睦州没有攻下来,宋军却接连损兵折将,宋江为此伤心不已。这时有人来报,军师吴用和关胜等人,带领一万兵马从水路赶来了。宋江见了吴用等人,说起折损了将领,吴用安慰他:“兄长先放宽心,目前正是捉拿方腊的时候,要以国家大事为重。”第二天,宋江下令再次攻打睦州,让关胜、花荣、秦明、朱仝四人往北门攻打,让凌振把火炮打入城里去。那火炮飞进城里,震得地动山摇,吓得城中兵马魂飞魄散,先乱了阵脚。郑魔君带着十多名将领和一万精兵出城迎敌。包天师拿了一把椅子,和祖丞相等一群人坐在城头上观看。郑魔君骑着马出阵,大刀关胜出马迎战,两人斗了几个回合,郑彪哪里抵挡得住,只能左躲右闪。包道乙见宋军占了上风,赶紧作法,嘴里念念有词,只见郑魔君头顶上冒出一道黑烟,黑烟中间站着一个穿金甲的神人,手中提着降魔宝杵,从空中打下来。宋江一看,赶紧叫混世魔王樊瑞也作法,自己也念起天书上破咒的秘诀。只见关胜的头盔上卷起一道白云,白云中间也出现一个神将,和郑魔君头顶的神人打了起来,几个回合之后,便击退了那个金甲神人。这时,关胜一刀就将郑魔君砍死在马下。
这时,宋军的阵营里响起了阵阵炮声。包道乙刚要起身,就被凌振的一个轰天炮打中,死在了城上。方腊的军队大败而归,宋军趁势杀入睦州,夺取了城池,杀了方腊手下的将领,并把他的行宫一把火烧了,财物都赏给了众将,又贴出榜文,安抚百姓。
这时有人传来消息,马麟和燕顺在西门乌龙岭被敌军中的石宝和白钦杀了。宋江痛哭不已,连忙派关胜、花荣、秦明、朱仝四人迎战石宝和白钦。关胜等四人接了军令,骑马飞奔到乌龙岭,正遇上石宝的军马。石宝一看到关胜,无心恋战,就让白钦来迎战。白钦哪里是关胜的对手,没多久就败退了。关胜也不追赶,那乌龙岭上在敌军已经混乱起来。原来石宝只顾在东边厮杀,没注意童枢密的大队人马已经从东边杀上岭来。关胜一见岭上大乱,知道有宋军上去了,急忙召集众将,一齐杀了上去。贼人军队被两面夹攻,白钦和吕方在打斗之中双双坠落山岭,同归于尽。石宝见自己再也没有出路,担心被捉拿了受辱,就用劈风刀自刎而死。宋军就此夺取了乌龙岭。
与此同时,卢俊义也攻下了歙州。两方约好了日期,一起发兵攻取清溪县。
方腊听说睦州和歙州都失守了,非常吃惊,当即就传下命令,带上所有的人马准备和宋江决一死战。方腊任命自己的侄儿方杰为先锋,带着副先锋杜微和一万三千兵马准备迎敌。宋江大军离开睦州,往清溪县而来。吴用和宋江商议:“这次我们去攻打清溪县,就怕方腊察觉到了,逃窜到深山野林里,难以抓获。如果要活捉方腊,就必须里应外合,认得方腊本人,还要掌握方腊的行踪,不让他逃跑。”宋江说:“这样就必须有人假装向他投降,才能做到里应外合。之前柴进和燕青去做了内应,还没有消息,现在派谁去好呢?”吴用说:“我觉得派水军头领李俊等人,带上船和粮草,装作向方腊投降,他一定不会怀疑。那方腊是穷乡僻壤出身的人,看到这么多粮食船只,一定会收留。”宋江就让戴宗传令,让李俊等人依计行事。
李俊让阮小五、阮小七扮作艄公,童威、童猛兄弟扮作水手,驾着六十只装满粮食的船,向清溪县驶去。才刚靠近,就有敌军对他们放箭。李俊连忙说自己是带着粮食来投降的。方腊一听这事,信以为真,让李俊当了水军督总管,阮氏兄弟和童氏兄弟当了副总管。
到了清溪县附近,宋江派关胜、花荣、秦明、朱仝四位将领去打头阵。众将领刚刚进入清溪县界内,就遇上了方杰的军队。秦明首先出马,和方杰打了起来。方杰虽然年纪轻,却有万夫不当之勇,手里的方天画戟也耍得十分熟练,两人打了三十几个回合,也没分出胜负。就在双方斗得正激烈的时候,杜微趁秦明没有防备,拿出一把飞刀朝他掷来。秦明因为急着躲飞刀,被方杰一戟戳下马。可怜秦明就这么被方杰给杀了。
宋江听说秦明死了,大惊失色,一边叫人准备棺材,一边再派人出战。方腊骑着一匹银鬃白马,亲自到阵前督战,看见宋江就在前面,便叫方杰出战,将他拿下。这时,只听见有人送来急报说:“御林护驾都教师贺从龙被卢俊义活捉,宋兵已经杀到后山了。”方腊听了,十分害怕,连忙下令收兵,退回清溪县内,却听到城中火光遍布,喊声连天。原来,李俊、阮小五、阮小七、童威、童猛等人趁机在清溪城里到处放火,一时间城里大乱。方腊连忙带领军马,入城来混战。宋江军队随后赶来,见到城中火起,知道是李俊等人得手了,于是分头冲杀入城。这时卢俊义的兵马也到了,两头接应,双面夹攻清溪城。方腊见城里待不下了,赶紧让方杰护驾,逃到了帮源洞,并派人死守洞口不出去。宋江、卢俊义只能派人将洞口团团围住,却没有办法进去。
方腊被围困了许多天,心中无比烦闷。忽然有人启奏说:“大王,臣深蒙主上的恩德,无以为报,愿借一队人马击退宋兵。”这个人不是别人,正是宋江派去做内应的柴进。原来柴进受了宋江的指令,改名柯引,带着燕青一起假装去投奔方腊。方腊十分喜欢他,还把女儿许配给他。见驸马自愿领兵出战,方腊十分高兴,当下就调拨了兵马给他。柴进一出马,宋江派花荣来迎战。吴用说:“柴进是个讲道义的人,应该不会忘本。”果然,对阵的时候,柴进悄悄暗示花荣:“兄长先假装被我打败,来日我们再商议计谋。”花荣跟他过了几招,假装打不过,退了回去。柴进喝道:“手下败将,我不追赶你了。你们那边还有别的厉害人物吗?叫出来和我交战。”吴用说:“让关胜出战。”关胜挥舞着青龙偃月刀赶来交战,柴进上来斗了几个回合,关胜也假装败退。接着朱仝出战,也装作被柴进打败了。宋江不得不带兵向后退了十里路。
方腊听说驸马英勇退敌,十分高兴,命人摆下御宴,亲自向他敬酒,说:“没想到驸马竟如此文武双全!寡人以为驸马只是个文弱书生,要是早知道驸马如此英雄了得,也不至于折损了这许多州郡。还望驸马大展奇才,诛杀贼将,重建基业,与寡人共享富贵荣华!”柴进说:“主上放心。作为臣子就应该尽忠报效国家。明天请圣上亲自来观战,看我怎么斩杀宋江等人。”
第二天,宋江传令,吩咐诸位将领:“今天这一战非比寻常,十分紧要。你们只要看那边柴进骑马回撤,就趁机杀入洞中,捉拿方腊,不得延误。”
这天方腊带着一帮手下,登上帮源洞山顶,给驸马助威。柴进身后跟着燕青,正要出战,方杰抢先说:“都尉先等一等,看方某先斩下宋军一名将领,然后都尉再出马,领兵杀敌。”方杰首先出来交战,与关胜打了十几个回合,难分胜负。这时,宋江派了花荣出战,方杰以一敌二,虽然被打得左躲右闪,还是毫无惧意。宋江又派李应和朱仝前去帮忙。方杰见他们四个一起来围攻他,这才调转马头往回跑,没想到被柴进拦住,一枪刺落马下,柴进身后的燕青赶上来,一刀就把他杀了。方腊的将领们见到这样的情景,吓得纷纷逃跑。柴进大声宣布:“我不是什么柯引,我是宋江部下的小旋风柴进。如果有人活捉方腊,必当重赏;投降的人可免除一死,抗拒的人全家都要斩首。”说完便领着众人杀入洞中。
方腊见驸马杀了方杰,知道情况有变,便向深山里逃去。宋江带着人杀进洞里,放了一把火,将方腊的宫苑烧得干干净净。阮小七带人杀入内苑深宫,搜出一箱方腊伪造的龙袍。阮小七看见上面都是珍珠宝石,龙凤锦文,心想:“方腊都可以穿,我也来试试。”便穿上它,戴上皇冠,骑着马跑了出去。宋军将士还以为是方腊,围过来一看,原来是阮小七,纷纷大笑起来。童贯的两个手下见了,骂道:“你这个样子,难道是想学方腊不成?”阮小七听了大怒,正要跟他们打起来,呼延灼急忙上来劝阻。宋江得知这件事,连忙喝令阮小七脱下那件龙袍,上前劝和。童贯的两个手下虽然没有再追究,却怀恨在心。
方腊从帮源洞的山顶逃脱后,便躲进了深山老林之中,脱掉朝服和靴子,一路翻过五个山头。这时,他发现前面有一间茅草屋,正想过去讨些饭吃。忽然从松树背后走出来一个胖大和尚,用一根禅杖将他打翻在地,用绳子绑了起来。这个和尚不是别人,正是花和尚鲁智深。宋江见方腊被活捉,立即命人将他押解回京。
宋江成功平息了方腊叛乱,带领众人赶回东京,途中经过杭州,便将军队驻扎在城外的六和塔。鲁智深和武松在寺中的一个僧房里休息,睡到半夜的时候,忽然听见江上响起一片潮声,像打雷一样。鲁智深是关西人,没听过江水涨潮的声音,还以为是战鼓在响,贼人来袭,便跳起来,拿着禅杖冲了出去。众僧人觉得奇怪,问他要干什么。鲁智深说:“洒家听见战鼓在响,正要出去杀敌。”僧人们都笑起来,说:“师父听错了,这不是战鼓的声音,而是钱塘江的潮信。”鲁智深恍然大悟,笑着说:“我师父智真长老曾送给我四句偈语,里面有一句‘听潮而圆,见信而寂。’的话。我想既然遇见了潮信,就应该圆寂了。”于是,他叫寺里的僧人烧好了热水,洗干净身子,换上一身御赐的僧衣,又点上一炉好香,当宋江等人来看他的时候,他已经坐在禅椅上不动了。
火化了鲁智深以后,武松对宋江说:“小弟现在已经是个残废了,不愿再回京朝见圣上。我准备将身上的金银财宝全都捐献给六和寺,并在这里出家。哥哥请功的时候,不要写小弟的名字。”宋江答应了他的请求。从此以后,武松就在六和寺出家,一直活到了八十岁。
半个月之后,宋江等人整点军马准备回京,没想到林冲突然中风瘫倒,杨雄也因为背疮发作去世了,时迁又得了绞肠痧而死。宋江得知,感伤不已。又有人来报说,杨志也死了,葬在了丹徒县。林冲的病情迟迟不见好转,宋江只好将他留在六和寺,托武松照看。半年之后,林冲也病逝了。
回京的路上,燕青私下对卢俊义说:“小乙自幼跟随主人,大恩大德,无以为报。今天所有的大事都已经完成,想和主人一起辞了官职,隐姓埋名,找个僻静的地方过完下半辈子。主人觉得怎么样?”卢俊义说:“自从梁山泊归顺朝廷以来,我们身经百战,死了很多兄弟,我们有幸活下来,正要衣锦还乡,你为什么这个时候要去隐居呢?”燕青说:“只怕朝廷容不下你。”卢俊义说:“我不曾有半点异心,朝廷怎么会辜负我呢?”燕青见没办法说服卢俊义,便独自一人离开了。
宋江的大军经过苏州的时候,李俊假装中风,倒在床上。宋江亲自领着医生来诊治。李俊说:“哥哥不要耽误了回京的期限,免得朝廷怪罪。我只需童威、童猛两兄弟照看就可以了,等病好了以后,马上就回去找你。”宋江只好答应他。等众人走了以后,李俊就带着童威、童猛和费保等人一起打造船只,出海去了国外,再也没有回来。