十五名，又有遇汛，则选军贴驾兵十名。军伍之说，有谓军不惯海，以应得月粮酌扣在官，另募壮勇，务足二十五额数，始堪实用；一、分汛地以便责成。先年，于吴淞总督标下，选奇兵一支，专令上下海洋。平时则巡缉盐盗，冲击大艧，有警则陷阵扼险，随敌堵剿。今议将奇兵部下船兵三百八十八名，除分发各营一百零二名外，尚存兵二百八十六名，沙船八只，每只现存兵二十五名；唬船五只，每只存兵十六名，余存六名，充为识字等项。汛时，调往稗草沙，该代游兵防守；汛毕，驻扎烂沙头汛地，督捕盐盗，仍与各水营轮番羊山哨守。是昔以正为奇，兹复变奇为正，惟调度责成，有裨戎务耳；一、更汛守以固内地。谓杨舍堡守备所分汛地，专守谷渎港，其堡外江中有平宁沙，例拨浙兵三十名守之。今渐长至三十余里，可为盗贼窟穴，而谷渎港日就淤塞，则险已移平宁矣。议将官兵专守平宁，以浙兵守谷渎港，则移易就险，诚为得策；一、集沙船以备缓急。沿海民多造沙船，始贾装运之利，继为通夷之谋，酿衅招尤，启彼叵测之大患，闽浙屡屡见告。今议藉其船以为冲突，藉其人以资捍御，编号立甲，刻字给由。无事听其内地贸易，有事收为海上折冲，诚官民两便至计。第禁例宜严，作何稽查盘验，以觉察奸宄，销弭患萌；一、革掾史以祛冗费。吴淞总镇衙门，旧有京拨掾史一名，日资廪饩，岁多犒赏，徒糜军实，宜议裁革。第掾史之为蠢，不独吴淞一处，其各镇之额设者，蚕食路将，剥削官军，营伍侧目，莫敢谁何。相应一体汰革，诚节冗祛蠹之一端也。”
四十六年正月乙酉，南京兵部等衙门尚书黄克缵等奏修筑浦口城工：“浦城筑于洪武四年，隶以五卫，贮以三仓，为南京保障。弘、正以来，水势侵啮，南城尽圮。今议依山补筑，只围应天卫及三仓在内，而龙虎、武德、横海三卫，移入三仓隙地。共计应筑城九百七十三丈，根脚挖阔七尺，深六尺，荒石四层，条石六层，中用钉钩，灌以灰浆。砌砖三十七层，高二丈。每丈料银三十八两九钱五厘，通共九百七十五丈，大约用银三万八千一十两有奇。又估作南门及小城门二座，便门一座，壅城一座，水洞大小十座，筑堤九百二十六丈，以上数项，应费银一万一千五百两有奇。拆军民房一百一十三家，与迁移银四百七两九钱。择于本年八月初十日兴工，共估该费银五万九百二十四两有奇，以兵、户。工三部均出，而台臣月轮一人监督之。用之有余，将旧城一千六百余丈接工修理。此事三奉明旨，今参公论、度形胜，似断断有可成之功，故缵等以闻。”
三月戊于，直隶巡按龙遇奇奏：应天鼠妖，方头尾短。渡江啮禾不绝。江北地震、天鸣、龙斗，种种见告。宜谕诸臣改折、留税、用人、考选诸疏，以弭灾变。不报。准应天高淳、六合等县改折。从府臣及按臣之请也。
八月庚辰，淮安府沭阳、桃源、睢宁等县、扬州高邮等州灾，漕运总督王纪以闻。
九月乙未，礼部奏：“南直吴淞守御千户所并镇海卫崇明等所赍圣寿表不到，行巡按鞫罪发落。”从之。辛亥，户部以辽饷缺乏，援征倭、征播例，请加派应天府派银二万四千二百九十一两七钱九分九厘；苏州府派银三万三千五百三十五两八钱二分六厘；松江府派银一万四千八百六十六两九钱六分一厘；常州府派银二万二千四百八十九两五钱八分三厘；镇江府派银一万一千八百三十五两九钱七分八厘；淮安府派银三万五千九百七十七两二钱五分一厘；扬州府派银八千一百一十九两三钱九分六厘。
十月己卯，户部奏：“苏、松、常、镇四府漕粮，万历元年，漕臣王宗沐题定兑粮水次，三十余年，军民相安。后漕臣陈荐因官旗控诉，始创为五年轮派之法，而勒索愆期，往往不免。今总漕王纪欲复定派水次之规，既经会议佥同，合应复请，候命下移咨总漕衙门，将四府锦衣、旗手、下江淮、大、扬州五总，照三十四年水次，尽数改为定派，永著为例，违者重治，则军民咸知遵守，漕政有裨。”从之。
四十七年二月丙辰，直隶巡按姚镛疏奏罢榷税，称：“扬州为自南入北之门户，徐州为自北入南之津梁，商贾辐辏，夙号殷阜。自利珰四出榷税以来，非借事重罚以倾其囊，则逞威严刑以毙其命。流亡辗转，负贩稀踪，流毒灾民，莫此为甚。乞念根本重地，亟赐停免。”不报。己巳，升刑部郎中李栻知扬州府。乙亥，南京兵部郎中沈萃桢知苏州府。丙子，特设户部侍郎一人兼佥都御史，驻天津，督辽饷，李长庚为之。长庚奏行造淮船、通津路、议牛车、酌海道、截帮运、议钱法、设按臣、开事例、严海防九事。
四月壬午，陶鸿儒知松江府、宋统毅知淮安府。
五月庚寅，朱昌期知常州府。
七月丁未，胡应台巡抚应天，总理漕储、提督军务。
九月乙酉，郑璧为应天府府丞。丙戌，扬州、淮安等府属州、县大旱。
十二月，再加天下田赋亩三厘五毫。庚寅，王三才为应天府府尹。
四十八年正月，兵部以募兵、市马，工部以制器，再议增赋。
三月庚寅，复亩增二厘，为银一百二十万。先后三增赋，凡五百二十万有奇。遂为岁额。
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